CellMixS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellMixS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CellMixS．

评估细胞特异性混合

Bioconductor版本:3.12

CellMixS提供了评估单细胞转录组数据的批量效应、数据集成和批量效应校正的指标和功能，具有单细胞分辨率。结果可以在不同的级别上可视化和总结，例如在单元格，单元格类型或数据集级别上。

作者:Almut Lütge [aut, cre]

维护人员:Almut Lütge < Almut。Luetge在uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CellMixS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellMixS”)

超文本标记语言	R脚本	探索数据集成和批处理效果
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，GeneExpression，SingleCell，软件，转录组
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	kSamples， r (>= 4.0)
进口	BiocNeighbors，ggplot2，嘘，冬青，cowplot，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，tidyr，magrittr，dplyr，ggridges统计数据,purrr、方法、BiocParallel，BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，limma，Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almutlue/CellMixS
BugReports	https://github.com/almutlue/CellMixS/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellMixS_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	CellMixS_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CellMixS_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellMixS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellMixS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellMixS/
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