BUMHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUMHMM

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BUMHMM。

计算管道计算概率结构探测实验数据的修改

Bioconductor版本:3.12

这是一个概率模型计算管道每-核苷酸后验概率的修改从收集到的数据在结构探测实验。支持多种实验模型复制和经验纠正报道,顺序相依的偏见。模型利用测量每个核苷酸的“下降率”,这是对比复制通过log-ratio(异地恋)。贷款存款比率之间控制复制定义一个空分布下降率的变化观察到机会,贷款存款比率之间的治疗和控制复制相比,这个分布。实证结果假定值(从零“画”的概率分布)作为观察的隐马尔可夫模型Beta-Uniform混合模型作为排放模型。由此产生的后验概率表示的概率被修改的核苷酸的结构探测实验。

作者:爱丽娜Selega (alina.selega@gmail.com),桑德Granneman Guido Sanguinetti

维护人员:Alina Selega <爱丽娜。在gmail.com selega >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BUMHMM”)

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文档

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PDF	R脚本	介绍BUMHMM管道
PDF		参考手册
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文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,分类,报道,FeatureExtraction,GeneExpression,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,RNASeq,回归,测序,软件,StructuralPrediction,转录,转录组
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	devtools,stringi,gtools,统计,跑龙套,SummarizedExperiment,Biostrings,IRanges
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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包档案

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源包	BUMHMM_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BUMHMM_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	BUMHMM_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUMHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUMHMM/
包下载报告	下载数据