Biobase

DOI:10.18129 / B9.bioc.Biobase

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Biobase．

Biobase: Bioconductor的基函数

Bioconductor版本:3.12

许多其他包需要的函数或替换R函数的函数。

作者:R. Gentleman, V. Carey, M. Morgan, S. Falcon

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Biobase")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Biobase”)

PDF	R脚本	Biobase和ExpressionSets的介绍
PDF	R脚本	esApply介绍
PDF	R脚本	eSet开发人员的注意事项bob电竞体育官网
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	2.50.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 16年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics(>= 0.27.1)， utils
进口	方法
链接
建议	工具,tkWidgets，所有，RUnit，golubEsets
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/Biobase
BugReports	https://github.com/Bioconductor/Biobase/issues
全靠我	ACME，affy，affycomp，affycompData，affyContam，affycoretools，affyPLM，affyQCReport，AGDEX，AgiMicroRna，目标，所有，altcdfenvs，annaffy，AnnotationDbi，AnnotationForge，antiProfilesData，ArrayExpress，arrayMvout，ArrayTools，自动调谐，袋，bcellViper，beadarray，beadarrayExampleData，beadarraySNP，bgx，BicARE，bigmelon，BiocCaseStudies，bioDist，BioMVCClass，BioQC，biosigner，bladderbatch，BLMA，BrainStars，brgedata，相机，cancerclass，cancerdata，卡斯珀，类别，categoryCompare，亚兰，CCPROMISE，cellHTS2，ceu1kg，ceuhm3，CGHbase，CGHcall，CGHregions，嵌合体，clippda，慢性淋巴细胞白血病，clusterStab，CMA，cn.farms，codelink，colonCA，转换，国王杯，covEB，covRNA，CRCL18，curatedBreastData，curatedMetagenomicData，davidTiling，DESeq，DEXSeq，DFP，diggit，diggitdata，DLBCL，doppelgangR，dressCheck，dsQTL，DSS，dualKS，dyebias，EBarrays，EDASeq，边缘，EGSEA，eisa，epigenomix，epivizrData，etec16s，EuPathDB，ExiMiR，ExpressionAtlas，fabia。，fabiaData，factDesign，fastseg，fibroEset，flowBeads，frma，gaga，gaschYHS，GeneAnswers，GeneExpressionSignature，GeneMeta，geneplotter，geneRecommender，GeneRegionScan，GeneSelectMMD，geNetClassifier，GEOquery，GGdata，GOexpress，GOFunction，golubEsets，goProfiles，GOstats，GSE62944，GSEABase，GSEABenchmarkeR，GSEAlm，GSVAdata，GWASTools，hapFabia，harbChIP，帮助，Hiiragi2013，hmyriB36，hopach，HTqPCR，HumanAffyData，humanStemCell，HybridMTest，iBMQ，iCheck，IdeoViz，染色体组型，InPAS，检查，等压线，iterativeBMA，iva，Iyer517，kidpack，leeBamViews，leukemiasEset，光民，lumiBarnes，lungExpression，macat，made4，maEndToEnd，mAPKL，MAQCsubset，MAQCsubsetAFX，MAQCsubsetILM，massiR，餐，metabomxtr，metagenomeFeatures，metagenomeSeq，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，metavizr，MethPed，methyAnalysis，methylumi，Mfuzz，MiChip，microbiomeExplorer，mimager，含羞草，MineICA，海市蜃楼，miRcomp，miRNATarget，MLInterfaces，MMDiff2，MmPalateMiRNA，单片眼镜，msd16s，MSnbase，Mulcom，MultiDataSet，乘，mvoutData，NanoStringDiff，Neve2006，NOISeq，nondetects，normalize450K，NormqPCR，益生元，omicRexposome，OrderedList，OTUbase，OutlierD，PADOG，pandaR，panp，pcaMethods，pcot2，pdInfoBuilder，pepStat，PGSEA，phenoTest，PLPE，赢钱，普拉达，PREDA，PREDAsampledata，ProData，pRolocGUI，承诺，prostateCancerCamcap，prostateCancerGrasso，prostateCancerStockholm，prostateCancerTaylor，prostateCancerVarambally，pumadata，qpcrNorm，qPLEXanalyzer，R453Plus1Toolbox，RbcBook1，rbsurv，rcellminer，rcellminerData，ReadqPCR，犹太人的尊称，RefPlus，rexposome，林格，Risa，Rmagpie，RNAinteract，rnaSeqMap，Rnits，Roleswitch，ropls，RpsiXML，RTCA，RTopper，RUVnormalizeData，RUVSeq，安全，扫描。通用产品，SeqGSEA，sigaR，SigCheck，siggenes，simpleaffy，simulatorZ，singleCellTK，SpeCond，SPEM，SpikeInSubset，spkTools，splineTimeR，STROMA4，SummarizedExperiment，TCGAcrcmiRNA，TCGAcrcmRNA，TDARACNE，tigre，tilingArray，topGO，泛太平洋伙伴关系，tRanslatome，tspair，tweeDEseqCountData，《暮光之城》，撤销，variancePartition，VegaMC，毒蛇，vsn，西瓜，webbioc，xcms，XDE，纱，yeastCC
进口我	a4Base，a4Classif，a4Core，a4Preproc，ABarray，王牌，aCGH，adSplit，affyILM，affyQCReport，AgiMicroRna，曾帮工，annmap，注释，AnnotationHubData，annotationTools，ArrayExpressHTS，arrayQualityMetrics，ArrayTools，吸引，舞会礼服，基础知识，BayesKnockdown，BgeeDB，biobroom，bioCancer，biocViews，生命网络，BioSeqClass，biscuiteer，BiSeq，blima，BloodCancerMultiOmics2017，BrainStars，bsseq，BubbleTree，咖啡馆，癌症，红衣主教，ccTutorial，CellScore，CellTrails，ceu1kgv，cgdv17，CGHnormaliter，ChIPQC，ChIPXpress，ChromHeatMap，chromswitch，西塞罗，限幅器，CluMSID，cn.mops，可可，coexnet，cogena，结合，ConsensusClusterPlus，consensusDE，consensusOV，警戒线，CoreGx，crlmm，CrossICC，crossmeta，ctgGEM，腰带，周期，cydar，CytoML，CytoTree，DAPAR，ddCt，debCAM，德科，DEGreport，DESeq2，DeSousa2013，命运，diffloop，不和谐的，easyRNASeq，EBarrays，ecolitk，天哪，ENmix，ensembldb，erma，esetVis，ExiMiR，exomePeak2，ExpressionNormalizationWorkflow，农场，ffpe，FindMyFriends，Fletcher2013a，flowClust，flowCore，flowFP，flowMatch，flowMeans，flowSpecs，flowSpy，flowStats，flowType，flowUtils，flowViz，flowWorkspace，FourCSeq，弗雷泽，frma，frmaTools，FunciSNP，GAPGOM，gCrisprTools，gcrma，GCSscore，genbankr，geneClassifiers，genefilter，GeneMeta，geneRecommender，GeneRegionScan，《创世纪》，GenomicFeatures，GenomicInteractions，GenomicScores，GEOsubmission，gep2pep，gespeR，GGBase，ggbio，GGtools，girafe，GISPA，GlobalAncova，globaltest，gmapR，GOFunction，gQTLstats，GSRI，GSVA，Gviz，Harshlight，哼哼，hgu133plus2CellScore，HTqPCR，HTSFilter，IHWpaper，imageHTS，ImmuneSpaceR，ImpulseDE2，infinityFlow，InTAD，IsoGeneGUI，isomiRs，iterClust，JunctionSeq，KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO，KEGGdzPathwaysGEO，kissDE，lapmix，林肯，LiquidAssociation，LRBaseDbi，maanova，MAGeCKFlute，makecdfenv，maSigPro，桅杆，mBPCR，mcsurvdata，MeSHDbi，metaArray，metaseqR2，methyAnalysis，MethylAid，methylCC，methylumi，mfa，MiChip，microbiomeDASim，MIGSA，minfi，MinimumDistance，MiPP，米拉，miRSM，missMethyl，MLSeq，MMAPPR2，MmPalateMiRNA，遐，mogsa，MoonlightR，MOSim，MSEADbi，MSnID，MultiAssayExperiment，多屏幕，mzR，NanoStringQCPro，ncdfFlow，NormalyzerDE，npGSEA，诊断，OGSA，oligoClasses，omicade4，ontoProc，openCyto，oposSOM，oppar，OrganismDbi，panp，PathwaySplice，PCpheno，phantasus，PharmacoGx，phemd，phyloseq，钢琴，plethy，plgem，钳子，podkat，POMA，帖子，ppiStats，普拉达，prebs，王子，proBatch，proFIA，后代，pRoloc，pRolocdata，承诺，道具，ProteomicsAnnotationHubData，PSEA，psygenet2r，彪马，pvac，pvca，pwOmics，qcmetrics，QDNAseq，QFeatures，qpgraph，quantro，QuasR，qusage，RadioGx，randPack，ReportingTools，restfulSE，RGalaxy，河，Rmagpie，RMassBank，RNAinteractMAPK，的方式，腐烂，rqubic，rScudo，Rtpca，Rtreemix，RUVnormalize，SAGx，scmap，scTGIF，seqc，SeqVarTools，ShortRead，signatureSearchData，SigsPack，sigsquared，SimBindProfiles，simpleaffy，singscore，SLGI，击杀，SomaticSignatures，spkTools，海绵，STATegRa，subSeq，synapter，TEQC，TFBSTools，timecourse，TMixClust，三硝基甲苯，ToPASeq，topdownr，ToxicoGx，tradeSeq，TTMap，《暮光之城》，的作用，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantFiltering，VariantTools，vidger，火神，西瓜，个字，XBSeq，Xeva，yri1kgv
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链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Biobase_2.50.0.tar.gz
Windows二进制	Biobase_2.50.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Biobase_2.50.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Biobase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Biobase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Biobase/
软件包下载报告	下载数据