CSAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSAR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CSAR

用于分析ChIP-seq数据的统计工具

Bioconductor版本:3.12

用于ChIP-seq数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人(2009)PLoS Biology: 7(4):e1000090中描述的统计方法。简单地说,考虑到测序的平均DNA片段大小,该软件计算基因组单核苷酸读-富集值。归一化后,样本和对照使用基于泊松分布的检验进行比较。通过随机排列得到控制误发现率的检验统计阈值。

作者:Jose M Muino

维护者:Jose M Muino < Jose。Muino在live.com>

引文(从R内,输入引用(CSAR)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CSAR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes (CSAR)

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PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq遗传学软件转录
版本 1.42.0
在Bioconductor BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.15.0),S4VectorsIRangesGenomeInfoDbGenomicRanges
进口 统计,跑龙套
链接
建议 ShortReadBiostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 NarrowPeaks
建议我 NarrowPeaks
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CSAR_1.42.0.tar.gz
Windows二进制 CSAR_1.42.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) CSAR_1.42.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSAR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CSAR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/
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