催化剂

DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见催化剂．

细胞仪数据分析工具

Bioconductor版本:3.12

大规模细胞术(CyTOF)使用重金属同位素而不是荧光标记作为报告者来标记抗体，从而大大减少了光谱重叠，并允许在单细胞水平上检查50多个参数。虽然CyTOF的光谱重叠明显不如流式细胞仪明显，但由于检测敏感性、同位素杂质和氧化物形成而产生的溢出效应会阻碍数据的可解释性。我们设计了CATALYST(流式细胞仪数据分析工具)，为流式细胞仪数据的预处理提供了一个管道，包括i)使用珠标准的归一化，ii)单细胞反褶积，以及iii)珠基补偿。

作者:Helena L. Crowell [aut, cre]， Vito R.T. Zanotelli [aut]， Stéphane Chevrier [aut, dtc]， Mark D. Robinson [aut, fnd]， Bernd Bodenmiller [fnd]

维护者:Helena L. Crowell < Helena。克罗威尔在uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CATALYST")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“催化剂”)

超文本标记语言	R脚本	1.预处理
超文本标记语言	R脚本	2.微分的发现
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，ExperimentalDesign，FlowCytometry，ImmunoOncology，MassSpectrometry，归一化，预处理，SingleCell，软件，StatisticalMethod，可视化
版本	1.14.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0)，SingleCellExperiment
进口	circlize，ComplexHeatmap，ConsensusClusterPlus，cowplot，data.table，dplyr，刚果民主共和国，flowCore，FlowSOM，ggplot2，ggrepel，ggridges，图形，grDevices，网格，gridExtra，magrittr，矩阵，matrixStats、方法、nnls，purrr，RColorBrewer，reshape2，Rtsne，SummarizedExperiment，S4Vectors，尺度，嘘,统计数据
链接
建议	BiocStyle，diffcyt，flowWorkspace，ggcyto，knitr，openCyto，rmarkdown，testthat，uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/CATALYST
BugReports	https://github.com/HelenaLC/CATALYST/issues
全靠我	cytofWorkflow
进口我
建议我	diffcyt
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CATALYST_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	CATALYST_1.14.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CATALYST_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CATALYST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CATALYST/
软件包下载报告	下载数据