DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEsubs

DEsubs: R方案灵活的识别差异表达subpathways使用RNA-seq表达实验

Bioconductor版本:3.12

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包,提取disease-perturbed subpathways通路网络内记录下RNA-seq实验。它包含一个广泛的和可定制的框架涵盖范围广泛的操作模式在所有阶段的subpathway分析,使一个特定的方法。操作模式参考路径网络建设和加工、subpathway提取、可视化和富集分析各种生物和药理特性。其功能使它tool-guide modeler和实验者更健壮的系统性识别的生物标志物对于复杂疾病。

作者:Aristidis Vrahatis和帕诺斯Balomenos

维护人员:Aristidis g . Vrahatis < agvrahatis upatras。gr >,帕诺斯Balomenos < Balomenos在upatras.gr >

从内部引用(R,回车引用(“DEsubs”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEsubs”)

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PDF R脚本 DEsubs
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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,KEGG,网络,NetworkEnrichment,归一化,通路,RNASeq,软件,SystemsBiology
版本 1.16.0
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.3),locfit
进口 ,igraph,RBGL,circlize,limma,刨边机,EBSeq,NBPSeq,DESeq、统计、grDevices图形,pheatmap跑龙套,ggplot2,矩阵,jsonlite、工具、DESeq2、方法
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源包 DEsubs_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 DEsubs_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉) DEsubs_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEsubs
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEsubs/
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