ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ALDEx2

考虑样本变异的差异丰度分析

Bioconductor版本:3.12

对两个或多个条件进行比较的差异丰度分析。用于分析来自标准RNA-seq或元RNA-seq分析的数据,以及从体外序列选择中选择的和未选择的值。使用狄利克雷多项式模型从计数推断丰度,优化为三个或更多的实验重复。该方法基于Wilcoxon秩和检验和Welch's t检验(通过aldex.ttest)、Kruskal-Wallis检验(通过aldex.kw)、广义线性模型(通过aldex.glm)或相关检验(通过aldex.corr),推断生物和抽样变异来计算预期的错误发现率。所有试验报告p值和Benjamini-Hochberg校正p值。

作者:Greg Gloor, Andrew Fernandes, Jean Macklaim, Arianne Albert, Matt Links, Thomas Quinn,吴家荣,Ruth Grace Wong, Brandon Lieng

维护者:Greg Gloor

引文(从R内,输入引用(“ALDEx2”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ALDEx2")

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文档

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browseVignettes(“ALDEx2”)

PDF R脚本 用于高通量测序数据的anova类差分表达工具
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯,ChIPSeq,DNASeq,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,RNASeq,测序,软件,转录组
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 文件许可证
取决于 方法、统计数据zCompositions
进口 BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,
链接
建议 testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
全靠我 omicplotR
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包档案

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源包 ALDEx2_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 ALDEx2_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ALDEx2_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ALDEx2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ALDEx2/
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