AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见AnnotationHub

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:3.12

这个包为Bioconductor AnnotationHub web资源提供了一个客户端。AnnotationHub web资源提供了一个中心位置,可以发现基因组文件(例如,VCF,床,假发)和来自标准位置(例如,UCSC, Ensembl)的其他资源。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述、标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的文件的本地缓存,有助于快速和可重复的访问。

作者:Bioconductor Package Maintainer [cre], Martin Morgan [aut], Marc Carlson [ctb], Dan Tenenbaum [ctb], Sonali Arora [ctb], Valerie Oberchain [ctb], Kayla Morrell [ctb], Lori Shepherd [aut]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“AnnotationHub”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationHub”)

超文本标记语言 R脚本 注释枢纽:访问注释枢纽Web服务
超文本标记语言 R脚本 AnnotationHub: AnnotationHub HOW TO's
超文本标记语言 创建一个AnnotationHub包
超文本标记语言 R脚本 解决集线器故障
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportGUI基础设施软件ThirdPartyClient
版本 2.22.1
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口 utils,方法,grDevices,RSQLiteBiocManagerBiocVersion旋度rappdirsAnnotationDbi(> = 1.31.19),S4VectorsinteractiveDisplayBasehttryamldplyr
链接
建议 IRangesGenomicRangesGenomeInfoDbVariantAnnotationRsamtoolsrtracklayerBiocStyleknitrAnnotationForgerBiopaxParserRUnitGenomicFeaturesMSnbasemzRBiostringsSummarizedExperimentExperimentHubgdsfmtrmarkdown
SystemRequirements
增强了 AnnotationHubData
URL
BugReports https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
全靠我 adductomicsR注释AnnotationHubDatacuratedMetagenomicDataEpiTxDb.Hs.hg38EpiTxDb.Mm.mm10EpiTxDb.Sc.sacCer3EuPathDBExperimentHubGenomicStatehipathiaipdDbMetaGxBreastMetaGxOvarianNestLinkorg.Mxanthus.dbPANTHER.dbphastCons30way.UCSC.hg38ProteomicsAnnotationHubData测序sesameData鞑靼
进口我 adductDataalpineDataalternativeSplicingEvents.hg19alternativeSplicingEvents.hg38annotatrbiscuiteerDatacelldexchipseqDBDatacircRNAprofilercuratedTCGADatacustomCMPdbdepmapdmrseqDropletTestFilesENCODExplorerENmixFieldEffectCrcGenomicScoresgrasp2dbGSEABenchmarkeRHCADataHMP16SDataHMP2DatamcsurvdatametaboliteIDmappingMetaGxPancreasMSnIDPathwaySplicepsichomicspwOmicsregutoolsREMPrestfulSEscmethscRNAseqscTensorSingleCellMultiModalspatialLIBDTCGAWorkflowTENxBrainDataTENxBUSDataTENxPBMCDataTSRchitecttximetaUlarcirc
建议我 AHEnsDbsBgeeCall芝加哥CINdexclusterProfilerCNVRanger可可DNAshapeRdupRadarENCODExplorerDataensembldbepiNEMEpiTxDbepivizrChartepivizrDataGenomicRangesGOSemSimgwascatHarmonizedTCGAData微波激射器米拉MSnbasemulticrisprOrganismDbirecountmethylationVariantAnnotation
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 AnnotationHub_2.22.1.tar.gz
Windows二进制 AnnotationHub_2.22.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) AnnotationHub_2.22.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationHub
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
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