AlphaBeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.AlphaBeta

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见AlphaBeta．

植物中高通量DNA甲基化数据的表观突变率和谱的计算推断

Bioconductor版本:3.12

AlphaBeta是一种计算方法，用于估计植物中高通量DNA甲基化数据的表观突变率和光谱。该方法已被专门设计为:1。在多代突变积累系(MA-lines)的背景下分析“种系”的突变。2.在植物发育和衰老的背景下分析“体细胞”突变。

作者:Yadollah Shahryary Dizaji [cre, aut]， Frank Johannes [aut]， Rashmi Hazarika [aut]

维护:Yadollah Shahryary Dizaji < Shahryary at gmail.com>

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("AlphaBeta")

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文档

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PDF	R脚本	AlphaBeta
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	表观遗传学，FunctionalGenomics，遗传学，MathematicalBiology，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	dplyr(> = 0.7),data.table(> = 1.10),stringr(>= 1.3)， utils (>= 3.6.0)，gtools(> = 3.8.0),optimx(> = 2018 - 7.10),expm(>= 0.999-4)，统计(>= 3.6)，BiocParallel(> = 1.18),igraph(>= 1.2.4)，图形(>= 3.6)，ggplot2(>= 3.2)， grDevices (>= 3.6)情节(> = 4.9)
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	AlphaBeta_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	AlphaBeta_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AlphaBeta_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AlphaBeta
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AlphaBeta
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AlphaBeta/
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