阿尔卑斯山脉

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALPS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见阿尔卑斯山脉．

表观基因组学数据分析例程

Bioconductor版本:3.12

该软件包为全基因组表观基因组学数据(如组蛋白修饰或转录因子ChIP-seq, ATAC-seq, DNase-seq等)提供分析和出版质量可视化例程。包中的函数可以用于任何类型的数据，这些数据可以用任何分辨率的bigwig文件表示。ALPS的目标是在不离开R环境的情况下为大多数下游分析提供分析工具，包中的大多数工具只需使用基本的R、unix或excel技能即可准备。

作者:Venu Thatikonda, Natalie Jäger

维护者:Venu Thatikonda

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ALPS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“阿尔卑斯山”)

超文本标记语言	R脚本	ALPS-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，表观遗传学，HistoneModification，测序，软件，转录，可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	为了，BiocParallel，ChIPseeker，corrplot，data.table，dplyr，GenomicRanges，GGally，genefilter，gghalves，ggplot2，ggseqlogo，Gviz，magrittr，org.Hs.eg.db，plyr，reshape2，rtracklayer统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，ComplexHeatmap，circlize，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/itsvenu/ALPS
BugReports	https://github.com/itsvenu/ALPS/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ALPS_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ALPS_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ALPS_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ALPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ALPS/
软件包下载报告	下载数据