Bioconductor软件包

Bioconductor版本:3.12

维护人员 标题
a4 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析雨伞包
a4Base 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析基础包
a4Classif 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析分类方案
a4Core 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析核心包
a4Preproc 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析预处理方案
a4Reporting 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析报告包
ABAEnrichment 施特菲·格罗特 基因表达浓缩在人类的大脑区域
ABarray 永明安德鲁太阳 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Microrarray (AB1700)基因表达数据。
abseqR 嘉鸿方 报告和数据分析功能Rep-Seq数据集的抗体库
ABSSeq Wentao杨 ABSSeq:一个新的RNA-Seq分析方法基于造型绝对表达差异
acde 胡安-帕布鲁Acosta 人工检测组件的差异表达基因
王牌 乔斯B Poell 绝对从信号低拷贝数估计全基因组测序
aCGH 季米特洛夫彼得 阵列比较基因组杂交数据的类和函数
ACME 肖恩·戴维斯 算法计算微阵列浓缩(ACME)
ADaCGH2 雷蒙Diaz-Uriarte 大数据分析从aCGH实验中使用并行计算和ff对象
亚当 何塞路易斯Rybarczyk球场 亚当:活动和多样性分析模块
ADAMgui 何塞路易斯Rybarczyk球场 活动和多样性分析模块的图形用户界面
适应 Weixin蔡 Data-Adaptive统计数据高维多个测试
adductomicsR 乔西海耶斯 adductomic质量光谱数据集的处理
ADImpute 安娜卡Leote 自适应辍学输入(ADImpute)
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
AffiXcan 亚历山德罗Lussana 功能的方法来嫁祸于基因调控表达
affxparser Kasper丹尼尔·汉森 Affymetrix SDK文件解析
affy 拉斐尔·a·伊 方法Affymetrix寡核苷酸阵列
affycomp 拉斐尔·a·伊 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix GeneChip软件兼容性
affyContam 诉凯利 结构化的腐败affymetrix玻璃纸文件数据
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips
AffyExpress Xuejun阿瑟·李 Affymetrix质量评估和分析工具
affyILM Myriam Kroll和法布里斯·伯杰 线性模型的背景减法和朗缪尔等温线
affyio 本Bolstad 解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 戈登•史密斯 GUI与Affymetrix limma包微阵列
affyPara 马库斯Schmidberger 并行预处理方法Affymetrix寡核苷酸阵列
affyPLM 本Bolstad 方法拟合probe-level模型
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象QC报告生成
AffyRNADegradation 马里奥Fasold 正确分析和探测位置偏差在微阵列数据由于RNA降解
AGDEX Cuilan lani高 协议分析的微分表达式
aggregateBioVar 杰森·拉特克利夫称 对多种学科scRNA-seq差异基因表达分析
agilp 本尼链 安捷伦表达阵列处理方案
AgiMicroRna 佩德罗Lopez-Romero 处理和微分表达式安捷伦微分析芯片
的目标是 埃里克·R Paquet 目的:乳腺癌分子亚型内在的绝对作业
ALDEx2 格雷格Gloor 微分丰富考虑样本变异分析
alevinQC 夏洛特Soneson 小鲑鱼输出生成质检报告
AllelicImbalance Jesper R Gadin 调查特定等位基因表达
AlphaBeta Yadollah Shahryary Dizaji 计算推理epimutation率和光谱的高通量DNA甲基化在植物的数据
高山 迈克尔的爱 高山
阿尔卑斯山脉 维纳Thatikonda 分析表观基因组学数据的例程
AlpsNMR 路易斯·费尔南德斯 自动为核磁共振光谱处理系统
阿尔萨斯 罗恩Wehrens ALS自动化学勘探的混合物
altcdfenvs Laurent Gautier 选择提供环境(又名probeset映射)
意大利苦杏酒 奥利弗Gevaert 监管网络推理和司机基因评价使用综合Multi-Omics分析和处罚回归
AMOUNTAIN 李董 积极为多层加权基因co-expression网络模块:一个连续优化的方法
amplican 大船瓦伦 CRISPR实验的自动化分析
Anaquin 泰德黄 亮片的统计分析
ANCOMBC 林黄 成分分析与偏差纠正肠道菌群
AneuFinder 亚伦Taudt 拷贝数变异Single-Cell-Sequencing数据分析
曾帮工 马天乐 为复杂的病人集群关联网络融合
微生物 悦赵 交互式微生物分析工具箱
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据注释工具
annmap 克里斯Wirth 基因组注释和可视化包属于Affymetrix数组和门店分析。
注释 Bioconductor包维护者 注释的微阵列
AnnotationDbi Bioconductor包维护者 操纵SQLite-based Bioconductor注释
AnnotationFilter Bioconductor包维护者 过滤设施Bioconductor注释资源
AnnotationForge Bioconductor包维护者 构建工具SQLite-based注释数据包
AnnotationFuncs 斯蒂芬·麦金农爱德华兹 注释翻译功能
AnnotationHub Bioconductor包维护者 客户端访问AnnotationHub资源
AnnotationHubData Bioconductor包维护者 公共数据资源转换成Bioconductor数据结构
annotationTools 亚历山大·库恩 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库
annotatr 雷蒙德·g·Cavalcante 注释基因组注释的基因区域
anota Ola拉尔森 分析转化活动(ANOTA)。
anota2seq 基督教Oertlin朱莉Lorent 一般适用于使用anota2seq transcriptome-wide转化效率的分析
antiProfiles 赫克托耳Corrada布拉沃 基因表达anti-profiles的实现
铁砧 马丁•摩根 Bioconductor铁砧上的计算环境
AnVILBilling 文斯凯里 提供函数来检索和使用费用的报告NHGRI砧(anvilproject.org)。
AnVILPublish 马丁•摩根 发布包和其他资源砧工作区
APAlyzer Ruijia王 APA的工具包使用RNA-seq数据分析
apComplex 丹尼斯Scholtens 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据
apeglm Anqi朱 全球语言监测机构系数近似后验估计
appreci8R 莎拉Sandmann appreci8R: R / Bioconductor包过滤SNVs PPV和短indels高敏感性和高
aroma.light 亨利克·本特松 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型
ArrayExpress 哈姆·默罕默德 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet
ArrayExpressHTS 安琪拉Goncalves,安德鲁Tikhonov ArrayExpress高通量测序处理管道
arrayMvout 诉凯利 多元异常值检测表达阵列QA
arrayQuality 艾格尼丝Paquet 数组质量评估发现数组
arrayQualityMetrics 迈克•史密斯 质量量度报告微阵列数据集
ArrayTools 亚瑟•李 geneChip分析包
ArrayTV 埃坦Halper-Stromberg 波阵列校正的实现
ARRmNormalization 让-菲利普•福丁 Illumina公司甲基化数据的自适应鲁棒回归正常化
artMS 大卫Jimenez-Morales 分析R质谱分析的工具
一只 张倩 祖先特定的等位基因频率估计
ASEB Likun王 预测赖氨酸乙酰化位点
ASGSCA 海拉Romdhani 协会研究多个snp和多个特征使用广义结构方程模型
亚瑟士 流行Lefort 自动统计识别在复杂的光谱
ASpediaFI Doyeong余 ASpedia-FI:功能交互分析可变剪接事件
ASpli 给曼奇尼 分析使用RNA-Seq可变剪接
AssessORF Deepank Korandla 评估预测使用蛋白质组学和基因进化的保护
资产 Samsiddhi保护好 R包subset-based协会分析异构特征和亚型
分配 应慎重,w·埃文约翰逊大卫·詹金斯Mumtehena拉赫曼 自适应特征选择和集成(分配)
ATACseqQC Jianhong欧 ATAC-seq质量控制
atSNP Sunyoung胫骨 亲和力测试确定监管snp
吸引 塞缪尔·齐默尔曼 方法找到的基因表达模块代表考夫曼司机的吸引子的风景
AUCell 莎拉Aibar AUCell:单细胞分析的基因集活动RNA-seq数据(如识别细胞与特定的基因签名)
自动调谐 克雷格·麦克莱恩 自动参数选择的诸多代谢组学数据处理
AWFisher Zhiguang霍 R包快速计算自适应加权费舍尔的方法
BaalChIP 伊内斯·德·圣地亚哥 BaalChIP:贝叶斯分析allele-specific在癌症基因组转录因子结合
BAC 拉斐尔Gottardo 贝叶斯分析Chip-chip实验
培根 范Iterson 控制通胀偏差和关联研究零分布使用经验
贝德 Andreas Neudecker 贝叶斯分析的微分表达式RNA序列数据
BadRegionFinder 莎拉Sandmann BadRegionFinder: R / Bioconductor方案识别坏覆盖的地区
亚历杭德罗Quiroz-Zarate 贝叶斯方法Geneset选择
舞会礼服 杰克傅 灵活,isoform-level微分表达式分析
bambu 陈应 长阅读RNA-Seq Reference-guided同种型重建和量化数据
bamsignals 约翰内斯·赫尔穆特 从bam文件提取读计数信号
强盗 西蒙Tiberi 土匪:贝叶斯分析的微分拼接
banocc 乔治•Weingart柯蒂斯Huttenhower 贝叶斯组合协方差分析
basecallQC 托马斯•卡罗尔 使用Illumina公司Basecalling和多路分解输入和输出文件
BaseSpaceR 贾里德·奥康奈尔 R SDK BaseSpace RESTful API
Basic4Cseq 卡罗琳沃尔特 Basic4Cseq: R / Bioconductor包4 c-seq数据进行分析
基础知识 卡特琳娜Vallejos 单细胞测序数据的贝叶斯分析
BasicSTARRseq 安妮卡方式 基本呼吁STARR-seq峰值数据
蛇怪 亚伦Lun 冻结Python Bioconductor内包的依赖关系
basilisk.utils 亚伦Lun 蛇怪安装工具
后面; 亚伦Lun 单细胞批校正方法
BatchQC Solaiappan Manimaran 批处理影响质量控制软件
BayesKnockdown 威廉乍得年轻 BayesKnockdown:后验概率击倒的边缘数据
BayesSpace 马特•斯通 聚类和空间分辨率增强转录组
bayNorm 朱文昊唐 单细胞RNA序列数据规范化
baySeq 托马斯·Hardcastle 经验贝叶斯分析的微分表达式模式计数数据
BBCAnalyzer 莎拉Sandmann BBCAnalyzer: R / Bioconductor可视化方案的基础
BCRANK 亚当Ameur 从排名DNA序列预测结合位点的共识
bcSeq 嘉兴林 在高通量快速序列映射成分和CRISPR屏幕
BDMMAcorrect 振威戴 荟萃分析的宏基因组读计数数据从不同的人群
beachmat 亚伦Lun 编译Bioconductor处理每个矩阵类型
beadarray 马克·邓宁 质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析
beadarraySNP 1月东 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列
BeadDataPackR 迈克•史密斯 Illumina公司BeadArray数据的压缩
BEARscc 本杰明Schuster-Boeckler BEARscc(贝叶斯ERCC Assesstment单细胞集群)的鲁棒性
击败 凯末尔Akman 打败——BS-Seq Epimutation分析工具包
BEclear 大卫粗声粗气地说 修正批影响DNA甲基化数据
BgeeCall 朱利安Wollbrett 自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成
BgeeDB 朱利安Wollbrett,朱利安面粉糊,安德里亚·Komljenovic弗雷德里克·巴斯蒂安· 从数据库Bgee注释和基因表达数据检索。TopAnat,解剖实体浓缩UBERON本体的分析工具
BGmix 亚历克斯·列文 贝叶斯模型微分基因表达
bgx 欧内斯特Turro 贝叶斯基因表达
六氯 丰富的野蛮 贝叶斯层次聚类
BicARE 皮埃尔Gestraud Biclustering分析和探索的结果
BiFET Ahrim梦想 偏离的足迹浓缩试验
BiGGR 阿南德•k•Gavai Hannes Hettling 基于约束的建模在R使用代谢重建数据库
bigmelon 泰勒j . Gorrie-Stone Illumina公司甲基化数组分析大型实验
bigmemoryExtras 彼得·m·哈 bigmemory的扩展包添加了安全,方便,和类的一个因素
bigPint 林赛·拉特 大的多元数据绘制交互
bioassayR 丹妮拉Cassol Cross-target小分子生物活性的分析
Biobase Bioconductor包维护者 Bioconductor Biobase:基函数
biobroom 约翰·d·层和安德鲁j .鲈鱼 把Bioconductor对象变成整洁的数据帧
biobtreeR 温和的电流的 使用biobtree工具从R
bioCancer 卡里姆Mezhoud 交互式Multi-Omics癌症数据可视化和分析
BiocCaseStudies Bioconductor包维护者 BiocCaseStudies:支持案例研究专著
BiocCheck Bioconductor包维护者 Bioconductor-specific包检查
BiocDockerManager Bioconductor包维护者 访问Bioconductor码头工人的图片
BiocFileCache Lori牧羊人 跨会话管理文件
BiocGenerics Bioconductor包维护者 S4 Bioconductor中使用的通用函数
biocGraph Florian Hahne 在生物信息学和用例图示例
BiocIO Bioconductor包维护者 标准输入和输出Bioconductor包
BiocNeighbors 亚伦Lun 最近邻检测Bioconductor包
BiocOncoTK VJ凯里 Bioconductor组件一般癌症基因组学
BioCor Lluis里维拉桑丘 功能相似
BiocParallel Bioconductor包维护者 Bioconductor设施并行评估
BiocPkgTools 肖恩·戴维斯 简单的工具来学习Bioc包的集合
BiocSet 凯拉莫雷尔 代表不同的生物集
BiocSingular 亚伦Lun 奇异值分解为Bioconductor包
BiocSklearn VJ凯里 界面通过Rstudio python sklearn网状
BiocStyle Bioconductor包维护者 小插曲和其他Bioconductor文档的标准样式
biocthis 莱昂纳多Collado-Torres 自动化包装和项目设置Bioconductor包
BiocVersion Bioconductor包维护者 设置适当的版本Bioconductor包
biocViews Bioconductor包维护者 分类视图的R包存储库
BiocWorkflowTools 迈克•史密斯 工具来援助Bioconductor工作流软件包的开发
bioDist Bioconductor包维护者 不同距离的措施
biomaRt 迈克•史密斯 接口BioMart数据库(例如运用)
biomformat Paul j . McMurdie 一个接口包BIOM文件格式
BioMM Junfang陈 BioMM: Biological-informed多级机器学习框架表型预测使用的组学数据
BioMVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类
biomvRCNS 杨杜 拷贝数为多元生物数据研究和细分
生命网络 马库斯> 例程,生物网络的功能分析
BioNetStat 维尼Jardim 生物网络分析
BioQC 张Jitao大卫 检测组织异质性与基因表达谱集
BioSeqClass 李红 生物序列分类
biosigner 菲利普·里纳乌多艾蒂安Thevenot 从组学数据签名的发现
Biostrings h .页面 有效的生物操纵字符串
BioTIP 玉溪(Jennifer)太阳和X冬青Zhezhen Wang杨 BioTIP: R包的描述生物转折点
biotmle 尼玛赫亚兹 有针对性的学习与主持统计生物标志物的发现
biovizBase 迈克尔•劳伦斯 基因组数据的可视化的基本图形工具。
BiRewire 安德里亚·米兰球迷 高性能的例程的随机化两偶图(或二进制事件矩阵),无向图和直接签署了保护程度分布(或边际总数)
biscuiteer “雅各莫里森” 便利功能饼干
BiSeq 卡佳Hebestreit 处理和分析酸性亚硫酸盐测序数据
BitSeq Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis 转录表达推理和微分表达式为RNA-seq数据分析
blacksheepr RugglesLab 离群值分析两两差异比较
blima Vojtěch Kulvait 预处理和分析工具的Illumina公司微阵列探测器(珠)水平
BLMA 挂着阮 BLMA:双层的荟萃分析的方案
咆哮 亚伦Lun 聚类算法Bioconductor
bnbc 腌鱼Fletez-Brant Bandwise正常化和批处理高c数据的修正
BPRMeth Chantriolnt-Andreas Kapourani 模型高阶甲基化的概要文件
大脑 彼得亚雷Dittwald 令人困惑的同位素分布计算的递归算法
brainflowprobes 阿曼达价格 情节和注释选择BrainFlow目标探针序列
BrainSABER 美元生物医学工程 大脑跨度Atlas Biobase Expressionset R工具集
BrainStars Itoshi NIKAIDO 查询基因表达数据和情节BrainStars (B *)
分歧点 贝丝信号 预测intronic拼接分歧点
breakpointR 大卫Porubsky 在Strand-seq找到断点数据
brendaDb 易周 布伦达酶数据库
BRGenomics 迈克DeBerardine 高分辨率的基因组数据的有效分析工具
拉斐尔Gottardo 贝叶斯强劲的推理微分基因表达
BridgeDbR 大多Willighagen 代码使用BridgeDb标识符映射框架在R
BrowserViz 保罗·香农 BrowserViz:交互式R /浏览器的图形使用websockets和JSON
BSgenome h .页面 软件基础设施的有效表示完整的基因组及其单核苷酸多态性
bsseq Kasper丹尼尔·汉森 分析、管理和存储重亚硫酸盐测序数据
BubbleTree 托德有折痕的,魏朱 BubbleTree:一个直观的可视化来阐明tumoral异倍性和单克隆体镶嵌性使用新一代测序数据
BufferedMatrix 本Bolstad 一个矩阵数据存储对象保存在临时文件
BufferedMatrixMethods 本Bolstad 微阵列数据相关的方法,形式美而言BufferedMatrix对象
BUMHMM Alina Selega 计算管道计算概率结构探测实验数据的修改
bumphunter 拉斐尔·a·伊 撞猎人
公共汽车 远华刘 基因网络的重建
BUScorrect 象屿罗 批处理影响校正与未知的亚型
BUSpaRse λ摩西 kallisto | bustools R公用事业
咖啡馆 桑德博伦 Chromosmal畸变仪在表达数据
CAGEfightR 马尔特Thodberg 上限分析基因表达的分析使用Bioconductor(笼)数据
篮球选手 Vanja Haberle查尔斯•普莱西一Baranasic, Sarvesh Nikumbh 基因表达的分析笼(Cap分析)测序数据转录起始点的精确映射和promoterome挖掘
平静 库恩梁 协变量协助大规模的多个测试
相机 史蒂芬诺依曼 质谱数据的收集相关的注释方法
癌症 卡里姆Mezhoud 一个图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据
cancerclass 丹尼尔Kosztyla 从高维分子诊断测试的开发和验证数据
CancerInSilico 托马斯·d·谢尔曼伊j .多数 一个R界面肿瘤恶化的计算模型
CancerMutationAnalysis Simina m·博卡 癌症突变分析
CancerSubtypes Taosheng徐 癌症亚型识别、验证和基于多个基因数据集的可视化
萤石 凯特琳麦克休 执行染色体血统的差异(萤石)分析
caOmicsV 亨利张 癌症基因组学将高维数据可视化
红衣主教 凯莉Bemis a . 统计分析的质谱影像工具箱
狂欢节 Enio Gjerga 网络识别因果推理工具(从基因表达数据)使用整数值编程
卡斯珀 大卫Rossell 描述基于Paired-End可变剪接的读取
催化剂 海伦娜·l·克罗威尔 血细胞计数数据分析工具
类别 Bioconductor包维护者 类别分析
categoryCompare 罗伯特·m·飞行 荟萃分析的高通量实验使用功能注释
CausalR 格林•布拉德利史蒂文巴雷特 因果网络分析方法
cbaf 阿尔曼Shahrisa 自动化功能比较各种使数据从cbioportal.org
cBioPortalData 马塞尔·拉莫斯 公开,使数据从cBioPortal web资源
ccfindR 小君吸引 癌症克隆仪
ccmap 亚历克斯·皮克林 组合连接映射
CCPROMISE 学苑曹 承诺与典型相关分析两种形式的高维基因数据
ccrepe 艾玛Schwager,克雷格·乔治Weingart ccrepe_and_nc.score
celaref 莎拉·威廉姆斯 单细胞RNAseq细胞集群通过引用标签
celda 约书亚·坎贝尔 细胞潜在狄利克雷分配
CellaRepertorium 安德鲁McDavid 数据结构、集群和检测单个细胞免疫受体体验(scRNAseq RepSeq / AIRR-seq)
cellbaseR 穆罕默德OE阿卜杜拉 从网络高性能Cellbase查询注释数据
CellBench Shian苏 单细胞分析方法建立基准
cellHTS2 约瑟夫·巴里 分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本
cellity Tomislav Ilicic 为单细胞RNA-seq数据质量控制
CellMapper 布拉德那里提取 预测基因选择性表达在特定的细胞类型
CellMixS Almut Lutge 评估Cellspecific混合
CellNOptR A.Gabor 培训使用先验知识网络的信号网络的布尔逻辑模型和扰动数据
cellscape 玛雅史密斯 探讨单细胞拷贝数的上下文中概要树一个细胞
CellScore 南希Mah 从转录资料工具评估细胞的身份
CellTrails 丹尼尔Ellwanger 重建、可视化和分析分支轨迹
cellTree 大卫duVerle 推理和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构
CEMiTool 举行Nakaya Co-expression模块识别工具
ceRNAnetsim Selcen Ari Yuka 监管模拟器microrna的之间的互动和竞争rna(龙头)
CeTF 卡洛斯·阿尔贝托·奥利维拉·德·比亚吉 Coexpression使用监管影响因子和转录因子偏相关和信息理论分析
CexoR 佩德罗情歌 R包发现高分辨率protein-DNA交互ChIP-exo复制
CFAssay 赫伯特Braselmann 集落形成试验的统计分析
cfDNAPro Haichao王 这个包可以描述和想象全基因组测序数据从液体活检
CGEN 威廉-惠勒 R包遗传流行病学病例对照分析研究
CGHbase 马克•范由 CGHbase:基函数和类arrayCGH数据分析。
CGHcall 马克•范由 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。
cghMCR j .张 发现染色体区域显示共同收益/损失
CGHnormaliter 巴特P.P. van Houte 正常化全息阵列数据与不平衡的畸变。
CGHregions 会发生Vosse 全息阵列数据的降维以最少的信息丢失。
冠军 元田 甲基化芯片分析管道Illumina公司HumanMethylation450和史诗
负责 本杰明·梅恩 费用:染色体R基因表达数据的评估
ChemmineOB 托马斯Girke R接口OpenBabel功能的一个子集
ChemmineR 托马斯Girke Cheminformatics R的工具包
印度豹 Jurrian德坎特 快速和准确scRNA-seq细胞类型识别
别致的 卡门·玛丽亚Livi 质量控制管道ChIP-Seq数据
芝加哥 米哈伊尔·Spivakov 芝加哥:捕捉高c基因组组织的分析
嵌合体 拉斐尔一Calogero 一个包融合产品的二次分析
chimeraviz Stian Lagstad 基因融合的可视化工具
ChIPanalyser 帕特里克·c。马丁 ChIPanalyser:预测转录因子结合位点
ChIPComp 李陈 定量的比较多个ChIP-seq数据集
chipenrich 雷蒙德·g·Cavalcante 基因集富集ChIP-seq峰值数据
ChIPexoQual 雷内·韦尔奇 ChIPexoQual
ChIPpeakAnno Jianhong Ou,丽华朱莉朱 批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围
ChIPQC 汤姆·卡罗尔Rory明显 ChIPseq数据质量指标
ChIPseeker Guangchuang余 ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化
chipseq Bioconductor包维护者 为分析chipseq chipseq:一个包的数据
ChIPseqR 彼得汉保格 高通量测序数据中识别蛋白质结合位点
ChIPSeqSpike 尼古拉斯Descostes ChIP-Seq数据比例根据激增的控制
ChIPsim 彼得汉保格 模拟ChIP-seq实验
ChIPXpress 乔治·吴 ChIPXpress:增强目标基因转录因子识别从ChIP-seq ChIP-chip使用公开的基因表达谱数据
筷子 Hin-Tak梁 “snp。矩阵”和“X.snp。矩阵的类
chromDraw Jan Janecka chromDraw R包图纸方案的分析在线性和循环的方式。
ChromHeatMap 蒂姆·f·雷纳 热量由基因组地图绘制坐标
chromPlot 凯伦y Orostica 全球基因组数据的可视化工具
ChromSCape Pacome Prompsy 单细胞分析表观基因组学数据集与闪亮的应用
chromstaR 亚伦Taudt 组合和微分ChIP-Seq染色质状态分析数据
chromswitch 《杰莎 R包检测染色质状态开关从外遗传性数据
chromVAR 艾丽西亚Schep 染色质的变化各地区
CHRONOS 帕诺斯Balomenos 克罗诺斯以一条时变方法:microRNA-mediated sub-pathway富集分析
西塞罗 汉娜多段线 Precict cis-co-accessibility从单细胞染色质易访问性数据
CINdex 看门人尤里卡 染色体不稳定指数
circRNAprofiler 西蒙娜Aufiero circRNAprofiler: R-Based计算圆形rna的下游分析框架
cisPath Likun王 蛋白质相互作用网络的可视化管理。
CiteFuse Yingxin林 CiteFuse: CITE-seq数据的综合分析
ClassifyR 达里奥Strbenac 框架旨在分类问题,应用微分可变性和微分分布测试
cleanUpdTSeq Jianhong欧;利华国际朱莉朱 这个包分类假定的聚腺苷酸化网站为真或假/内部oligodT影射
切肉刀 塞巴斯蒂安·吉布 劈理的多肽序列
clippda Stephen Nyangoma 为临床蛋白质组分析数据分析包
限幅器 保罗•马提尼 基因集拓扑分析利用途径
cliqueMS Oriol Senan坎波斯 注释的同位素,加合物和碎片将LC / MS代谢组学数据的加合物
Clomial Habil Zare 推断克隆肿瘤的成分
单克隆 Irina Ostrovnaya 单克隆测试
clonotypeR 查尔斯·普莱西 高通量分析T细胞抗原受体序列
诺亚·霍夫曼 由当地相似性阈值分类
clstutils 诺亚·霍夫曼 工具来执行分类任务。
CluMSID 托拜厄斯Depke 集群的代谢物鉴定一份光谱
clustComp 奥罗拉多浪迪警官 聚类比较包
clusterExperiment 伊丽莎白Purdom 单细胞测序比较聚类
ClusterJudge Adrian Pasculescu 判断质量的集群使用互信息的方法
clusterProfiler Guangchuang余 统计分析和可视化的基因和基因的功能配置集群
clusterSeq 托马斯·Hardcastle 高通量测序数据的聚类识别co-expression模式
ClusterSignificance 杰森T、 ClusterSignificance包提供了一些工具来评估如果类集群在维数降低数据表示有分离不同交换数据
clusterStab 詹姆斯·w·麦克唐纳 计算集群稳定微阵列数据的分数
clustifyr 瑞福 分类器使用细胞单细胞RNA-seq集群
CMA 罗马霍农 合成芯片的分类
cmapR 泰德Natoli 在R提出工具
cn.farms Andreas Mitterecker cn。农场——因子分析拷贝数的估计
cn.mops Gundula Povysil cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data
CNAnorm 斯特凡诺拜里 拷贝数差的归一化法癌症样本
cn 通用电气谭 CNE检测和可视化
CNORdt 答:业务 附加CellNOptR:离散时间治疗
CNORfeeder E.Gjerga 整合CellNOptR添加缺失的链接
CNORfuzzy t . Cokelaer 插件CellNOptR:模糊逻辑
CNORode Enio Gjerga ODE附加到CellNOptR
CNTools j .张 段数据转换成一个地区样本矩阵,以便其他高水平的计算分析。
CNVfilteR 何塞·马科斯Moreno-Cabrera 识别假阳性的CNV调用工具通过使用SNV调用
cnvGSA 约瑟夫·卢戈 基因集合(罕见)拷贝数变异的分析
CNVPanelizer 托马斯•沃尔夫 可靠的CNV检测目标排序的应用程序
CNVRanger 路德维希Geistlinger 总结和表达/表型CNV协会的范围
CNVrd2 黄平君Tan阮 CNVrd2:读地方法来检测和基因型复杂从下一代测序数据常见的拷贝数变异。
CNVtools 克里斯·巴恩斯 一个包来测试遗传协会CNV数据
CoCiteStats Bioconductor包维护者 基于co-citation不同的测试数据。
可可 约翰·劳森 协调相关变异分析
codelink 迭戈Diez Codelink微阵列数据的操作
食典委 江刘宇超(音) 标准化和拷贝数变异检测方法全外显子组测序
coexnet 胡安大卫Henao coexnet: R包来构建CO-EXpression从微阵列数据网络
CoGAPS 伊莱娜·j .多数时候,托马斯·d·谢尔曼,梅勒妮l .不情愿 协调基因活动模式集
cogena Zhilong贾 中的基因片段的富集分析
coGPS 迎迎魏 癌症基因异常资料集
COHCAP 查尔斯·沃登 CpG岛分析管道Illumina公司甲基化数组和有针对性的BS-Seq数据
可乐 Zuguang顾 一个共识分区的框架
结合 尤里斯最大经济产量 组成的组学基于模型的可视化集成
彗星 Tiphaine马丁 彗星:可视化区域epigenome-wide协会扫描(ewa)结果和DNA co-methylation模式
compartmap 本杰明•约翰逊 A / B室从ATAC-seq和甲基化数组数据推理
指南针 格雷格Finak 单个细胞的组合多官能度分析
compcodeR 夏洛特Soneson RNAseq数据模拟、微分表达式分析和微分表达式方法的性能比较
compEpiTools 卡马尔•基 工具计算表观基因组学
CompGO 阿什利·j·Waardenberg R管道请全部文件注释,比较词浓缩之间基因集和数据可视化
ComplexHeatmap Zuguang顾 使复杂的热图
承认 戴安娜低 细胞排序的荧光信号
共识 Tim Peters 跨平台的共识的基因组分析测量通过多个实验室的测试方法
ConsensusClusterPlus 马特·威尔克森 ConsensusClusterPlus
consensusDE 阿什利·j·Waardenberg 使用多个RNA-seq分析算法
consensusOV 本杰明Haibe-Kains 高档浆液性卵巢癌的基因亚型分类
consensusSeekeR 阿斯特丽德Deschenes 共识的检测区域内的一组经验使用基因位置和基因组范围
contiBAIT 基兰奥尼尔 提高早期使用Strand-Seq数据构建基因组装配
conumee Volker Hovestadt 增强人类基因组变异分析使用Illumina公司DNA甲基化数组
转换 绮华(Jean) 微阵列数据转换对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 函数来执行癌症离群值剖面分析。
copynumber Gro流行病学 分割单和多轨拷贝数的数据通过惩罚最小二乘回归。
CopyNumberPlots Bernat凝胶 使用karyoploteR功能创建人类的阴谋
文案 奥斯卡Krijgsman 从目标是使用不相干的读取的序列拷贝数信息
警戒线 Anamaria Elek 密码子使用基因表达性的分析和预测
CoRegFlux 波林Trebulle和穆罕默德Elati CoRegFlux
CoRegNet 雷米总 CoRegNet: co-regulatory网络的重建和综合分析
CoreGx 本杰明Haibe-Kains 类和函数作为其他Gx的包的基础
Cormotif 迎迎魏 相关主题适合
CorMut 振鹏李 基于选择压力检测相关的突变
科拉尔 劳伦许 为单细胞数据对应分析
CORREP Dongxiao朱 多变量相关性估计和统计推断过程。
coseq 安德里亚·劳 Co-Expression测序数据的分析
cosmiq 大卫•菲舍尔 cosmiq——结合单质量数量
COSNet 马可Frasca 成本敏感的网络节点标签预测与高度不平衡图的标号
CountClust 库什戴伊 集群使用会员等级和可视化RNA-Seq表达数据模型
countsimQC 夏洛特Soneson 比较统计数据集的特征
covEB c . Pacini 经验贝叶斯估计的块对角协方差矩阵
CoverageView 埃内斯托•罗伊 覆盖率R可视化方案
covRNA 劳拉的城市 转录组数据的多变量分析
cpvSNP 凯特琳麦克休 基因SNP协会建立分析方法假定值位于基因在特定基因集
cqn Kasper丹尼尔·汉森 条件分位数正常化
CRImage Henrik Failmezger,茵茵元 CRImage包分类细胞和肿瘤细胞结构计算
CRISPRseek 利华国际朱莉朱 设计有针对性的指导在CRISPR-Cas9 rna,基因编辑系统
crisprseekplus 高山Kucukural crisprseekplus
CrispRVariants 海伦林赛 计算工具和想象突变在目标位置
crlmm 罗伯特•Scharpf Benilton卡瓦略,马特·里奇 基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组
CrossICC 于太阳 一个交互式共识集群多平台数据分析框架
crossmeta 亚历克斯·皮克林 跨平台的微阵列数据的荟萃分析
CSAR Jose M Muino ChIP-seq数据的分析统计工具
csaw 亚伦Lun 与Windows ChIP-Seq分析
CSSP 钱德勒左 ChIP-Seq统计能力
CSSQ 风扇在乔治亚理工学院的实验室 Chip-seq信号量词管道
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
ctgGEM 美元生物医学工程 生成树层次结构从基因表达数据可视化
cTRAP 努诺·Saraiva-Agostinho 识别候选人从微分因果扰动基因表达数据
ctsGE 米甲Sharabi-Schwager 时间序列基因表达数据的聚类
腰带 忠诚的a·高夫 分析、勘探、操纵和袖扣高通量测序数据的可视化。
customCMPdb 玉柱段 定制复合注释数据库和查询
customProDB 小菁王薄温 从门店数据生成定制的蛋白质数据库,重点RNA-Seq数据,为蛋白质组学搜索
周期 马提亚Futschik 周期性的表达模式在时间序列数据的重要性
cydar 亚伦Lun 使用质量血细胞计数微分丰度分析
CytoDx Zicheng胡 鲁棒预测临床结果没有细胞控制使用血细胞计数数据
cytofast ·斯塔姆 cytofast——快速CyTOF数据可视化和分析工具
cytolib 迈克江,杰克瓦格纳 c++基础设施与封闭的交互为代表和血细胞计数数据
cytomapper 尼尔斯·咨询 高R中的多路图像数据的可视化
CytoML 迈克江,杰克瓦格纳 一个跨平台的血细胞计数GatingML接口数据共享
CytoTree 个戴 和大众血细胞计数数据流的工具包
dada2 本杰明·卡拉汉 从扩增子测序数据准确、高分辨率样本推断
dagLogo Jianhong欧 dagLogo: Bioconductor包可视化保守氨基酸序列模式组织基于概率理论
daMA Jobst Landgrebe 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据
DAMEfinder Stephany Orjuela 发现美女——微分等位基因的甲基化区域
DaMiRseq Mattia基 数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类
DAPAR 撒母耳Wieczorek 工具的微分分析蛋白质丰度与R
飞镖 查尔斯运输郑 基于相关性去噪算法网络拓扑
dasper 大卫·张 检测从RNA-sequencing abberant剪接事件数据
DBChIP 库恩梁 微分绑定ChIP-seq的转录因子
dcanr Dharmesh d Bhuva 微分co-expression /协会网络分析
dcGSA Jiehuan太阳 基于Distance-correlation基因为纵向基因表达谱分析
ddCt 张Jitao大卫 ddCt算法分析定量实时PCR(存在)
ddPCRclust Benedikt g .边缘 ddPCR数据聚类算法
dearseq 鲍里斯·p·Hejblum 通过一个健壮的微分表达式分析RNA-seq数据方差组件测试
debCAM 露露陈 反褶积凸分析的混合物
debrowser 高山Kucukural 互动的微分表达式的值分析浏览器
解读 埃里克·赖特 工具进行管理、分析和操纵生物序列
德科 旧金山何塞·坎波斯Laborie 分解异构军团使用使数据分析
DEComplexDisease “孟 差异表达分析的工具和基于度的调查由bi-clustering分析复杂疾病
decompTumor2Sig 罗萨里奥·m·Piro 分解的个体肿瘤突变签名,签名改装
DeconRNASeq Ting龚 反褶积mRNA-Seq异构组织样本的数据
decontam 本杰明·卡拉汉 识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据
位深蓝 费利佩•阿尔布雷特,马库斯列表 位深蓝
deepSNV 莫里茨Gerstung 检测subclonal SNVs深度测序数据。
反编排 Andrzej Oleś 差异基因表达数据格式转换器
DegNorm 中正大学王 DegNorm:退化为RNA-seq数据规范化
DEGraph 洛朗•雅各布 两个示例测试图
DEGreport 曾淡水沼泽 度分析的报告
DEGseq Likun王 从RNA-seq数据识别差异表达基因
DelayedArray Herve页面 一个统一的框架工作透明的磁盘和内存中的数组类数据集
DelayedDataFrame 钱氏 延迟操作DataFrame使用标准DataFrame隐喻
DelayedMatrixStats 彼得希 功能适用于“DelayedMatrix”对象的行和列
deltaCaptureC 迈克尔·夏皮罗 这个包从3 c数据发现中尺度染色质重塑
deltaGseg 戴安娜低 deltaGseg
需求 荣格胡恩哇,马里亚诺·阿尔瓦雷斯 需求
DeMixT 彭Shaolong曹,杨 细胞特定类型反褶积的异构肿瘤样本与两个或三个组件使用表达式RNAseq或微阵列平台的数据
densvis 艾伦·奥卡拉汉 通过非线性降维Density-Preserving数据可视化
阿恩史密特 微分浓缩蛋白质组学数据的分析
服饰 Jakob Theorell 重要表型测定元素的集群在高维的实体
DEqMS Yafeng朱 一个工具来执行统计分析蛋白质差异表达的定量蛋白质组学数据。
derfinder 莱昂纳多Collado-Torres Annotation-agnostic微分表达式分析RNA-seq数据分辨率碱基对通过DER查找器方法
derfinderHelper 莱昂纳多Collado-Torres derfinder辅助包
derfinderPlot 莱昂纳多Collado-Torres 绘图函数derfinder
DEScan2 达里奥Righelli 微分浓缩扫描2
DESeq 西蒙•安德斯 差异基因表达分析基于负二项分布
DESeq2 迈克尔的爱 差异基因表达分析基于负二项分布
DEsingle 逸苗 DEsingle检测单细胞RNA-seq数据三种类型的微分表达式
命运 菲利普·安格勒 创建扩散地图
DEsubs Aristidis g . Vrahatis帕诺斯Balomenos DEsubs: R方案灵活的识别差异表达subpathways使用RNA-seq表达实验
DEWSeq 生物信息学小组Hentze 基于负二项分布的微分表示Windows
DEXSeq 亚历杭德罗雷耶斯 推理RNA-Seq微分外显子的使用
dexus 京特·Klambauer DEXUS——确定微分表达式RNA-Seq研究未知条件或没有复制
DFP 罗德里戈Alvarez-Glez 基因选择
DIAlignR Shubham古普塔 基于动态规划的一致性一色谱
DiffBind 罗里斯塔克 微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析
diffcoexp Wenbin魏 微分Co-expression分析
diffcyt 卢卡斯·m·韦伯 通过高分辨率的集群在高维微分发现血细胞计数
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 执行差异基因表达分析
diffHic 亚伦Lun 微分Analyis高c数据
DiffLogo •Treutler DiffLogo:比较biooligomer图案的可视化
diffloop 迦勒Lareau 确定微分循环从染色质DNA拓扑数据
diffuStats 塞吉奥Picart-Armada 扩散分数生物网络
diggit 马里亚诺·J阿尔瓦雷斯 推理驱动细胞表型的遗传变异
导演 凯瑟琳Icay 一个动态多级数据的可视化工具
DirichletMultinomial 马丁•摩根 Dirichlet-Multinomial混合微生物组数据的机器学习模型
不和谐的 夏洛特Siska 不和谐的方法:微分相关的新方法
DiscoRhythm 马修·卡卢奇 交互式工作流发现韵律性的生物数据
截然不同的 西蒙Tiberi 不同:微分分析方法通过分层排列测试
dittoSeq 丹尼尔Bunis 用户友好的单细胞和散装RNA序列可视化
散度 Wikum Dinalankara,路易吉马尔基奥尼 分歧:评估功能组学数据差异对一个基准
dk 杰弗里·t .韭菜 双Kolmogorov-Smirnov方案评估多个测试程序。
DMCFB Farhad Shokoohi 不同甲基胞核嘧啶通过贝叶斯功能的方法
DMCHMM Farhad Shokoohi 不同甲基化CpG使用隐马尔科夫模型
DMRcaller 尼古拉·拉Zabet 调用者差异甲基化区域
DMRcate Tim Peters 甲基化数组和测序空间分析方法
DMRforPairs 马丁Rijlaarsdam DMRforPairs:确定独特的样本之间的差异甲基化区域使用基于数组的甲基化配置文件
DMRScan 基督教M页面 检测差异甲基化区域
dmrseq 基冈Korthauer 检测和推理亚硫酸氢全基因组测序的差异甲基化区域
DNABarcodeCompatibility 席琳Trebeau 优化的工具组合的DNA条形码用于多路复用下一代测序实验平台
DNABarcodes Tilo Buschmann 一个工具用于创建和分析DNA条形码用于下一代测序多路复用实验
DNAcopy 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 DNA拷贝数的数据分析
DNAshapeR Tsu-Pei赵 高通量预测DNA的形状特征
DominoEffect Marija Buljan,彼得Blattmann 识别和注释的蛋白质热点残基
doppelgangR 李维沃尔德伦 识别可能重复样本基因或元数据
Doscheda 布鲁诺Contrino 下游Chemo-Proteomics分析管道
剂量 Guangchuang余 疾病本体语义和富集分析
定量给料器 ake.vastermark 定量给料器
dpeak 东峻涌 dPeak(反褶积的山峰ChIP-seq分析)
drawProteins 保罗•布伦南 蛋白质包画图表从Uniprot API输出
DRIMSeq 马格达雷娜Nowicka 微分记录使用和tuQTL分析RNA-seq Dirichlet-multinomial模型
DriverNet Jiarui叮 Drivernet:揭示体细胞驱动突变调节转录网络在癌症
DropletUtils 亚伦Lun 实用程序来处理单细胞滴数据
DrugVsDisease j。Saez-Rodriguez 疾病和药物的比较资料使用基因集富集分析
DSS 吴皓郝,冯 测序数据的分散收缩
DTA Bjoern Schwalb 动态转录组分析
dualKS Eric j . Kort Yarong杨 双重KS判别分析和分类
沙丘 赫克托耳Roux de Bezieux 改善单细胞RNA-Seq复现性细胞类型的发现
dupRadar 塞尔吉Sayols Holger克莱因 对RNA-Seq重复率的评估数据集
dyebias 菲利普Lijnzaad GASSCO方法为纠正slide-dependent gene-specific染料的偏见
DynDoc Bioconductor包维护者 动态文档工具
EasyqpcR 勒佩普Sylvain EasyqpcR低吞吐量实时定量PCR数据分析
easyreporting 达里奥Righelli 为提高可再生的计算研究有助于创建报告
easyRNASeq 尼古拉斯Delhomme 数为RNA-Seq数据汇总和规范化
EBarrays 明元 统一的方法同时基因集群和微分表达式识别
EBcoexpress 约翰·a·道森 EBcoexpress微分Co-Expression分析
EBImage Andrzej Oleś 图像处理与分析工具箱为R
EBSEA 阿尔发Mehmood 基于外显子基因表达分析的策略
EBSeq 宁愣了 R包基因和同种型微分表达式RNA-seq数据的分析
EBSeqHMM 宁愣了 贝叶斯分析识别基因或同种型表达的变化要求RNA-seq实验
ecolitk Laurent Gautier 元数据和工具为大肠杆菌
EDASeq 大卫。Risso 探索性数据分析和RNA-Seq正常化
埃达 贾Kuan回族伯顿Niranjan纳 实验设计在微分丰度分析
边缘 约翰·d·层,安德鲁j .鲈鱼 基因差异表达的提取
刨边机 陈Yunshun戈登•史密斯亚伦Lun,马克·罗宾逊 数字在R基因表达数据的实证分析
eegc 小袁周 基因工程评价的分类(eegc)
天哪 莎拉Ballouz 延长牵连的学位
EGSEA 妈Alhamdoosh 合奏的基因集富集分析
eiR 托马斯Girke 加速相似性搜索的小分子
eisa 伽柏Csardi 通过迭代签名算法表达数据分析
eisaR 迈克尔·施 在R Exon-Intron分裂分析(EISA)
格雷厄姆•Alvare祥立 手肘——评估褶皱变化分对数的方式
埃尔默 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 推断监管元素使用癌症Methylomes风景和转录因子网络
EMDomics Sadhika Malladi和丹尼尔Schmolze 挖土机微分分析基因组数据的距离
EmpiricalBrownsMethod 大卫·吉布斯 使用布朗的方法将从依赖假定值测试
ENCODExplorer 查尔斯·乔利Beauparlant 一个编译的编码元数据
EnhancedVolcano 凯文Blighe Publication-ready火山地块与增强色彩和标签
EnMCB 鑫昱 基于甲基化预测疾病进展相关的块使用整体模型
ENmix Zongli徐 质量控制和分析工具Illumina公司DNA甲基化BeadChip
EnrichedHeatmap Zuguang顾 使丰富的热图
EnrichmentBrowser 路德维希Geistlinger 无缝导航结合基于集合的结果和基于网络的富集分析
enrichplot Guangchuang余 可视化功能富集的结果
enrichTF 郑魏 转录因子浓缩分析
ensembldb 约翰内斯Rainer 实用工具来创建和使用Ensembl-based注释数据库
ensemblVEP Bioconductor包维护者 R接口运用变异效果预测
ENVISIONQuery 亚历克斯Lisovich,罗杰 检索从设想生物信息学数据门户到R
EpiDISH 运输代理c .郑 表观遗传解剖Intra-Sample-Heterogeneity
epigenomix 汉斯克莱因 表观遗传和基因转录与混合模型数据标准化和集成
epihet 晓文陈 从酸性亚硫酸盐测序数据确定表观遗传异质性
epiNEM 马丁Pirkl epiNEM
EpiTxDb Felix通用恩斯特 存储和访问使用AnnotationDbi epitranscriptomic信息界面
epivizr 赫克托耳Corrada布拉沃 R接口epiviz web应用程序
epivizrChart 赫克托耳Corrada布拉沃 R epiviz web组件的接口
epivizrData 赫克托耳Corrada布拉沃 数据管理API epiviz交互式可视化应用
epivizrServer 赫克托耳Corrada布拉沃 WebSocket服务器基础设施epivizr应用程序和包
epivizrStandalone 赫克托耳Corrada布拉沃 在R运行Epiviz互动基因组数据可视化应用
erccdashboard 莎拉·芒罗 评估差与ERCC控制基因表达的实验
erma VJ凯里 外遗传性路线图冒险
ERSSA Zixuan邵 实证RNA-seq样本容量分析
esATAC 郑魏 一个易于使用的系统管道ATACseq数据分析
逃避 尼克Borcherding 简单的单细胞分析平台进行浓缩
esetVis 罗兰Cougnaud 的可视化expressionSet Bioconductor对象
eudysbiome 小袁周 笛卡尔的情节和应急测试16 s微生物数据
evaluomeR 何塞·安东尼奥·Bernabe-Diaz 生物信息学评价指标
EventPointer 胡安-帕布鲁罗梅罗 可变剪接事件使用结阵列的有效识别和RNA-Seq数据
ExCluster r·马修·坦纳 ExCluster强劲检测差异表达之间的外显子RNA-seq数据的两个条件,要求至少两个独立的生物复制/条件
ExiMiR Sylvain Gubian R功能正常化Exiqon microrna的数组数据
exomeCopy 迈克尔的爱 拷贝数变异检测从外显子组测序深度阅读
exomePeak2 魏甄 偏见和量化呼吁MeRIP-Seq峰值
ExperimentHub Bioconductor包维护者 客户端访问ExperimentHub资源
ExperimentHubData Bioconductor包维护者 添加资源ExperimentHub
ExperimentSubset Irzam Sarfraz 管理与Bioconductor实验对象的数据子集
explorase 迈克尔•劳伦斯 探索性数据分析的GUI系统生物学数据
ExploreModelMatrix 夏洛特Soneson 图形设计矩阵的探索
ExpressionAtlas 哈姆·默罕默德 阿特拉斯从EMBL-EBI下载数据集表达式
ExpressionView 伽柏Csardi 可视化biclusters中确定的基因表达数据
fabia。 Andreas Mitterecker Bicluster收购FABIA:因子分析
factDesign 丹尼斯Scholtens 的阶乘设计微阵列实验分析
FamAgg 约翰内斯Rainer 谱系分析和家族聚集性
famat 艾米莉Secherre 功能分析的代谢和转录组数据
农场 Djork-Arne Clevert 农场——因子分析健壮的微阵列总结
fastLiquidAssociation 蒂娜甘德森 功能基因组的应用液体协会
FastqCleaner 莱安德罗拱形门 闪亮的申请质量控制、过滤和修剪FASTQ文件
fastseg 京特·Klambauer fastseg——快速分割算法
FCBF 蒂亚戈Lubiana 基于快速相关特征选择的过滤器
fCCAC 佩德罗情歌 功能的典型相关分析来评估核酸测序数据集之间的协方差
fCI Shaojun唐 f-divergence截止指数差异表达分析在转录组和蛋白质组学
fcoex 蒂亚戈Lubiana FCBF-based Co-Expression网络对单个细胞
fcScan 皮埃尔Khoueiry阿卜杜拉El-Kurdi fcScan坐标检测集群与用户定义的选项
fdrame 有效率切尼克斯贝格 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME)
小伙子 塞吉奥Picart-Armada 代谢组学数据的解释和浓缩
ffpe 李维沃尔德伦 FFPE芯片表达数据的质量评价和控制
FGNet 莎拉Aibar 功能基因网络来源于生物富集分析
fgsea Alexey Sergushichev 快速基因集富集分析
FilterFFPE 拉妮魏 FFPE人工嵌合读为门店数据过滤
FindMyFriends 托马斯·彼得森林 微生物比较基因组学在R
FISHalyseR 卡雷什Arunakirinathan安德烈Heindl FISHalyseR自动化鱼量化的方案
鱼池 迈克尔的爱 鱼池:微分成绩单和基因表达与推理复制
FitHiC Ruyu谭 信心估计intra-chromosomal接触地图
flagme 马克·罗宾逊Riccardo Romoli 代谢组学分析GC / MS数据
flowAI 詹尼·摩纳哥 流式细胞仪自动和交互质量控制数据
flowBeads 尼古拉·Pontikos flowBeads:珠数据流分析
flowBin 基兰奥尼尔 结合多管的流式细胞仪数据装箱
flowcatchR 费德里科•马里尼 工具来分析体内显微镜成像数据集中在跟踪流动的血液细胞
flowCHIC 作者:Joachim舒曼 使用直方图分析流仪数据信息
flowCL 贾斯汀Meskas 的语义标签流仪细胞群
flowClean 腌鱼Fletez-Brant flowClean
flowClust 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 集群的流式细胞术
flowCore 迈克江,杰克瓦格纳 flowCore:流式细胞仪的基本结构数据
flowCut 贾斯汀Meskas 精密,准确自动删除异常事件和标记的文件基于时间和荧光分析
flowCyBar 约阿希姆舒曼 分析使用门流仪数据信息
flowDensity Mehrnoush马列 顺序流式细胞仪数据选通
flowFit 大卫。Rambaldi 估计在cell-tracking染料扩散研究
flowFP 草Holyst 指纹识别的流式细胞术
flowMap Chiaowen乔伊斯萧 在流式细胞仪的数据映射细胞群问询比较使用Friedman-Rafsky测试
flowMatch Ariful Azad 匹配和meta-clustering流式细胞术
flowMeans 尼玛Aghaeepour 非参数流式细胞仪数据选通
flowMerge 格雷格Finak 集群为流式细胞仪数据合并
flowPeaks Yongchao通用电气 R包流数据聚类
flowPloidy 泰勒史密斯 分析流式细胞分析仪数据来确定样本倍性
flowPlots n .霍金斯 flowPlots:封闭的流式细胞术分析情节和数据类数据
FlowRepositoryR 约瑟夫Spidlen FlowRepository R接口
FlowSOM 苏菲Van Gassen 使用自组织映射为可视化和血细胞计数数据的解释
flowSpecs Jakob Theorell 高维血细胞计数数据的工具进行处理
flowSpy 个戴 和大众血细胞计数数据流的工具包
flowStats 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 流式细胞仪数据的统计方法进行分析
flowTime r .粘土莱特 注释和分析生物动力系统使用流式细胞仪
flowTrans 格雷格Finak 流式细胞仪数据转换参数优化
flowType 尼玛Aghaeepour 表现型流式细胞术分析
flowUtils 约瑟夫Spidlen 公用事业的流式细胞术
flowViz 迈克江,杰克瓦格纳 可视化的流式细胞术
flowVS Ariful Azad 方差稳定流式细胞术(和微阵列)
flowWorkspace 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 基础设施代表与封闭的交互和闭塞的血细胞计数数据集。
fmcsR 托马斯Girke 不宽容的最大公共子结构检索
核磁共振 Farhad Shokoohi 变量选择有限尾回归和核磁共振的混合物
focalCall 奥斯卡Krijgsman 焦畸变检测DNA拷贝数的数据
FoldGO 丹尼尔Wiebe 包Fold-specific去识别
FourCSeq 迈克•史密斯 包分析4 c测序数据
弗雷泽 基督教莫特 发现罕见RNA-Seq剪接事件数据
frenchFISH 亚当•伯曼 泊松模型量化人类基因组DNA从鱼组织的图像部分
FRGEpistasis Futao张 上位分析量化特征的功能回归模型
frma 马修·n·考尔 冷冻RMA和条形码
frmaTools 马修·n·考尔 冷冻RMA工具
FScanR 小陈 从信使rna检测程序核糖体移码事件/ cDNA BLASTX输出
FunChIP 爱丽丝Parodi 集群和对齐的ChIP-Seq山峰根据他们的形状
FunciSNP 西蒙·g·Coetzee 集成功能的非编码数据集与识别候选基因关联研究监管snp
funtooNorm 凯瑟琳·克莱因 标准化程序英飞纳姆HumanMethylation450 BeadChip工具包
GA4GHclient Welliton Souza Bioconductor包访问GA4GH API数据服务器
GA4GHshiny Welliton Souza 闪亮的申请与GA4GH-based数据服务器交互
gaga 大卫Rossell GaGa层次模型为高通量数据分析
Weijun罗 一般适用于基因片段的浓缩途径分析
克里斯托弗·裸 R和群之间的广播数据
盖亚 美国摩根氏菌属 盖亚:R包基因组分析重要的染色体畸变。
GAPGOM Rezvan Ehsani GAPGOM(小说预测基因注释和其他指标)
GAprediction 乔恩·波林 预测的孕龄Illumina公司HumanMethylation450数据
加菲尔德 瓦伦蒂娜Iotchkova GWAS分析监管或功能信息浓缩与LD修正
空对空导弹 Mattia基 空对空导弹:遗传算法识别的健壮的高维变量的子集和具有挑战性的数据集
GateFinder 尼玛Aghaeepour Projection-based控制策略优化流程和质量血细胞计数
gcapc Mingxiang腾 GC调用者知道峰
gcatest 魏,约翰·d·层 基因型条件联想测验
gCrisprTools 罗素贝恩 套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析
gcrma z吴 背景调整使用序列信息
GCSConnection Jiefei王 创建R与谷歌云存储
GCSFilesystem Jiefei王 安装谷歌云桶到本地目录中
GCSscore 盖伊·m·哈里斯 微阵列分析GCSscore: R包Affymetrix /热费希尔数组
GDCRNATools 李Ruidong汉曲 GDCRNATools: R / Bioconductor方案综合分析lncRNA,信使rna, microrna的环球数码创意中的数据
GDSArray 钱氏 代表GDS类数组对象文件
gdsfmt Xiuwen郑 R接口CoreArray基因组数据结构(GDS)文件
宝石 香港锅 宝石:快速协会研究相互作用的基因,环境和甲基化
双子座 Sidharth耆那教徒的 双子座:变分推理方法来推断基因交互成对CRISPR屏幕
genArise 国际金融公司的开发团队 微阵列分析工具
genbankr 盖伯瑞尔贝克 解析基因库文件到语义上有用的对象
GeneAccord 阿丽亚娜l·摩尔 无性繁殖系地排斥基因的检测或通路对一群癌症患者
GeneAnswers Lei黄冯和帮派 综合解释基因
geneAttribution 亚瑟香肠 识别候选基因与基因变异有关
GeneBreak 翻转van den Broek 打破基因检测
geneClassifiers R柯伊伯 应用基因分类器
GeneExpressionSignature 李范,杨曹,陆汉族 基于基因表达特征的相似性度量
genefilter Bioconductor包维护者 genefilter:筛选基因高通量实验的方法
genefu 本杰明Haibe-Kains 计算在乳腺癌的基因表达式的签名
GeneGA 振鹏李 设计基于信使rna二级结构和基因密码子使用遗传算法使用偏差
GeneGeneInteR 马修艾米丽 工具测试基因基因在基因层面的交流
GeneMeta Bioconductor包维护者 MetaAnalysis为高通量实验
GeneNetworkBuilder Jianhong欧 GeneNetworkBuilder: bioconductor包构建监管网络使用ChIP-chip / ChIP-seq数据和基因表达数据
GeneOverlap Antnio米格尔·德·耶稣domingue大研究所细胞生物学和遗传学 测试和可视化基因重叠
geneplast 毛罗·卡斯特罗 进化和塑性分析同源组
geneplotter Bioconductor包维护者 图形为Bioconductor相关功能
geneRecommender 格雷格已经 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因
GeneRegionScan Lasse Folkersen GeneRegionScan
geneRxCluster 查尔斯·贝瑞 gRx微分集群
GeneSelectMMD Weiliang邱 基因选择基于基因资料的边际分布的特征是三分量的多元分布的混合物
《创世纪》 斯蒂芬妮·m·Gogarten 基因估计和推断结构样品(创世纪):统计方法分析基因的数据样本与人口结构和/或亲缘
GeneStructureTools 贝丝信号 拼接基因结构操作和分析的工具
geNetClassifier 莎拉Aibar 疾病分类和构建基因网络使用相关基因表达谱
GeneticsDesign R基因工程 功能设计遗传学研究
GeneticsPed 大卫·亨德森 血统和基因功能的关系
GeneTonic 费德里科•马里尼 喜欢分析和积分微分表达式的结果分析和功能富集分析
geneXtendeR 波丹Khomtchouk 优化的功能注释ChIP-seq数据
GENIE3 范·安Huynh-Thu 基因网络推理树的合奏
genoCN 魏太阳 基因分型和拷贝数的研究工具
GenoGAM Georg斯特里克 一个基于GAM ChIP-Seq数据的分析框架
genomation Katarzyna Wreczycka Altuna Akalin, Vedran因特网 基因组数据的摘要、注释和可视化
GenomeInfoDb Bioconductor包维护者 公用事业公司操纵染色体的名字,包括修改他们遵循一个特定的命名风格
genomeIntervals 朱利安Gagneur 基因操作的间隔
基因组 克里斯Stubben 基因组测序项目元数据
GenomicAlignments Bioconductor包维护者 表示和操纵短基因组比对
GenomicDataCommons 肖恩·戴维斯 NIH / NCI基因组数据共享访问
GenomicFeatures Bioconductor包维护者 方便地导入和查询基因模型
GenomicFiles Bioconductor包维护者 分布式计算文件或范围
GenomicInteractions 莉斯Ing-Simmons 实用程序来处理基因交互数据
GenomicOZone 明州歌 描绘杰出的基因组区域差异基因的活动
GenomicRanges Bioconductor包维护者 表示和操纵基因间隔
GenomicScores 罗伯特Castelo 基础设施与全基因组position-specific分数
GenomicTuples 彼得希 表示和操纵基因元组
genoset 彼得·m·哈 RangedSummarizedExperiment拷贝数的分析方法
genotypeeval 詹妮弗·汤姆 QA / QC gVCF或VCF文件
genphen 单Kitanovski 量化的工具关联基因型和表型之间的全基因组关联研究(GWAS)与贝叶斯推理和统计学习
GenRank Chakravarthi Kanduri 候选基因排序基于收敛的证据
GenVisR 圣扎迦利斯基德莫尔 在R基因可视化
GEOmetadb 杰克朱 一个编译从NCBI地理元数据
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据
GEOsubmission 亚历山大·库恩 准备微阵列数据提交地理
gep2pep 弗朗西斯科·纳波利塔诺 创建和分析途径表达谱(pep)
gespeR 费边Schmich Gene-Specific表型估计量
getDEE2 马克Ziemann 编程访问DEE2 RNA表达数据集
GEWIST 魏问:邓 基因环境交互搜索阈值
GGBase VJ凯里 GGtools GGBase基础遗传学基因表达的包
ggbio 迈克尔•劳伦斯 基因组数据的可视化工具
ggcyto 迈克江,杰克瓦格纳 可视化与ggplot血细胞计数数据
GGPA 东峻涌 graph-GPA:优先GWAS的图形模型结果和调查多向性的架构
GGtools VJ凯里 软件和数据分析基因表达的基因
ggtree Guangchuang余 R包树和注释数据的可视化
ggtreeExtra Shuangbin徐 R包添加几何层圆形或其他布局树“ggtree”
GIGSEA 家朱 基因型估算基因集富集分析
girafe j . Toedling 基因组的间隔和阅读校准功能的探索
GISPA 巴克提已经受理 GISPA:基因集成组谱分析方法
很高兴 菲利普Hupe DNA的得失分析
GladiaTOX PMP S.A. R支持 R包用于处理高内容筛选数据
Glimma Shian苏 交互的HTML图形
glmGamPoi 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 适合Gamma-Poisson广义线性模型
glmSparseNet 安德烈Verissimo 网络中心指标Elastic-Net正则化模型
GlobalAncova 曼胡默尔 全球测试组变量通过模型比较
globalSeq 阿明罗森伯格 全球测试项
globaltest Jelle Goeman 协变量的测试组/特性与响应变量,应用基因测试
gmapR 迈克尔•劳伦斯 R接口GMAP / GSNAP GSTRUCT套件
GmicR 理查德Virgen-Slane 结合WGCNA和伊势亚读数与贝叶斯网络learrning生成基因模组免疫细胞网络(GMIC)
gmoviz 凯萨琳Zeglinski 无缝的可视化复杂基因转基因生物和编辑细胞系的变化
GMRP Yuan-De谭 GWAS-based孟德尔随机化和路径分析
GNET2 陈陈 通过功能模块构建基因调控网络的表达数据推理
GOexpress 凯文Rue-Albrecht 想象微阵列和RNAseq数据使用基因本体论注释
GOfuncR 施特菲·格罗特 基因本体论浓缩使用函数
GOFunction 王静 function:推导biologcially相关函数统计上显著的功能
还装有 莉迪亚Chrabaszcz 找到最基因本体术语组人类基因特征
goProfiles 亚历克斯·桑切斯 goProfiles: R包统计分析功能的配置文件
GOSemSim Guangchuang余 GO-terms语义相似性度量
goseq 马修年轻,Nadia戴维森 基因本体论分析器RNA-seq和其他长度偏差数据
GOSim Holger Froehlich 计算功能相似的条款和基因产物;去富集分析
goSTAG 布莱恩·d·班尼特 使用工具去子树在一组标记和注释的基因
GOstats Bioconductor包维护者 去微阵列的操作工具
GOsummaries Raivo Kolde 词云去富集分析的总结
哥特 Borbala Mifsud 二项测试高c数据分析
goTools 艾格尼丝Paquet 功能基因本体数据库
平均绩点 东峻涌 GPA(遗传分析将基因多效性和注释)
gpart软件 太阳啊金 分区密集的测序数据通过识别人类基因组单体型
gpl Bioconductor包维护者 使用广义偏最小二乘回归分类
gprege 阿尔弗雷多Kalaitzis 排名和基因表达时间序列估计高斯过程
gpuMagic Jiefei王 openCL编译器的编译能力R函数和GPU上运行的代码
gQTLBase VJ凯里 eQTL gQTLBase:基础设施,mQTL和类似的研究
gQTLstats VJ凯里 eQTL gQTLstats:计算效率分析和联合研究
gramm4R Tianlu陈 广义相关分析和模型建设战略代谢物和微生物
葡萄 布丽塔一起创造Velten 自适应惩罚在高维回归和协变量与外部使用变分贝叶斯分类
Bioconductor包维护者 图:一个包来处理图形数据结构
GraphAlignment Joern p·迈耶 GraphAlignment
GraphAT 托马斯LaFramboise 图理论协会测试
石墨 Gabriele销售 从路径拓扑图形交互环境
GraphPAC 格里高利Ryslik 通过图形识别蛋白质的突变集群理论方法。
GRENITS 爱德华·莫 使用时间序列基因调控网络推理
GreyListChIP 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) 灰名单——面具加工品地区基于芯片的输入
GRmetrics 马里奥Medvedovic尼古拉斯·克拉克 计算增长率抑制(GR)指标
groHMM Anusha Nagari郁金香Nandu, w·李·克劳斯 GRO-seq分析管道
GRridge Mark a . van de由 更好的预测使用co-data:自适应group-regularized岭回归
GSALightning 比利草根阶层的翅膀张 快Permutation-based基因分析
GSAR 亚希尔Rahmatallah,加林娜Glazko 分析R基因集
GSCA 志诚记 GSCA:基因设置上下文分析
gscreend 凯瑟琳Imkeller 分析池的遗传屏幕
GSEABase Bioconductor包维护者 基因集富集的数据结构和方法
GSEABenchmarkeR 路德维希Geistlinger 可再生的GSEA基准测试
GSEAlm 艾瑟夫巴德或者 线性模型工具集基因集富集分析
GSEAmining Oriol Arques 生物学意义的基因集富集分析输出
gsean Dongmin荣格 基因集富集分析网络
GSgalgoR 卡洛斯卡塔尼亚 进化框架预后基因表达特征的识别和研究癌症
GSReg Bahman艾弗里,伊莱j .多数 基因设置调节(GS-Reg)
GSRI 朱利安格林 基因设置调节指数
GSVA 贾斯汀Guinney 基因变异分析微阵列和RNA-seq数据
gtrellis Zuguang顾 基因组水平框架布局
GUIDEseq 利华国际朱莉朱 GUIDE-seq分析管道
吉他 贾孟 吉他
Gviz 罗伯特Ivanek 策划沿着基因组坐标数据和注释信息
GWAS.BAYES 杰克·威廉姆斯 GWAS自交物种
gwascat VJ凯里 EMBL-EBI GWAS的表示和建模数据目录
GWASTools 斯蒂芬妮·m·Gogarten 全基因组关联研究的工具
gwasurvivr 阿巴斯Rizvi gwasurvivr: R包基因组广泛的生存分析
GWENA Gwenaelle莱莫恩 为增强co-expression分析管道
h5vc 保罗·西奥多·所有 使用hdf5后台管理校准记录
hapFabia Andreas Mitterecker hapFabia:短段的识别身份的后裔(IBD)特点是罕见变异在大型测序数据
哈曼 杰森·罗斯 批处理效果的去除数据集使用基于PCA和约束优化技术
Harshlight 莫里吉奥Pellegrino 微阵列芯片的“纠正化妆”计划
HCABrowser Bioconductor包维护者 浏览人类细胞图谱数据门户
HCAExplorer Bioconductor包维护者 浏览人类细胞图谱数据门户
HCAMatrixBrowser 马塞尔·拉莫斯 从人类细胞中提取和管理矩阵数据Atlas项目
HDF5Array Herve页面 HDF5 DelayedArray对象的后端
HDTD Anestis Touloumis 统计推断均值矩阵和协方差矩阵的转座因子在高维数据(HDTD)
的热图 马尔科姆·佩里 灵活的热图序列为功能基因组学和功能
Heatplus 亚历山大plone ( 热图协变量行和/或列和彩色的集群
HelloRanges 迈克尔•劳伦斯 介绍* bedtools用户范围
帮助 里德·汤普森 帮助数据分析的工具
哼哼 HyungJun曹 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别
爬虫 托马斯•卡罗尔 爬虫包是一个简单的工具集来安装和管理和环境从R conda包
hiAnnotator Nirav V Malani 函数注释农庄组织对象
HIBAG Xiuwen郑 HLA基因型归罪与属性装袋
HiCBricks Koustav朋友 框架通过HDF文件存储和访问高c数据
HiCcompare 约翰•史坦斯费尔德,米哈伊尔•Dozmorov HiCcompare:联合规范化和多个高c数据集的比较分析
hicrep 杨涛 测量高c数据的重现性
hierGWAS 劳拉Buzdugan 红富士苹果在预测GWA研究统计学意义
hierinf 克劳德Renaux 分层推理
HilbertCurve Zuguang顾 使二维希尔伯特曲线
HilbertVis 西蒙•安德斯 希尔伯特曲线的可视化
HilbertVisGUI 西蒙•安德斯 HilbertVisGUI
希尔达 杨直 进行统计推断比较突变的突变接触签名通过使用分层潜在狄利克雷分配
hipathia 玛尔塔·r·伊达尔戈 HiPathia:高通量途径分析
河马 Kim Tae Heterogeneity-Induced预处理工具
hiReadsProcessor Nirav V Malani 函数来处理LM-PCR从454 / Illumina公司数据读取
HIREewas 象屿罗 细胞类型特异的risk-CpG检测网站epigenome-wide协会研究
HiTC 尼古拉斯的仆人 高吞吐量染色体构象捕获分析
hmdbQuery VJ凯里 为探索人类代谢组数据库实用工具
HMMcopy 丹尼尔赖,索拉博沙 拷贝数预测与GC和高温超导mappability偏差校正数据
hopach 凯瑟琳·s·波拉德 分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃
HPAanalyze 安一Tran 从人类的蛋白质图谱检索和分析数据
hpar 劳伦特与 人类蛋白质图谱R
HPAStainR Tim o . Nieuwenhuis 查询人类蛋白质图谱染色数据为多个蛋白质和基因
HTqPCR 海蒂Dvinge 高通量qPCR数据的自动化分析
HTSeqGenie 延斯•里德 一个门店分析管道。
HTSFilter 安德里亚·劳 过滤器复制高通量转录组测序数据
HumanTranscriptomeCompendium VJ凯里 工具使用的181000人类转录组测序研究
蜂鸟 Eleni亚当 隐马尔可夫模型贝叶斯差异甲基化区域的检测
HybridMTest Demba Fofana 混合多个测试
安东尼费德里科• R包Geneset浓缩工作流
hyperdraw 保罗马雷尔 可视化Hypergaphs
超图 Bioconductor包维护者 一个包提供超图数据结构
iASeq 迎迎魏 iASeq:集成多个测序检测allele-specific事件的数据集
iasva Donghyung李,安东尼程 迭代调整代理变量分析
iBBiG Aedin Culhane 迭代的二进制Biclustering Genesets
ibh Kircicegi Korkmaz 基于交互的同质性评估基因列表
iBMQ 格雷格Imholte 集成eQTL数据的贝叶斯建模
iCARE 比尔·惠勒 一个个性化的连贯的绝对风险评估的工具(iCARE)
Icens Bioconductor包维护者 NPMLE审查和截断数据
icetea Vivek Bhardwaj 把帽浓缩与转录表达分析
iCheck Weiliang邱 QC管道和高维数据分析工具Illumina公司mRNA表达数据
iChip Qianxing莫 通过隐伊辛模型的贝叶斯模型ChIP-chip数据
iClusterPlus Qianxing Mo, Ronglai沈 综合多类型基因组数据的聚类
iCNV 子路(周 集成的拷贝数变异检测
iCOBRA 夏洛特Soneson 比较和排名和作业方法的可视化
理想的 费德里科•马里尼 互动的微分表达式分析
IdeoViz 信心派 块数据(连续/离散)沿着染色体表意文字
染色体组型 卡尔·j·Dykema 染色体组型
idpr 威廉·m·麦克费登 分析和分析内在无序蛋白质R
idr2d 康斯坦丁·Krismer 不能复制的基因交互数据的发现率
iGC 梁波著王 一个集成分析的基因表达和拷贝数改变
IgGeneUsage 单Kitanovski 微分在免疫基因的使用体验
igvR 保罗·香农 igvR:整合基因组学查看器
IHW Nikos Ignatiadis 独立假设权重
illuminaio Kasper丹尼尔·汉森 解析Illumina公司微阵列输出文件
ILoReg 约翰内斯Smolander ILoReg:高分辨率细胞群从scRNA-Seq数据识别的工具
imageHTS 约瑟夫·巴里 高通量分析microscopy-based屏幕
ima Seonggyun汉 对可变剪接Multi-omics数据的综合分析
Imetagene 奥黛丽勒马特 的图形界面metagene包
IMMAN Minoo阿什蒂亚尼 Interlog蛋白质网络重建通过映射和挖掘分析
ImmuneSpaceR ImmuneSpace包维护者 一个瘦包装器ImmuneSpace数据库
immunoClust 直到Soerensen immunoClust——自动管道人口在流式细胞仪检测
IMPCdata 杰里米·梅森 从IMPC数据库中检索数据
ImpulseDE 近红外光谱约瑟夫·吉尔•桑达 检测基因在使用脉冲时间序列数据模型
ImpulseDE2 大卫·S费舍尔 微分表达式分析纵向数据集
嫁祸于 Balasubramanian纳史木汗 转嫁:微阵列数据的归责
事实上 Ressom集团、翳明左 交互式的可视化综合微分表达式和差网络分析生物标志物候选人选择方案
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Informeasure 楚潘 R实现信息的措施
InPAS Jianhong Ou,丽华朱莉朱 InPAS: bioconductor方案替代聚腺苷酸化小说网站的识别(PAS)使用RNA-seq数据
INPower 比尔·惠勒 计算R包易感性snp的数量
检查 斯特凡诺德Pretis Mattia可•福尔兰正 建模RNA合成,与RNA-seq数据处理和退化
InTAD 康斯坦丁·Okonechnikov 寻找在TADs表观遗传信号和基因表达之间的相关性
intansv 温么 综合分析结构性变化
InteractionSet 亚伦Lun 基类来存储基因组交互数据
interactiveDisplay 肖恩Balcome 包使强大的web Bioconductor对象的显示
interactiveDisplayBase 肖恩Balcome 基本包使强大的web Bioconductor对象的显示
感兴趣 阿里•Oghabian Mikko Frilander Intron-Exon保留估计量
InterMineR InterMine团队 R与InterMine-Powered数据库接口
IntramiRExploreR Surajit巴塔查里亚 预测目标为果蝇基因内microrna
反演 亚历杭德罗卡塞雷斯 在基因型数据反演
电离 迈克•史密斯 牛津纳米孔的奴才数据质量评估工具
iPAC 格里高利Ryslik 识别的蛋白质氨基酸集群
ipdDb 史蒂芬Klasberg IPD IMGT / HLA和IPD吉珥数据库智人
首次公开募股 托马斯Riebenbauer XCMS数据处理参数的自动优化
IRanges Bioconductor包维护者 在Bioconductor整数范围内操作的基础
ISAnalytics 安德里亚·卡拉布里亚 从基因组学分析基因治疗载体插入站点数据确定下一代测序读克隆跟踪研究
iSEE 凯文Rue-Albrecht 交互式SummarizedExperiment探险家
iSEEu 凯文Rue-Albrecht iSEE宇宙
iSeq Qianxing莫 贝叶斯分层ChIP-seq数据通过隐藏的伊辛模型的建模
等压线 Florian P布雷特 标记msm蛋白质组学数据分析和定量的恒压的
IsoCorrectoR 基督教科勒 天然同位素丰度校正和示踪剂纯度MS和MS / MS数据稳定同位素标记实验
IsoCorrectoRGUI 基督教科勒 IsoCorrectoR图形用户界面
IsoformSwitchAnalyzeR 克里斯汀Vitting-Seerup 识别、注释和可视化可变剪接和同种型开关功能的后果从短期和读RNA-seq数据。
IsoGeneGUI Setia Pramana 一个图形用户界面进行剂量反应分析微阵列数据
伊索尔德 Christelle雷恩 综合统计等位基因相关的表达式
isomiRs 曾淡水沼泽 分析小型RNA-seq isomiRs和microrna
斜体 Guillem Rigaill 斜体
iterativeBMA 卡伊杨 贝叶斯模型平均迭代算法(BMA)
iterativeBMAsurv 卡伊杨 贝叶斯模型平均(BMA)算法的迭代进行生存分析
iterClust 经由叮 迭代聚类
iteremoval 嘉成栓 迭代去除特征选择的方法
iva Seonggyun汉 识别影响选择性剪接的基因变异
ivygapSE VJ凯里 一个SummarizedExperiment Ivy-GAP数据
IWTomics Marzia一克雷莫纳 Interval-Wise组学数据的测试
joda Ewa Szczurek JODA算法量化基因管制使用知识
JunctionSeq 斯蒂芬·哈特利 JunctionSeq:效用检测RNA-Seq微分外显子和Splice-Junction使用的数据
karyoploteR Bernat凝胶 情节可定制的线性基因组显示任意数据
KCsmart 约玛•德过来 多样品aCGH使用内核卷积分析包
烤肉串 乌尔里希Bodenhofer 基于生物序列分析
KEGGgraph 张Jitao大卫 KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路
KEGGlincs Shana白色,马里奥Medvedovic 想象中的所有边缘KEGG通路和覆盖距离数据
keggorthology VJ凯里 图支持KO, KEGG Orthology
KEGGprofile 石林赵 一个注释和可视化包多类型和KEGG说明表达数据通路
KEGGREST Bioconductor包维护者 其他客户端访问京都基因和基因组的百科全书(KEGG)
KinSwingR 阿什利·j·Waardenberg KinSwingR:基于网络的激酶活性预测
kissDE Aurelie Siberchicot 检索Condition-Specific变体RNA-Seq数据
KnowSeq 丹尼尔Castillo-Secilla KnowSeq R / Bioc包:聪明的转录组管道
花边 大卫。Maspero 纵向分析癌症的演化(花边)
lapmix Yann Ruffieux 拉普拉斯混合模型在微阵列实验
LBE 西里尔Dalmasso 错误发现率的估计。
ldblock VJ凯里 数据结构在群体连锁不平衡的措施
LEA 奥利维尔·弗朗索瓦•埃里克Frichot 李:景观和生态协会研究R包
LedPred Aitor冈萨雷斯 学习从DNA预测增强剂
lefser Asya Khleborodova R LEfSE方法实施微生物生物标志物的发现
莱斯 朱利安格林 确定微分影响瓷砖微阵列数据
利瓦伊 何塞路易斯Rybarczyk球场 景观表达可视化界面
lfa 魏,约翰·d·层 物流分类数据的因子分析
limma 戈登•史密斯 微阵列数据的线性模型
limmaGUI 戈登•史密斯 GUI对limma包有两个颜色的微阵列
林肯 Manuel Goepferich co-expression lincRNAs和蛋白质编码基因
LineagePulse 大卫·S费舍尔 微分表达式为单细胞RNA-seq数据分析和模型拟合
LinkHD “劳拉M Zingaretti” LinkHD:一个通用的框架来探索和异构数据集成
Linnorm 肯顺挂Yip 线性模型和基于正常的规范化和转换方法(Linnorm)
lionessR Ping-Han谢长廷 使用狮建模网络对个人样本
lipidr 艾哈迈德穆罕默德 Lipidomics数据集的数据挖掘和分析
LiquidAssociation Yen-Yi何 LiquidAssociation
lmdme 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 对设计的多元线性模型分解实验
LOBSTAHS 詹姆斯•柯林斯 脂质和Oxylipin生物标志物筛选通过加合物等级序列
loci2path Tianlei徐 Loci2path:监管注释基因间隔基于组织表达法
logicFS Holger Schwender 识别SNP的交互
logitT 托拜厄斯Guennel logit-t包
Logolas 库什戴伊 EDLogo情节以字符串标识和自适应缩放Position-Weight矩阵
萝拉 内森·谢菲尔德 轨迹重叠分析基因组范围的浓缩
LoomExperiment Bioconductor包维护者 LoomExperiment容器
LowMACA 乔治·斯蒂法诺德Pretis Melloni 通过共识对齐LowMACA -低频变异分析
简述 Nitin耆那教徒的 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法
LPEadj 卡尔Murie 修正的地方集中错误(简述)方法来取代渐近方差无偏调整基于样本大小调整。
lpNet 佬司Kaderali 线性规划模型对网络推理
lpsymphony 弗拉季斯拉夫•金 交响乐整数线性规划求解器在R
LRBaseDbi 露崎引人入胜 DBI构建LRBase-related包
光民 Lei黄 BeadArray Illumina公司甲基化和微阵列表达的具体方法
LymphoSeq 大卫·科菲 分析T细胞和B细胞受体的高通量测序
M3C 约翰克里斯多夫 蒙特卡罗Reference-based共识集群
M3Drop 塔卢拉安德鲁斯 Michaelis-Menten造型在单细胞RNASeq辍学
maanova 基思·谢泼德 分析微阵列实验的工具
Maaslin2 劳伦McIver Maaslin2
macat Joern Toedling 微阵列染色体分析工具
maCorrPlot 亚历山大plone ( 在微阵列数据可视化人工相关性
MACPET Ioannis Vardaxis 基于模型的分析paired-end数据
MACSQuantifyR 拉斐尔阀盖 快速治疗MACSQuantify流式细胞仪的数据
made4 Aedin Culhane 使用ADE4微阵列数据的多变量分析
MADSEQ 于香港 马赛克异倍性检测和量化使用大规模并行测序数据
maftools Anand Mayakonda 总结、分析和可视化加器文件
MAGeCKFlute 吕张 综合分析管道汇集CRISPR功能基因屏幕
maigesPack 古斯塔沃·h·斯特维斯 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法
MAIT 波尔Sola-Santos 代谢组学数据的统计分析
makecdfenv 詹姆斯·w·麦克唐纳 提供环境制造商
庄园 皮埃尔Neuvial 全息微阵列正常化
MantelCorr 布莱恩Steinmeyer 曼特尔计算集群的相关性
mAPKL 萨凯拉里欧Argiris 基因表达数据的混合特征选择方法
maPredictDSC Adi Laurentiu Tarca 表型预测使用微阵列数据:最好的整个团队改进剂诊断的方法签名的挑战
mapscape 玛雅史密斯 mapscape
马尔 Tusharkanti Ghosh 最大秩再现性
marray 绮华(Jean) 探索性分析可以发现微阵列数据
马提尼 赫克托耳Climente-Gonzalez GWAS融合网络
微波激射器 •迪奥戈F.T. Veiga 可变剪接事件映射到蛋白质
maSigPro 玛丽亚·约瑟夫Nueda 显著的基因表达谱差异时间进程的基因表达数据
maskBAD 迈克尔Dannemann 屏蔽探测器与亲和力的差异
MassArray 里德·汤普森 MassArray数据分析工具
massiR 山姆Buckberry massiR:微阵列示例性标识符
MassSpecWavelet 杜潘 质谱处理小波算法
桅杆 安德鲁McDavid 基于模型的单细胞转录组的分析
火柴盒 Gupta Luigi马尔基奥尼阿 实用程序来计算、比较和情节之间的协议命令(即向量的特性。不同的基因实验)。军售计划包括Correspondence-At-the-TOP (CAT)分析。
MatrixGenerics 彼得希 S4通用汇总统计功能操作矩阵像对象
MatrixRider 埃琳娜格拉希 获得总亲和力和入住率对给定矩阵结合位点序列
凯莉Bemis a . 一个框架,用于快速原型和基于文件的数据结构
MBAmethyl 王涛 基于模型分析的DNA甲基化数据
工商管理硕士 奥列格Mayba 包包含函数ASE分析使用基于荟萃分析Allele-Specific表达检测
MBCB 杰夫•艾伦 Beadarray MBCB(基于模型的背景校正)
mbkmeans 大卫。Risso 为单细胞RNA-seq Mini-batch k - means聚类
mBPCR P.M.V. Rancoita 贝叶斯分段常数回归进行DNA拷贝数的估计
MBQN 阿丽亚娜Schad 意思是/ Median-balanced分位数正常化
mbt Yuan-De谭 多个βt
mcaGUI 韦德k·科普兰 微生物群落分析GUI
MCbiclust 罗伯特•边沁 大规模关联biclusters基因表达数据和相关方法
mCSEA 乔迪Martorell-Marugan 甲基化组论文认定富集分析
mdgsa 大卫褐煤 多维分析基因集。
mdp 举行Nakaya 分子的微扰计算分数基于扰动的转录组数据样本的控制
mdqc 加芙Cohen-Freue 而距离质量控制芯片
联合化疗 杰克M . .傅 检测新创删除目标排序的三人小组
泽维尔Escriba梦特娇 进行甲基化分析
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MEDIPS 卢卡斯查韦斯 DNA IP-seq数据分析
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Mergeomics Zeyneb库尔特 组学数据的综合网络分析
MeSHDbi 露崎引人入胜 DBI构建MeSH-related从sqlite文件包
网格 Guangchuang余 网浓缩和语义分析
meshr 露崎引人入胜 工具进行浓缩网的分析
MesKit Mengni刘 剖析癌症演化的工具多区通过体细胞变化派生肿瘤活检
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metaArray 遭受崔 集成微阵列数据的荟萃分析
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MetaCyto Zicheng胡 MetaCyto:一个包血细胞计数数据的荟萃分析
metagene 查尔斯·乔利Beauparlant 一个包生产metagene情节
metagene2 埃里克·弗尔涅 一个包生产metagene情节
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metagenomeSeq 约瑟夫·n·保尔森 统计分析稀疏的高通量测序
metahdep 约翰·r·史蒂文斯 分层的依赖在荟萃分析
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metaseqR Panagiotis Moulos R包RNA-Seq数据的分析和结果报告通过结合多个统计算法。
metaseqR2 Panagiotis Moulos R包RNA-Seq数据的分析和结果报告通过结合多个统计算法
metavizr 赫克托耳Corrada布拉沃 R metaviz web应用程序接口交互的宏基因组数据分析和可视化
MetaVolcanoR 塞萨尔普拉达 基因表达分析的可视化工具
MetCirc 托马斯Naake 导航质量光谱相似性高分辨率MS / MS代谢组学数据
MethCP 男孩龚 差异甲基化anlsysis重亚硫酸盐测序数据
methimpute 亚伦Taudt Imputation-guided改造完成methylomes WGBS数据
methInheritSim 帕斯卡Belleau 模拟全基因组遗传亚硫酸氢盐测序数据
MethPed 海伦娜卡伦 DNA甲基化分类器小儿脑瘤亚型的识别的工具
MethReg 蒂亚戈席尔瓦 评估潜在的监管在基因转录DNA甲基化区域或网站
methrix Anand Mayakonda 快速而有效的总结一般从Bisufite测序bedGraph文件
MethTargetedNGS 穆罕默德阿贾米尔 对新一代测序数据进行甲基化分析
methVisual 阿里Zackay 方法对DNA甲基化数据可视化和统计
methyAnalysis Lei黄 DNA甲基化数据分析和可视化
MethylAid L.J.Sinke 视觉和互动质量控制的大型Illumina公司DNA甲基化数组的数据集
methylCC 斯蒂芬妮·c·希克斯 估计全血在DNA甲基化的细胞组成样本
methylGSA 徐任 基因集合分析使用微分甲基化的结果
methylInheritance 阿斯特丽德Deschenes 跨多个代Permutation-Based分析关联元素守恒的差异甲基化治疗效果
methylKit Altuna Akalin,亚历山大Gosdschan DNA甲基化分析亚硫酸氢从高通量测序结果
MethylMix 奥利弗Gevaert MethylMix:确定甲基化驱动癌症基因
methylMnM 燕周 检测不同的甲基化水平(DMR)
methylPipe 卡马尔•基 基本解决DNA甲基化数据分析
MethylSeekR 卢卡斯汉堡 Bis-seq数据的分割
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methylumi 肖恩·戴维斯 处理Illumina公司甲基化数据
methyvim 尼玛赫亚兹 有针对性的、健壮的、模范自由差异甲基化分析
MetID Zhenzhi李 基于网络的优先级的假定的代谢物id
MetNet 托马斯Naake 从没有针对性高分辨率质谱数据推断的代谢网络
mfa 基兰•坎贝尔 因子分析的贝叶斯分层混合造型基因分岔
Mfuzz 马提亚Futschik 软聚类时间序列基因表达数据
MGFM 岩洞里埃尔领导的 标记基因微阵列基因表达数据中查找器
MGFR 岩洞里埃尔领导的 标记基因仪RNA-seq数据
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MiChip 乔纳森•布莱克 MiChip解析和总结功能
微生物组 狮子座拉赫蒂 微生物分析
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microbiomeExplorer 怪不得我里德 微生物勘探应用
MicrobiotaProcess Shuangbin徐 R包进行分析,可视化和微生物的生物标志物的发现
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MIGSA 胡安·c·罗德里格斯 大规模和综合基因分析
mimager 亚伦Wolen mimager:微阵列成像
含羞草 格雷格Finak 为单细胞分析混合模型
MineICA 安妮Biton 分析ICA分解获得的基因组数据
minet 帕特里克·e·迈耶 互信息网络
minfi Kasper丹尼尔·汉森 分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组
MinimumDistance 罗伯特Scharpf 一个包在Case-Parent新创CNV检测三人小组
MiPP Sukwoo金 误分类处罚后分类
米拉 约翰·劳森 Methylation-Based推理的监管活动
海市蜃楼 Y-h。田口方法 microrna的排名由基因表达
miRBaseConverter Taosheng徐 全面、高效的工具转换和检索信息的不同miRBase microrna的版本
miRcomp 马修·n·考尔 估算工具来评估和比较microrna的表达方法
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miRLAB Thuc Duy勒 干实验室探索miRNA-mRNA关系
miRmine 科维奇Randjelovic 数据包miRmine数据库作为RangedSummarizedExperiment miRNA-seq数据集
miRNAmeConverter 斯蒂芬j . Haunsberger microrna的名称转换为不同miRBase版本
miRNApath 詹姆斯·m·沃德 miRNApath: microrna的表达数据的通路富集
miRNAtap t .伊恩•辛普森 miRNAtap:微目标-聚合的预测
miRSM Junpeng张 在异构数据推断microrna的海绵模块
miRspongeR Junpeng张 识别和分析microrna的海绵和模块交互网络
Mirsynergy 李越 Mirsynergy
missMethyl 贝琳达Phipson, Jovana Maksimovic,安德鲁·朗斯代尔 分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据
missRows 冈萨雷斯Ignacio 处理缺失个人Multi-Omics数据集成
米奇 马克Ziemann Multi-Contrast基因集富集分析
mixOmics 曹Kim-Anh勒 组学数据集成项目
MLInterfaces 诉凯利 统一的接口在Bioconductor R机器学习程序数据容器
中长期规划 韦贝克托拜厄斯 中长期规划
MLSeq Gokmen Zararsiz 机器学习为RNA-Seq数据接口
MMAPPR2 乔纳森山 分析管道汇集RNA-Seq变异映射
MMDiff2 Gabriele Schweikert 统计测试ChIP-Seq数据集
MmPalateMiRNA 家伙布鲁克 小鼠口感microrna的表达分析
MMUPHin 马本 荟萃分析方法统一的异质性在微生物研究管道
mnem 马丁Pirkl 嵌套的混合效应模型
这种款式 李董 MODA:模块微分分析基因co-expression加权网络
Modstrings Felix通用恩斯特 使用修改后的核苷酸序列
布丽塔一起创造Velten Multi-Omics因子分析(外交部)
MOFA2 布丽塔一起创造Velten v2 Multi-Omics因素分析
MOGAMUN Elva-Maria Novoa-del-Toro MOGAMUN:多目标遗传算法找到活动模块在多元生物网络
mogsa 陈孟 多个组学数据综合聚类分析和基因集
现代艺术博物馆 阳光明媚的琼斯 多使主监管机构分析
单片眼镜 科尔杰尔 集群、微分表达式,为单身——细胞RNA-Seq和轨迹分析
MoonlightR 安东尼奥·Colaprico Catharina奥尔森 从组学数据识别癌基因和肿瘤抑制基因
马赛克 东峻涌 马赛克(基于模型的一个和两个样品分析和推理ChIP-Seq)
MOSim 卡洛斯马丁内斯 Multi-Omics模拟(MOSim)
motifbreakR 西蒙·哥特Coetzee 包的破裂性预测转录因子结合位点单核苷酸多态性
motifcounter 沃尔夫冈•科普 在DNA序列分析TFBSs R包
MotifDb 保罗·香农 一个带注释的Protein-DNA绑定序列的集合
motifmatchr 艾丽西亚Schep 快在R主题匹配
motifStack Jianhong欧 情节堆叠标识为单个或多个DNA, RNA和氨基酸序列
MotIV Mercier翻出来,拉斐尔Gottardo 主题识别和验证
MouseFM 马提亚Munz 在纯系小鼠遗传finemapping In-silico方法
MPFE 康拉德的负担 估计扩增子甲基化模式的分布从亚硫酸氢盐测序数据
mpra 莱斯利敏 分析大规模并行记者化验
MPRAnalyze Tal Ashuach MPRA数据的统计分析
msa 乌尔里希Bodenhofer 多序列比对
MsCoreUtils RforMassSpectrometry包维护者 质谱数据的核心跑龙套
MSEADbi Kozo Nishida DBI构建MSEA-related包
msgbsR 本杰明·梅恩 msgbsR:甲基化敏感的基因测序(MS-GBS) R功能
MSGFgui 托马斯·彼得森林 MSGFplus闪亮的GUI
MSGFplus 托马斯·彼得森林 R和MS-GF +之间的接口
msImpute Soroor Hediyeh-zadeh label-free质谱肽的污名
msmsEDA 约瑟Gregori 探索性数据分析质/ MS数据的光谱
msmsTests 约瑟Gregori我字体 质/ MS微分表达式测试
MSnbase 劳伦特与 基函数和类质谱和蛋白质组学
MSnID 弗拉德Petyuk 勘探和评估工具的信心LC-MSn鉴定蛋白质组学
MSPrep 马克斯·麦格拉思 计划总结、过滤、改动和正常化代谢组学数据
msPurity 托马斯·n·劳森 自动评价前体离子纯度基于质谱碎片在代谢组学
MSstats 之一Meena崔 蛋白质意义分析的DDA、SRM和DIA Label-free或基于标签的蛋白质组学实验
MSstatsConvert Mateusz Staniak 导入数据从不同的质谱信号处理工具MSstats格式
MSstatsPTM Tsung-Heng蔡 统计描述的转录后修饰
MSstatsQC Eralp人偶 纵向监测和质量控制系统适用性试验蛋白质组学实验
MSstatsQCgui Eralp人偶 MSstatsQC包的图形用户界面
MSstatsSampleSize Ting黄 仿真工具的优化设计高维MS-based蛋白质组学实验
MSstatsTMT Ting黄 蛋白质意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组学实验与串联质量标签(TMT)标签
MSstatsTMTPTM 德文郡科勒 后平移修改(天车)意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组的串联实验质量标签(TMT)标签
Mulcom 克劳迪奥·Isella 计算Mulcom测试
MultiAssayExperiment 马塞尔·拉莫斯 软件的集成在Bioconductor multi-omics实验
MultiBaC 包的维护者 Multiomic批效应校正
multiClust 内森软件 multiClust: R-package识别生物相关的集群在癌症转录组配置文件
multicrispr Aditya Bhagwat 多位点多用Crispr / ca设计
MultiDataSet 泽维尔Escrib梦特娇 实现MultiDataSet和结果集
multiGSEA 塞巴斯蒂安Canzler GSEA-based通路富集结合多组学数据集成
multiHiCcompare 约翰•史坦斯费尔德,米哈伊尔•Dozmorov 规范化和检测高c数据集之间的差异当复制的每个实验条件是可用的
MultiMed Simina m·博卡 同时测试多个生物介质
multiMiR 马特Mulvahill 集成多个microRNA-target数据库与他们的疾病和药物协会
multiOmicsViz 王静 情节的影响一个沿着染色体组学数据在其他组学数据
多屏幕 Mizanur Khondoker R包组合多个扫描
凯瑟琳·s·波拉德 Resampling-based多重假设检验
马斯喀特 海伦娜·l·克罗威尔 多试样多群scRNA-seq数据分析工具
肌肉 亚历克斯·t·Kalinka 多重序列比对与肌肉
musicatk 亚伦骑士 突变特征综合分析工具包
MutationalPatterns Rurika奥卡河 综合全基因组突变的分析过程
MVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类
MWASTools 安德里亚·Rodriguez-Martinez Ayala拉斐尔 MWASTools:一个集成的管道执行metabolome-wide关联研究
mygene 亚当·马克,居鲁士Afrasiabi Chunlei吴 访问MyGene。Info_服务
myvariant 亚当•马克Chunlei吴 查询和注释服务访问MyVariant.info变体
mzID 劳伦特与 一个R mzIdentML解析器
mzR 史蒂芬诺伊曼。劳伦与羌族的冠 解析器netCDF、mzXML mzData和mzML mzIdentML文件(质谱数据)
NADfinder Jianhong Ou,丽华朱莉朱 测序数据的调用宽峰
NanoMethViz Shian苏 想象methlation来自牛津纳米孔测序的数据
NanoStringDiff 婷婷翟,王在香港 微分表达式分析NanoString nCounter数据
NanoStringQCPro 罗伯特•齐曼 质量指标和数据处理方法NanoString信使rna基因表达数据
nanotatoR Surajit巴塔查里亚 nanotatoR:下一代结构变异注释和分类
NarrowPeaks 佩德罗情歌 使用函数PCA Shape-based ChIP-seq变化分析
NBAMSeq 徐任 负二项相加模型RNA-Seq数据
NBSplice 加芙美利奴 负二项模型检测微分拼接
ncdfFlow 迈克江,杰克瓦格纳 ncdfFlow:一个包,它提供了基于HDF5流式细胞仪数据的存储。
ncGTW Chiung-Ting吴 对齐的质资料Neighbor-wise Compound-specific图形扭曲偏差检测
NCIgraph 洛朗•雅各布 从数据库NCI通路途径
ncRNAtools 劳拉出售比达尔 非编码RNA的R工具包
ndexr Florian奥尔 NDEx R客户端库
nearBynding Veronica Busa 辨别RNA结构近端蛋白质绑定
Nebulosa 何塞Alquicira-Hernandez 单细胞数据可视化使用内核Gene-Weighted密度估计
NeighborNet 萨哈尔安萨里 Neighbor_net分析
netbenchmark 加索尔Bellot 基准测试的几个基因网络推理方法
netbiov Shailesh tripathi 复杂生物网络可视化的包
netboost 帕斯卡Schlosser 通过提高网络分析支持
netboxr Eirc Minwei刘 netboxr
netDx 信心派 基于网络的病人分类器
nethet 尼古拉•Staedler弗兰克Dondelinger bioconductor包高维探索生物网络的异质性
NetPathMiner 艾哈迈德穆罕默德 生物网络建设、NetPathMiner路径挖掘和可视化
netprioR 费边Schmich 一个模型基于网络的优先顺序的基因
netReg 西蒙Dirmeier Network-Regularized回归模型
netresponse 狮子座拉赫蒂 功能网络分析
NetSAM Bing张 网络系列化和模块化
netSmooth 乔纳森Ronen 网络平滑scRNAseq
networkBMA 卡伊杨 回归平均使用贝叶斯网络推理模型
NewWave 费德里科•Agostinis scRNA-seq负二项模型
ngsReports 史蒂夫Pederson 负载FastqQC报告和其他门店相关文件
nnNorm Adi Laurentiu Tarca 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络
NOISeq 索尼娅Tarazona 探索性分析和微分表达式RNA-seq数据
nondetects Valeriia Sherina 一级qPCR数据
NoRCE 基尔德Olgun NoRCE:非编码RNA集Cis注释和浓缩
normalize450K 乔纳森·亚历山大Heiss Illumina公司英飞纳姆450 k数据的预处理
NormalyzerDE Jakob Willforss 标准化评估方法和计算的微分表达式分析统计数据
NormqPCR 詹姆斯·珀金斯 功能正常化RT-qPCR数据
normr 约翰内斯·赫尔穆特 调用ChIP-seq数据规范化和区别
NPARC 尼尔斯·Kurzawa 非参数分析热响应曲线的蛋白质组分析实验
npGSEA 杰西卡·拉森 排列基因集富集分析的近似方法(non-permutation GSEA)
特种加工 远华刘 预测基因网络使用一个基于常微分方程(ODE)的方法
nucleoSim 阿斯特丽德Deschenes 地图生成合成核小体
诊断 圣地亚哥加利西亚语 核小体定位方案
nuCpos 加藤总裁中西宏明 预测的R包核小体的位置
NuPoP 中正大学王 R包核小体定位预测
occugene 奥利弗将 函数多项式用房分布
OCplus 亚历山大plone ( 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验
odseq 何塞·吉梅内斯 孤立点检测的多序列比对
OGSA Michael f . Ochs 异常基因集分析
益生元 Benilton卡瓦略 预处理工具寡核苷酸阵列
oligoClasses Benilton卡瓦略和罗伯特Scharpf 类大规模数组由低聚糖和crlmm支持
奥林 马提亚Futschik 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列
OLINgui 马提亚Futschik 奥林的图形用户界面
OmaDB 美妙的Kaleb,阿德里安Altenhoff R OMA REST API包装器
omicade4 陈孟 多个co-inertia组学数据集的分析
OmicCircos 胡应 高质量的圆形组学数据的可视化
omicplotR 丹尼尔Giguere 视觉探索使数据集使用的应用程序
omicRexposome 泽维尔Escriba梦特娇 Exposome和使数据协会和集成分析
OmicsLonDA 艾哈迈德·a·Metwally 组学纵向微分分析
OmicsMarkeR 查尔斯·e·Determan Jr .) “组学”数据集的分类和特征选择
OMICsPCA Subhadeep Das R包定量集成和分析多种组学从异类样本化验
omicsPrint 戴维的猫 十字架使基因指纹分析
Omixer 露西Sinke 组学分析的随机样本
OmnipathR 窝Turei OmniPath web服务客户端
奥纳西斯 尤金尼亚Galeota 奥纳西斯本体论注释和语义相似度软件
oncomix 丹尼尔·皮克 识别基因过表达在肿瘤从Tumor-Normal mRNA表达数据的子集
OncoScore 卢卡·德·佐 一个工具来识别潜在的致癌基因
OncoSimulR 雷蒙Diaz-Uriarte 提出遗传模拟上位的癌症恶化
oneSENSE 永凯谭 一维Soli-Expression非线性随机嵌入(OneSENSE)
onlineFDR 大卫·s·罗伯逊 网络错误控制
ontoProc VJ凯里 处理本体的解剖学、细胞系、等等
openCyto 迈克江,杰克瓦格纳 流式细胞仪数据分层浇注管道
openPrimeR 马蒂亚斯•多尔 多重PCR引物的设计和分析
openPrimeRui 马蒂亚斯•多尔 闪亮的申请多重PCR引物的设计和分析
OpenStats 哈米德分Mashhadi 一个健壮的和可伸缩的软件包可再生的高通量分析genotype-phenotype协会
oposSOM 亨利Loeffler-Wirth transciptome数据的综合分析
oppar Soroor Hediyeh德 离群值R中的概要文件和路径分析
oppti Abdulkadir埃尔玛 异常蛋白质和Phosphosite目标标识符
optimalFlow 斯托伊Inouzhe optimalFlow
OPWeight 穆罕默德哈桑 最优的假定值权重与独立信息
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 相似基因的有序列表
ORFik 哈Tjeldnes 在基因开放阅读框架
Organism.dplyr 马丁•摩根 dplyr-based Bioconductor注释资源的访问
OrganismDbi Bioconductor包维护者 软件使光滑连接不同的数据库包
OSAT 李彦 OSAT:最优样本分配的工具
Oscope 宁愣了 Oscope——统计管道识别振荡在同步的单细胞RNA-seq基因
OTUbase 丹尼尔·贝克 提供了结构和功能的分析OTU数据
OutlierD Sukwoo金 异常值检测利用分位数回归在—高通量数据的散点图
先驱者 基督教莫特 先驱者——RNA-Seq仪离群值
OVESEG 露露陈 OVESEG-test检测组织/特异性标记
PAA 迈克尔•Turewicz马丁eisenach PAA(蛋白质阵列分析仪)
packFinder 杰克Gisby 新创的注释Pack-TYPE转座的元素
莲花 安德里亚·劳 个性化Multi-Omic路径偏差分数使用多因素分析
PADOG Adi Laurentiu Tarca 重叠基因的途径分析重量降低(PADOG)
网页排名 经由叮 时间和多路复用pr基因调控网络分析
PAIRADISE 羌胡,沛Demirdjian PAIRADISE:配对分析微分同种型表达式
paircompviz 米甲Burda 多重比较检验可视化
pandaR 约瑟夫·n·保尔森丹Schlauch 熊猫算法
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panp 华伦 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用
PANR 新王 后协会网络和功能模块推断从富裕表型的基因扰动
PanVizGenerator 托马斯·彼得森林 从你的pangenome生成PanViz可视化效果
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拙劣的模仿 VJ凯里 离群值DYtection参数和的抵抗力
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Path2PPI 奥利弗•菲利普 pathway-related预测蛋白质相互作用网络
pathifier Assif Yitzhaky 量化放松管制的癌症通路
PathNet 路德维希Geistlinger 利用拓扑信息R包路径分析
PathoStat Solaiappan Manimaran,赵曰 PathoStat统计微生物分析包
pathprint Sokratis Kariotis 通路指纹分析基因表达的数组
pathRender 文斯凯里 使分子途径
pathVar 塞缪尔·齐默尔曼 方法找到通路变化明显不同
pathview Weijun罗 一组工具基于路径的数据集成和可视化
pathwayPCA 加布里埃尔奥多姆 综合路径分析与现代PCA方法和基因的选择
PathwaySplice 爱民严 R无偏拼接方案的路径分析
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pcaMethods 亨宁Redestig PCA方法的集合
PCAN 马太福音页面和帕特里斯·戈达尔 表现型一致分析(PCAN)
PCAtools 凯文Blighe PCAtools:所有的主成分分析
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PCpheno Nolwenn Le Meur 表型和细胞组织单位
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pdInfoBuilder Benilton卡瓦略 平台设计信息包生成器
PeacoQC Annelies Emmaneel Peak-based选择高质量的血细胞计数数据
peakPantheR Arnaud狼吞虎咽的人 挑选峰值和注释的高分辨率的实验
PECA 托米-芬兰语 Probe-level表达改变平均
peco Chiaowen乔伊斯萧 的监督方法* * P * * r * * e * * dict * * c公关* *啊,* * * *魔法循环使用scRNA-seq数据移位
PepsNMR 侬·马丁 预处理1 h - nmr FID信号
pepStat 格雷戈里·C Imholte 统计分析多肽微阵列
pepXMLTab 小菁王 基于肽罗斯福解析pepXML文件和过滤器。
完美的 Quy曹 排列为微生物数据过滤
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perturbatr 西蒙Dirmeier 统计分析的高通量基因扰动屏幕
PGA 博温,Shaohang徐 识别的包小说肽通过定制数据库来自RNA-Seq
pgca 加芙Cohen-Freue PGCA:一个算法从MS / MS数据链接创建的蛋白质组
PGSEA 卡尔Dykema 参数基因集富集分析
phantasus Alexey Sergushichev 视觉和互动的基因表达分析
PharmacoGx 本杰明Haibe-Kains 大规模药物基因组学数据分析
phemd 威廉S陈 表型EMD单细胞样本的比较
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phenoTest Evarist星球 工具来测试基因表达和表型之间的联系的方式高效、结构化、快速和可伸缩的。我们还提供了工具来做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。
PhenStat 哈米德Haselimashhadi 表型数据的统计分析
philr 贾斯汀·西尔弗曼 基于系统分区的劳工关系转换为宏基因组数据
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PhosR Taiyun金 一系列的方法和工具对phosphoproteomics数据的综合分析
PhyloProfile Vinh Tran PhyloProfile
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π 海方 利用遗传学证据优先考虑药物靶点的基因和通路水平
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pmm 安娜Drewek 并行混合模型
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道具 Lichy汉 概率路径评分(道具)
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Rfastp 托马斯•卡罗尔 一个超高速和一体化Fastq预处理(质量控制、适配器、低质量和polyX修剪)和UMI序列解析)。
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rGADEM Arnaud所有权 新创主题发现
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RJMCMCNucleosomes 阿斯特丽德Deschenes 贝叶斯层次模型与高通量基因组核小体定位短内容数据(MNase-Seq)
RLMM Nusrat Rabbee 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组
Rmagpie 卡米尔Maumet 微阵列Gene-expression-based错误率评估程序
RMassBank RMassBank在作者之一 工作流过程串联文件女士和构建MassBank记录
rmelting j·阿拉 融化5 R接口
RmiR 弗朗西斯科·Favero 包与microrna与R microrna的目标
Rmmquant Zytnicki马提亚 RNA-Seq multi-mapping读取量化工具
RNAAgeCalc 徐任 multi-tissue转录年龄计算器
RNAdecay 里德索伦森 最大似然衰变RNA降解数据的建模
rnaEditr 兰屿张 统计分析的RNA编辑网站和hyper-editing地区
RNAinteract 贝恩德•菲舍尔 估计成对从多维交互功能
RNAither 佬司Kaderali 统计分析的高通量RNAi屏幕
RNAmodR Felix通用恩斯特 高通量测序数据中检测转录后修饰
RNAmodR.AlkAnilineSeq Felix通用恩斯特 检测m7G, m3C和D AlkAnilineSeq修改
RNAmodR.ML Felix通用恩斯特 使用机器学习检测模式的转录后修饰
RNAmodR.RiboMethSeq Felix通用恩斯特 检测由RiboMethSeq 2 ' - o甲基化
RNAprobR Nikos Sidiropoulos R包基于大规模并行测序分析RNA结构探测数据
RNAsense 马库斯Rosenblatt 时间分辨RNA-Seq数据的分析
rnaseqcomp Mingxiang腾 RNA-seq量化的标准管道
rnaSeqMap 米甲Okoniewski rnaSeq二次分析
RNASeqPower 特里M Therneau RNAseq研究样本量
RNASeqR Kuan-Hao曹国伟 RNASeqR: R包自动双官能团RNA-Seq分析工作流
RnaSeqSampleSize 石林赵开发人员 RnaSeqSampleSize
RnBeads 费边穆勒 RnBeads
Rnits Dipen p Sangurdekar R时间序列数据的规范化和推理
咆哮 埃琳娜格拉希 从RNA-seq比对确定微分APA使用
中华民国 文斯凯里 中华民国的公用事业,微阵列的焦点
ROCpAI Juan-Pedro加西亚 接受者操作特征部分区域索引来评估分类器
Roleswitch 李越 推断miRNA-mRNA交互使用成对的表达数据从一个样本
的方式 劳伦特与 R本体查询服务接口
ROntoTools Calin Voichita R Onto-Tools套件
ropls 艾蒂安a Thevenot 主成分分析,请(- da)和OPLS (- da)多元组学数据的分析和特征选择
ROSeq Krishan古普塔 建模表达式noise-tolerant军衔微分表达式分析scRNA-Seq数据
腐烂 托米-芬兰语 Reproducibility-Optimized检验统计量
狮子座拉赫蒂 战:健壮的概率平均probe-level分析
RProtoBufLib 迈克江,杰克瓦格纳 c++头文件和协议的静态库缓冲区
RpsiXML 张Jitao大卫 PSI-MI 2.5 R接口文件
rpx 劳伦特与 ProteomeXchange R接口库
Rqc Welliton Souza 高通量测序数据的质量控制工具
rqt Ilya y Zhbannikov rqt:公用事业能够荟萃分析
rqubic 张Jitao大卫 定性biclustering R表达数据分析算法
rRDP 迈克尔Hahsler 接口RDP分类器
RRHO 乔纳森Rosenblatt 推理有序列表之间的协议
rrvgo 塞尔吉Sayols 减少+想象去
Rsamtools Bioconductor包维护者 二进制对齐(BAM)、FASTA变体叫(供应量),和tabix文件导入
rsbml 迈克尔•劳伦斯 使用libsbml R支持用
rScudo 马特奥Ciciani 基于签名的集群用于诊断目的
rsem 莱斯利敏 一个接口语义MEDLINE数据库
RSeqAn 8月广 R SeqAn
Rsubread 廖施魏,杨和戈登·史密斯 测序数据的分析映射,量化和变体
RSVSim Christoph Bartenhagen RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化
rSWeeP Danrley r·费尔南德斯 函数来创建低维氨基酸序列出现的比较矩阵
rTANDEM 弗雷德里克·弗尔涅 接口串联蛋白质识别算法在R
RTCA 张Jitao大卫 开源工具箱分析数据从xCELLigence系统(RTCA)
RTCGA Marcin辛斯 癌症基因组图谱数据集成
RTCGAToolbox 马塞尔·拉莫斯 一个新工具出口TCGA流水数据
研制 毛罗·卡斯特罗 研制:调节子的转录调控网络的重建和分析
RTNduals 毛罗·卡斯特罗,克拉丽斯顶尖 co-regulation分析和推理的双重调节子
RTNsurvival 克拉丽斯顶尖毛罗·a·a·卡斯特罗 生存分析使用转录网络推断的研制方案
RTopper 路易吉马尔基奥尼 这个包是用来执行组基因分析跨多个基因组平台
Rtpca 尼尔斯·Kurzawa 热接近co-aggregation与R
rtracklayer 迈克尔•劳伦斯 R接口基因组注释文件和UCSC基因组浏览器
Rtreemix 嘉斯米娜Bogojeska Rtreemix: Mutagenetic树木混合模型。
rTRM 迭戈Diez 转录监管模块从PPI网络的识别
rTRMui 迭戈Diez rTRM闪亮的用户界面
runibic Patryk Orzechowski runibic:基于行的biclustering算法在R基因表达数据的分析
RUVcorr Saskia Freytag 删除不需要的变化和相关基因基因相关性分析
RUVnormalize 洛朗•雅各布 RUV言论正常化的数组数据
RUVSeq 大卫。Risso 从RNA-Seq数据删除不需要的变化
旅游房车 托马斯·谢尔曼 计算的概率估计的相关个人共享一种罕见的变异
rWikiPathways 大多Willighagen rWikiPathways - R WikiPathways API客户端库
S4Vectors Bioconductor包维护者 在Bioconductor向量和类似容器的基础
安全 路德维希Geistlinger 意义的分析功能和表达
sagenhaft 蒂姆Beissbarth 为阅读和比较圣人库函数的集合
SAGx 每Broberg GeneChip的统计分析
SAIGEgds Xiuwen郑 可伸缩的实现广义混合模型使用GDS文件Phenome-Wide协会的研究
samExploreR shailesh tripathi samExploreR包:高性能阅读综述计算向量的avaliability测序深度还原模拟
sampleClassifier 岩洞里埃尔领导的 样本分类器
SamSPECTRAL Habil 识别的细胞群在流式细胞仪的数据。
sangeranalyseR Kuan-Hao曹国伟 sangeranalyseR:一套函数R桑格序列数据的分析
sangerseqR 乔纳森山 工具在R Sanger测序数据
sapFinder Shaohang徐,Bo 包变体肽在猎枪蛋白质组学检测和可视化。
衬衣 丹尼斯·威利 后缀数组内核平滑相关序列的发现和multi-motif域
savR r·布伦特考尔德 解析和分析Illumina公司SAV文件
SBGNview Weijun罗 “SBGNview:数据分析、整合和可视化SBGN通路”
SBMLR 托马斯Radivoyevitch SBML-R接口和分析工具
SC3 弗拉基米尔•Kiselev 单细胞共识集群
Scale4C 卡罗琳沃尔特 Scale4C: R / Bioconductor包4 c-seq数据的尺度空间的转换
scAlign 尼尔森·约翰森 一个对齐单细胞基因组学和集成方法
SCAN.UPC Stephen r .短笛 单通道阵列正常化(扫描)和通用表达式代码(UPC)
SCANVIS 菲德拉Agius SCANVIS——工具评分、注释和可视化接头连接
SCATE Wenpin侯 SCATE:单细胞ATAC-seq信号提取和增强
艾伦·奥卡拉汉 单细胞分析工具箱在R基因表达数据
scBFA Ruoxin李 降维工具使用基因检测模式,以减轻scRNA-seq嘈杂的表达谱
SCBN 燕周 统计归一化法和微分表达式分析RNA-seq不同物种之间的数据
scCB2 子健倪 CB2改善细胞检测的RNA droplet-based单细胞测序数据
scClassify Yingxin林 scClassify:单细胞分层分类
scDataviz 凯文Blighe scDataviz:单细胞dataviz和下游分析
scDblFinder Pierre-Luc日尔曼 scDblFinder
scDD 基冈Korthauer 单细胞RNA-seq数据的混合建模与微分分布识别基因
scde 让粉丝 单细胞微分表达式
scds 丹尼斯Kostka In-Silico注释为单个细胞RNA序列数据的对比
短链脂肪酸 Duc Tran 因子分析SCFA:子类型化通过共识
scFeatureFilter Guillaume Devailly correlation-based方法单细胞RNAseq质量过滤数据
scGPS 关丽珍阮 完整的单细胞分析亚种群,从确定亚种群分析他们的关系(scGPS =全球预测单个细胞亚群)
schex Saskia Freytag Hexbin情节单一细胞组学数据
散粒 Shila Ghazanfar 单细胞高阶测试
ScISI 托尼蒋介石 在硅片Interactome
scMAGeCK 枭龙程 识别与多个表达式表型相关的基因在单细胞CRISPR筛选数据
scmap 弗拉基米尔•Kiselev 无监督的工具单细胞RNA-seq数据的投影
scMerge Yingxin林 scMerge:合并多个批次的scRNA-seq数据
scmeth Divy Kangeyan 函数来进行质量控制分析甲基化数据
SCnorm 朗达巴彻 单细胞RNA-seq数据的标准化
司康饼 大卫。Risso 单细胞规范化表达数据的概述
Sconify 泰勒J烧伤 工具箱用于执行KNN-based质量流和血细胞计数数据的统计信息
范围 如金王 标准化和拷贝数估计方法单细胞DNA测序
scoreInvHap 卡洛斯·鲁伊斯 在预定义的地区得到反演状态
scp 克利斯朵夫Vanderaa 质量Spectrometry-Based单细胞蛋白质组学数据分析
scPCA 菲利普波瓦洛 稀疏的对比主成分分析
scPipe Luyi田 管道为单细胞RNA-seq数据分析
食物 亚伦Lun 单细胞RNA-Seq数据分析的方法
scRecover 逸苗 scRecover归责的单细胞RNA-seq数据
scRepertoire 尼克Borcherding 单细胞分析免疫受体的工具包
颈背 哲王 单细胞RNA-Seq UMI过滤主持人(颈背)
用水晶球占卜 凯利街 Small-Count高维数据分析方法
scsR 安德里亚·弗兰切斯基尼罗杰·迈耶基督教冯纯粹 SiRNA校正种子脱靶效应介导的
scTensor 露崎引人入胜 从单细胞检测和信息交互RNA-seq张量分解的数据集
scTGIF 露崎引人入胜 细胞类型为未经单细胞RNA-Seq数据注释
scTHI 米歇尔·切 识别中的显著激活交互跨集群的细胞RNA从单细胞测序数据
天窗 亚伦Lun 单细胞RNA-Seq分析工具
SDAMS Yuntong李 微分丰富分析代谢组学、蛋白质组学和RNA单细胞测序数据
segmentSeq 托马斯·Hardcastle 方法从高通量测序数据识别小RNA基因座
selectKSigs 杨直 选择的数量使用perplexity-based测量和交叉验证突变特征
SELEX Harmen j . Bussemaker 分析SELEX-seq数据的功能
SemDist 伊恩·冈萨雷斯 信息Accretion-based功能预测评估
semisup 阿明罗森伯格 Semi-Supervised混合模型
SEPIRA 个陈 系统表观基因组学推理的监管活动
seq2pathway 新安杨詹妮弗太阳的贡献 小说的工具功能的基因簇(或称为通路)下一代测序数据的分析
SeqArray Xiuwen郑 数据管理大规模的全基因组序列变异调用
seqbias 丹尼尔·琼斯 高通量测序数据估计per-position的偏见
seqCAT Erik Fasterius 高通量测序细胞认证工具包
seqCNA 大卫Mosen-Ansorena 癌症数据拷贝数高通量测序分析
seqcombo Guangchuang余 可视化工具序列重组和重组
SeqGate 斯蒂芬妮Rialle 过滤低表达的功能
SeqGSEA 习王 基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接
seqLogo 罗伯特Ivanek DNA序列比对的序列标识
seqPattern Vanja Haberle 想象寡核苷酸模式和主题出现跨一组排序序列
seqplots Przemyslaw Stempor 交互式可视化的工具挥动信号和序列图案密度以及基因组功能使用平均情节和热图
seqsetvis 约瑟夫·R博伊德 设置基于下一代测序数据的可视化
SeqSQC 钱氏 bioconductor包样本与下一代测序数据质量检查
seqTools 沃尔夫冈•凯泽 分析核苷酸序列和质量内容fastq文件
SeqVarTools 斯蒂芬妮·m·Gogarten 工具变量数据
芝麻 扫读周 明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析
SEtools Pierre-Luc日尔曼 为处理SummarizedExperiment SEtools:工具
sevenbridges 儿子Koc 七桥平台API客户机和通用工作流语言工具构建器在R
sevenC 乔纳斯Ibn-Salem 计算染色体构象捕获相关的ChIP-seq CTCF图案
SGSeq 伦纳德·戈尔茨坦 从RNA-seq数据拼接事件预测和量化
SharedObject Jiefei王 共享对象跨多个R过程没有内存复制
shinyMethyl 让-菲利普•福丁 交互式可视化的Illumina公司甲基化数组
shinyTANDEM 弗雷德里克·弗尔涅 为rTANDEM提供了一个GUI
ShortRead Bioconductor包维护者 FASTQ输入和操作
SIAMCAT Jakob Wirbel 统计推断微生物群落和主机表型之间的关联
SICtools Xiaobin兴 找到SNV / Indel差异附近两个bam文件之间的关系
sigaR 韦塞尔n . van Wieringen 在R统计综合基因组学分析
SigCheck 罗里斯塔克 检查基因签名的预后性能对随机签名,签名,和交换数据或元数据
sigFeature Pijush Das开发人员 sigFeature:显著的特征选择使用SVM-RFE & t统计量
SigFuge 帕特里克·金 SigFuge
siggenes Holger Schwender 多个测试使用萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法
风景 Elika Garg 高温超导的统计数据和诊断图
signatureSearch 玉柱段 基因表达环境搜索结合功能富集分析
签名者 升Valieris 经验贝叶斯方法发现突变签名
印:选择基因网络的推理
sigPathway Weil赖 路径分析
SigsPack Franziska舒曼 突变签名估计单样本
sigsquared UnJin李 基因功能验证的签名生成信号通路
SIM卡 蕾妮x de Menezes 综合分析两个人类基因组数据集
SIMAT m . r . Nezami Ranjbar GC-SIM-MS数据处理和alaysis工具
SimBindProfiles 贝蒂娜费舍尔 类似的绑定配置文件
SIMD Jiadi朱 统计推断MeDIP-seq数据(SIMD)来推断每个CpG位点的甲基化水平
SimFFPE 拉妮魏 总会读模拟器FFPE组织
similaRpeak 阿斯特丽德Deschenes 指标来估计两个ChIP-Seq概要文件之间的相似程度
SIMLR 卢卡·德·佐 单细胞通过Multi-kernel解释学习(SIMLR)
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
simplifyEnrichment Zuguang顾 简化功能富集的结果
simulatorZ (张 模拟器为独立的基因组数据集的集合
sincell 米格尔茱莉亚,安东尼奥Rausell R包细胞状态的统计评估层次结构从单细胞RNA-seq数据
SingleCellExperiment 大卫。Risso S4单细胞数据类
SingleCellSignalR 雅克Colinge 细胞信号使用单细胞RNAseq数据分析
singleCellTK Yusuke四郎的 全面和交互式分析单细胞RNA-Seq数据
亚伦Lun Reference-Based单细胞RNA-Seq注释
singscore Dharmesh d Bhuva Rank-based single-sample基因设置评分法
SISPA 巴克提已经受理 SISPA:方法示例集成组剖面分析
sitePath 澄霁 检测网站固定在分子进化
sizepower Weiliang邱 在Micorarray研究中样本容量和功率计算
skewr 瑞安帕特尼 可视化强度由人类甲基化450 k BeadChip Illumina公司的
激流回旋 戴维斯麦卡锡 阶乘的潜变量模型单细胞RNA-Seq数据
SLGI Nolwenn Le Meur 合成致命的基因相互作用
弹弓 凯利街 订购单细胞测序的工具
紧身的 埃里克j . Kort 把距离L1000数据分析的乐趣
SLqPCR 马蒂亚斯•科尔 函数在SIRS-Lab GmbH实时定量PCR分析数据
SMAD 青州张 统计建模AP-MS数据(SMAD)
SMAP 罗宾·安德森 一个节段最大后验全息阵列拷贝数分析方法
击杀 尼尔·阿里Wijetunga安德鲁·达蒙约翰斯顿 Significance-based模块集成表观基因组和转录组
SNAGEE 大卫Venet 信噪比应用于基因表达实验
snapCGH 约翰Marioni aCGH数据的分割,正常化和处理
snapcount 檐沟查尔斯 R / Bioconductor方案与Snaptron快速查询的表达
一口 艾伦·奥卡拉汉 R为python包装器openTSNE图书馆
球形结构 约翰·d·层 监督规范化的微阵列
SNPediaR 大卫褐煤 从SNPedia查询数据
SNPhood 基督教阿诺德 SNPhood:调查,量化和可视化snp的外遗传性附近使用门店数据
SNPRelate Xiuwen郑 并行计算工具集亲缘和SNP数据的主成分分析
snpStats 大卫·克莱顿 SnpMatrix XSnpMatrix类和方法
soGGi 汤姆•卡罗尔 想象ChIP-seq, MNase-seq和主题发生聚合情节概括在分组基因间隔
寄居 寄居的开发者 统计分析的单分子轨迹
SomaticSignatures 朱利安格林 体细胞签名
SpacePAC 格里高利Ryslik 突变的识别集群通过模拟蛋白质三维空间中。
猎犬 雷切尔女王 空间转录组分析
sparseDOSSA 艾玛Schwager,乔治Weingart波宇仁 稀疏数据观测模拟合成丰富
sparseMatrixStats 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 汇总统计数据稀疏矩阵的行和列
sparsenetgls 艾琳曾 使用高斯图形带学习估计结构广义最小平方回归多元正态回归
SparseSignatures 卢卡·德·佐 SparseSignatures
SpatialCPie 约瑟夫Bergenstraahle 空间转录组数据的聚类分析
SpatialDecon 帕特里克Danaher 从空间和/或反褶积的混合细胞大部分基因表达数据
SpatialExperiment 达里奥Righelli S4类空间实验处理
spatialHeatmap Jianhai张 spatialHeatmap
specL 基督教Panse specL——准备肽谱匹配用于目标蛋白质组学
SpeCond 弗洛伦斯卡瓦利 条件表达式的具体检测数据
光谱 RforMassSpectrometry包维护者 光谱质谱数据的基础设施
SpectralTAD 凯伦Cresswell SpectralTAD:分层检测利用谱聚类
SPEM 欣阳 s系统参数估计方法
SPIA Adi Laurentiu Tarca 信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰
spicyR 埃利斯帕特里克 原位血细胞计数数据的空间分析
SpidermiR 克劳迪娅静脉 SpidermiR: R / Bioconductor包与microrna的综合网络分析数据
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具
spkTools 马修·N考尔 在数组的方法
飞溅 路加福音Zappia RNA单细胞测序数据的简单模拟
SplicingGraphs h .页面 创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取
splineTimeR 赫伯特Braselmann,马丁Selmansberger 时间进程差异基因表达数据分析使用样条回归模型基因协会网络重建紧随其后
分裂 戴安娜低 拼接的成绩单翻译
splots 沃尔夫冈•休伯 高通量分析的可视化microtitre板或幻灯片格式
海绵 马库斯列表 稀疏的部分基因表达的相关性
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列点分割和网格块微阵列斑点
spqn 易王 空间分位数正常化
SPsimSeq 尤里斯最大经济产量 Semi-parametric散装和RNA单细胞测序数据的仿真工具
SQLDataFrame 钱氏 表示DataFrame隐喻的SQL数据库
SQUADD 武术Sankar 附加的软件
sRACIPE Vivek Kohar 系统生物学工具来模拟基因调控电路
SRAdb 杰克朱 从NCBI SRA编译的元数据和工具
SRGnet Isar Nassiri SRGnet: R包为研究从转录组数据协同响应基因突变
srnadiff Zytnicki马提亚 寻找差异表达从RNA-seq数据未经基因组区域
sscore 理查德•肯尼迪 S-Score算法Affymetrix寡核苷酸微阵列
sscu 于太阳 选择密码子使用的力量
sSeq 丹尼余 收缩估计的色散RNA-seq负二项模型实验与小样本大小
ssize 格雷戈里·r·警告 样本量估计微阵列
SSPA 范Iterson 总体样本容量和功率分析微阵列和下一代测序数据
ssPATHS 娜塔莉·r·戴维森 ssPATHS:单一样本途径得分
ssrch VJ凯里 一个简单的搜索引擎
ssviz 戴安娜低 一个小RNA-seq可视化工具和分析工具
经验丰富的人 柯恩Van den贝 演员:级间的高通量基因表达数据分析R
斯坦 拉斐尔Campos-Martin 国家基因组注释包
staRank Juliane Siebourg 稳定的排名
StarBioTrek 克劳迪娅静脉 StarBioTrek
斯塔尔 Benedikt米基罗 简单的瓷砖阵列分析Affymetrix ChIP-chip数据
STATegRa 大卫•Gomez-Cabrero Nuria Planell multi-omics数据集成的类和方法
statTarget 半的菜肴 分子的统计分析资料
stepNorm 肖渊源 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能
strandCheckR Thu-Hien来 计算strandness bam文件信息
拖缆 马丁•摩根 使流处理大型文件
STRINGdb Damian Szklarczyk STRINGdb(蛋白质相互作用数据库的检索搜索工具)
STROMA4 Sadiq萨利赫 TNBC患者分配属性
结构体 加文·里斯•劳埃德 统计在R使用基于类的模板
Structstrings Felix通用恩斯特 实施点与Biostrings括号注释
structToolbox 加文·里斯•劳埃德 数据处理与分析工具,用于代谢组学等组学
StructuralVariantAnnotation 丹尼尔·卡梅隆 变异注释结构变异
SubCellBarCode 亚斯兰谭 SubCellBarCode:集成工作流健壮的映射和可视化整个人类空间蛋白质组
subSeq 约翰·d·安德鲁•j .低音层 二次抽样的高通量测序数据
SummarizedBenchmark 帕特里克·金 类和方法来执行基准比较
SummarizedExperiment Bioconductor包维护者 SummarizedExperiment容器
supraHex 海方 supraHex: supra-hexagonal地图分析表格组学数据
survcomp 本杰明Haibe-Kains,马库斯·施罗德Catharina奥尔森 生存分析的性能评估和比较
survtype Dongmin荣格 亚型识别与生存数据
寿司 道格拉斯。H Phanstiel 基因组数据的可视化工具
股东价值分析 约翰·d·杰弗里·t .韭菜楼——w·埃文约翰逊 代理变量分析
SVAPLSseq Sutirtha Chakraborty SVAPLSseq-An R包估计的隐藏因素的可变性和调整来实现一个更强大的和准确的基于RNAseq微分表达式分析数据
SWATH2stats 彼得Blattmann 转换和过滤片数据统计软件包
SwathXtend Jemma吴 片扩展库生成和统计数据分析
swfdr Simina m·博卡杰弗里·t .韭菜 Science-wise错误发现率和比例估计真正的零假设
SwimR 兰迪·布莱克 SwimR:一套量化分析工具的秀丽隐杆线虫游泳行为
开关箱 Bahman艾弗里,路易吉马尔基奥尼,Wikum Dinalankara 实用程序来训练和验证分类器基于对切换使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法
switchde 基兰•坎贝尔 开关类微分表达式在单细胞轨迹
synapter Laurent与和塞巴斯蒂安·吉布 Label-free数据分析管道最优识别和定量
synergyfinder 淑玉商量郑 计算和可视化协同药物组合的成绩
SynExtend 尼古拉斯·厄尔 处理同线性对象的工具
synlet Chunxuan邵 点击选择合成致命的RNAi屏幕数据
SynMut Haogao顾 SynMut:设计同义突变序列具有不同基因签名
systemPipeR 托马斯Girke systemPipeR:门店工作流和报告生成环境
systemPipeShiny Le张 systemPipeShiny:交互式工作流管理和可视化的框架
TADCompare 凯伦Cresswell TADCompare:识别和描述微分TADs
TAPseq Andreas Gschwind 有针对性的TAP-seq scRNA-seq引物设计
目标 马哈茂德•艾哈迈德 预测转录因子的功能相结合
TargetScore 李越 TargetScore:推断microRNA目标使用microRNA-overexpression数据和序列信息
TargetSearch Alvaro Cuadros-Inostroza 一个包的gc - ms代谢物分析数据的分析
TarSeqQC 加芙美利奴 有针对性的测序实验质量控制
TBSignatureProfiler 大卫•詹金斯 配置文件使用结核病RA-Seq数据通路的签名
移行细胞癌 Jianqiang太阳,难以西山 移行细胞癌:微分表达式分析标记数数据与健壮的标准化策略
TCGAbiolinks 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦,安东尼奥Colaprico TCGAbiolinks: R / Bioconductor包与环球数码创意数据进行综合分析
TCGAbiolinksGUI 蒂亚戈。席尔瓦 “TCGAbiolinksGUI:图形用户界面分析癌症的分子和临床数据”
TCGAutils 马塞尔·拉莫斯 TCGA效用函数进行数据管理
TCseq Mengjun吴 时间进程测序数据分析
TDARACNE Zoppoli Pietro 从时间进程数据网络反向工程。
tenXplore VJ凯里 本体论的探索scRNA-seq 130万小鼠神经元从10 x基因组学
TEQC 曼胡默尔 质量控制目标捕获实验
ternarynet 马修·n·考尔 三元网络评估
TFARM Liuba娜乌西卡马蒂诺 转录因子关联规则
TFBSTools 通用电气谭 软件包的转录因子结合位点(TFBS)分析
TFEA.ChIP 劳拉朋地Santamaria 分析转录因子浓缩
TFHAZ 阿尔贝托Marchesi 转录因子高积累区
TFutils 什维塔Gopaulakrishnan TFutils
tidybulk 斯特凡诺Mangiola 带来tidyverse转录组
tidySingleCellExperiment 斯特凡诺Mangiola 带来SingleCellExperiment Tidyverse
tidySummarizedExperiment 斯特凡诺Mangiola 带来SummarizedExperiment Tidyverse
tigre Antti Honkela 转录因子通过高斯过程推理重建的表达
TileDBArray 亚伦Lun 使用TileDB DelayedArray后端
tilingArray (徐 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组
timecourse 玉川泰 统计分析发育微阵列时间进程的数据
timeOmics 安东尼Bodein 时间进程Multi-Omics数据集成
timescape 玛雅史密斯 病人克隆Timescapes
TimeSeriesExperiment 局域网阮:“学校没有教导 分析短时间序列数据
TimiRGeN Krutik帕特尔 时间敏感microRNA-mRNA集成、分析和网络生成工具
Bjarne Johannessen 转录组不稳定分析
TissueEnrich 阿施施耆那教徒的 组织基因富集分析
TitanCNA 加文·哈 Subclonal拷贝数和LOH预测肿瘤的全基因组测序
tkWidgets j .张 基于R tk小部件
TMixClust 莫妮卡Golumbeanu 时间序列聚类的基因表达与高斯Mixed-Effects模型和平滑样条函数
TNBC.CMS Doyeong余 TNBC.CMS:Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes
三硝基甲苯 总部位于马 交互式可视化的基因特性
烤面包 章子怡李 分析异构组织的工具
tofsims 洛伦兹格柏 导入过程和飞行时间二次离子质谱分析(ToF-SIMS)成像数据
但在 Wendao刘 Tomo-seq数据分析
ToPASeq 伊凡娜Ihnatova 架构RNA-seq通路分析数据
topconfects 保罗•哈里森 最自信的尺度效应
topdownr 塞巴斯蒂安·吉布 调查的分裂状况自上而下的蛋白质组学
topGO Adrian Alexa 富集分析基因本体
ToxicoGx 本杰明Haibe-Kains 分析大规模Toxico-Genomic数据
泛太平洋伙伴关系 多罗斯蔡尔兹 分析热蛋白质组分析(TPP)实验
TPP2D 尼尔斯·Kurzawa 检测ligand-protein交互从2 d热概要(DLPTP)
tracktables 汤姆•卡罗尔 构建IGV追踪和HTML报告
trackViewer Jianhong欧 R / Bioconductor包优雅的绘图与web接口交互跟踪或棒棒糖阴谋促进multi-omics数据的综合分析
tradeSeq 赫克托耳Roux de Bezieux trajectory-based微分表达式为测序数据分析
transcriptogramer 迭戈极其 基于transcriptograms转录分析
transcriptR Armen r . Karapetyan 基于芯片的一个综合工具,RNA-Seq主要记录检测和量化
石棉水泥板 康斯坦丁·Krismer rna结合蛋白的主题分析
tRanslatome 托马迪亚尔迪在内的埃里克Dassi 比较多的基因表达水平
transomics2cytoscape Kozo Nishida 一个工具集与Cytoscape 3 d Trans-Omic网络可视化
TransView 尤利乌斯•穆勒 读密度地图建设和加入。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化
tra利用 李陈 GWAS trait-associated SNP浓缩在基因组分析间隔
TreeAndLeaf 米蕾a·卡多佐 替代系统树图可视化和多层次的信息的插入
treeio Guangchuang余 基类和函数的系统发育树的输入和输出
TreeSummarizedExperiment Ruizhu黄 TreeSummarizedExperiment: S4类数据与树结构
trena 保罗·香农 适合使用基因表达转录调控网络,先知先觉,机器学习
时尚的 朗达巴彻 断点时间进程表达式的分析数据
触发 约翰·d·层 从遗传基因表达的转录监管推理
三人组 Holger Schwender 检测单核苷酸多态性和SNP交互Case-Parent三人研究
三层 雅罗西克亲爱的 搜索和可视化分子内triplex-forming在DNA序列
tRNA Felix通用恩斯特 分析tRNA序列和结构
tRNAdbImport Felix通用恩斯特 从tRNAdb进口和mitotRNAdb农庄组织对象
tRNAscanImport Felix通用恩斯特 导入一个tRNAscan-SE结果文件作为农庄组织对象
TRONCO 卢卡·德·佐 为平移肿瘤学TRONCO, R包
TSCAN 志诚记 单细胞分析工具
tscR Perez-Sanz,费尔南多 一个时间序列聚类包结合边坡和邻距离
tspair 杰弗里·t .韭菜 最高得分对芯片的分类
TSRchitect r·泰勒Raborn 启动子识别从大规模TSS分析数据
TTMap 瑞秋Jeitziner 两级映射器:一个集群基于拓扑数据分析工具
TurboNorm 范Iterson 一个快速散点图平滑适合微阵列正常化
TVTB 凯文Rue-Albrecht TVTB: VCF工具箱
tweeDEseq 胡安·R·冈萨雷斯 RNA-seq数据分析使用Poisson-Tweedie分布的家庭
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 估计当地的错误发现率
twoddpcr 安东尼赵 分类2 d滴数字PCR (ddPCR)数据和量化的数量开始分子
tximeta 迈克尔的爱 成绩单量化进口自动元数据
tximport 迈克尔的爱 导入和总结记录,能够分析转录水平的估计
TxRegInfra VJ凯里 元数据管理multiomic转录监管规范的网络
TypeInfo 邓肯寺郎 可选的类型规范原型
Ularcirc 大卫·汉弗莱斯 闪亮的应用规范和背部剪接分析(即循环和mRNA分析)
UMI4Cats Mireia Ramos-Rodriguez UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化
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