DEqMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEqMS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DEqMS

一种对定量蛋白质组数据进行差异蛋白表达统计分析的工具。

Bioconductor版本:3.12

DEqMS是在Limma的基础上开发的。然而,Limma假设所有基因的先验方差相同。在蛋白质组学中,蛋白质丰度估计的准确性取决于在无标记和标记数据中量化的多肽/ psm的数量。用多肽或psm定量蛋白质更为准确。DEqMS包能够估计不同pms /多肽数量量化的蛋白质的不同先验方差,从而获得更好的准确性。该包可用于分析无标记和标记蛋白质组学数据。

作者:朱亚峰

维护者:朱亚峰<雅峰。朱在outlook.com>

引文(从R内,输入引用(“DEqMS”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DEqMS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“DEqMS”)

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细节

biocViews 贝叶斯DifferentialExpressionImmunoOncologyMassSpectrometryMultipleComparison归一化预处理蛋白质组学软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 LGPL
取决于 R(>= 3.5),图形,统计,ggplot2limma(> = 3.34)
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建议 BiocStyleknitrrmarkdownplyrmatrixStatsreshape2农场跑龙套,ggrepelExperimentHub迷幻药
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BugReports https://github.com/yafeng/DEqMS/issues
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包档案

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源包 DEqMS_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 DEqMS_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DEqMS_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEqMS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEqMS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEqMS/
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