BitSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BitSeq

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BitSeq。

转录表达推理和微分表达式为RNA-seq数据分析

Bioconductor版本:3.12

BitSeq包是针对表达式分析和微分表达式分析RNA-seq数据记录在两个阶段的过程。在第一阶段使用贝叶斯推理方法来推断表达个人成绩单从个人RNA-seq实验。第二阶段的BitSeq拥抱成绩单的微分表达式分析表达式。提供估计表达式复制多个条件,对数正态分布模型的估计是用来推断条件意味着转录表达和排名记录基于微分表达式的可能性。

作者:彼得·Glaus Antti Honkela和马格努斯寻求资助

维护人员:Antti Honkela <管理。honkela赫尔辛基。fi >, Panagiotis Papastamoulis < Papastamoulis在aueb.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BitSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BitSeq”)

PDF	R脚本	BitSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,贝叶斯,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(9年)
许可证	艺术- 2.0 +文件许可证
取决于	Rsamtools(> = 1.99.3)
进口	S4Vectors,IRanges
链接	Rhtslib(> = 1.15.5)
建议	刨边机,DESeq,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BitSeq_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	BitSeq_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	BitSeq_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BitSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BitSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BitSeq/
包下载报告	下载数据