指南针

DOI:10.18129 / B9.bioc.COMPASS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见指南针．

单细胞的组合多功能分析

Bioconductor版本:3.12

COMPASS是一个统计框架，能够对抗原特异性t细胞亚群进行无偏倚分析。COMPASS使用贝叶斯分层框架来建模所有观察到的细胞子集，并选择最有可能是抗原特异性的，同时正则化多参数空间中经常出现的小细胞计数。该模型为每个细胞亚群和每个样本提供了特异性的后验概率，可用于分析受试者对感染或疫苗接种等外部刺激的免疫反应。

作者:林恩，凯文·乌西，格雷格·菲纳克，拉维奥·科尔德(pheatmap)

维护者:Greg Finak

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("COMPASS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“指南针”)

超文本标记语言	R脚本	指南针
PDF	R脚本	SimpleCOMPASS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FlowCytometry，ImmunoOncology，软件
版本	1.28.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0.3)
进口	方法,Rcpp，data.table，RColorBrewer，尺度、网格plyr，knitr，abind，线索， grDevices, utils，pdist，magrittr，reshape2，dplyr，tidyr，rlang，BiocStyle，rmarkdown，foreach，coda
链接	Rcpp(> = 0.11.0)它
建议	flowWorkspace(> = 3.33.1),flowCore，ncdfFlow，闪亮的，testthat，devtools，flowWorkspaceData，ggplot2，doMC，进步
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/RGLab/COMPASS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	COMPASS_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	COMPASS_1.27.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	COMPASS_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COMPASS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/COMPASS/
软件包下载报告	下载数据