这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AUCell。
Bioconductor版本:3.12
AUCell允许识别细胞活跃基因集(如签名,基因模块…)在单细胞RNA-seq数据。AUCell使用“曲线下的面积(AUC)计算的一个重要子集是否输入基因集富集在每个细胞的基因表达。AUC分数的分布在所有细胞允许探索的相对表达签名。自评分方法是排行第三,AUCell是基因表达的独立单位和规范化过程。此外,由于细胞单独评估,它可以很容易地应用到更大的数据集,构造子集矩阵的表达式。
作者:Sara Aibar, Aerts斯坦。计算生物学的实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶。
维护人员:莎拉Aibar <萨拉。在kuleuven.vib.be aibar >
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):
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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AUCell”)
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browseVignettes (“AUCell”)
HTML | R脚本 | AUCell:识别细胞活跃的基因集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,GeneSetEnrichment,归一化,SingleCell,软件,转录,转录组,WorkflowStep |
版本 | 1.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(3.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | |
进口 | data.table、图形、grDevicesGSEABase、方法、mixtools,R.utils,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,跑龙套 |
链接 | |
建议 | Biobase,BiocStyle,doSNOW,dynamicTreeCut,DT,GEOquery,knitr,NMF,plyr,R2HTML,rmarkdown,reshape2,情节,rbokeh,devtools,Rtsne,tsne,testthat,动物园 |
SystemRequirements | |
增强了 | doMC,doRNG,doParallel,foreach |
URL | http://scenic.aertslab.org |
取决于我 | |
进口我 | RcisTarget |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | AUCell_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | AUCell_1.12.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | AUCell_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AUCell |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AUCell/ |
包下载报告 | 下载数据 |