CountClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.CountClust

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CountClust

利用隶属度模型的聚类和可视化RNA-Seq表达数据

Bioconductor版本:3.12

将隶属度等级模型(GoM,也称为混合模型)拟合到聚类RNA-seq基因表达计数数据中,识别驱动聚类隶属度的特征基因,并提供聚类隶属度的可视化摘要。

作者:Kushal Dey [aut, cre], Joyce Hsiao [aut], Matthew Stephens [aut]

维护者:Kushal Dey

引文(从R内,输入引用(“CountClust”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CountClust")

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文档

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browseVignettes(“CountClust”)

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文本 新闻

细节

biocViews 聚类GeneExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件StatisticalMethod可视化
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.4),ggplot2(> = 2.1.0的)
进口 SQUAREM大满贯maptpxplyr(> = 1.7.1上),cowplotgtoolsflexmix激情似火limma平行,reshape2,统计,utils,图形,grDevices
链接
建议 knitrkableExtraBiocStyleBiobaseroxygen2RColorBrewerdevtoolsxtable
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kkdey/CountClust
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包档案

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源包 CountClust_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 CountClust_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CountClust_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CountClust
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CountClust
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CountClust/
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