强盗

DOI:10.18129 / B9.bioc.BANDITS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见强盗．

差分拼接的贝叶斯分析

Bioconductor版本:3.12

匪徒是一个贝叶斯层次模型，用于检测基因和转录本的差异剪接，通过差异转录本使用(DTU)，在两个或多个条件之间。该方法使用贝叶斯分层框架，允许在dirichlet -多项模型中对特定比例的样本进行抽样，并对转录本的片段分配进行抽样。参数通过马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)技术推断，DTU测试通过转录本平均相对丰度的后测密度的多元Wald测试进行。

作者:Simone Tiberi [aut, cre]， Mark D. Robinson [aut]。

维护者:Simone Tiberi < Simone。提比利在uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BANDITS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“土匪”)

超文本标记语言	R脚本	差分拼接的贝叶斯分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，贝叶斯，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，遗传学，MultipleComparison，RNASeq，测序，软件，StatisticalMethod，转录，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	Rcpp，doRNG，质量，data.table，R.utils，doParallel平行,foreach，方法，统计，图形，ggplot2，DRIMSeq，BiocParallel
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximport，BiocStyle，GenomicFeatures，Biostrings
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/SimoneTiberi/BANDITS
BugReports	https://github.com/SimoneTiberi/BANDITS/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BANDITS_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	BANDITS_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BANDITS_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BANDITS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BANDITS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BANDITS/
软件包下载报告	下载数据