ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPseeker

ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化

Bioconductor版本:3.12

这个包实现函数来检索最近的基因在高峰,注释基因组区域的峰值,statstical方法估计芯片之间的重叠峰的数据集的意义,并结合地理数据库对用户比较自己的数据集与存入数据库。比较可以用来推断合作监管,因此可用于生成假设。一些可视化功能实现的报道总结峰实验,平均剖面和热图的山峰绑定TSS地区,基因组注释,距离TSS和重叠峰或基因。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),云颜施,Herve页面(施),迈克尔·克鲁格(施),托马斯Schwarzl[所有],Zhougeng徐(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“ChIPseeker”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPseeker”)

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文档

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HTML R脚本 ChIPseeker: R包芯片注释,峰值比较和可视化
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,ChIPSeq,MultipleComparison,软件,可视化
版本 1.26.2
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 AnnotationDbi,BiocGenerics,引导,enrichplot,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2,gplots、图形、grDevicesgtools、方法、plotrix,dplyr平行,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,跑龙套
链接
建议 clusterProfiler(> = 3.15.4),ggimage,ggplotify,ggupset,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,rmarkdown,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL https://guangchuangyu.github.io/software/ChIPseeker
BugReports https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues
取决于我
进口我 阿尔卑斯山脉,esATAC,profileplyr,TCGAWorkflow
建议我 curatedAdipoChIP
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ChIPseeker_1.26.2.tar.gz
Windows二进制 ChIPseeker_1.26.2.zip
macOS 10.13(高山脉) ChIPseeker_1.26.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPseeker
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/
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