CellMixS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellMixS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CellMixS

评估细胞特异性混合

Bioconductor版本:3.12

CellMixS提供了评估单细胞转录组数据的批量效应、数据集成和批量效应校正的指标和功能,具有单细胞分辨率。结果可以在不同的级别上可视化和总结,例如在单元格,单元格类型或数据集级别上。

作者:Almut Lütge [aut, cre]

维护人员:Almut Lütge < Almut。Luetge在uzh.ch>

引文(从R内,输入引用(“CellMixS”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CellMixS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CellMixS”)

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细节

biocViews BatchEffectGeneExpressionSingleCell软件转录组
版本 1.6.1
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 kSamples, r (>= 4.0)
进口 BiocNeighborsggplot2冬青cowplotSummarizedExperimentSingleCellExperimenttidyrmagrittrdplyrggridges统计数据,purrr、方法、BiocParallelBiocGenerics
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatlimmaRtsne
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/almutlue/CellMixS
BugReports https://github.com/almutlue/CellMixS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CellMixS_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 CellMixS_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CellMixS_1.6.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellMixS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellMixS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CellMixS/
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