可可
DOI:10.18129 / B9.bioc.COCOA
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见可可．
坐标共变分析
Bioconductor版本:3.12
COCOA是一种理解样本间表观遗传变异的方法。COCOA可用于表观遗传数据，包括基因组坐标和表观遗传信号，如DNA甲基化和染色质可及性数据。为了在较高的水平上描述该方法，COCOA使用有监督或无监督技术量化样本间的变化，然后使用“区域集”数据库来注释样本之间的变化。区域集是一组共享生物学注释的基因组区域，例如转录因子(TF)结合区域、组蛋白修饰区域或开放染色质区域。COCOA可以识别样本之间与表观遗传变异相关的区域集，并增加对数据变异的理解。
作者:约翰·劳森[aut, cre]，内森·谢菲尔德[aut] (http://www.databio.org)，杰森·史密斯[ctb]
维护者:John Lawson
引文(从R内，输入引用(“可可”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("COCOA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“可可”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 坐标共变分析导论 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ATACSeq，ChIPSeq，DNAMethylation，DNaseSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GenomeAnnotation，GenomicVariation，ImmunoOncology，MethylSeq，MethylationArray，PrincipalComponent，测序，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 测试盒框 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，GenomicRanges |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，data.table，ggplot2，Biobase，统计，方法，ComplexHeatmap，米拉，tidyr， grid, grDevices，simpleCache，fitdistrplus |
| 链接 | |
| 建议 | knitr平行,testthat，BiocStyle，rmarkdown，AnnotationHub，萝拉 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://code.databio.org/COCOA/ |
| BugReports | https://github.com/databio/COCOA |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | COCOA_2.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | COCOA_2.4.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | COCOA_2.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COCOA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COCOA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/COCOA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
