ChIPexoQual

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPexoQual。

ChIPexoQual

Bioconductor版本:3.12

包的质量控制管道ChIP-exo /关系数据。

作者:雷内·韦尔奇,东峻涌Sunduz凯尔

维护人员:雷内·韦尔奇韦尔奇< stat.wisc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPexoQual”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPexoQual”)

HTML	R脚本	装饰图案的标题
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,质量控制,测序,软件,转录,可视化
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4.0),GenomicAlignments(> = 1.0.1)
进口	方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,GenomicRanges(> = 1.14.4),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer(> = 1.1),dplyr(> = 0.5),尺度(> = 0.4.0),冬青(> = 0.3),hexbin(> = 1.27),rmarkdown
链接
建议	ChIPexoQualExample(> = 0.99.1),knitr(> = 1.10),BiocStyle,gridExtra(> = 2.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https:github.com/keleslab/ChIPexoQual
BugReports	https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPexoQual_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPexoQual_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ChIPexoQual_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPexoQual
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/
包下载报告	下载数据