CytoTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoTree

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CytoTree．

流式和大规模细胞术数据工具箱

Bioconductor版本:3.12

用于流式和大规模细胞术数据的轨迹推断工具包。CytoTree是一种很有价值的工具，可以使用流式和海量细胞术数据构建树形轨迹。细胞树的应用范围从聚类和降维到轨迹重建和伪时间估计。它提供了完整的流式和流式细胞仪数据分析工作流。

作者:戴玉婷[aut, cre]

维护者:戴玉婷

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CytoTree”)

超文本标记语言	R脚本	Quick_start
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文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，聚类，FlowCytometry，网络，NetworkInference，软件，可视化
版本	1.0.3
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，igraph
进口	FlowSOM，Rtsne，ggplot2，命运，gmodels，flowUtils，Biobase，矩阵，flowCore，股东价值分析，matrixStats、方法、mclust，prettydoc，RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0),BiocNeighbors，集群，pheatmap，scatterpie，umap，scatterplot3d，limma，stringr， grDevices, grid, stats
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics，knitr，RColorBrewer，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttps://github.com/JhuangLab/CytoTree
BugReports	https://github.com/JhuangLab/CytoTree/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CytoTree_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	CytoTree_1.0.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CytoTree_1.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoTree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CytoTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CytoTree/
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