ABAEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.ABAEnrichment

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ABAEnrichment．

人类大脑区域的基因表达富集

Bioconductor版本:3.12

ABAEnrichment包旨在测试用户定义的候选基因在不同人脑区域的表达基因集中的富集。核心功能“aba_enrich”集成了候选基因集的表达(在捐赠者中平均)和使用本体的大脑结构信息，两者都由Allen brain Atlas项目提供。aba_enrich接口本体丰富软件FUNC进行统计分析。这个包中提供的'get_expression'和'plot_expression'等附加函数有助于探索表达数据，除了标准的候选与背景基因集富集之外，还实现了三个额外的测试，例如，当基因被排序而不是分为候选和背景时。

作者:Steffi Grote

维护:Steffi Grote

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ABAEnrichment")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ABAEnrichment”)

超文本标记语言	R脚本	ABAEnrichment简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),gplots(> = 2.14.2),gtools(> = 3.5.0),ABAData(> = 0.99.2),data.table(> = 1.10.4),GOfuncR(>= 1.1.2)， grDevices, stats, graphics, utils
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	ABAData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ABAEnrichment_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ABAEnrichment_1.20.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ABAEnrichment_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ABAEnrichment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ABAEnrichment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ABAEnrichment/
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