篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见篮球选手

分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据,精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:3.12

CAGE测序数据的预处理,转录起始位点的鉴定和规范化,转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>

维护者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>,Charles Plessy , Damir Baranasic , Sarvesh Nikumbh

引文(从R内,输入引用(“篮球选手”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“篮球选手”)

超文本标记语言 R脚本 CAGEr:用于CAGE数据分析和启动子组挖掘的R包
超文本标记语言 R脚本 使用CAGEr使用CAGE资源
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类FunctionalGenomicsGeneExpression归一化预处理测序软件转录可视化
版本 1.32.1
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证 GPL-3
取决于 方法,MultiAssayExperiment, r (>= 3.5.0)
进口 beanplotBiocGenericsBiocParallelBSgenomedata.tableDelayedArrayformula.toolsGenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtoolsIRanges(> = 2.18.0),KernSmoothmemoiseplyrRsamtools重塑rtracklayerS4Vectors(> = 0.27.5),耶鲁大学管理学院stringdiststringiSummarizedExperiment跑龙套,素食主义者VGAM
链接
建议 BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7DESeq2FANTOM3and4CAGEBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 seqPattern
链接到我
构建报告

包档案

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源包 CAGEr_1.32.1.tar.gz
Windows二进制 CAGEr_1.32.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CAGEr_1.32.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
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