该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Biseq。
生物导体版本:3.12
BISEQ软件包提供了有用的类和功能来处理和分析目标硫酸盐测序(BS)数据,例如减少代表性亚硫酸盐测序(RRBS)数据。特别是,它实现了一种算法以检测差异甲基化区域(DMR)。该软件包从一个或多个示例中获取已经对齐的BS数据。
作者:Katja Hebestreit,Hans-Ulrich Klein
维护者:katja hebestreit
引用(从r内,输入引用(“ Biseq”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ biseq”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Biseq”)
R脚本 | BISEQ简介 | |
参考手册 |
生物浏览 | DNAMETHYLATY,,,,遗传学,,,,甲基,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.30.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(8年) |
执照 | LGPL-3 |
要看 | R(> = 2.15.2),方法,S4VECTORS,,,,iranges(> = 1.17.24),基因组机,,,,总结性特征(> = 0.2.0),公式 |
进口 | 方法,生物基因,,,,生物酶,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,总结性特征,,,,rtracklayer, 平行,betareg,,,,洛克恩,,,,公式,,,,全球测试 |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | rrbsdata |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | biseq_1.30.0.tar.gz |
Windows二进制 | biseq_1.30.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | biseq_1.30.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biseq |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/biseq |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/biseq/ |
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