该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅取消分析。
生物导体版本:3.12
该软件包实现了用于癌症体细胞突变研究的基因和基因水平分析方法。基因级方法区分了驱动基因(在肿瘤发生中起积极作用)和乘客基因(在肿瘤样品中突变,但在肿瘤发生中没有作用),并结合了两阶段的研究设计。基因组方法实施了一种面向患者的方法,该方法计算每个样品的基因序列得分,然后将它们跨样品组合在一起。还提供了一种使用Wilcoxon检验的基因导向方法进行比较。
作者:Giovanni Parmigiani,Simina M. Boca
维护者:Simina M. Boca
引用(从r内,输入引用(“取消分析”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cancermuntionalanalysis”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“取消分析”)
R脚本 | concermuntauntainalysistutorial | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | 遗传学,,,,软件 |
版本 | 1.32.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.10(R-2.15)(9年) |
执照 | GPL(> = 2) +文件执照 |
要看 | r(> = 2.10.0),QVALUE |
进口 | AnnotationDbi,,,,林玛,方法,统计 |
链接 | |
建议 | kegg.db |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | cancermoutanalysis_1.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | cancermoutanalysis_1.32.0.zip(32-和64位) |
MacOS 10.13(高山脉) | cancermoutanalysis_1.32.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cancermoutionalanalysis |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/cancermuntryasy分析 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/cancermoutionanalysis/ |
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