DAMEfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.DAMEfinder

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DAMEfinder．

发现DAMEs -差异等位基因甲基化区域

Bioconductor版本:3.12

'DAMEfinder'提供了获取methtuple或bismark输出来计算ASM分数和计算DAMEs的功能。它还提供了很好的甲基圆图的可视化。

作者:Stephany Orjuela [aut, cre]，达尼娅·马赫拉布[aut]，马克·罗宾逊[aut]

维护:Stephany Orjuela

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DAMEfinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DAMEfinder”)

超文本标记语言	R脚本	DAMEfinder工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，DifferentialMethylation，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	统计数据,GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，readr，SummarizedExperiment，GenomicAlignments，stringr，plyr，VariantAnnotation平行,ggplot2，Rsamtools，BiocGenerics、方法、limma，bumphunter，Biostrings，reshape2，cowplot,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，rtracklayer，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/markrobinsonuzh/DAMEfinder/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DAMEfinder_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	DAMEfinder_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DAMEfinder_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DAMEfinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DAMEfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DAMEfinder/
软件包下载报告	下载数据