BiocNeighbors

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocNeighbors

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BiocNeighbors．

生物导体封装的最近邻检测

Bioconductor版本:3.12

在一个框架中实现最近邻检测的精确和近似方法，该框架允许它们在Bioconductor包或工作流中轻松切换。精确搜索可以使用k近邻的k-means算法或优势点树来执行。近似搜索可以使用惹恼或HNSW库执行。支持欧几里得或曼哈顿距离的搜索。通过使用BiocParallel可以实现所有方法的并行化。还提供了函数来搜索给定距离内的所有邻居。

作者:Aaron Lun [aut, cre, cph]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiocNeighbors")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BiocNeighbors”)

超文本标记语言	R脚本	1.探测最近的邻居
超文本标记语言	R脚本	2.探测近似最近的邻居
超文本标记语言	R脚本	3.探测范围内的邻居
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，软件
版本	1.8.2
在Bioconductor公司	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp，S4Vectors，BiocParallel，统计数据，方法，矩阵
链接	Rcpp，RcppHNSW
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，模糊神经网络，RcppAnnoy，RcppHNSW
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我	后面;，咆哮，CellMixS，cydar，CytoTree，flowSpy，嘘，scDblFinder，食物，单
建议我	TSCAN
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BiocNeighbors_1.8.2.tar.gz
Windows二进制	BiocNeighbors_1.8.2.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BiocNeighbors_1.8.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocNeighbors
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocNeighbors/
软件包下载报告	下载数据