BasicSTARRseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BasicSTARRseq

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BasicSTARRseq．

STARR-seq数据的基本峰值调用

Bioconductor版本:3.12

基于Arnold等人在“由STARR-seq识别的全基因组定量增强子活性图”中介绍的方法对STARR-seq数据进行基本峰值调用。科学通报。2013年3月1日;339(6123):1074-7。doi: 10.1126 /科学。1232542.Epub 2013 1月17日。

作者:安妮卡·伯格

维护者:Annika Buerger < Annika。Buerger at ukmuenster.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BasicSTARRseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BasicSTARRseq”)

PDF	R脚本	BasicSTARRseq.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，GeneRegulation，PeakDetection，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	LGPL-3
取决于	GenomicRanges，GenomicAlignments
进口	S4Vectors、方法、IRanges，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BasicSTARRseq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	BasicSTARRseq_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BasicSTARRseq_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BasicSTARRseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BasicSTARRseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BasicSTARRseq/
软件包下载报告	下载数据