CytoTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoTree

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CytoTree

流式和大规模细胞术数据工具箱

Bioconductor版本:3.12

用于流式和大规模细胞术数据的轨迹推断工具包。CytoTree是一种很有价值的工具,可以使用流式和海量细胞术数据构建树形轨迹。细胞树的应用范围从聚类和降维到轨迹重建和伪时间估计。它提供了完整的流式和流式细胞仪数据分析工作流。

作者:戴玉婷[aut, cre]

维护者:戴玉婷

引文(从R内,输入引用(“CytoTree”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“CytoTree”)

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文本 新闻

细节

biocViews CellBasedAssaysCellBiology聚类FlowCytometry网络NetworkInference软件可视化
版本 1.0.3
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0),igraph
进口 FlowSOMRtsneggplot2命运gmodelsflowUtilsBiobase矩阵flowCore股东价值分析matrixStats、方法、mclustprettydocRANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0),BiocNeighbors集群pheatmapscatterpieumapscatterplot3dlimmastringr, grDevices, grid, stats
链接 Rcpp
建议 BiocGenericsknitrRColorBrewerrmarkdowntestthatBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL http://www.r-project.orghttps://github.com/JhuangLab/CytoTree
BugReports https://github.com/JhuangLab/CytoTree/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CytoTree_1.0.3.tar.gz
Windows二进制 CytoTree_1.0.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) CytoTree_1.0.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoTree
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CytoTree
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CytoTree/
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