此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CytoML.
Bioconductor版本:3.12
使用GatingML2.0标准的特定平台实现与其他软件平台交换门控细胞术数据。
作者:迈克·江,杰克·瓦格纳
维护者:Mike Jiang
引文(从R内,输入引用(“CytoML”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("巨细胞")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“CytoML”)
超文本标记语言 | R脚本 | flowJo解析器 |
超文本标记语言 | R脚本 | 如何导出一个GatingSet到GatingML |
超文本标记语言 | R脚本 | 如何将Cytobank导入GatingSet |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,ImmunoOncology,软件 |
版本 | 2.2.2 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年) |
许可证 | 文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.5.0) |
进口 | cytolib(> = 2.1.18),flowCore(> = 1.99.10),flowWorkspace(> = 4.1.8),openCyto(> = 1.99.2),XML,data.table,jsonlite,RBGL,Rgraphviz,Biobase、方法、图,图形,utils,base64enc,plyr,dplyr, grDevices,方法,ggcyto(> = 1.11.4),yaml,晶格统计数据,corpcor,RUnit,宠物猫,RcppParallel,xml2 |
链接 | Rcpp,黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLib,cytolib(>= 1.99.26),Rhdf5lib,RcppArmadillo,RcppParallel(> = 4.4.2-1),flowWorkspace |
建议 | testthat,flowWorkspaceData,knitr、并行 |
SystemRequirements | xml2, GNU make, c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://github.com/RGLab/CytoML |
BugReports | https://github.com/RGLab/CytoML/issues |
全靠我 | |
进口我 | FlowSOM |
建议我 | flowWorkspace,openCyto |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | CytoML_2.2.2.tar.gz |
Windows二进制 | CytoML_2.2.2.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | CytoML_2.2.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoML |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/巨细胞 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CytoML/ |
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