催化剂

DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见催化剂

细胞仪数据分析工具

Bioconductor版本:3.12

大规模细胞术(CyTOF)使用重金属同位素而不是荧光标记作为报告者来标记抗体,从而大大减少了光谱重叠,并允许在单细胞水平上检查50多个参数。虽然CyTOF的光谱重叠明显不如流式细胞仪明显,但由于检测敏感性、同位素杂质和氧化物形成而产生的溢出效应会阻碍数据的可解释性。我们设计了CATALYST(流式细胞仪数据分析工具),为流式细胞仪数据的预处理提供了一个管道,包括i)使用珠标准的归一化,ii)单细胞反褶积,以及iii)珠基补偿。

作者:Helena L. Crowell [aut, cre], Vito R.T. Zanotelli [aut], Stéphane Chevrier [aut, dtc], Mark D. Robinson [aut, fnd], Bernd Bodenmiller [fnd]

维护者:Helena L. Crowell < Helena。克罗威尔在uzh.ch>

引文(从R内,输入引用(“催化剂”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CATALYST")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“催化剂”)

超文本标记语言 R脚本 1.预处理
超文本标记语言 R脚本 2.微分的发现
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类DifferentialExpressionExperimentalDesignFlowCytometryImmunoOncologyMassSpectrometry归一化预处理SingleCell软件StatisticalMethod可视化
版本 1.14.1
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 4.0),SingleCellExperiment
进口 circlizeComplexHeatmapConsensusClusterPluscowplotdata.tabledplyr刚果民主共和国flowCoreFlowSOMggplot2ggrepelggridges,图形,grDevices,网格,gridExtramagrittr矩阵matrixStats、方法、nnlspurrrRColorBrewerreshape2RtsneSummarizedExperimentS4Vectors尺度,统计数据
链接
建议 BiocStylediffcytflowWorkspaceggcytoknitropenCytormarkdowntestthatuwot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/HelenaLC/CATALYST
BugReports https://github.com/HelenaLC/CATALYST/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CATALYST_1.14.1.tar.gz
Windows二进制 CATALYST_1.14.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CATALYST_1.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CATALYST
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CATALYST/
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