CRISPRSEEK

doi:10.18129/b9.bioc.crisprseek

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅CRISPRSEEK

CRISPR-CAS9中针对特定目标指南的设计,基因组编辑系统

生物导体版本:3.12

该软件包包括为CRISPR编辑系统找到潜在的指南RNA的功能,得分,等级,提取侧序序列,并指示目标和脱离目标是否位于外显子区域。潜在的指南RNA带有TOP5和顶部脱离目标的总分,详细的TOPN不匹配位点,限制性酶切割位点以及配对的指南RNA。该包还为CAS9目标站点输出Indels及其频率。

作者:Lihua Julie Zhu,Benjamin R. Holmes,HervéPagès,Hui Mao,Michael Lawrence,Isana Veksler-Lublinsky,Victor Ambros,Neil Aronin和Michael Brodsky

维护者:Lihua Julie Zhu

引用(从r内,输入引用(“ CRISPRSEEK”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ crisprseek”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Crisprseek”)

PDF R脚本 CRISPRSEEK VIGNETTE
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 CRISPR,,,,结肠管制,,,,免疫学,,,,测序,,,,软件
版本 1.30.1
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(7年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.0.1),生物基因,,,,生物弦
进口 平行,Data.Table,,,,seqinr,,,,S4VECTORS(> = 0.9.25),iranges,,,,BSGENOME,,,,生物比较,,,,哈希, 方法,网状,,,,RHDF5
链接
建议 运行,,,,生物使用,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL
取决于我 CRISPRSEEKPLUS
进口我 Guideseq,,,,Multicrispr
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 crisprseek_1.30.1.tar.gz
Windows二进制 CRISPRSEEK_1.30.1.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) CRISPRSEEK_1.30.1.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprseek
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/crisprseek
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/crisprseek/
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