篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见篮球选手．

分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据，精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:3.12

CAGE测序数据的预处理，转录起始位点的鉴定和规范化，转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>

维护者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>，Charles Plessy , Damir Baranasic , Sarvesh Nikumbh

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CAGEr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“篮球选手”)

超文本标记语言	R脚本	CAGEr:用于CAGE数据分析和启动子组挖掘的R包
超文本标记语言	R脚本	使用CAGEr使用CAGE资源
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，归一化，预处理，测序，软件，转录，可视化
版本	1.32.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,MultiAssayExperiment， r (>= 3.5.0)
进口	beanplot，BiocGenerics，BiocParallel，BSgenome，data.table，DelayedArray，formula.tools，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools，IRanges(> = 2.18.0),KernSmooth，memoise，plyr，Rsamtools，重塑，rtracklayer，S4Vectors(> = 0.27.5),耶鲁大学管理学院，stringdist，stringi，SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者，VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，DESeq2，FANTOM3and4CAGE，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	seqPattern
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CAGEr_1.32.1.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_1.32.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CAGEr_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
软件包下载报告	下载数据