CompGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.CompGO

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CompGO．

一个用于。bed文件注释的R管道，比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集

Bioconductor版本:3.12

这个包包含完成几个任务的函数。它能够从UCSC下载完整的基因组数据库，轻松导入。bed文件，从上述数据库转储中注释这些。bed文件区域的基因(加上距离)，与DAVID接口创建基于基因列表的功能注释和基因本体丰富图表(例如从输入。bed文件生成的那些)，最后使用有向无环图或散点图可视化和比较这些丰富。

作者:Sam D. Bassett [aut]， Ashley J. Waardenberg [aut, cre]

维护者:Ashley J. Waardenberg

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CompGO")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CompGO”)

PDF	R脚本	简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneSetEnrichment，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	RDAVIDWebService
进口	rtracklayer，Rgraphviz，ggplot2，GenomicFeatures，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，pcaMethods，reshape2，pathview
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CompGO_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	CompGO_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CompGO_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CompGO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CompGO
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CompGO/
软件包下载报告	下载数据