染色体

doi：10.18129/b9.bioc.chromscape

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅染色体。

使用闪亮应用程序分析单细胞表观基因组学数据集

生物导体版本：3.12

染色质 - 单细胞的染色质景观景观 - 是一个即将发布的用户友好型光泽应用程序，用于分析单细胞表观基因组学数据集（SCCHIP-SEQ，SCATAC-SEQ，SCATAC-SEQ，SCCUT＆TAG，...）分析和基因集富集分析。它具有高度交互性，使用户能够保存他们的分析并涵盖广泛的分析步骤：QC，预处理，过滤，批处理校正，降低维度降低，近距离化，聚类，差异分析和基因集分析。

作者：Pacome Prompsy [AUT，CRE]，Celine Vallot [aut]

维护者：pacome prompsy

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chromscape”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“铬景”）

html	R脚本	染色体
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，注解，，，，批处理效应，，，，chipseq，，，，分类，，，，聚类，，，，差异词，，，，表观遗传学，，，，基因烯，，，，甲基，，，，多重组合，，，，正常化，，，，途径，，，，预处理，，，，委托人，，，，QualityControl，，，，报告写作，，，，Singlecell，，，，软件，，，，可视化
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0）
进口	闪亮的，，，，颜色，，，，Shinyjs，，，，rtracklayer，，，，光泽，，，，Skinhelper，，，，Shinycsssloaders，，，，矩阵，，，，情节，，，，发光的dashboard，，，，柱面，，，，KableExtra，，，，维里迪斯，，，，Batchelor，，，，生物比较， 平行，rsamtools，，，，GGPLOT2，，，，Qualv，，，，字符串，，，，FS，，，，DT，，，，斯克兰，，，，评分，，，，共识ClusterPlus，，，，RTSNE，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，基因组机，，，，iranges，，，，irlba，，，，rlist，，，，UMAP，，，，蒂布尔， 方法，jsonlite，，，，EDGER，统计，图形，grdevices，utils，S4VECTORS，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，msigdbr
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	https://github.com/vallotlab/chromscape
BugReports	https://github.com/vallotlab/chromscape/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chromscape_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	chromscape_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	chromscape_1.0.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromscape
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/chromscape
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromscape/
软件包下载报告	下载统计