别致的

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIC

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见别致的

ChIP-Seq数据质量控制管道

Bioconductor版本:3.12

基于富集剖面的局部特征,使用一套全面的QC指标,包括以前提出的指标以及新指标,用于ChIP-seq数据的质量控制(QC)管道。该软件包提供了计算一组QC指标的函数,一个包含参考值的概要和机器学习模型,以对样品质量进行评分。

作者:卡门·玛丽亚·利维

维护者:Carmen Maria Livi < Carmen。Livi在ifom.eu>

引文(从R内,输入引用(“时髦”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“时髦”)

PDF R脚本 别致的
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq质量控制软件
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证 GPL-2
取决于 仕达屋优先计划, r (>= 3.6)
进口 ChIC.data(> = 1.7.1上),caTools、方法、GenomicRangesIRanges平行,进步脱字符号, grDevices,统计,utils,图形,S4VectorsBiocGenerics
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ChIC_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) ChIC_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIC/
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