BiFET

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiFET

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiFET

偏离的足迹浓缩试验

Bioconductor版本:3.12

BiFET标识TFs的足迹在目标区域与背景区域中被纠正偏差产生的失衡后读计数和GC内容目标和背景之间的地区。对于一个给定的TF k, BiFET测试零假设目标区域具有相同的概率有脚印的TF k为背景区域而纠正读计数和GC含量偏差。为此,我们使用的数量目标地区的足迹TF k, t_k作为测试数据和计算假定值的概率观察t_k或多个目标地区的足迹在零假设下。

作者:Ahrim梦想(aut (cre),总的马尔克斯(aut),内森软件(aut),迈克尔·Stitzel (aut) Duygu Ucar (aut)

维护人员:Ahrim只要< Ahrim。你在jax.org上>

从内部引用(R,回车引用(“BiFET”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiFET”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiFET”)

HTML R脚本 使用BiFET指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ATACSeq,DNaseSeq,表观遗传学,GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,RIPSeq,软件,转录
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证 GPL-3
取决于
进口 统计数据,poibin,GenomicRanges
链接
建议 testthat,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 BiFET_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 BiFET_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉) BiFET_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiFET
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiFET
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BiFET/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网