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Bioconductor软件包
Bioconductor版本:3.12
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| a4 | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析雨伞包 |
| a4Base | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析基础包 |
| a4Classif | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析分类方案 |
| a4Core | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析核心包 |
| a4Preproc | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析预处理方案 |
| a4Reporting | 罗兰Cougnaud | 自动Affymetrix阵列分析报告包 |
| ABAEnrichment | 施特菲·格罗特 | 基因表达浓缩在人类的大脑区域 |
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Microrarray (AB1700)基因表达数据。 |
| abseqR | 嘉鸿方 | 报告和数据分析功能Rep-Seq数据集的抗体库 |
| ABSSeq | Wentao杨 | ABSSeq:一个新的RNA-Seq分析方法基于造型绝对表达差异 |
| acde | 胡安-帕布鲁Acosta | 人工检测组件的差异表达基因 |
| 王牌 | 乔斯B Poell | 绝对从信号低拷贝数估计全基因组测序 |
| aCGH | 季米特洛夫彼得 | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 算法计算微阵列浓缩(ACME) |
| ADaCGH2 | 雷蒙Diaz-Uriarte | 大数据分析从aCGH实验中使用并行计算和ff对象 |
| 亚当 | 何塞路易斯Rybarczyk球场 | 亚当:活动和多样性分析模块 |
| ADAMgui | 何塞路易斯Rybarczyk球场 | 活动和多样性分析模块的图形用户界面 |
| 适应 | Weixin蔡 | Data-Adaptive统计数据高维多个测试 |
| adductomicsR | 乔西海耶斯 | adductomic质量光谱数据集的处理 |
| ADImpute | 安娜卡Leote | 自适应辍学输入(ADImpute) |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| AffiXcan | 亚历山德罗Lussana | 功能的方法来嫁祸于基因调控表达 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix SDK文件解析 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix GeneChip软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | 结构化的腐败affymetrix玻璃纸文件数据 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyILM | Myriam Kroll和法布里斯·伯杰 | 线性模型的背景减法和朗缪尔等温线 |
| affyio | 本Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 戈登•史密斯 | GUI与Affymetrix limma包微阵列 |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | 并行预处理方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| AffyRNADegradation | 马里奥Fasold | 正确分析和探测位置偏差在微阵列数据由于RNA降解 |
| AGDEX | Cuilan lani高 | 协议分析的微分表达式 |
| aggregateBioVar | 杰森·拉特克利夫称 | 对多种学科scRNA-seq差异基因表达分析 |
| agilp | 本尼链 | 安捷伦表达阵列处理方案 |
| AgiMicroRna | 佩德罗Lopez-Romero | 处理和微分表达式安捷伦微分析芯片 |
| 的目标是 | 埃里克·R Paquet | 目的:乳腺癌分子亚型内在的绝对作业 |
| ALDEx2 | 格雷格Gloor | 微分丰富考虑样本变异分析 |
| alevinQC | 夏洛特Soneson | 小鲑鱼输出生成质检报告 |
| AllelicImbalance | Jesper R Gadin | 调查特定等位基因表达 |
| AlphaBeta | Yadollah Shahryary Dizaji | 计算推理epimutation率和光谱的高通量DNA甲基化在植物的数据 |
| 高山 | 迈克尔的爱 | 高山 |
| 阿尔卑斯山脉 | 维纳Thatikonda | 分析表观基因组学数据的例程 |
| AlpsNMR | 路易斯·费尔南德斯 | 自动为核磁共振光谱处理系统 |
| 阿尔萨斯 | 罗恩Wehrens | ALS自动化学勘探的混合物 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 选择提供环境(又名probeset映射) |
| 意大利苦杏酒 | 奥利弗Gevaert | 监管网络推理和司机基因评价使用综合Multi-Omics分析和处罚回归 |
| AMOUNTAIN | 李董 | 积极为多层加权基因co-expression网络模块:一个连续优化的方法 |
| amplican | 大船瓦伦 | CRISPR实验的自动化分析 |
| Anaquin | 泰德黄 | 亮片的统计分析 |
| ANCOMBC | 林黄 | 成分分析与偏差纠正肠道菌群 |
| AneuFinder | 亚伦Taudt | 拷贝数变异Single-Cell-Sequencing数据分析 |
| 曾帮工 | 马天乐 | 为复杂的病人集群关联网络融合 |
| 微生物 | 悦赵 | 交互式微生物分析工具箱 |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| annmap | 克里斯Wirth | 基因组注释和可视化包属于Affymetrix数组和门店分析。 |
| 注释 | Bioconductor包维护者 | 注释的微阵列 |
| AnnotationDbi | Bioconductor包维护者 | 操纵SQLite-based Bioconductor注释 |
| AnnotationFilter | Bioconductor包维护者 | 过滤设施Bioconductor注释资源 |
| AnnotationForge | Bioconductor包维护者 | 构建工具SQLite-based注释数据包 |
| AnnotationFuncs | 斯蒂芬·麦金农爱德华兹 | 注释翻译功能 |
| AnnotationHub | Bioconductor包维护者 | 客户端访问AnnotationHub资源 |
| AnnotationHubData | Bioconductor包维护者 | 公共数据资源转换成Bioconductor数据结构 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库 |
| annotatr | 雷蒙德·g·Cavalcante | 注释基因组注释的基因区域 |
| anota | Ola拉尔森 | 分析转化活动(ANOTA)。 |
| anota2seq | 基督教Oertlin朱莉Lorent | 一般适用于使用anota2seq transcriptome-wide转化效率的分析 |
| antiProfiles | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 基因表达anti-profiles的实现 |
| 铁砧 | 马丁•摩根 | Bioconductor铁砧上的计算环境 |
| AnVILBilling | 文斯凯里 | 提供函数来检索和使用费用的报告NHGRI砧(anvilproject.org)。 |
| AnVILPublish | 马丁•摩根 | 发布包和其他资源砧工作区 |
| APAlyzer | Ruijia王 | APA的工具包使用RNA-seq数据分析 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据 |
| apeglm | Anqi朱 | 全球语言监测机构系数近似后验估计 |
| appreci8R | 莎拉Sandmann | appreci8R: R / Bioconductor包过滤SNVs PPV和短indels高敏感性和高 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| ArrayExpress | 哈姆·默罕默德 | 访问ArrayExpress微阵列数据库在EBI和构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch NChannelSet |
| ArrayExpressHTS | 安琪拉Goncalves,安德鲁Tikhonov | ArrayExpress高通量测序处理管道 |
| arrayMvout | 诉凯利 | 多元异常值检测表达阵列QA |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| arrayQualityMetrics | 迈克•史密斯 | 质量量度报告微阵列数据集 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | geneChip分析包 |
| ArrayTV | 埃坦Halper-Stromberg | 波阵列校正的实现 |
| ARRmNormalization | 让-菲利普•福丁 | Illumina公司甲基化数据的自适应鲁棒回归正常化 |
| artMS | 大卫Jimenez-Morales | 分析R质谱分析的工具 |
| 一只 | 张倩 | 祖先特定的等位基因频率估计 |
| ASEB | Likun王 | 预测赖氨酸乙酰化位点 |
| ASGSCA | 海拉Romdhani | 协会研究多个snp和多个特征使用广义结构方程模型 |
| 亚瑟士 | 流行Lefort | 自动统计识别在复杂的光谱 |
| ASpediaFI | Doyeong余 | ASpedia-FI:功能交互分析可变剪接事件 |
| ASpli | 给曼奇尼 | 分析使用RNA-Seq可变剪接 |
| AssessORF | Deepank Korandla | 评估预测使用蛋白质组学和基因进化的保护 |
| 资产 | Samsiddhi保护好 | R包subset-based协会分析异构特征和亚型 |
| 分配 | 应慎重,w·埃文约翰逊大卫·詹金斯Mumtehena拉赫曼 | 自适应特征选择和集成(分配) |
| ATACseqQC | Jianhong欧 | ATAC-seq质量控制 |
| atSNP | Sunyoung胫骨 | 亲和力测试确定监管snp |
| 吸引 | 塞缪尔·齐默尔曼 | 方法找到的基因表达模块代表考夫曼司机的吸引子的风景 |
| AUCell | 莎拉Aibar | AUCell:单细胞分析的基因集活动RNA-seq数据(如识别细胞与特定的基因签名) |
| 自动调谐 | 克雷格·麦克莱恩 | 自动参数选择的诸多代谢组学数据处理 |
| AWFisher | Zhiguang霍 | R包快速计算自适应加权费舍尔的方法 |
| BaalChIP | 伊内斯·德·圣地亚哥 | BaalChIP:贝叶斯分析allele-specific在癌症基因组转录因子结合 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯分析Chip-chip实验 |
| 培根 | 范Iterson | 控制通胀偏差和关联研究零分布使用经验 |
| 贝德 | Andreas Neudecker | 贝叶斯分析的微分表达式RNA序列数据 |
| BadRegionFinder | 莎拉Sandmann | BadRegionFinder: R / Bioconductor方案识别坏覆盖的地区 |
| 袋 | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 贝叶斯方法Geneset选择 |
| 舞会礼服 | 杰克傅 | 灵活,isoform-level微分表达式分析 |
| bambu | 陈应 | 长阅读RNA-Seq Reference-guided同种型重建和量化数据 |
| bamsignals | 约翰内斯·赫尔穆特 | 从bam文件提取读计数信号 |
| 强盗 | 西蒙Tiberi | 土匪:贝叶斯分析的微分拼接 |
| banocc | 乔治•Weingart柯蒂斯Huttenhower | 贝叶斯组合协方差分析 |
| basecallQC | 托马斯•卡罗尔 | 使用Illumina公司Basecalling和多路分解输入和输出文件 |
| BaseSpaceR | 贾里德·奥康奈尔 | R SDK BaseSpace RESTful API |
| Basic4Cseq | 卡罗琳沃尔特 | Basic4Cseq: R / Bioconductor包4 c-seq数据进行分析 |
| 基础知识 | 卡特琳娜Vallejos | 单细胞测序数据的贝叶斯分析 |
| BasicSTARRseq | 安妮卡方式 | 基本呼吁STARR-seq峰值数据 |
| 蛇怪 | 亚伦Lun | 冻结Python Bioconductor内包的依赖关系 |
| basilisk.utils | 亚伦Lun | 蛇怪安装工具 |
| 后面; | 亚伦Lun | 单细胞批校正方法 |
| BatchQC | Solaiappan Manimaran | 批处理影响质量控制软件 |
| BayesKnockdown | 威廉乍得年轻 | BayesKnockdown:后验概率击倒的边缘数据 |
| BayesSpace | 马特•斯通 | 聚类和空间分辨率增强转录组 |
| bayNorm | 朱文昊唐 | 单细胞RNA序列数据规范化 |
| baySeq | 托马斯·Hardcastle | 经验贝叶斯分析的微分表达式模式计数数据 |
| BBCAnalyzer | 莎拉Sandmann | BBCAnalyzer: R / Bioconductor可视化方案的基础 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排名DNA序列预测结合位点的共识 |
| bcSeq | 嘉兴林 | 在高通量快速序列映射成分和CRISPR屏幕 |
| BDMMAcorrect | 振威戴 | 荟萃分析的宏基因组读计数数据从不同的人群 |
| beachmat | 亚伦Lun | 编译Bioconductor处理每个矩阵类型 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列 |
| BeadDataPackR | 迈克•史密斯 | Illumina公司BeadArray数据的压缩 |
| BEARscc | 本杰明Schuster-Boeckler | BEARscc(贝叶斯ERCC Assesstment单细胞集群)的鲁棒性 |
| 击败 | 凯末尔Akman | 打败——BS-Seq Epimutation分析工具包 |
| BEclear | 大卫粗声粗气地说 | 修正批影响DNA甲基化数据 |
| BgeeCall | 朱利安Wollbrett | 自动RNA-Seq礼物/缺失基因表达调用生成 |
| BgeeDB | 朱利安Wollbrett,朱利安面粉糊,安德里亚·Komljenovic弗雷德里克·巴斯蒂安· | 从数据库Bgee注释和基因表达数据检索。TopAnat,解剖实体浓缩UBERON本体的分析工具 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 贝叶斯模型微分基因表达 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 六氯 | 丰富的野蛮 | 贝叶斯层次聚类 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | Biclustering分析和探索的结果 |
| BiFET | Ahrim梦想 | 偏离的足迹浓缩试验 |
| BiGGR | 阿南德•k•Gavai Hannes Hettling | 基于约束的建模在R使用代谢重建数据库 |
| bigmelon | 泰勒j . Gorrie-Stone | Illumina公司甲基化数组分析大型实验 |
| bigmemoryExtras | 彼得·m·哈 | bigmemory的扩展包添加了安全,方便,和类的一个因素 |
| bigPint | 林赛·拉特 | 大的多元数据绘制交互 |
| bioassayR | 丹妮拉Cassol | Cross-target小分子生物活性的分析 |
| Biobase | Bioconductor包维护者 | Bioconductor Biobase:基函数 |
| biobroom | 约翰·d·层和安德鲁j .鲈鱼 | 把Bioconductor对象变成整洁的数据帧 |
| biobtreeR | 温和的电流的 | 使用biobtree工具从R |
| bioCancer | 卡里姆Mezhoud | 交互式Multi-Omics癌症数据可视化和分析 |
| BiocCaseStudies | Bioconductor包维护者 | BiocCaseStudies:支持案例研究专著 |
| BiocCheck | Bioconductor包维护者 | Bioconductor-specific包检查 |
| BiocDockerManager | Bioconductor包维护者 | 访问Bioconductor码头工人的图片 |
| BiocFileCache | Lori牧羊人 | 跨会话管理文件 |
| BiocGenerics | Bioconductor包维护者 | S4 Bioconductor中使用的通用函数 |
| biocGraph | Florian Hahne | 在生物信息学和用例图示例 |
| BiocIO | Bioconductor包维护者 | 标准输入和输出Bioconductor包 |
| BiocNeighbors | 亚伦Lun | 最近邻检测Bioconductor包 |
| BiocOncoTK | VJ凯里 | Bioconductor组件一般癌症基因组学 |
| BioCor | Lluis里维拉桑丘 | 功能相似 |
| BiocParallel | Bioconductor包维护者 | Bioconductor设施并行评估 |
| BiocPkgTools | 肖恩·戴维斯 | 简单的工具来学习Bioc包的集合 |
| BiocSet | 凯拉莫雷尔 | 代表不同的生物集 |
| BiocSingular | 亚伦Lun | 奇异值分解为Bioconductor包 |
| BiocSklearn | VJ凯里 | 界面通过Rstudio python sklearn网状 |
| BiocStyle | Bioconductor包维护者 | 小插曲和其他Bioconductor文档的标准样式 |
| biocthis | 莱昂纳多Collado-Torres | 自动化包装和项目设置Bioconductor包 |
| BiocVersion | Bioconductor包维护者 | 设置适当的版本Bioconductor包 |
| biocViews | Bioconductor包维护者 | 分类视图的R包存储库 |
| BiocWorkflowTools | 迈克•史密斯 | 工具来援助Bioconductor工作流软件包的开发 |
| bioDist | Bioconductor包维护者 | 不同距离的措施 |
| biomaRt | 迈克•史密斯 | 接口BioMart数据库(例如运用) |
| biomformat | Paul j . McMurdie | 一个接口包BIOM文件格式 |
| BioMM | Junfang陈 | BioMM: Biological-informed多级机器学习框架表型预测使用的组学数据 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类 |
| biomvRCNS | 杨杜 | 拷贝数为多元生物数据研究和细分 |
| 生命网络 | 马库斯> | 例程,生物网络的功能分析 |
| BioNetStat | 维尼Jardim | 生物网络分析 |
| BioQC | 张Jitao大卫 | 检测组织异质性与基因表达谱集 |
| BioSeqClass | 李红 | 生物序列分类 |
| biosigner | 菲利普·里纳乌多艾蒂安Thevenot | 从组学数据签名的发现 |
| Biostrings | h .页面 | 有效的生物操纵字符串 |
| BioTIP | 玉溪(Jennifer)太阳和X冬青Zhezhen Wang杨 | BioTIP: R包的描述生物转折点 |
| biotmle | 尼玛赫亚兹 | 有针对性的学习与主持统计生物标志物的发现 |
| biovizBase | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据的可视化的基本图形工具。 |
| BiRewire | 安德里亚·米兰球迷 | 高性能的例程的随机化两偶图(或二进制事件矩阵),无向图和直接签署了保护程度分布(或边际总数) |
| biscuiteer | “雅各莫里森” | 便利功能饼干 |
| BiSeq | 卡佳Hebestreit | 处理和分析酸性亚硫酸盐测序数据 |
| BitSeq | Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis | 转录表达推理和微分表达式为RNA-seq数据分析 |
| blacksheepr | RugglesLab | 离群值分析两两差异比较 |
| blima | Vojtěch Kulvait | 预处理和分析工具的Illumina公司微阵列探测器(珠)水平 |
| BLMA | 挂着阮 | BLMA:双层的荟萃分析的方案 |
| 咆哮 | 亚伦Lun | 聚类算法Bioconductor |
| bnbc | 腌鱼Fletez-Brant | Bandwise正常化和批处理高c数据的修正 |
| BPRMeth | Chantriolnt-Andreas Kapourani | 模型高阶甲基化的概要文件 |
| 大脑 | 彼得亚雷Dittwald | 令人困惑的同位素分布计算的递归算法 |
| brainflowprobes | 阿曼达价格 | 情节和注释选择BrainFlow目标探针序列 |
| BrainSABER | 美元生物医学工程 | 大脑跨度Atlas Biobase Expressionset R工具集 |
| BrainStars | Itoshi NIKAIDO | 查询基因表达数据和情节BrainStars (B *) |
| 分歧点 | 贝丝信号 | 预测intronic拼接分歧点 |
| breakpointR | 大卫Porubsky | 在Strand-seq找到断点数据 |
| brendaDb | 易周 | 布伦达酶数据库 |
| BRGenomics | 迈克DeBerardine | 高分辨率的基因组数据的有效分析工具 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| BridgeDbR | 大多Willighagen | 代码使用BridgeDb标识符映射框架在R |
| BrowserViz | 保罗·香农 | BrowserViz:交互式R /浏览器的图形使用websockets和JSON |
| BSgenome | h .页面 | 软件基础设施的有效表示完整的基因组及其单核苷酸多态性 |
| bsseq | Kasper丹尼尔·汉森 | 分析、管理和存储重亚硫酸盐测序数据 |
| BubbleTree | 托德有折痕的,魏朱 | BubbleTree:一个直观的可视化来阐明tumoral异倍性和单克隆体镶嵌性使用新一代测序数据 |
| BufferedMatrix | 本Bolstad | 一个矩阵数据存储对象保存在临时文件 |
| BufferedMatrixMethods | 本Bolstad | 微阵列数据相关的方法,形式美而言BufferedMatrix对象 |
| BUMHMM | Alina Selega | 计算管道计算概率结构探测实验数据的修改 |
| bumphunter | 拉斐尔·a·伊 | 撞猎人 |
| 公共汽车 | 远华刘 | 基因网络的重建 |
| BUScorrect | 象屿罗 | 批处理影响校正与未知的亚型 |
| BUSpaRse | λ摩西 | kallisto | bustools R公用事业 |
| 咖啡馆 | 桑德博伦 | Chromosmal畸变仪在表达数据 |
| CAGEfightR | 马尔特Thodberg | 上限分析基因表达的分析使用Bioconductor(笼)数据 |
| 篮球选手 | Vanja Haberle查尔斯•普莱西一Baranasic, Sarvesh Nikumbh | 基因表达的分析笼(Cap分析)测序数据转录起始点的精确映射和promoterome挖掘 |
| 平静 | 库恩梁 | 协变量协助大规模的多个测试 |
| 相机 | 史蒂芬诺依曼 | 质谱数据的收集相关的注释方法 |
| 癌症 | 卡里姆Mezhoud | 一个图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据 |
| cancerclass | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子诊断测试的开发和验证数据 |
| CancerInSilico | 托马斯·d·谢尔曼伊j .多数 | 一个R界面肿瘤恶化的计算模型 |
| CancerMutationAnalysis | Simina m·博卡 | 癌症突变分析 |
| CancerSubtypes | Taosheng徐 | 癌症亚型识别、验证和基于多个基因数据集的可视化 |
| 萤石 | 凯特琳麦克休 | 执行染色体血统的差异(萤石)分析 |
| caOmicsV | 亨利张 | 癌症基因组学将高维数据可视化 |
| 红衣主教 | 凯莉Bemis a . | 统计分析的质谱影像工具箱 |
| 狂欢节 | Enio Gjerga | 网络识别因果推理工具(从基因表达数据)使用整数值编程 |
| 卡斯珀 | 大卫Rossell | 描述基于Paired-End可变剪接的读取 |
| 催化剂 | 海伦娜·l·克罗威尔 | 血细胞计数数据分析工具 |
| 类别 | Bioconductor包维护者 | 类别分析 |
| categoryCompare | 罗伯特·m·飞行 | 荟萃分析的高通量实验使用功能注释 |
| CausalR | 格林•布拉德利史蒂文巴雷特 | 因果网络分析方法 |
| cbaf | 阿尔曼Shahrisa | 自动化功能比较各种使数据从cbioportal.org |
| cBioPortalData | 马塞尔·拉莫斯 | 公开,使数据从cBioPortal web资源 |
| ccfindR | 小君吸引 | 癌症克隆仪 |
| ccmap | 亚历克斯·皮克林 | 组合连接映射 |
| CCPROMISE | 学苑曹 | 承诺与典型相关分析两种形式的高维基因数据 |
| ccrepe | 艾玛Schwager,克雷格·乔治Weingart | ccrepe_and_nc.score |
| celaref | 莎拉·威廉姆斯 | 单细胞RNAseq细胞集群通过引用标签 |
| celda | 约书亚·坎贝尔 | 细胞潜在狄利克雷分配 |
| CellaRepertorium | 安德鲁McDavid | 数据结构、集群和检测单个细胞免疫受体体验(scRNAseq RepSeq / AIRR-seq) |
| cellbaseR | 穆罕默德OE阿卜杜拉 | 从网络高性能Cellbase查询注释数据 |
| CellBench | Shian苏 | 单细胞分析方法建立基准 |
| cellHTS2 | 约瑟夫·巴里 | 分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本 |
| cellity | Tomislav Ilicic | 为单细胞RNA-seq数据质量控制 |
| CellMapper | 布拉德那里提取 | 预测基因选择性表达在特定的细胞类型 |
| CellMixS | Almut Lutge | 评估Cellspecific混合 |
| CellNOptR | A.Gabor | 培训使用先验知识网络的信号网络的布尔逻辑模型和扰动数据 |
| cellscape | 玛雅史密斯 | 探讨单细胞拷贝数的上下文中概要树一个细胞 |
| CellScore | 南希Mah | 从转录资料工具评估细胞的身份 |
| CellTrails | 丹尼尔Ellwanger | 重建、可视化和分析分支轨迹 |
| cellTree | 大卫duVerle | 推理和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构 |
| CEMiTool | 举行Nakaya | Co-expression模块识别工具 |
| ceRNAnetsim | Selcen Ari Yuka | 监管模拟器microrna的之间的互动和竞争rna(龙头) |
| CeTF | 卡洛斯·阿尔贝托·奥利维拉·德·比亚吉 | Coexpression使用监管影响因子和转录因子偏相关和信息理论分析 |
| CexoR | 佩德罗情歌 | R包发现高分辨率protein-DNA交互ChIP-exo复制 |
| CFAssay | 赫伯特Braselmann | 集落形成试验的统计分析 |
| cfDNAPro | Haichao王 | 这个包可以描述和想象全基因组测序数据从液体活检 |
| CGEN | 威廉-惠勒 | R包遗传流行病学病例对照分析研究 |
| CGHbase | 马克•范由 | CGHbase:基函数和类arrayCGH数据分析。 |
| CGHcall | 马克•范由 | 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。 |
| cghMCR | j .张 | 发现染色体区域显示共同收益/损失 |
| CGHnormaliter | 巴特P.P. van Houte | 正常化全息阵列数据与不平衡的畸变。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 全息阵列数据的降维以最少的信息丢失。 |
| 冠军 | 元田 | 甲基化芯片分析管道Illumina公司HumanMethylation450和史诗 |
| 负责 | 本杰明·梅恩 | 费用:染色体R基因表达数据的评估 |
| ChemmineOB | 托马斯Girke | R接口OpenBabel功能的一个子集 |
| ChemmineR | 托马斯Girke | Cheminformatics R的工具包 |
| 印度豹 | Jurrian德坎特 | 快速和准确scRNA-seq细胞类型识别 |
| 别致的 | 卡门·玛丽亚Livi | 质量控制管道ChIP-Seq数据 |
| 芝加哥 | 米哈伊尔·Spivakov | 芝加哥:捕捉高c基因组组织的分析 |
| 嵌合体 | 拉斐尔一Calogero | 一个包融合产品的二次分析 |
| chimeraviz | Stian Lagstad | 基因融合的可视化工具 |
| ChIPanalyser | 帕特里克·c。马丁 | ChIPanalyser:预测转录因子结合位点 |
| ChIPComp | 李陈 | 定量的比较多个ChIP-seq数据集 |
| chipenrich | 雷蒙德·g·Cavalcante | 基因集富集ChIP-seq峰值数据 |
| ChIPexoQual | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual |
| ChIPpeakAnno | Jianhong Ou,丽华朱莉朱 | 批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围 |
| ChIPQC | 汤姆·卡罗尔Rory明显 | ChIPseq数据质量指标 |
| ChIPseeker | Guangchuang余 | ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化 |
| chipseq | Bioconductor包维护者 | 为分析chipseq chipseq:一个包的数据 |
| ChIPseqR | 彼得汉保格 | 高通量测序数据中识别蛋白质结合位点 |
| ChIPSeqSpike | 尼古拉斯Descostes | ChIP-Seq数据比例根据激增的控制 |
| ChIPsim | 彼得汉保格 | 模拟ChIP-seq实验 |
| ChIPXpress | 乔治·吴 | ChIPXpress:增强目标基因转录因子识别从ChIP-seq ChIP-chip使用公开的基因表达谱数据 |
| 筷子 | Hin-Tak梁 | “snp。矩阵”和“X.snp。矩阵的类 |
| chromDraw | Jan Janecka | chromDraw R包图纸方案的分析在线性和循环的方式。 |
| ChromHeatMap | 蒂姆·f·雷纳 | 热量由基因组地图绘制坐标 |
| chromPlot | 凯伦y Orostica | 全球基因组数据的可视化工具 |
| ChromSCape | Pacome Prompsy | 单细胞分析表观基因组学数据集与闪亮的应用 |
| chromstaR | 亚伦Taudt | 组合和微分ChIP-Seq染色质状态分析数据 |
| chromswitch | 《杰莎 | R包检测染色质状态开关从外遗传性数据 |
| chromVAR | 艾丽西亚Schep | 染色质的变化各地区 |
| CHRONOS | 帕诺斯Balomenos | 克罗诺斯以一条时变方法:microRNA-mediated sub-pathway富集分析 |
| 西塞罗 | 汉娜多段线 | Precict cis-co-accessibility从单细胞染色质易访问性数据 |
| CINdex | 看门人尤里卡 | 染色体不稳定指数 |
| circRNAprofiler | 西蒙娜Aufiero | circRNAprofiler: R-Based计算圆形rna的下游分析框架 |
| cisPath | Likun王 | 蛋白质相互作用网络的可视化管理。 |
| CiteFuse | Yingxin林 | CiteFuse: CITE-seq数据的综合分析 |
| ClassifyR | 达里奥Strbenac | 框架旨在分类问题,应用微分可变性和微分分布测试 |
| cleanUpdTSeq | Jianhong欧;利华国际朱莉朱 | 这个包分类假定的聚腺苷酸化网站为真或假/内部oligodT影射 |
| 切肉刀 | 塞巴斯蒂安·吉布 | 劈理的多肽序列 |
| clippda | Stephen Nyangoma | 为临床蛋白质组分析数据分析包 |
| 限幅器 | 保罗•马提尼 | 基因集拓扑分析利用途径 |
| cliqueMS | Oriol Senan坎波斯 | 注释的同位素,加合物和碎片将LC / MS代谢组学数据的加合物 |
| Clomial | Habil Zare | 推断克隆肿瘤的成分 |
| 单克隆 | Irina Ostrovnaya | 单克隆测试 |
| clonotypeR | 查尔斯·普莱西 | 高通量分析T细胞抗原受体序列 |
| 凯 | 诺亚·霍夫曼 | 由当地相似性阈值分类 |
| clstutils | 诺亚·霍夫曼 | 工具来执行分类任务。 |
| CluMSID | 托拜厄斯Depke | 集群的代谢物鉴定一份光谱 |
| clustComp | 奥罗拉多浪迪警官 | 聚类比较包 |
| clusterExperiment | 伊丽莎白Purdom | 单细胞测序比较聚类 |
| ClusterJudge | Adrian Pasculescu | 判断质量的集群使用互信息的方法 |
| clusterProfiler | Guangchuang余 | 统计分析和可视化的基因和基因的功能配置集群 |
| clusterSeq | 托马斯·Hardcastle | 高通量测序数据的聚类识别co-expression模式 |
| ClusterSignificance | 杰森T、 | ClusterSignificance包提供了一些工具来评估如果类集群在维数降低数据表示有分离不同交换数据 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算集群稳定微阵列数据的分数 |
| clustifyr | 瑞福 | 分类器使用细胞单细胞RNA-seq集群 |
| CMA | 罗马霍农 | 合成芯片的分类 |
| cmapR | 泰德Natoli | 在R提出工具 |
| cn.farms | Andreas Mitterecker | cn。农场——因子分析拷贝数的估计 |
| cn.mops | Gundula Povysil | cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data |
| CNAnorm | 斯特凡诺拜里 | 拷贝数差的归一化法癌症样本 |
| cn | 通用电气谭 | CNE检测和可视化 |
| CNORdt | 答:业务 | 附加CellNOptR:离散时间治疗 |
| CNORfeeder | E.Gjerga | 整合CellNOptR添加缺失的链接 |
| CNORfuzzy | t . Cokelaer | 插件CellNOptR:模糊逻辑 |
| CNORode | Enio Gjerga | ODE附加到CellNOptR |
| CNTools | j .张 | 段数据转换成一个地区样本矩阵,以便其他高水平的计算分析。 |
| CNVfilteR | 何塞·马科斯Moreno-Cabrera | 识别假阳性的CNV调用工具通过使用SNV调用 |
| cnvGSA | 约瑟夫·卢戈 | 基因集合(罕见)拷贝数变异的分析 |
| CNVPanelizer | 托马斯•沃尔夫 | 可靠的CNV检测目标排序的应用程序 |
| CNVRanger | 路德维希Geistlinger | 总结和表达/表型CNV协会的范围 |
| CNVrd2 | 黄平君Tan阮 | CNVrd2:读地方法来检测和基因型复杂从下一代测序数据常见的拷贝数变异。 |
| CNVtools | 克里斯·巴恩斯 | 一个包来测试遗传协会CNV数据 |
| CoCiteStats | Bioconductor包维护者 | 基于co-citation不同的测试数据。 |
| 可可 | 约翰·劳森 | 协调相关变异分析 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink微阵列数据的操作 |
| 食典委 | 江刘宇超(音) | 标准化和拷贝数变异检测方法全外显子组测序 |
| coexnet | 胡安大卫Henao | coexnet: R包来构建CO-EXpression从微阵列数据网络 |
| CoGAPS | 伊莱娜·j .多数时候,托马斯·d·谢尔曼,梅勒妮l .不情愿 | 协调基因活动模式集 |
| cogena | Zhilong贾 | 中的基因片段的富集分析 |
| coGPS | 迎迎魏 | 癌症基因异常资料集 |
| COHCAP | 查尔斯·沃登 | CpG岛分析管道Illumina公司甲基化数组和有针对性的BS-Seq数据 |
| 可乐 | Zuguang顾 | 一个共识分区的框架 |
| 结合 | 尤里斯最大经济产量 | 组成的组学基于模型的可视化集成 |
| 彗星 | Tiphaine马丁 | 彗星:可视化区域epigenome-wide协会扫描(ewa)结果和DNA co-methylation模式 |
| compartmap | 本杰明•约翰逊 | A / B室从ATAC-seq和甲基化数组数据推理 |
| 指南针 | 格雷格Finak | 单个细胞的组合多官能度分析 |
| compcodeR | 夏洛特Soneson | RNAseq数据模拟、微分表达式分析和微分表达式方法的性能比较 |
| compEpiTools | 卡马尔•基 | 工具计算表观基因组学 |
| CompGO | 阿什利·j·Waardenberg | R管道请全部文件注释,比较词浓缩之间基因集和数据可视化 |
| ComplexHeatmap | Zuguang顾 | 使复杂的热图 |
| 承认 | 戴安娜低 | 细胞排序的荧光信号 |
| 共识 | Tim Peters | 跨平台的共识的基因组分析测量通过多个实验室的测试方法 |
| ConsensusClusterPlus | 马特·威尔克森 | ConsensusClusterPlus |
| consensusDE | 阿什利·j·Waardenberg | 使用多个RNA-seq分析算法 |
| consensusOV | 本杰明Haibe-Kains | 高档浆液性卵巢癌的基因亚型分类 |
| consensusSeekeR | 阿斯特丽德Deschenes | 共识的检测区域内的一组经验使用基因位置和基因组范围 |
| contiBAIT | 基兰奥尼尔 | 提高早期使用Strand-Seq数据构建基因组装配 |
| conumee | Volker Hovestadt | 增强人类基因组变异分析使用Illumina公司DNA甲基化数组 |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| copynumber | Gro流行病学 | 分割单和多轨拷贝数的数据通过惩罚最小二乘回归。 |
| CopyNumberPlots | Bernat凝胶 | 使用karyoploteR功能创建人类的阴谋 |
| 文案 | 奥斯卡Krijgsman | 从目标是使用不相干的读取的序列拷贝数信息 |
| 警戒线 | Anamaria Elek | 密码子使用基因表达性的分析和预测 |
| CoRegFlux | 波林Trebulle和穆罕默德Elati | CoRegFlux |
| CoRegNet | 雷米总 | CoRegNet: co-regulatory网络的重建和综合分析 |
| CoreGx | 本杰明Haibe-Kains | 类和函数作为其他Gx的包的基础 |
| Cormotif | 迎迎魏 | 相关主题适合 |
| CorMut | 振鹏李 | 基于选择压力检测相关的突变 |
| 科拉尔 | 劳伦许 | 为单细胞数据对应分析 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| coseq | 安德里亚·劳 | Co-Expression测序数据的分析 |
| cosmiq | 大卫•菲舍尔 | cosmiq——结合单质量数量 |
| COSNet | 马可Frasca | 成本敏感的网络节点标签预测与高度不平衡图的标号 |
| CountClust | 库什戴伊 | 集群使用会员等级和可视化RNA-Seq表达数据模型 |
| countsimQC | 夏洛特Soneson | 比较统计数据集的特征 |
| covEB | c . Pacini | 经验贝叶斯估计的块对角协方差矩阵 |
| CoverageView | 埃内斯托•罗伊 | 覆盖率R可视化方案 |
| covRNA | 劳拉的城市 | 转录组数据的多变量分析 |
| cpvSNP | 凯特琳麦克休 | 基因SNP协会建立分析方法假定值位于基因在特定基因集 |
| cqn | Kasper丹尼尔·汉森 | 条件分位数正常化 |
| CRImage | Henrik Failmezger,茵茵元 | CRImage包分类细胞和肿瘤细胞结构计算 |
| CRISPRseek | 利华国际朱莉朱 | 设计有针对性的指导在CRISPR-Cas9 rna,基因编辑系统 |
| crisprseekplus | 高山Kucukural | crisprseekplus |
| CrispRVariants | 海伦林赛 | 计算工具和想象突变在目标位置 |
| crlmm | 罗伯特•Scharpf Benilton卡瓦略,马特·里奇 | 基因型(CRLMM)和拷贝数分析工具呼吁Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina公司数组 |
| CrossICC | 于太阳 | 一个交互式共识集群多平台数据分析框架 |
| crossmeta | 亚历克斯·皮克林 | 跨平台的微阵列数据的荟萃分析 |
| CSAR | Jose M Muino | ChIP-seq数据的分析统计工具 |
| csaw | 亚伦Lun | 与Windows ChIP-Seq分析 |
| CSSP | 钱德勒左 | ChIP-Seq统计能力 |
| CSSQ | 风扇在乔治亚理工学院的实验室 | Chip-seq信号量词管道 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| ctgGEM | 美元生物医学工程 | 生成树层次结构从基因表达数据可视化 |
| cTRAP | 努诺·Saraiva-Agostinho | 识别候选人从微分因果扰动基因表达数据 |
| ctsGE | 米甲Sharabi-Schwager | 时间序列基因表达数据的聚类 |
| 腰带 | 忠诚的a·高夫 | 分析、勘探、操纵和袖扣高通量测序数据的可视化。 |
| customCMPdb | 玉柱段 | 定制复合注释数据库和查询 |
| customProDB | 小菁王薄温 | 从门店数据生成定制的蛋白质数据库,重点RNA-Seq数据,为蛋白质组学搜索 |
| 周期 | 马提亚Futschik | 周期性的表达模式在时间序列数据的重要性 |
| cydar | 亚伦Lun | 使用质量血细胞计数微分丰度分析 |
| CytoDx | Zicheng胡 | 鲁棒预测临床结果没有细胞控制使用血细胞计数数据 |
| cytofast | ·斯塔姆 | cytofast——快速CyTOF数据可视化和分析工具 |
| cytolib | 迈克江,杰克瓦格纳 | c++基础设施与封闭的交互为代表和血细胞计数数据 |
| cytomapper | 尼尔斯·咨询 | 高R中的多路图像数据的可视化 |
| CytoML | 迈克江,杰克瓦格纳 | 一个跨平台的血细胞计数GatingML接口数据共享 |
| CytoTree | 个戴 | 和大众血细胞计数数据流的工具包 |
| dada2 | 本杰明·卡拉汉 | 从扩增子测序数据准确、高分辨率样本推断 |
| dagLogo | Jianhong欧 | dagLogo: Bioconductor包可视化保守氨基酸序列模式组织基于概率理论 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据 |
| DAMEfinder | Stephany Orjuela | 发现美女——微分等位基因的甲基化区域 |
| DaMiRseq | Mattia基 | 数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类 |
| DAPAR | 撒母耳Wieczorek | 工具的微分分析蛋白质丰度与R |
| 飞镖 | 查尔斯运输郑 | 基于相关性去噪算法网络拓扑 |
| dasper | 大卫·张 | 检测从RNA-sequencing abberant剪接事件数据 |
| DBChIP | 库恩梁 | 微分绑定ChIP-seq的转录因子 |
| dcanr | Dharmesh d Bhuva | 微分co-expression /协会网络分析 |
| dcGSA | Jiehuan太阳 | 基于Distance-correlation基因为纵向基因表达谱分析 |
| ddCt | 张Jitao大卫 | ddCt算法分析定量实时PCR(存在) |
| ddPCRclust | Benedikt g .边缘 | ddPCR数据聚类算法 |
| dearseq | 鲍里斯·p·Hejblum | 通过一个健壮的微分表达式分析RNA-seq数据方差组件测试 |
| debCAM | 露露陈 | 反褶积凸分析的混合物 |
| debrowser | 高山Kucukural | 互动的微分表达式的值分析浏览器 |
| 解读 | 埃里克·赖特 | 工具进行管理、分析和操纵生物序列 |
| 德科 | 旧金山何塞·坎波斯Laborie | 分解异构军团使用使数据分析 |
| DEComplexDisease | “孟 | 差异表达分析的工具和基于度的调查由bi-clustering分析复杂疾病 |
| decompTumor2Sig | 罗萨里奥·m·Piro | 分解的个体肿瘤突变签名,签名改装 |
| DeconRNASeq | Ting龚 | 反褶积mRNA-Seq异构组织样本的数据 |
| decontam | 本杰明·卡拉汉 | 识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据 |
| 位深蓝 | 费利佩•阿尔布雷特,马库斯列表 | 位深蓝 |
| deepSNV | 莫里茨Gerstung | 检测subclonal SNVs深度测序数据。 |
| 反编排 | Andrzej Oleś | 差异基因表达数据格式转换器 |
| DegNorm | 中正大学王 | DegNorm:退化为RNA-seq数据规范化 |
| DEGraph | 洛朗•雅各布 | 两个示例测试图 |
| DEGreport | 曾淡水沼泽 | 度分析的报告 |
| DEGseq | Likun王 | 从RNA-seq数据识别差异表达基因 |
| DelayedArray | Herve页面 | 一个统一的框架工作透明的磁盘和内存中的数组类数据集 |
| DelayedDataFrame | 钱氏 | 延迟操作DataFrame使用标准DataFrame隐喻 |
| DelayedMatrixStats | 彼得希 | 功能适用于“DelayedMatrix”对象的行和列 |
| deltaCaptureC | 迈克尔·夏皮罗 | 这个包从3 c数据发现中尺度染色质重塑 |
| deltaGseg | 戴安娜低 | deltaGseg |
| 需求 | 荣格胡恩哇,马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | 需求 |
| DeMixT | 彭Shaolong曹,杨 | 细胞特定类型反褶积的异构肿瘤样本与两个或三个组件使用表达式RNAseq或微阵列平台的数据 |
| densvis | 艾伦·奥卡拉汉 | 通过非线性降维Density-Preserving数据可视化 |
| 部 | 阿恩史密特 | 微分浓缩蛋白质组学数据的分析 |
| 服饰 | Jakob Theorell | 重要表型测定元素的集群在高维的实体 |
| DEqMS | Yafeng朱 | 一个工具来执行统计分析蛋白质差异表达的定量蛋白质组学数据。 |
| derfinder | 莱昂纳多Collado-Torres | Annotation-agnostic微分表达式分析RNA-seq数据分辨率碱基对通过DER查找器方法 |
| derfinderHelper | 莱昂纳多Collado-Torres | derfinder辅助包 |
| derfinderPlot | 莱昂纳多Collado-Torres | 绘图函数derfinder |
| DEScan2 | 达里奥Righelli | 微分浓缩扫描2 |
| DESeq | 西蒙•安德斯 | 差异基因表达分析基于负二项分布 |
| DESeq2 | 迈克尔的爱 | 差异基因表达分析基于负二项分布 |
| DEsingle | 逸苗 | DEsingle检测单细胞RNA-seq数据三种类型的微分表达式 |
| 命运 | 菲利普·安格勒 | 创建扩散地图 |
| DEsubs | Aristidis g . Vrahatis帕诺斯Balomenos | DEsubs: R方案灵活的识别差异表达subpathways使用RNA-seq表达实验 |
| DEWSeq | 生物信息学小组Hentze | 基于负二项分布的微分表示Windows |
| DEXSeq | 亚历杭德罗雷耶斯 | 推理RNA-Seq微分外显子的使用 |
| dexus | 京特·Klambauer | DEXUS——确定微分表达式RNA-Seq研究未知条件或没有复制 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| DIAlignR | Shubham古普塔 | 基于动态规划的一致性一色谱 |
| DiffBind | 罗里斯塔克 | 微分绑定ChIP-Seq峰值数据的分析 |
| diffcoexp | Wenbin魏 | 微分Co-expression分析 |
| diffcyt | 卢卡斯·m·韦伯 | 通过高分辨率的集群在高维微分发现血细胞计数 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| diffHic | 亚伦Lun | 微分Analyis高c数据 |
| DiffLogo | •Treutler | DiffLogo:比较biooligomer图案的可视化 |
| diffloop | 迦勒Lareau | 确定微分循环从染色质DNA拓扑数据 |
| diffuStats | 塞吉奥Picart-Armada | 扩散分数生物网络 |
| diggit | 马里亚诺·J阿尔瓦雷斯 | 推理驱动细胞表型的遗传变异 |
| 导演 | 凯瑟琳Icay | 一个动态多级数据的可视化工具 |
| DirichletMultinomial | 马丁•摩根 | Dirichlet-Multinomial混合微生物组数据的机器学习模型 |
| 不和谐的 | 夏洛特Siska | 不和谐的方法:微分相关的新方法 |
| DiscoRhythm | 马修·卡卢奇 | 交互式工作流发现韵律性的生物数据 |
| 截然不同的 | 西蒙Tiberi | 不同:微分分析方法通过分层排列测试 |
| dittoSeq | 丹尼尔Bunis | 用户友好的单细胞和散装RNA序列可视化 |
| 散度 | Wikum Dinalankara,路易吉马尔基奥尼 | 分歧:评估功能组学数据差异对一个基准 |
| dk | 杰弗里·t .韭菜 | 双Kolmogorov-Smirnov方案评估多个测试程序。 |
| DMCFB | Farhad Shokoohi | 不同甲基胞核嘧啶通过贝叶斯功能的方法 |
| DMCHMM | Farhad Shokoohi | 不同甲基化CpG使用隐马尔科夫模型 |
| DMRcaller | 尼古拉·拉Zabet | 调用者差异甲基化区域 |
| DMRcate | Tim Peters | 甲基化数组和测序空间分析方法 |
| DMRforPairs | 马丁Rijlaarsdam | DMRforPairs:确定独特的样本之间的差异甲基化区域使用基于数组的甲基化配置文件 |
| DMRScan | 基督教M页面 | 检测差异甲基化区域 |
| dmrseq | 基冈Korthauer | 检测和推理亚硫酸氢全基因组测序的差异甲基化区域 |
| DNABarcodeCompatibility | 席琳Trebeau | 优化的工具组合的DNA条形码用于多路复用下一代测序实验平台 |
| DNABarcodes | Tilo Buschmann | 一个工具用于创建和分析DNA条形码用于下一代测序多路复用实验 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数的数据分析 |
| DNAshapeR | Tsu-Pei赵 | 高通量预测DNA的形状特征 |
| DominoEffect | Marija Buljan,彼得Blattmann | 识别和注释的蛋白质热点残基 |
| doppelgangR | 李维沃尔德伦 | 识别可能重复样本基因或元数据 |
| Doscheda | 布鲁诺Contrino | 下游Chemo-Proteomics分析管道 |
| 剂量 | Guangchuang余 | 疾病本体语义和富集分析 |
| 定量给料器 | ake.vastermark | 定量给料器 |
| dpeak | 东峻涌 | dPeak(反褶积的山峰ChIP-seq分析) |
| drawProteins | 保罗•布伦南 | 蛋白质包画图表从Uniprot API输出 |
| DRIMSeq | 马格达雷娜Nowicka | 微分记录使用和tuQTL分析RNA-seq Dirichlet-multinomial模型 |
| DriverNet | Jiarui叮 | Drivernet:揭示体细胞驱动突变调节转录网络在癌症 |
| DropletUtils | 亚伦Lun | 实用程序来处理单细胞滴数据 |
| DrugVsDisease | j。Saez-Rodriguez | 疾病和药物的比较资料使用基因集富集分析 |
| DSS | 吴皓郝,冯 | 测序数据的分散收缩 |
| DTA | Bjoern Schwalb | 动态转录组分析 |
| dualKS | Eric j . Kort Yarong杨 | 双重KS判别分析和分类 |
| 沙丘 | 赫克托耳Roux de Bezieux | 改善单细胞RNA-Seq复现性细胞类型的发现 |
| dupRadar | 塞尔吉Sayols Holger克莱因 | 对RNA-Seq重复率的评估数据集 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | GASSCO方法为纠正slide-dependent gene-specific染料的偏见 |
| DynDoc | Bioconductor包维护者 | 动态文档工具 |
| EasyqpcR | 勒佩普Sylvain | EasyqpcR低吞吐量实时定量PCR数据分析 |
| easyreporting | 达里奥Righelli | 为提高可再生的计算研究有助于创建报告 |
| easyRNASeq | 尼古拉斯Delhomme | 数为RNA-Seq数据汇总和规范化 |
| EBarrays | 明元 | 统一的方法同时基因集群和微分表达式识别 |
| EBcoexpress | 约翰·a·道森 | EBcoexpress微分Co-Expression分析 |
| EBImage | Andrzej Oleś | 图像处理与分析工具箱为R |
| EBSEA | 阿尔发Mehmood | 基于外显子基因表达分析的策略 |
| EBSeq | 宁愣了 | R包基因和同种型微分表达式RNA-seq数据的分析 |
| EBSeqHMM | 宁愣了 | 贝叶斯分析识别基因或同种型表达的变化要求RNA-seq实验 |
| ecolitk | Laurent Gautier | 元数据和工具为大肠杆菌 |
| EDASeq | 大卫。Risso | 探索性数据分析和RNA-Seq正常化 |
| 埃达 | 贾Kuan回族伯顿Niranjan纳 | 实验设计在微分丰度分析 |
| 边缘 | 约翰·d·层,安德鲁j .鲈鱼 | 基因差异表达的提取 |
| 刨边机 | 陈Yunshun戈登•史密斯亚伦Lun,马克·罗宾逊 | 数字在R基因表达数据的实证分析 |
| eegc | 小袁周 | 基因工程评价的分类(eegc) |
| 天哪 | 莎拉Ballouz | 延长牵连的学位 |
| EGSEA | 妈Alhamdoosh | 合奏的基因集富集分析 |
| eiR | 托马斯Girke | 加速相似性搜索的小分子 |
| eisa | 伽柏Csardi | 通过迭代签名算法表达数据分析 |
| eisaR | 迈克尔·施 | 在R Exon-Intron分裂分析(EISA) |
| 肘 | 格雷厄姆•Alvare祥立 | 手肘——评估褶皱变化分对数的方式 |
| 埃尔默 | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | 推断监管元素使用癌症Methylomes风景和转录因子网络 |
| EMDomics | Sadhika Malladi和丹尼尔Schmolze | 挖土机微分分析基因组数据的距离 |
| EmpiricalBrownsMethod | 大卫·吉布斯 | 使用布朗的方法将从依赖假定值测试 |
| ENCODExplorer | 查尔斯·乔利Beauparlant | 一个编译的编码元数据 |
| EnhancedVolcano | 凯文Blighe | Publication-ready火山地块与增强色彩和标签 |
| EnMCB | 鑫昱 | 基于甲基化预测疾病进展相关的块使用整体模型 |
| ENmix | Zongli徐 | 质量控制和分析工具Illumina公司DNA甲基化BeadChip |
| EnrichedHeatmap | Zuguang顾 | 使丰富的热图 |
| EnrichmentBrowser | 路德维希Geistlinger | 无缝导航结合基于集合的结果和基于网络的富集分析 |
| enrichplot | Guangchuang余 | 可视化功能富集的结果 |
| enrichTF | 郑魏 | 转录因子浓缩分析 |
| ensembldb | 约翰内斯Rainer | 实用工具来创建和使用Ensembl-based注释数据库 |
| ensemblVEP | Bioconductor包维护者 | R接口运用变异效果预测 |
| ENVISIONQuery | 亚历克斯Lisovich,罗杰 | 检索从设想生物信息学数据门户到R |
| EpiDISH | 运输代理c .郑 | 表观遗传解剖Intra-Sample-Heterogeneity |
| epigenomix | 汉斯克莱因 | 表观遗传和基因转录与混合模型数据标准化和集成 |
| epihet | 晓文陈 | 从酸性亚硫酸盐测序数据确定表观遗传异质性 |
| epiNEM | 马丁Pirkl | epiNEM |
| EpiTxDb | Felix通用恩斯特 | 存储和访问使用AnnotationDbi epitranscriptomic信息界面 |
| epivizr | 赫克托耳Corrada布拉沃 | R接口epiviz web应用程序 |
| epivizrChart | 赫克托耳Corrada布拉沃 | R epiviz web组件的接口 |
| epivizrData | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 数据管理API epiviz交互式可视化应用 |
| epivizrServer | 赫克托耳Corrada布拉沃 | WebSocket服务器基础设施epivizr应用程序和包 |
| epivizrStandalone | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 在R运行Epiviz互动基因组数据可视化应用 |
| erccdashboard | 莎拉·芒罗 | 评估差与ERCC控制基因表达的实验 |
| erma | VJ凯里 | 外遗传性路线图冒险 |
| ERSSA | Zixuan邵 | 实证RNA-seq样本容量分析 |
| esATAC | 郑魏 | 一个易于使用的系统管道ATACseq数据分析 |
| 逃避 | 尼克Borcherding | 简单的单细胞分析平台进行浓缩 |
| esetVis | 罗兰Cougnaud | 的可视化expressionSet Bioconductor对象 |
| eudysbiome | 小袁周 | 笛卡尔的情节和应急测试16 s微生物数据 |
| evaluomeR | 何塞·安东尼奥·Bernabe-Diaz | 生物信息学评价指标 |
| EventPointer | 胡安-帕布鲁罗梅罗 | 可变剪接事件使用结阵列的有效识别和RNA-Seq数据 |
| ExCluster | r·马修·坦纳 | ExCluster强劲检测差异表达之间的外显子RNA-seq数据的两个条件,要求至少两个独立的生物复制/条件 |
| ExiMiR | Sylvain Gubian | R功能正常化Exiqon microrna的数组数据 |
| exomeCopy | 迈克尔的爱 | 拷贝数变异检测从外显子组测序深度阅读 |
| exomePeak2 | 魏甄 | 偏见和量化呼吁MeRIP-Seq峰值 |
| ExperimentHub | Bioconductor包维护者 | 客户端访问ExperimentHub资源 |
| ExperimentHubData | Bioconductor包维护者 | 添加资源ExperimentHub |
| ExperimentSubset | Irzam Sarfraz | 管理与Bioconductor实验对象的数据子集 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性数据分析的GUI系统生物学数据 |
| ExploreModelMatrix | 夏洛特Soneson | 图形设计矩阵的探索 |
| ExpressionAtlas | 哈姆·默罕默德 | 阿特拉斯从EMBL-EBI下载数据集表达式 |
| ExpressionView | 伽柏Csardi | 可视化biclusters中确定的基因表达数据 |
| fabia。 | Andreas Mitterecker | Bicluster收购FABIA:因子分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 的阶乘设计微阵列实验分析 |
| FamAgg | 约翰内斯Rainer | 谱系分析和家族聚集性 |
| famat | 艾米莉Secherre | 功能分析的代谢和转录组数据 |
| 农场 | Djork-Arne Clevert | 农场——因子分析健壮的微阵列总结 |
| fastLiquidAssociation | 蒂娜甘德森 | 功能基因组的应用液体协会 |
| FastqCleaner | 莱安德罗拱形门 | 闪亮的申请质量控制、过滤和修剪FASTQ文件 |
| fastseg | 京特·Klambauer | fastseg——快速分割算法 |
| FCBF | 蒂亚戈Lubiana | 基于快速相关特征选择的过滤器 |
| fCCAC | 佩德罗情歌 | 功能的典型相关分析来评估核酸测序数据集之间的协方差 |
| fCI | Shaojun唐 | f-divergence截止指数差异表达分析在转录组和蛋白质组学 |
| fcoex | 蒂亚戈Lubiana | FCBF-based Co-Expression网络对单个细胞 |
| fcScan | 皮埃尔Khoueiry阿卜杜拉El-Kurdi | fcScan坐标检测集群与用户定义的选项 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME) |
| 小伙子 | 塞吉奥Picart-Armada | 代谢组学数据的解释和浓缩 |
| ffpe | 李维沃尔德伦 | FFPE芯片表达数据的质量评价和控制 |
| FGNet | 莎拉Aibar | 功能基因网络来源于生物富集分析 |
| fgsea | Alexey Sergushichev | 快速基因集富集分析 |
| FilterFFPE | 拉妮魏 | FFPE人工嵌合读为门店数据过滤 |
| FindMyFriends | 托马斯·彼得森林 | 微生物比较基因组学在R |
| FISHalyseR | 卡雷什Arunakirinathan安德烈Heindl | FISHalyseR自动化鱼量化的方案 |
| 鱼池 | 迈克尔的爱 | 鱼池:微分成绩单和基因表达与推理复制 |
| FitHiC | Ruyu谭 | 信心估计intra-chromosomal接触地图 |
| flagme | 马克·罗宾逊Riccardo Romoli | 代谢组学分析GC / MS数据 |
| flowAI | 詹尼·摩纳哥 | 流式细胞仪自动和交互质量控制数据 |
| flowBeads | 尼古拉·Pontikos | flowBeads:珠数据流分析 |
| flowBin | 基兰奥尼尔 | 结合多管的流式细胞仪数据装箱 |
| flowcatchR | 费德里科•马里尼 | 工具来分析体内显微镜成像数据集中在跟踪流动的血液细胞 |
| flowCHIC | 作者:Joachim舒曼 | 使用直方图分析流仪数据信息 |
| flowCL | 贾斯汀Meskas | 的语义标签流仪细胞群 |
| flowClean | 腌鱼Fletez-Brant | flowClean |
| flowClust | 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 | 集群的流式细胞术 |
| flowCore | 迈克江,杰克瓦格纳 | flowCore:流式细胞仪的基本结构数据 |
| flowCut | 贾斯汀Meskas | 精密,准确自动删除异常事件和标记的文件基于时间和荧光分析 |
| flowCyBar | 约阿希姆舒曼 | 分析使用门流仪数据信息 |
| flowDensity | Mehrnoush马列 | 顺序流式细胞仪数据选通 |
| flowFit | 大卫。Rambaldi | 估计在cell-tracking染料扩散研究 |
| flowFP | 草Holyst | 指纹识别的流式细胞术 |
| flowMap | Chiaowen乔伊斯萧 | 在流式细胞仪的数据映射细胞群问询比较使用Friedman-Rafsky测试 |
| flowMatch | Ariful Azad | 匹配和meta-clustering流式细胞术 |
| flowMeans | 尼玛Aghaeepour | 非参数流式细胞仪数据选通 |
| flowMerge | 格雷格Finak | 集群为流式细胞仪数据合并 |
| flowPeaks | Yongchao通用电气 | R包流数据聚类 |
| flowPloidy | 泰勒史密斯 | 分析流式细胞分析仪数据来确定样本倍性 |
| flowPlots | n .霍金斯 | flowPlots:封闭的流式细胞术分析情节和数据类数据 |
| FlowRepositoryR | 约瑟夫Spidlen | FlowRepository R接口 |
| FlowSOM | 苏菲Van Gassen | 使用自组织映射为可视化和血细胞计数数据的解释 |
| flowSpecs | Jakob Theorell | 高维血细胞计数数据的工具进行处理 |
| flowSpy | 个戴 | 和大众血细胞计数数据流的工具包 |
| flowStats | 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 | 流式细胞仪数据的统计方法进行分析 |
| flowTime | r .粘土莱特 | 注释和分析生物动力系统使用流式细胞仪 |
| flowTrans | 格雷格Finak | 流式细胞仪数据转换参数优化 |
| flowType | 尼玛Aghaeepour | 表现型流式细胞术分析 |
| flowUtils | 约瑟夫Spidlen | 公用事业的流式细胞术 |
| flowViz | 迈克江,杰克瓦格纳 | 可视化的流式细胞术 |
| flowVS | Ariful Azad | 方差稳定流式细胞术(和微阵列) |
| flowWorkspace | 麦克格雷格•Finak江,杰克瓦格纳 | 基础设施代表与封闭的交互和闭塞的血细胞计数数据集。 |
| fmcsR | 托马斯Girke | 不宽容的最大公共子结构检索 |
| 核磁共振 | Farhad Shokoohi | 变量选择有限尾回归和核磁共振的混合物 |
| focalCall | 奥斯卡Krijgsman | 焦畸变检测DNA拷贝数的数据 |
| FoldGO | 丹尼尔Wiebe | 包Fold-specific去识别 |
| FourCSeq | 迈克•史密斯 | 包分析4 c测序数据 |
| 弗雷泽 | 基督教莫特 | 发现罕见RNA-Seq剪接事件数据 |
| frenchFISH | 亚当•伯曼 | 泊松模型量化人类基因组DNA从鱼组织的图像部分 |
| FRGEpistasis | Futao张 | 上位分析量化特征的功能回归模型 |
| frma | 马修·n·考尔 | 冷冻RMA和条形码 |
| frmaTools | 马修·n·考尔 | 冷冻RMA工具 |
| FScanR | 小陈 | 从信使rna检测程序核糖体移码事件/ cDNA BLASTX输出 |
| FunChIP | 爱丽丝Parodi | 集群和对齐的ChIP-Seq山峰根据他们的形状 |
| FunciSNP | 西蒙·g·Coetzee | 集成功能的非编码数据集与识别候选基因关联研究监管snp |
| funtooNorm | 凯瑟琳·克莱因 | 标准化程序英飞纳姆HumanMethylation450 BeadChip工具包 |
| GA4GHclient | Welliton Souza | Bioconductor包访问GA4GH API数据服务器 |
| GA4GHshiny | Welliton Souza | 闪亮的申请与GA4GH-based数据服务器交互 |
| gaga | 大卫Rossell | GaGa层次模型为高通量数据分析 |
| 计 | Weijun罗 | 一般适用于基因片段的浓缩途径分析 |
| 群 | 克里斯托弗·裸 | R和群之间的广播数据 |
| 盖亚 | 美国摩根氏菌属 | 盖亚:R包基因组分析重要的染色体畸变。 |
| GAPGOM | Rezvan Ehsani | GAPGOM(小说预测基因注释和其他指标) |
| GAprediction | 乔恩·波林 | 预测的孕龄Illumina公司HumanMethylation450数据 |
| 加菲尔德 | 瓦伦蒂娜Iotchkova | GWAS分析监管或功能信息浓缩与LD修正 |
| 空对空导弹 | Mattia基 | 空对空导弹:遗传算法识别的健壮的高维变量的子集和具有挑战性的数据集 |
| GateFinder | 尼玛Aghaeepour | Projection-based控制策略优化流程和质量血细胞计数 |
| gcapc | Mingxiang腾 | GC调用者知道峰 |
| gcatest | 魏,约翰·d·层 | 基因型条件联想测验 |
| gCrisprTools | 罗素贝恩 | 套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析 |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| GCSConnection | Jiefei王 | 创建R与谷歌云存储 |
| GCSFilesystem | Jiefei王 | 安装谷歌云桶到本地目录中 |
| GCSscore | 盖伊·m·哈里斯 | 微阵列分析GCSscore: R包Affymetrix /热费希尔数组 |
| GDCRNATools | 李Ruidong汉曲 | GDCRNATools: R / Bioconductor方案综合分析lncRNA,信使rna, microrna的环球数码创意中的数据 |
| GDSArray | 钱氏 | 代表GDS类数组对象文件 |
| gdsfmt | Xiuwen郑 | R接口CoreArray基因组数据结构(GDS)文件 |
| 宝石 | 香港锅 | 宝石:快速协会研究相互作用的基因,环境和甲基化 |
| 双子座 | Sidharth耆那教徒的 | 双子座:变分推理方法来推断基因交互成对CRISPR屏幕 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genbankr | 盖伯瑞尔贝克 | 解析基因库文件到语义上有用的对象 |
| GeneAccord | 阿丽亚娜l·摩尔 | 无性繁殖系地排斥基因的检测或通路对一群癌症患者 |
| GeneAnswers | Lei黄冯和帮派 | 综合解释基因 |
| geneAttribution | 亚瑟香肠 | 识别候选基因与基因变异有关 |
| GeneBreak | 翻转van den Broek | 打破基因检测 |
| geneClassifiers | R柯伊伯 | 应用基因分类器 |
| GeneExpressionSignature | 李范,杨曹,陆汉族 | 基于基因表达特征的相似性度量 |
| genefilter | Bioconductor包维护者 | genefilter:筛选基因高通量实验的方法 |
| genefu | 本杰明Haibe-Kains | 计算在乳腺癌的基因表达式的签名 |
| GeneGA | 振鹏李 | 设计基于信使rna二级结构和基因密码子使用遗传算法使用偏差 |
| GeneGeneInteR | 马修艾米丽 | 工具测试基因基因在基因层面的交流 |
| GeneMeta | Bioconductor包维护者 | MetaAnalysis为高通量实验 |
| GeneNetworkBuilder | Jianhong欧 | GeneNetworkBuilder: bioconductor包构建监管网络使用ChIP-chip / ChIP-seq数据和基因表达数据 |
| GeneOverlap | Antnio米格尔·德·耶稣domingue大研究所细胞生物学和遗传学 | 测试和可视化基因重叠 |
| geneplast | 毛罗·卡斯特罗 | 进化和塑性分析同源组 |
| geneplotter | Bioconductor包维护者 | 图形为Bioconductor相关功能 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| geneRxCluster | 查尔斯·贝瑞 | gRx微分集群 |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基因选择基于基因资料的边际分布的特征是三分量的多元分布的混合物 |
| 《创世纪》 | 斯蒂芬妮·m·Gogarten | 基因估计和推断结构样品(创世纪):统计方法分析基因的数据样本与人口结构和/或亲缘 |
| GeneStructureTools | 贝丝信号 | 拼接基因结构操作和分析的工具 |
| geNetClassifier | 莎拉Aibar | 疾病分类和构建基因网络使用相关基因表达谱 |
| GeneticsDesign | R基因工程 | 功能设计遗传学研究 |
| GeneticsPed | 大卫·亨德森 | 血统和基因功能的关系 |
| GeneTonic | 费德里科•马里尼 | 喜欢分析和积分微分表达式的结果分析和功能富集分析 |
| geneXtendeR | 波丹Khomtchouk | 优化的功能注释ChIP-seq数据 |
| GENIE3 | 范·安Huynh-Thu | 基因网络推理树的合奏 |
| genoCN | 魏太阳 | 基因分型和拷贝数的研究工具 |
| GenoGAM | Georg斯特里克 | 一个基于GAM ChIP-Seq数据的分析框架 |
| genomation | Katarzyna Wreczycka Altuna Akalin, Vedran因特网 | 基因组数据的摘要、注释和可视化 |
| GenomeInfoDb | Bioconductor包维护者 | 公用事业公司操纵染色体的名字,包括修改他们遵循一个特定的命名风格 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因操作的间隔 |
| 基因组 | 克里斯Stubben | 基因组测序项目元数据 |
| GenomicAlignments | Bioconductor包维护者 | 表示和操纵短基因组比对 |
| GenomicDataCommons | 肖恩·戴维斯 | NIH / NCI基因组数据共享访问 |
| GenomicFeatures | Bioconductor包维护者 | 方便地导入和查询基因模型 |
| GenomicFiles | Bioconductor包维护者 | 分布式计算文件或范围 |
| GenomicInteractions | 莉斯Ing-Simmons | 实用程序来处理基因交互数据 |
| GenomicOZone | 明州歌 | 描绘杰出的基因组区域差异基因的活动 |
| GenomicRanges | Bioconductor包维护者 | 表示和操纵基因间隔 |
| GenomicScores | 罗伯特Castelo | 基础设施与全基因组position-specific分数 |
| GenomicTuples | 彼得希 | 表示和操纵基因元组 |
| genoset | 彼得·m·哈 | RangedSummarizedExperiment拷贝数的分析方法 |
| genotypeeval | 詹妮弗·汤姆 | QA / QC gVCF或VCF文件 |
| genphen | 单Kitanovski | 量化的工具关联基因型和表型之间的全基因组关联研究(GWAS)与贝叶斯推理和统计学习 |
| GenRank | Chakravarthi Kanduri | 候选基因排序基于收敛的证据 |
| GenVisR | 圣扎迦利斯基德莫尔 | 在R基因可视化 |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 一个编译从NCBI地理元数据 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| GEOsubmission | 亚历山大·库恩 | 准备微阵列数据提交地理 |
| gep2pep | 弗朗西斯科·纳波利塔诺 | 创建和分析途径表达谱(pep) |
| gespeR | 费边Schmich | Gene-Specific表型估计量 |
| getDEE2 | 马克Ziemann | 编程访问DEE2 RNA表达数据集 |
| GEWIST | 魏问:邓 | 基因环境交互搜索阈值 |
| GGBase | VJ凯里 | GGtools GGBase基础遗传学基因表达的包 |
| ggbio | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据的可视化工具 |
| ggcyto | 迈克江,杰克瓦格纳 | 可视化与ggplot血细胞计数数据 |
| GGPA | 东峻涌 | graph-GPA:优先GWAS的图形模型结果和调查多向性的架构 |
| GGtools | VJ凯里 | 软件和数据分析基因表达的基因 |
| ggtree | Guangchuang余 | R包树和注释数据的可视化 |
| ggtreeExtra | Shuangbin徐 | R包添加几何层圆形或其他布局树“ggtree” |
| GIGSEA | 家朱 | 基因型估算基因集富集分析 |
| girafe | j . Toedling | 基因组的间隔和阅读校准功能的探索 |
| GISPA | 巴克提已经受理 | GISPA:基因集成组谱分析方法 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GladiaTOX | PMP S.A. R支持 | R包用于处理高内容筛选数据 |
| Glimma | Shian苏 | 交互的HTML图形 |
| glmGamPoi | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 适合Gamma-Poisson广义线性模型 |
| glmSparseNet | 安德烈Verissimo | 网络中心指标Elastic-Net正则化模型 |
| GlobalAncova | 曼胡默尔 | 全球测试组变量通过模型比较 |
| globalSeq | 阿明罗森伯格 | 全球测试项 |
| globaltest | Jelle Goeman | 协变量的测试组/特性与响应变量,应用基因测试 |
| gmapR | 迈克尔•劳伦斯 | R接口GMAP / GSNAP GSTRUCT套件 |
| GmicR | 理查德Virgen-Slane | 结合WGCNA和伊势亚读数与贝叶斯网络learrning生成基因模组免疫细胞网络(GMIC) |
| gmoviz | 凯萨琳Zeglinski | 无缝的可视化复杂基因转基因生物和编辑细胞系的变化 |
| GMRP | Yuan-De谭 | GWAS-based孟德尔随机化和路径分析 |
| GNET2 | 陈陈 | 通过功能模块构建基因调控网络的表达数据推理 |
| GOexpress | 凯文Rue-Albrecht | 想象微阵列和RNAseq数据使用基因本体论注释 |
| GOfuncR | 施特菲·格罗特 | 基因本体论浓缩使用函数 |
| GOFunction | 王静 | function:推导biologcially相关函数统计上显著的功能 |
| 还装有 | 莉迪亚Chrabaszcz | 找到最基因本体术语组人类基因特征 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles: R包统计分析功能的配置文件 |
| GOSemSim | Guangchuang余 | GO-terms语义相似性度量 |
| goseq | 马修年轻,Nadia戴维森 | 基因本体论分析器RNA-seq和其他长度偏差数据 |
| GOSim | Holger Froehlich | 计算功能相似的条款和基因产物;去富集分析 |
| goSTAG | 布莱恩·d·班尼特 | 使用工具去子树在一组标记和注释的基因 |
| GOstats | Bioconductor包维护者 | 去微阵列的操作工具 |
| GOsummaries | Raivo Kolde | 词云去富集分析的总结 |
| 哥特 | Borbala Mifsud | 二项测试高c数据分析 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| 平均绩点 | 东峻涌 | GPA(遗传分析将基因多效性和注释) |
| gpart软件 | 太阳啊金 | 分区密集的测序数据通过识别人类基因组单体型 |
| gpl | Bioconductor包维护者 | 使用广义偏最小二乘回归分类 |
| gprege | 阿尔弗雷多Kalaitzis | 排名和基因表达时间序列估计高斯过程 |
| gpuMagic | Jiefei王 | openCL编译器的编译能力R函数和GPU上运行的代码 |
| gQTLBase | VJ凯里 | eQTL gQTLBase:基础设施,mQTL和类似的研究 |
| gQTLstats | VJ凯里 | eQTL gQTLstats:计算效率分析和联合研究 |
| gramm4R | Tianlu陈 | 广义相关分析和模型建设战略代谢物和微生物 |
| 葡萄 | 布丽塔一起创造Velten | 自适应惩罚在高维回归和协变量与外部使用变分贝叶斯分类 |
| 图 | Bioconductor包维护者 | 图:一个包来处理图形数据结构 |
| GraphAlignment | Joern p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图理论协会测试 |
| 石墨 | Gabriele销售 | 从路径拓扑图形交互环境 |
| GraphPAC | 格里高利Ryslik | 通过图形识别蛋白质的突变集群理论方法。 |
| GRENITS | 爱德华·莫 | 使用时间序列基因调控网络推理 |
| GreyListChIP | 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) | 灰名单——面具加工品地区基于芯片的输入 |
| GRmetrics | 马里奥Medvedovic尼古拉斯·克拉克 | 计算增长率抑制(GR)指标 |
| groHMM | Anusha Nagari郁金香Nandu, w·李·克劳斯 | GRO-seq分析管道 |
| GRridge | Mark a . van de由 | 更好的预测使用co-data:自适应group-regularized岭回归 |
| GSALightning | 比利草根阶层的翅膀张 | 快Permutation-based基因分析 |
| GSAR | 亚希尔Rahmatallah,加林娜Glazko | 分析R基因集 |
| GSCA | 志诚记 | GSCA:基因设置上下文分析 |
| gscreend | 凯瑟琳Imkeller | 分析池的遗传屏幕 |
| GSEABase | Bioconductor包维护者 | 基因集富集的数据结构和方法 |
| GSEABenchmarkeR | 路德维希Geistlinger | 可再生的GSEA基准测试 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 线性模型工具集基因集富集分析 |
| GSEAmining | Oriol Arques | 生物学意义的基因集富集分析输出 |
| gsean | Dongmin荣格 | 基因集富集分析网络 |
| GSgalgoR | 卡洛斯卡塔尼亚 | 进化框架预后基因表达特征的识别和研究癌症 |
| GSReg | Bahman艾弗里,伊莱j .多数 | 基因设置调节(GS-Reg) |
| GSRI | 朱利安格林 | 基因设置调节指数 |
| GSVA | 贾斯汀Guinney | 基因变异分析微阵列和RNA-seq数据 |
| gtrellis | Zuguang顾 | 基因组水平框架布局 |
| GUIDEseq | 利华国际朱莉朱 | GUIDE-seq分析管道 |
| 吉他 | 贾孟 | 吉他 |
| Gviz | 罗伯特Ivanek | 策划沿着基因组坐标数据和注释信息 |
| GWAS.BAYES | 杰克·威廉姆斯 | GWAS自交物种 |
| gwascat | VJ凯里 | EMBL-EBI GWAS的表示和建模数据目录 |
| GWASTools | 斯蒂芬妮·m·Gogarten | 全基因组关联研究的工具 |
| gwasurvivr | 阿巴斯Rizvi | gwasurvivr: R包基因组广泛的生存分析 |
| GWENA | Gwenaelle莱莫恩 | 为增强co-expression分析管道 |
| h5vc | 保罗·西奥多·所有 | 使用hdf5后台管理校准记录 |
| hapFabia | Andreas Mitterecker | hapFabia:短段的识别身份的后裔(IBD)特点是罕见变异在大型测序数据 |
| 哈曼 | 杰森·罗斯 | 批处理效果的去除数据集使用基于PCA和约束优化技术 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“纠正化妆”计划 |
| HCABrowser | Bioconductor包维护者 | 浏览人类细胞图谱数据门户 |
| HCAExplorer | Bioconductor包维护者 | 浏览人类细胞图谱数据门户 |
| HCAMatrixBrowser | 马塞尔·拉莫斯 | 从人类细胞中提取和管理矩阵数据Atlas项目 |
| HDF5Array | Herve页面 | HDF5 DelayedArray对象的后端 |
| HDTD | Anestis Touloumis | 统计推断均值矩阵和协方差矩阵的转座因子在高维数据(HDTD) |
| 的热图 | 马尔科姆·佩里 | 灵活的热图序列为功能基因组学和功能 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 热图协变量行和/或列和彩色的集群 |
| HelloRanges | 迈克尔•劳伦斯 | 介绍* bedtools用户范围 |
| 帮助 | 里德·汤普森 | 帮助数据分析的工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别 |
| 爬虫 | 托马斯•卡罗尔 | 爬虫包是一个简单的工具集来安装和管理和环境从R conda包 |
| hiAnnotator | Nirav V Malani | 函数注释农庄组织对象 |
| HIBAG | Xiuwen郑 | HLA基因型归罪与属性装袋 |
| HiCBricks | Koustav朋友 | 框架通过HDF文件存储和访问高c数据 |
| HiCcompare | 约翰•史坦斯费尔德,米哈伊尔•Dozmorov | HiCcompare:联合规范化和多个高c数据集的比较分析 |
| hicrep | 杨涛 | 测量高c数据的重现性 |
| hierGWAS | 劳拉Buzdugan | 红富士苹果在预测GWA研究统计学意义 |
| hierinf | 克劳德Renaux | 分层推理 |
| HilbertCurve | Zuguang顾 | 使二维希尔伯特曲线 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线的可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| 希尔达 | 杨直 | 进行统计推断比较突变的突变接触签名通过使用分层潜在狄利克雷分配 |
| hipathia | 玛尔塔·r·伊达尔戈 | HiPathia:高通量途径分析 |
| 河马 | Kim Tae | Heterogeneity-Induced预处理工具 |
| hiReadsProcessor | Nirav V Malani | 函数来处理LM-PCR从454 / Illumina公司数据读取 |
| HIREewas | 象屿罗 | 细胞类型特异的risk-CpG检测网站epigenome-wide协会研究 |
| HiTC | 尼古拉斯的仆人 | 高吞吐量染色体构象捕获分析 |
| hmdbQuery | VJ凯里 | 为探索人类代谢组数据库实用工具 |
| HMMcopy | 丹尼尔赖,索拉博沙 | 拷贝数预测与GC和高温超导mappability偏差校正数据 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃 |
| HPAanalyze | 安一Tran | 从人类的蛋白质图谱检索和分析数据 |
| hpar | 劳伦特与 | 人类蛋白质图谱R |
| HPAStainR | Tim o . Nieuwenhuis | 查询人类蛋白质图谱染色数据为多个蛋白质和基因 |
| HTqPCR | 海蒂Dvinge | 高通量qPCR数据的自动化分析 |
| HTSeqGenie | 延斯•里德 | 一个门店分析管道。 |
| HTSFilter | 安德里亚·劳 | 过滤器复制高通量转录组测序数据 |
| HumanTranscriptomeCompendium | VJ凯里 | 工具使用的181000人类转录组测序研究 |
| 蜂鸟 | Eleni亚当 | 隐马尔可夫模型贝叶斯差异甲基化区域的检测 |
| HybridMTest | Demba Fofana | 混合多个测试 |
| 超 | 安东尼费德里科• | R包Geneset浓缩工作流 |
| hyperdraw | 保罗马雷尔 | 可视化Hypergaphs |
| 超图 | Bioconductor包维护者 | 一个包提供超图数据结构 |
| iASeq | 迎迎魏 | iASeq:集成多个测序检测allele-specific事件的数据集 |
| iasva | Donghyung李,安东尼程 | 迭代调整代理变量分析 |
| iBBiG | Aedin Culhane | 迭代的二进制Biclustering Genesets |
| ibh | Kircicegi Korkmaz | 基于交互的同质性评估基因列表 |
| iBMQ | 格雷格Imholte | 集成eQTL数据的贝叶斯建模 |
| iCARE | 比尔·惠勒 | 一个个性化的连贯的绝对风险评估的工具(iCARE) |
| Icens | Bioconductor包维护者 | NPMLE审查和截断数据 |
| icetea | Vivek Bhardwaj | 把帽浓缩与转录表达分析 |
| iCheck | Weiliang邱 | QC管道和高维数据分析工具Illumina公司mRNA表达数据 |
| iChip | Qianxing莫 | 通过隐伊辛模型的贝叶斯模型ChIP-chip数据 |
| iClusterPlus | Qianxing Mo, Ronglai沈 | 综合多类型基因组数据的聚类 |
| iCNV | 子路(周 | 集成的拷贝数变异检测 |
| iCOBRA | 夏洛特Soneson | 比较和排名和作业方法的可视化 |
| 理想的 | 费德里科•马里尼 | 互动的微分表达式分析 |
| IdeoViz | 信心派 | 块数据(连续/离散)沿着染色体表意文字 |
| 染色体组型 | 卡尔·j·Dykema | 染色体组型 |
| idpr | 威廉·m·麦克费登 | 分析和分析内在无序蛋白质R |
| idr2d | 康斯坦丁·Krismer | 不能复制的基因交互数据的发现率 |
| iGC | 梁波著王 | 一个集成分析的基因表达和拷贝数改变 |
| IgGeneUsage | 单Kitanovski | 微分在免疫基因的使用体验 |
| igvR | 保罗·香农 | igvR:整合基因组学查看器 |
| IHW | Nikos Ignatiadis | 独立假设权重 |
| illuminaio | Kasper丹尼尔·汉森 | 解析Illumina公司微阵列输出文件 |
| ILoReg | 约翰内斯Smolander | ILoReg:高分辨率细胞群从scRNA-Seq数据识别的工具 |
| imageHTS | 约瑟夫·巴里 | 高通量分析microscopy-based屏幕 |
| ima | Seonggyun汉 | 对可变剪接Multi-omics数据的综合分析 |
| Imetagene | 奥黛丽勒马特 | 的图形界面metagene包 |
| IMMAN | Minoo阿什蒂亚尼 | Interlog蛋白质网络重建通过映射和挖掘分析 |
| ImmuneSpaceR | ImmuneSpace包维护者 | 一个瘦包装器ImmuneSpace数据库 |
| immunoClust | 直到Soerensen | immunoClust——自动管道人口在流式细胞仪检测 |
| IMPCdata | 杰里米·梅森 | 从IMPC数据库中检索数据 |
| ImpulseDE | 近红外光谱约瑟夫·吉尔•桑达 | 检测基因在使用脉冲时间序列数据模型 |
| ImpulseDE2 | 大卫·S费舍尔 | 微分表达式分析纵向数据集 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | 转嫁:微阵列数据的归责 |
| 事实上 | Ressom集团、翳明左 | 交互式的可视化综合微分表达式和差网络分析生物标志物候选人选择方案 |
| infercnv | 克利斯朵夫Georgescu | 从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变异 |
| infinityFlow | 艾蒂安白克 | 增加大规模并行血细胞计数实验使用多元非线性回归 |
| Informeasure | 楚潘 | R实现信息的措施 |
| InPAS | Jianhong Ou,丽华朱莉朱 | InPAS: bioconductor方案替代聚腺苷酸化小说网站的识别(PAS)使用RNA-seq数据 |
| INPower | 比尔·惠勒 | 计算R包易感性snp的数量 |
| 检查 | 斯特凡诺德Pretis Mattia可•福尔兰正 | 建模RNA合成,与RNA-seq数据处理和退化 |
| InTAD | 康斯坦丁·Okonechnikov | 寻找在TADs表观遗传信号和基因表达之间的相关性 |
| intansv | 温么 | 综合分析结构性变化 |
| InteractionSet | 亚伦Lun | 基类来存储基因组交互数据 |
| interactiveDisplay | 肖恩Balcome | 包使强大的web Bioconductor对象的显示 |
| interactiveDisplayBase | 肖恩Balcome | 基本包使强大的web Bioconductor对象的显示 |
| 感兴趣 | 阿里•Oghabian Mikko Frilander | Intron-Exon保留估计量 |
| InterMineR | InterMine团队 | R与InterMine-Powered数据库接口 |
| IntramiRExploreR | Surajit巴塔查里亚 | 预测目标为果蝇基因内microrna |
| 反演 | 亚历杭德罗卡塞雷斯 | 在基因型数据反演 |
| 电离 | 迈克•史密斯 | 牛津纳米孔的奴才数据质量评估工具 |
| iPAC | 格里高利Ryslik | 识别的蛋白质氨基酸集群 |
| ipdDb | 史蒂芬Klasberg | IPD IMGT / HLA和IPD吉珥数据库智人 |
| 首次公开募股 | 托马斯Riebenbauer | XCMS数据处理参数的自动优化 |
| IRanges | Bioconductor包维护者 | 在Bioconductor整数范围内操作的基础 |
| ISAnalytics | 安德里亚·卡拉布里亚 | 从基因组学分析基因治疗载体插入站点数据确定下一代测序读克隆跟踪研究 |
| iSEE | 凯文Rue-Albrecht | 交互式SummarizedExperiment探险家 |
| iSEEu | 凯文Rue-Albrecht | iSEE宇宙 |
| iSeq | Qianxing莫 | 贝叶斯分层ChIP-seq数据通过隐藏的伊辛模型的建模 |
| 等压线 | Florian P布雷特 | 标记msm蛋白质组学数据分析和定量的恒压的 |
| IsoCorrectoR | 基督教科勒 | 天然同位素丰度校正和示踪剂纯度MS和MS / MS数据稳定同位素标记实验 |
| IsoCorrectoRGUI | 基督教科勒 | IsoCorrectoR图形用户界面 |
| IsoformSwitchAnalyzeR | 克里斯汀Vitting-Seerup | 识别、注释和可视化可变剪接和同种型开关功能的后果从短期和读RNA-seq数据。 |
| IsoGeneGUI | Setia Pramana | 一个图形用户界面进行剂量反应分析微阵列数据 |
| 伊索尔德 | Christelle雷恩 | 综合统计等位基因相关的表达式 |
| isomiRs | 曾淡水沼泽 | 分析小型RNA-seq isomiRs和microrna |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均迭代算法(BMA) |
| iterativeBMAsurv | 卡伊杨 | 贝叶斯模型平均(BMA)算法的迭代进行生存分析 |
| iterClust | 经由叮 | 迭代聚类 |
| iteremoval | 嘉成栓 | 迭代去除特征选择的方法 |
| iva | Seonggyun汉 | 识别影响选择性剪接的基因变异 |
| ivygapSE | VJ凯里 | 一个SummarizedExperiment Ivy-GAP数据 |
| IWTomics | Marzia一克雷莫纳 | Interval-Wise组学数据的测试 |
| joda | Ewa Szczurek | JODA算法量化基因管制使用知识 |
| JunctionSeq | 斯蒂芬·哈特利 | JunctionSeq:效用检测RNA-Seq微分外显子和Splice-Junction使用的数据 |
| karyoploteR | Bernat凝胶 | 情节可定制的线性基因组显示任意数据 |
| KCsmart | 约玛•德过来 | 多样品aCGH使用内核卷积分析包 |
| 烤肉串 | 乌尔里希Bodenhofer | 基于生物序列分析 |
| KEGGgraph | 张Jitao大卫 | KEGGgraph:图方法在R和Bioconductor KEGG通路 |
| KEGGlincs | Shana白色,马里奥Medvedovic | 想象中的所有边缘KEGG通路和覆盖距离数据 |
| keggorthology | VJ凯里 | 图支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGprofile | 石林赵 | 一个注释和可视化包多类型和KEGG说明表达数据通路 |
| KEGGREST | Bioconductor包维护者 | 其他客户端访问京都基因和基因组的百科全书(KEGG) |
| KinSwingR | 阿什利·j·Waardenberg | KinSwingR:基于网络的激酶活性预测 |
| kissDE | Aurelie Siberchicot | 检索Condition-Specific变体RNA-Seq数据 |
| KnowSeq | 丹尼尔Castillo-Secilla | KnowSeq R / Bioc包:聪明的转录组管道 |
| 花边 | 大卫。Maspero | 纵向分析癌症的演化(花边) |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| ldblock | VJ凯里 | 数据结构在群体连锁不平衡的措施 |
| LEA | 奥利维尔·弗朗索瓦•埃里克Frichot | 李:景观和生态协会研究R包 |
| LedPred | Aitor冈萨雷斯 | 学习从DNA预测增强剂 |
| lefser | Asya Khleborodova | R LEfSE方法实施微生物生物标志物的发现 |
| 莱斯 | 朱利安格林 | 确定微分影响瓷砖微阵列数据 |
| 利瓦伊 | 何塞路易斯Rybarczyk球场 | 景观表达可视化界面 |
| lfa | 魏,约翰·d·层 | 物流分类数据的因子分析 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 戈登•史密斯 | GUI对limma包有两个颜色的微阵列 |
| 林肯 | Manuel Goepferich | co-expression lincRNAs和蛋白质编码基因 |
| LineagePulse | 大卫·S费舍尔 | 微分表达式为单细胞RNA-seq数据分析和模型拟合 |
| LinkHD | “劳拉M Zingaretti” | LinkHD:一个通用的框架来探索和异构数据集成 |
| Linnorm | 肯顺挂Yip | 线性模型和基于正常的规范化和转换方法(Linnorm) |
| lionessR | Ping-Han谢长廷 | 使用狮建模网络对个人样本 |
| lipidr | 艾哈迈德穆罕默德 | Lipidomics数据集的数据挖掘和分析 |
| LiquidAssociation | Yen-Yi何 | LiquidAssociation |
| lmdme | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 对设计的多元线性模型分解实验 |
| LOBSTAHS | 詹姆斯•柯林斯 | 脂质和Oxylipin生物标志物筛选通过加合物等级序列 |
| loci2path | Tianlei徐 | Loci2path:监管注释基因间隔基于组织表达法 |
| logicFS | Holger Schwender | 识别SNP的交互 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| Logolas | 库什戴伊 | EDLogo情节以字符串标识和自适应缩放Position-Weight矩阵 |
| 萝拉 | 内森·谢菲尔德 | 轨迹重叠分析基因组范围的浓缩 |
| LoomExperiment | Bioconductor包维护者 | LoomExperiment容器 |
| LowMACA | 乔治·斯蒂法诺德Pretis Melloni | 通过共识对齐LowMACA -低频变异分析 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 修正的地方集中错误(简述)方法来取代渐近方差无偏调整基于样本大小调整。 |
| lpNet | 佬司Kaderali | 线性规划模型对网络推理 |
| lpsymphony | 弗拉季斯拉夫•金 | 交响乐整数线性规划求解器在R |
| LRBaseDbi | 露崎引人入胜 | DBI构建LRBase-related包 |
| 光民 | Lei黄 | BeadArray Illumina公司甲基化和微阵列表达的具体方法 |
| LymphoSeq | 大卫·科菲 | 分析T细胞和B细胞受体的高通量测序 |
| M3C | 约翰克里斯多夫 | 蒙特卡罗Reference-based共识集群 |
| M3Drop | 塔卢拉安德鲁斯 | Michaelis-Menten造型在单细胞RNASeq辍学 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| Maaslin2 | 劳伦McIver | Maaslin2 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| MACPET | Ioannis Vardaxis | 基于模型的分析paired-end数据 |
| MACSQuantifyR | 拉斐尔阀盖 | 快速治疗MACSQuantify流式细胞仪的数据 |
| made4 | Aedin Culhane | 使用ADE4微阵列数据的多变量分析 |
| MADSEQ | 于香港 | 马赛克异倍性检测和量化使用大规模并行测序数据 |
| maftools | Anand Mayakonda | 总结、分析和可视化加器文件 |
| MAGeCKFlute | 吕张 | 综合分析管道汇集CRISPR功能基因屏幕 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法 |
| MAIT | 波尔Sola-Santos | 代谢组学数据的统计分析 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 曼特尔计算集群的相关性 |
| mAPKL | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的混合特征选择方法 |
| maPredictDSC | Adi Laurentiu Tarca | 表型预测使用微阵列数据:最好的整个团队改进剂诊断的方法签名的挑战 |
| mapscape | 玛雅史密斯 | mapscape |
| 马尔 | Tusharkanti Ghosh | 最大秩再现性 |
| marray | 绮华(Jean) | 探索性分析可以发现微阵列数据 |
| 马提尼 | 赫克托耳Climente-Gonzalez | GWAS融合网络 |
| 微波激射器 | •迪奥戈F.T. Veiga | 可变剪接事件映射到蛋白质 |
| maSigPro | 玛丽亚·约瑟夫Nueda | 显著的基因表达谱差异时间进程的基因表达数据 |
| maskBAD | 迈克尔Dannemann | 屏蔽探测器与亲和力的差异 |
| MassArray | 里德·汤普森 | MassArray数据分析工具 |
| massiR | 山姆Buckberry | massiR:微阵列示例性标识符 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 质谱处理小波算法 |
| 桅杆 | 安德鲁McDavid | 基于模型的单细胞转录组的分析 |
| 火柴盒 | Gupta Luigi马尔基奥尼阿 | 实用程序来计算、比较和情节之间的协议命令(即向量的特性。不同的基因实验)。军售计划包括Correspondence-At-the-TOP (CAT)分析。 |
| MatrixGenerics | 彼得希 | S4通用汇总统计功能操作矩阵像对象 |
| MatrixRider | 埃琳娜格拉希 | 获得总亲和力和入住率对给定矩阵结合位点序列 |
| 事 | 凯莉Bemis a . | 一个框架,用于快速原型和基于文件的数据结构 |
| MBAmethyl | 王涛 | 基于模型分析的DNA甲基化数据 |
| 工商管理硕士 | 奥列格Mayba | 包包含函数ASE分析使用基于荟萃分析Allele-Specific表达检测 |
| MBCB | 杰夫•艾伦 | Beadarray MBCB(基于模型的背景校正) |
| mbkmeans | 大卫。Risso | 为单细胞RNA-seq Mini-batch k - means聚类 |
| mBPCR | P.M.V. Rancoita | 贝叶斯分段常数回归进行DNA拷贝数的估计 |
| MBQN | 阿丽亚娜Schad | 意思是/ Median-balanced分位数正常化 |
| mbt | Yuan-De谭 | 多个βt |
| mcaGUI | 韦德k·科普兰 | 微生物群落分析GUI |
| MCbiclust | 罗伯特•边沁 | 大规模关联biclusters基因表达数据和相关方法 |
| mCSEA | 乔迪Martorell-Marugan | 甲基化组论文认定富集分析 |
| mdgsa | 大卫褐煤 | 多维分析基因集。 |
| mdp | 举行Nakaya | 分子的微扰计算分数基于扰动的转录组数据样本的控制 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 而距离质量控制芯片 |
| 联合化疗 | 杰克M . .傅 | 检测新创删除目标排序的三人小组 |
| 餐 | 泽维尔Escriba梦特娇 | 进行甲基化分析 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 测量误差模型相关系数的估计 |
| 肉 | 莎拉·维尔森 | 肌肉后生年龄测试 |
| MEB | Jiadi朱,燕 | normalization-invariant最小包围球检测RNA-seq数据的差异表达基因的方法 |
| MEDIPS | 卢卡斯查韦斯 | DNA IP-seq数据分析 |
| MEDME | 马狄亚 | 造型从MeDIP浓缩实验数据 |
| megadepth | 大卫·张 | megadepth:权贵和BAM相关的实用程序 |
| MEIGOR | 何塞·a·Egea | MEIGO——MEtaheuristics生物信息学全局优化 |
| 梅丽莎 | c . a . Kapourani | 贝叶斯聚类和单细胞methylomes imputationa |
| Mergeomics | Zeyneb库尔特 | 组学数据的综合网络分析 |
| MeSHDbi | 露崎引人入胜 | DBI构建MeSH-related从sqlite文件包 |
| 网格 | Guangchuang余 | 网浓缩和语义分析 |
| meshr | 露崎引人入胜 | 工具进行浓缩网的分析 |
| MesKit | Mengni刘 | 剖析癌症演化的工具多区通过体细胞变化派生肿瘤活检 |
| 墨西拿 | 马克Pinese | 单基因分类器和outlier-resistant检测双官能团的微分表达式和生存问题 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据的荟萃分析 |
| 金属底座 | 拉斐尔Aggio | 金属底座:R包高通量分析的代谢组学gc - ms技术生成的数据。 |
| metabCombiner | 哈尼族拉 | 质代谢组学特征测量相结合的方法 |
| metabolomicsWorkbenchR | 加文·里斯•劳埃德 | 代谢组学R中的工作台 |
| metabomxtr | 迈克尔Nodzenski | 一个包运行混合模型截断代谢组学数据与正常或对数正态分布 |
| MetaboSignal | 安德里亚·Rodriguez-Martinez Ayala拉斐尔 | MetaboSignal:基于网络的方法来覆盖和KEGG探索代谢和信号通路 |
| metaCCA | 安娜Cichonska | 汇总统计数据多元分析的全基因组关联研究利用典型相关分析 |
| MetaCyto | Zicheng胡 | MetaCyto:一个包血细胞计数数据的荟萃分析 |
| metagene | 查尔斯·乔利Beauparlant | 一个包生产metagene情节 |
| metagene2 | 埃里克·弗尔涅 | 一个包生产metagene情节 |
| metagenomeFeatures | 内森·d·奥尔森 | 探索标志基因序列分类注释 |
| metagenomeSeq | 约瑟夫·n·保尔森 | 统计分析稀疏的高通量测序 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 分层的依赖在荟萃分析 |
| metaMS | Yann Guitton | MS-based代谢组学注释管道 |
| MetaNeighbor | Stephan费舍尔 | 单细胞复现性分析 |
| metaSeq | 露崎引人入胜 | RNA-Seq计数数据在多个研究的荟萃分析 |
| metaseqR | Panagiotis Moulos | R包RNA-Seq数据的分析和结果报告通过结合多个统计算法。 |
| metaseqR2 | Panagiotis Moulos | R包RNA-Seq数据的分析和结果报告通过结合多个统计算法 |
| metavizr | 赫克托耳Corrada布拉沃 | R metaviz web应用程序接口交互的宏基因组数据分析和可视化 |
| MetaVolcanoR | 塞萨尔普拉达 | 基因表达分析的可视化工具 |
| MetCirc | 托马斯Naake | 导航质量光谱相似性高分辨率MS / MS代谢组学数据 |
| MethCP | 男孩龚 | 差异甲基化anlsysis重亚硫酸盐测序数据 |
| methimpute | 亚伦Taudt | Imputation-guided改造完成methylomes WGBS数据 |
| methInheritSim | 帕斯卡Belleau | 模拟全基因组遗传亚硫酸氢盐测序数据 |
| MethPed | 海伦娜卡伦 | DNA甲基化分类器小儿脑瘤亚型的识别的工具 |
| MethReg | 蒂亚戈席尔瓦 | 评估潜在的监管在基因转录DNA甲基化区域或网站 |
| methrix | Anand Mayakonda | 快速而有效的总结一般从Bisufite测序bedGraph文件 |
| MethTargetedNGS | 穆罕默德阿贾米尔 | 对新一代测序数据进行甲基化分析 |
| methVisual | 阿里Zackay | 方法对DNA甲基化数据可视化和统计 |
| methyAnalysis | Lei黄 | DNA甲基化数据分析和可视化 |
| MethylAid | L.J.Sinke | 视觉和互动质量控制的大型Illumina公司DNA甲基化数组的数据集 |
| methylCC | 斯蒂芬妮·c·希克斯 | 估计全血在DNA甲基化的细胞组成样本 |
| methylGSA | 徐任 | 基因集合分析使用微分甲基化的结果 |
| methylInheritance | 阿斯特丽德Deschenes | 跨多个代Permutation-Based分析关联元素守恒的差异甲基化治疗效果 |
| methylKit | Altuna Akalin,亚历山大Gosdschan | DNA甲基化分析亚硫酸氢从高通量测序结果 |
| MethylMix | 奥利弗Gevaert | MethylMix:确定甲基化驱动癌症基因 |
| methylMnM | 燕周 | 检测不同的甲基化水平(DMR) |
| methylPipe | 卡马尔•基 | 基本解决DNA甲基化数据分析 |
| MethylSeekR | 卢卡斯汉堡 | Bis-seq数据的分割 |
| methylSig | 雷蒙德·g·Cavalcante | MethylSig:差异甲基化检测WGBS和rrb数据 |
| methylumi | 肖恩·戴维斯 | 处理Illumina公司甲基化数据 |
| methyvim | 尼玛赫亚兹 | 有针对性的、健壮的、模范自由差异甲基化分析 |
| MetID | Zhenzhi李 | 基于网络的优先级的假定的代谢物id |
| MetNet | 托马斯Naake | 从没有针对性高分辨率质谱数据推断的代谢网络 |
| mfa | 基兰•坎贝尔 | 因子分析的贝叶斯分层混合造型基因分岔 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| MGFM | 岩洞里埃尔领导的 | 标记基因微阵列基因表达数据中查找器 |
| MGFR | 岩洞里埃尔领导的 | 标记基因仪RNA-seq数据 |
| mgsa | 塞巴斯蒂安·鲍尔 | 基于模型的基因集分析 |
| MiChip | 乔纳森•布莱克 | MiChip解析和总结功能 |
| 微生物组 | 狮子座拉赫蒂 | 微生物分析 |
| microbiomeDASim | 贾斯汀•威廉姆斯 | 丰富微生物微分模拟 |
| microbiomeExplorer | 怪不得我里德 | 微生物勘探应用 |
| MicrobiotaProcess | Shuangbin徐 | R包进行分析,可视化和微生物的生物标志物的发现 |
| 微 | “詹姆斯·f·里德” | 数据和函数来处理小分子核糖核酸 |
| MIGSA | 胡安·c·罗德里格斯 | 大规模和综合基因分析 |
| mimager | 亚伦Wolen | mimager:微阵列成像 |
| 含羞草 | 格雷格Finak | 为单细胞分析混合模型 |
| MineICA | 安妮Biton | 分析ICA分解获得的基因组数据 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络 |
| minfi | Kasper丹尼尔·汉森 | 分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组 |
| MinimumDistance | 罗伯特Scharpf | 一个包在Case-Parent新创CNV检测三人小组 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类处罚后分类 |
| 米拉 | 约翰·劳森 | Methylation-Based推理的监管活动 |
| 海市蜃楼 | Y-h。田口方法 | microrna的排名由基因表达 |
| miRBaseConverter | Taosheng徐 | 全面、高效的工具转换和检索信息的不同miRBase microrna的版本 |
| miRcomp | 马修·n·考尔 | 估算工具来评估和比较microrna的表达方法 |
| mirIntegrator | 戴安娜·迪亚兹 | 集成微rna表达的信号通路途径分析 |
| miRLAB | Thuc Duy勒 | 干实验室探索miRNA-mRNA关系 |
| miRmine | 科维奇Randjelovic | 数据包miRmine数据库作为RangedSummarizedExperiment miRNA-seq数据集 |
| miRNAmeConverter | 斯蒂芬j . Haunsberger | microrna的名称转换为不同miRBase版本 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: microrna的表达数据的通路富集 |
| miRNAtap | t .伊恩•辛普森 | miRNAtap:微目标-聚合的预测 |
| miRSM | Junpeng张 | 在异构数据推断microrna的海绵模块 |
| miRspongeR | Junpeng张 | 识别和分析microrna的海绵和模块交互网络 |
| Mirsynergy | 李越 | Mirsynergy |
| missMethyl | 贝琳达Phipson, Jovana Maksimovic,安德鲁·朗斯代尔 | 分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据 |
| missRows | 冈萨雷斯Ignacio | 处理缺失个人Multi-Omics数据集成 |
| 米奇 | 马克Ziemann | Multi-Contrast基因集富集分析 |
| mixOmics | 曹Kim-Anh勒 | 组学数据集成项目 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 统一的接口在Bioconductor R机器学习程序数据容器 |
| 中长期规划 | 韦贝克托拜厄斯 | 中长期规划 |
| MLSeq | Gokmen Zararsiz | 机器学习为RNA-Seq数据接口 |
| MMAPPR2 | 乔纳森山 | 分析管道汇集RNA-Seq变异映射 |
| MMDiff2 | Gabriele Schweikert | 统计测试ChIP-Seq数据集 |
| MmPalateMiRNA | 家伙布鲁克 | 小鼠口感microrna的表达分析 |
| MMUPHin | 马本 | 荟萃分析方法统一的异质性在微生物研究管道 |
| mnem | 马丁Pirkl | 嵌套的混合效应模型 |
| 这种款式 | 李董 | MODA:模块微分分析基因co-expression加权网络 |
| Modstrings | Felix通用恩斯特 | 使用修改后的核苷酸序列 |
| 遐 | 布丽塔一起创造Velten | Multi-Omics因子分析(外交部) |
| MOFA2 | 布丽塔一起创造Velten | v2 Multi-Omics因素分析 |
| MOGAMUN | Elva-Maria Novoa-del-Toro | MOGAMUN:多目标遗传算法找到活动模块在多元生物网络 |
| mogsa | 陈孟 | 多个组学数据综合聚类分析和基因集 |
| 现代艺术博物馆 | 阳光明媚的琼斯 | 多使主监管机构分析 |
| 单片眼镜 | 科尔杰尔 | 集群、微分表达式,为单身——细胞RNA-Seq和轨迹分析 |
| MoonlightR | 安东尼奥·Colaprico Catharina奥尔森 | 从组学数据识别癌基因和肿瘤抑制基因 |
| 马赛克 | 东峻涌 | 马赛克(基于模型的一个和两个样品分析和推理ChIP-Seq) |
| MOSim | 卡洛斯马丁内斯 | Multi-Omics模拟(MOSim) |
| motifbreakR | 西蒙·哥特Coetzee | 包的破裂性预测转录因子结合位点单核苷酸多态性 |
| motifcounter | 沃尔夫冈•科普 | 在DNA序列分析TFBSs R包 |
| MotifDb | 保罗·香农 | 一个带注释的Protein-DNA绑定序列的集合 |
| motifmatchr | 艾丽西亚Schep | 快在R主题匹配 |
| motifStack | Jianhong欧 | 情节堆叠标识为单个或多个DNA, RNA和氨基酸序列 |
| MotIV | Mercier翻出来,拉斐尔Gottardo | 主题识别和验证 |
| MouseFM | 马提亚Munz | 在纯系小鼠遗传finemapping In-silico方法 |
| MPFE | 康拉德的负担 | 估计扩增子甲基化模式的分布从亚硫酸氢盐测序数据 |
| mpra | 莱斯利敏 | 分析大规模并行记者化验 |
| MPRAnalyze | Tal Ashuach | MPRA数据的统计分析 |
| msa | 乌尔里希Bodenhofer | 多序列比对 |
| MsCoreUtils | RforMassSpectrometry包维护者 | 质谱数据的核心跑龙套 |
| MSEADbi | Kozo Nishida | DBI构建MSEA-related包 |
| msgbsR | 本杰明·梅恩 | msgbsR:甲基化敏感的基因测序(MS-GBS) R功能 |
| MSGFgui | 托马斯·彼得森林 | MSGFplus闪亮的GUI |
| MSGFplus | 托马斯·彼得森林 | R和MS-GF +之间的接口 |
| msImpute | Soroor Hediyeh-zadeh | label-free质谱肽的污名 |
| msmsEDA | 约瑟Gregori | 探索性数据分析质/ MS数据的光谱 |
| msmsTests | 约瑟Gregori我字体 | 质/ MS微分表达式测试 |
| MSnbase | 劳伦特与 | 基函数和类质谱和蛋白质组学 |
| MSnID | 弗拉德Petyuk | 勘探和评估工具的信心LC-MSn鉴定蛋白质组学 |
| MSPrep | 马克斯·麦格拉思 | 计划总结、过滤、改动和正常化代谢组学数据 |
| msPurity | 托马斯·n·劳森 | 自动评价前体离子纯度基于质谱碎片在代谢组学 |
| MSstats | 之一Meena崔 | 蛋白质意义分析的DDA、SRM和DIA Label-free或基于标签的蛋白质组学实验 |
| MSstatsConvert | Mateusz Staniak | 导入数据从不同的质谱信号处理工具MSstats格式 |
| MSstatsPTM | Tsung-Heng蔡 | 统计描述的转录后修饰 |
| MSstatsQC | Eralp人偶 | 纵向监测和质量控制系统适用性试验蛋白质组学实验 |
| MSstatsQCgui | Eralp人偶 | MSstatsQC包的图形用户界面 |
| MSstatsSampleSize | Ting黄 | 仿真工具的优化设计高维MS-based蛋白质组学实验 |
| MSstatsTMT | Ting黄 | 蛋白质意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组学实验与串联质量标签(TMT)标签 |
| MSstatsTMTPTM | 德文郡科勒 | 后平移修改(天车)意义分析猎枪质量spectrometry-based蛋白质组的串联实验质量标签(TMT)标签 |
| Mulcom | 克劳迪奥·Isella | 计算Mulcom测试 |
| MultiAssayExperiment | 马塞尔·拉莫斯 | 软件的集成在Bioconductor multi-omics实验 |
| MultiBaC | 包的维护者 | Multiomic批效应校正 |
| multiClust | 内森软件 | multiClust: R-package识别生物相关的集群在癌症转录组配置文件 |
| multicrispr | Aditya Bhagwat | 多位点多用Crispr / ca设计 |
| MultiDataSet | 泽维尔Escrib梦特娇 | 实现MultiDataSet和结果集 |
| multiGSEA | 塞巴斯蒂安Canzler | GSEA-based通路富集结合多组学数据集成 |
| multiHiCcompare | 约翰•史坦斯费尔德,米哈伊尔•Dozmorov | 规范化和检测高c数据集之间的差异当复制的每个实验条件是可用的 |
| MultiMed | Simina m·博卡 | 同时测试多个生物介质 |
| multiMiR | 马特Mulvahill | 集成多个microRNA-target数据库与他们的疾病和药物协会 |
| multiOmicsViz | 王静 | 情节的影响一个沿着染色体组学数据在其他组学数据 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | R包组合多个扫描 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | Resampling-based多重假设检验 |
| 马斯喀特 | 海伦娜·l·克罗威尔 | 多试样多群scRNA-seq数据分析工具 |
| 肌肉 | 亚历克斯·t·Kalinka | 多重序列比对与肌肉 |
| musicatk | 亚伦骑士 | 突变特征综合分析工具包 |
| MutationalPatterns | Rurika奥卡河 | 综合全基因组突变的分析过程 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| MWASTools | 安德里亚·Rodriguez-Martinez Ayala拉斐尔 | MWASTools:一个集成的管道执行metabolome-wide关联研究 |
| mygene | 亚当·马克,居鲁士Afrasiabi Chunlei吴 | 访问MyGene。Info_服务 |
| myvariant | 亚当•马克Chunlei吴 | 查询和注释服务访问MyVariant.info变体 |
| mzID | 劳伦特与 | 一个R mzIdentML解析器 |
| mzR | 史蒂芬诺伊曼。劳伦与羌族的冠 | 解析器netCDF、mzXML mzData和mzML mzIdentML文件(质谱数据) |
| NADfinder | Jianhong Ou,丽华朱莉朱 | 测序数据的调用宽峰 |
| NanoMethViz | Shian苏 | 想象methlation来自牛津纳米孔测序的数据 |
| NanoStringDiff | 婷婷翟,王在香港 | 微分表达式分析NanoString nCounter数据 |
| NanoStringQCPro | 罗伯特•齐曼 | 质量指标和数据处理方法NanoString信使rna基因表达数据 |
| nanotatoR | Surajit巴塔查里亚 | nanotatoR:下一代结构变异注释和分类 |
| NarrowPeaks | 佩德罗情歌 | 使用函数PCA Shape-based ChIP-seq变化分析 |
| NBAMSeq | 徐任 | 负二项相加模型RNA-Seq数据 |
| NBSplice | 加芙美利奴 | 负二项模型检测微分拼接 |
| ncdfFlow | 迈克江,杰克瓦格纳 | ncdfFlow:一个包,它提供了基于HDF5流式细胞仪数据的存储。 |
| ncGTW | Chiung-Ting吴 | 对齐的质资料Neighbor-wise Compound-specific图形扭曲偏差检测 |
| NCIgraph | 洛朗•雅各布 | 从数据库NCI通路途径 |
| ncRNAtools | 劳拉出售比达尔 | 非编码RNA的R工具包 |
| ndexr | Florian奥尔 | NDEx R客户端库 |
| nearBynding | Veronica Busa | 辨别RNA结构近端蛋白质绑定 |
| Nebulosa | 何塞Alquicira-Hernandez | 单细胞数据可视化使用内核Gene-Weighted密度估计 |
| NeighborNet | 萨哈尔安萨里 | Neighbor_net分析 |
| netbenchmark | 加索尔Bellot | 基准测试的几个基因网络推理方法 |
| netbiov | Shailesh tripathi | 复杂生物网络可视化的包 |
| netboost | 帕斯卡Schlosser | 通过提高网络分析支持 |
| netboxr | Eirc Minwei刘 | netboxr |
| netDx | 信心派 | 基于网络的病人分类器 |
| nethet | 尼古拉•Staedler弗兰克Dondelinger | bioconductor包高维探索生物网络的异质性 |
| NetPathMiner | 艾哈迈德穆罕默德 | 生物网络建设、NetPathMiner路径挖掘和可视化 |
| netprioR | 费边Schmich | 一个模型基于网络的优先顺序的基因 |
| netReg | 西蒙Dirmeier | Network-Regularized回归模型 |
| netresponse | 狮子座拉赫蒂 | 功能网络分析 |
| NetSAM | Bing张 | 网络系列化和模块化 |
| netSmooth | 乔纳森Ronen | 网络平滑scRNAseq |
| networkBMA | 卡伊杨 | 回归平均使用贝叶斯网络推理模型 |
| NewWave | 费德里科•Agostinis | scRNA-seq负二项模型 |
| ngsReports | 史蒂夫Pederson | 负载FastqQC报告和其他门店相关文件 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络 |
| NOISeq | 索尼娅Tarazona | 探索性分析和微分表达式RNA-seq数据 |
| nondetects | Valeriia Sherina | 一级qPCR数据 |
| NoRCE | 基尔德Olgun | NoRCE:非编码RNA集Cis注释和浓缩 |
| normalize450K | 乔纳森·亚历山大Heiss | Illumina公司英飞纳姆450 k数据的预处理 |
| NormalyzerDE | Jakob Willforss | 标准化评估方法和计算的微分表达式分析统计数据 |
| NormqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 功能正常化RT-qPCR数据 |
| normr | 约翰内斯·赫尔穆特 | 调用ChIP-seq数据规范化和区别 |
| NPARC | 尼尔斯·Kurzawa | 非参数分析热响应曲线的蛋白质组分析实验 |
| npGSEA | 杰西卡·拉森 | 排列基因集富集分析的近似方法(non-permutation GSEA) |
| 特种加工 | 远华刘 | 预测基因网络使用一个基于常微分方程(ODE)的方法 |
| nucleoSim | 阿斯特丽德Deschenes | 地图生成合成核小体 |
| 诊断 | 圣地亚哥加利西亚语 | 核小体定位方案 |
| nuCpos | 加藤总裁中西宏明 | 预测的R包核小体的位置 |
| NuPoP | 中正大学王 | R包核小体定位预测 |
| occugene | 奥利弗将 | 函数多项式用房分布 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验 |
| odseq | 何塞·吉梅内斯 | 孤立点检测的多序列比对 |
| OGSA | Michael f . Ochs | 异常基因集分析 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 预处理工具寡核苷酸阵列 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略和罗伯特Scharpf | 类大规模数组由低聚糖和crlmm支持 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| OmaDB | 美妙的Kaleb,阿德里安Altenhoff | R OMA REST API包装器 |
| omicade4 | 陈孟 | 多个co-inertia组学数据集的分析 |
| OmicCircos | 胡应 | 高质量的圆形组学数据的可视化 |
| omicplotR | 丹尼尔Giguere | 视觉探索使数据集使用的应用程序 |
| omicRexposome | 泽维尔Escriba梦特娇 | Exposome和使数据协会和集成分析 |
| OmicsLonDA | 艾哈迈德·a·Metwally | 组学纵向微分分析 |
| OmicsMarkeR | 查尔斯·e·Determan Jr .) | “组学”数据集的分类和特征选择 |
| OMICsPCA | Subhadeep Das | R包定量集成和分析多种组学从异类样本化验 |
| omicsPrint | 戴维的猫 | 十字架使基因指纹分析 |
| Omixer | 露西Sinke | 组学分析的随机样本 |
| OmnipathR | 窝Turei | OmniPath web服务客户端 |
| 奥纳西斯 | 尤金尼亚Galeota | 奥纳西斯本体论注释和语义相似度软件 |
| oncomix | 丹尼尔·皮克 | 识别基因过表达在肿瘤从Tumor-Normal mRNA表达数据的子集 |
| OncoScore | 卢卡·德·佐 | 一个工具来识别潜在的致癌基因 |
| OncoSimulR | 雷蒙Diaz-Uriarte | 提出遗传模拟上位的癌症恶化 |
| oneSENSE | 永凯谭 | 一维Soli-Expression非线性随机嵌入(OneSENSE) |
| onlineFDR | 大卫·s·罗伯逊 | 网络错误控制 |
| ontoProc | VJ凯里 | 处理本体的解剖学、细胞系、等等 |
| openCyto | 迈克江,杰克瓦格纳 | 流式细胞仪数据分层浇注管道 |
| openPrimeR | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物的设计和分析 |
| openPrimeRui | 马蒂亚斯•多尔 | 闪亮的申请多重PCR引物的设计和分析 |
| OpenStats | 哈米德分Mashhadi | 一个健壮的和可伸缩的软件包可再生的高通量分析genotype-phenotype协会 |
| oposSOM | 亨利Loeffler-Wirth | transciptome数据的综合分析 |
| oppar | Soroor Hediyeh德 | 离群值R中的概要文件和路径分析 |
| oppti | Abdulkadir埃尔玛 | 异常蛋白质和Phosphosite目标标识符 |
| optimalFlow | 斯托伊Inouzhe | optimalFlow |
| OPWeight | 穆罕默德哈桑 | 最优的假定值权重与独立信息 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 相似基因的有序列表 |
| ORFik | 哈Tjeldnes | 在基因开放阅读框架 |
| Organism.dplyr | 马丁•摩根 | dplyr-based Bioconductor注释资源的访问 |
| OrganismDbi | Bioconductor包维护者 | 软件使光滑连接不同的数据库包 |
| OSAT | 李彦 | OSAT:最优样本分配的工具 |
| Oscope | 宁愣了 | Oscope——统计管道识别振荡在同步的单细胞RNA-seq基因 |
| OTUbase | 丹尼尔·贝克 | 提供了结构和功能的分析OTU数据 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 异常值检测利用分位数回归在—高通量数据的散点图 |
| 先驱者 | 基督教莫特 | 先驱者——RNA-Seq仪离群值 |
| OVESEG | 露露陈 | OVESEG-test检测组织/特异性标记 |
| PAA | 迈克尔•Turewicz马丁eisenach | PAA(蛋白质阵列分析仪) |
| packFinder | 杰克Gisby | 新创的注释Pack-TYPE转座的元素 |
| 莲花 | 安德里亚·劳 | 个性化Multi-Omic路径偏差分数使用多因素分析 |
| PADOG | Adi Laurentiu Tarca | 重叠基因的途径分析重量降低(PADOG) |
| 网页排名 | 经由叮 | 时间和多路复用pr基因调控网络分析 |
| PAIRADISE | 羌胡,沛Demirdjian | PAIRADISE:配对分析微分同种型表达式 |
| paircompviz | 米甲Burda | 多重比较检验可视化 |
| pandaR | 约瑟夫·n·保尔森丹Schlauch | 熊猫算法 |
| panelcn.mops | Gundula Povysil | CNV检测目标门店面板数据的工具 |
| panp | 华伦 | 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用 |
| PANR | 新王 | 后协会网络和功能模块推断从富裕表型的基因扰动 |
| PanVizGenerator | 托马斯·彼得森林 | 从你的pangenome生成PanViz可视化效果 |
| parglms | VJ凯里 | 支持并行估计glm /天 |
| 拙劣的模仿 | VJ凯里 | 离群值DYtection参数和的抵抗力 |
| 过去的 | 研究亚当 | 通路协会研究工具(过去) |
| Path2PPI | 奥利弗•菲利普 | pathway-related预测蛋白质相互作用网络 |
| pathifier | Assif Yitzhaky | 量化放松管制的癌症通路 |
| PathNet | 路德维希Geistlinger | 利用拓扑信息R包路径分析 |
| PathoStat | Solaiappan Manimaran,赵曰 | PathoStat统计微生物分析包 |
| pathprint | Sokratis Kariotis | 通路指纹分析基因表达的数组 |
| pathRender | 文斯凯里 | 使分子途径 |
| pathVar | 塞缪尔·齐默尔曼 | 方法找到通路变化明显不同 |
| pathview | Weijun罗 | 一组工具基于路径的数据集成和可视化 |
| pathwayPCA | 加布里埃尔奥多姆 | 综合路径分析与现代PCA方法和基因的选择 |
| PathwaySplice | 爱民严 | R无偏拼接方案的路径分析 |
| paxtoolsr | 奥古斯汀卢娜 | 通过BioPAX PaxtoolsR:从多个数据库访问路径,路径 |
| pcaExplorer | 费德里科•马里尼 | 交互式的可视化RNA-seq数据使用一个主成分的方法 |
| pcaMethods | 亨宁Redestig | PCA方法的集合 |
| PCAN | 马太福音页面和帕特里斯·戈达尔 | 表现型一致分析(PCAN) |
| PCAtools | 凯文Blighe | PCAtools:所有的主成分分析 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的丁字尺方法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pcxn | Sokratis Kariotis | 探索、分析和可视化功能利用pcxnData包 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包生成器 |
| PeacoQC | Annelies Emmaneel | Peak-based选择高质量的血细胞计数数据 |
| peakPantheR | Arnaud狼吞虎咽的人 | 挑选峰值和注释的高分辨率的实验 |
| PECA | 托米-芬兰语 | Probe-level表达改变平均 |
| peco | Chiaowen乔伊斯萧 | 的监督方法* * P * * r * * e * * dict * * c公关* *啊,* * * *魔法循环使用scRNA-seq数据移位 |
| PepsNMR | 侬·马丁 | 预处理1 h - nmr FID信号 |
| pepStat | 格雷戈里·C Imholte | 统计分析多肽微阵列 |
| pepXMLTab | 小菁王 | 基于肽罗斯福解析pepXML文件和过滤器。 |
| 完美的 | Quy曹 | 排列为微生物数据过滤 |
| periodicDNA | 雅克Serizay | 套工具来识别中出现的周期性k-mers DNA序列 |
| perturbatr | 西蒙Dirmeier | 统计分析的高通量基因扰动屏幕 |
| PGA | 博温,Shaohang徐 | 识别的包小说肽通过定制数据库来自RNA-Seq |
| pgca | 加芙Cohen-Freue | PGCA:一个算法从MS / MS数据链接创建的蛋白质组 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| phantasus | Alexey Sergushichev | 视觉和互动的基因表达分析 |
| PharmacoGx | 本杰明Haibe-Kains | 大规模药物基因组学数据分析 |
| phemd | 威廉S陈 | 表型EMD单细胞样本的比较 |
| phenopath | 基兰•坎贝尔 | 基因组轨迹与异构遗传和环境背景 |
| phenoTest | Evarist星球 | 工具来测试基因表达和表型之间的联系的方式高效、结构化、快速和可伸缩的。我们还提供了工具来做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。 |
| PhenStat | 哈米德Haselimashhadi | 表型数据的统计分析 |
| philr | 贾斯汀·西尔弗曼 | 基于系统分区的劳工关系转换为宏基因组数据 |
| phosphonormalizer | 索拉博Saraei | 补偿引入偏差值在phosphoproteomics正常化。这样做是通过丰富和non-enriched数据和创建一个归一化因子。 |
| PhosR | Taiyun金 | 一系列的方法和工具对phosphoproteomics数据的综合分析 |
| PhyloProfile | Vinh Tran | PhyloProfile |
| phyloseq | Paul j . McMurdie | 高产微生物普查数据处理和分析 |
| π | 海方 | 利用遗传学证据优先考虑药物靶点的基因和通路水平 |
| 钢琴 | 列夫Varemo Wigge | 组学数据的综合分析平台 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因芯片表达数据分析 |
| 图片 | 升Sauteraud | 概率推理的ChIP-seq |
| Pigengene | Habil Zare | 从基因表达数据推断生物签名 |
| 平 | 升Sauteraud | 核小体定位的概率推理MNase-based或用短内容数据 |
| pipeComp | Pierre-Luc日尔曼 | pipeComp管道基准测试框架 |
| pipeFrame | 郑魏 | 生物信息学在R的管道框架 |
| pkgDepTools | Bioconductor包维护者 | 包依赖工具 |
| plethy | 丹尼尔底部 | R呼吸运动计量法数据的探索和分析框架 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 检测差异表达基因芯片和蛋白质组学数据集的幂律全球误差模型(PLGEM) |
| 钳子 | Crispin米勒 | 算法实现了Affymetrix钳子 |
| PloGO2 | Dana Pascovici Jemma Wu | 情节基因本体和KEGG通路注释和丰富 |
| plotGrouper | 约翰·d·盖格农 | 闪亮的应用程序GUI包装ggplot内置统计分析 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 当地集中错误检测与配对的高通量数据微分表达式 |
| 赢钱 | Gwenael广义相对论Leday来 | 分段线性回归样条函数(赢)DNA拷贝数和基因表达之间的联系 |
| plyranges | 斯图尔特•李 | 一个操纵GenomicRanges连贯接口 |
| pmm | 安娜Drewek | 并行混合模型 |
| pmp | 哪Jankevics | 峰值信号矩阵处理和批处理校正代谢组学数据集 |
| podkat | 乌尔里希Bodenhofer | 位置相关的内核联想测验 |
| pogo | VJ凯里 | 药物基因组学本体支持 |
| 聚酯 | 杰克傅,杰夫韭菜 | 模拟RNA-seq读取 |
| Polyfit | 康拉德的负担 | 附加DESeq改善假定值和q值 |
| POMA | 波尔Castellano-Escuder | 用户友好的工作流预处理和质谱数据的统计分析 |
| 帖子 | 学苑曹 | 正交投影空间高维数据的测试 |
| PoTRA | Valentin Dinu | PoTRA:拓扑秩分析的途径 |
| powerTCR | 希拉里·科赫 | 基于模型的识别剧目的比较分析 |
| PPInfer | Dongmin荣格 | 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关的蛋白质 |
| ppiStats | Bioconductor包维护者 | 蛋白质相互作用的统计软件包 |
| pqsfinder | 雅罗西克亲爱的 | 识别潜在的四重的形成序列 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 数据分析对细胞功能检测 |
| 婴儿车 | 彭刘 | 池RNA-seq装配记录模型的数据集 |
| prebs | Karolis Uziela | 调查地区表达式估计RNA-seq改进的微阵列数据可比性 |
| preciseTAD | 斯皮罗Stilianoudakis | preciseTAD:机器学习框架精确边界的预测 |
| PrecisionTrialDrawer | 乔治•Melloni | 一个工具来分析和设计门店建立自定义面板的基因 |
| PREDA | 弗朗西斯科·法拉利 | 位置相关数据分析 |
| predictionet | 本杰明Haibe-Kains, Catharina奥尔森 | 推理预测网络设计(但不限于)基因组数据 |
| preprocessCore | 本Bolstad | 预处理功能的集合 |
| primirTSS | Pumin李 | 预测pri-miRNA转录起始站点 |
| 王子 | 迈克尔Skinnider | 预测从Co-Elution Interactomes |
| 奖 | Daryanaz Dargahi | 奖:R包优先级评估基于层次分析法 |
| 高伦雅芙 | 约瑟夫•李 | 从RNA-Seq数据估计子活动 |
| proBAMr | 小菁王 | 生成山姆文件psm的猎枪蛋白质组学数据 |
| proBatch | 克洛伊·h·李 | 工具,用于诊断和修正蛋白质组学的批处理效果 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| procoil | 乌尔里希Bodenhofer | 预测的卷曲螺旋蛋白质寡聚化 |
| proDA | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 微分丰富Label-Free质谱数据的分析 |
| proFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS数据的预处理 |
| profileplyr | 汤姆卡罗尔,道格·巴罗斯 | 读取信号的可视化和注释与profileplyr在基因组范围 |
| profileScoreDist | 桩o . Westermark | 概要分数分布 |
| 后代 | 阿尔贝托Valdeolivas | 从基因表达通路响应基因活动推理 |
| projectR | 吉纳维芙Stein-O ' brien | 从主成分分析权重函数的投影,CoGAPS, NMF、相关性和集群 |
| pRoloc | 劳伦特与 | 一个统一的空间蛋白质组学的生物信息学框架 |
| pRolocGUI | 劳伦特与 | 互动空间蛋白质组学数据的可视化 |
| 承诺 | 斯坦磅,学苑曹 | 最有趣的统计证据的投影 |
| 适当的 | 吴皓 | 潜在力量RNAseq评价 |
| 道具 | Lichy汉 | 概率路径评分(道具) |
| Prostar | 撒母耳Wieczorek | 为DAPAR提供了一个GUI |
| proteinProfiles | 朱利安格林 | 蛋白质分析 |
| ProteomicsAnnotationHubData | 劳伦特与 | 公共蛋白质组学数据资源转换成Bioconductor数据结构 |
| ProteoMM | Yuliya V Karpievitch | 蛋白质组学分析平台Multi-Dataset基于模型的微分表达式 |
| ProtGenerics | 劳伦特与 | S4 Bioconductor通用功能蛋白质组学的基础设施 |
| PSEA | 亚历山大·库恩 | 特定人群表达分析。 |
| psichomics | 努诺·Saraiva-Agostinho | 图形界面对可变剪接量化、分析和可视化 |
| PSICQUIC | 保罗·香农 | 蛋白质组学标准项目常见的查询接口 |
| psygenet2r | Alba Gutierrez-Sacristan | psygenet2r - R包查询PsyGeNET和执行精神障碍共病研究 |
| PubScore | 蒂亚戈Lubiana | 自动计算文献相关性的基因 |
| pulsedSilac | Marc Pages-Gallego | pulsed-SILAC定量蛋白质组学数据的分析 |
| 彪马 | Xuejun刘 | 传播的不确定性在微阵列分析(包括Affymetrix传统3 '数组和外显子数组和人类转录组数组2.0) |
| PureCN | 马库斯·里斯特 | 拷贝数调用和SNV分类使用针对性的短的阅读顺序 |
| pvac | 小君,皮埃尔·r·蒲式耳 | PCA-based基因筛选Affymetrix数组 |
| pvca | 李将鹰 | 主方差分量分析(PVCA) |
| Pviz | 升Sauteraud | 使用Gviz肽注释和数据可视化 |
| PWMEnrich | 迭戈Diez | PWM富集分析 |
| pwOmics | 麻仁Sitte | Pathway-based组学数据的数据集成 |
| pwrEWAS | Stefan Graw | 一个用户友好的工具宽表观基因组协会研究综合实力评估(ewa) |
| qckitfastq | 8月广 | FASTQ质量控制 |
| qcmetrics | 劳伦特与 | 一个质量控制的框架 |
| QDNAseq | 达乌德您 | 定量DNA测序染色体畸变 |
| QFeatures | 劳伦特与 | 定量质谱数据的特性 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 数据驱动的高通量qPCR数据标准化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 估计的遗传和分子从高通量基因组学数据监管网络 |
| qPLEXanalyzer | 阿什利本纪念册 | qPLEX-RIME数据分析的工具 |
| qrqc | 文斯水牛 | 快速阅读质量控制 |
| qsea | 马提亚Lienhard | 数据分析和vizualization IP-seq |
| qsmooth | 斯蒂芬妮·c·希克斯 | 光滑的分位数正常化 |
| QSutils | 奔驰Guerrero-Murillo | 准物种多样性 |
| Qtlizer | 马提亚Munz | 全面的GWAS QTL注释的结果 |
| quantro | 斯蒂芬妮·希克斯 | 测试时使用分位数正常化 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和基因组数组数据的可视化 |
| QuartPAC | 格里高利Ryslik | 突变集群在蛋白质四级结构的识别。 |
| QuasR | 迈克尔·施 | 量化和注释在短时间内读取R |
| QuaternaryProd | 卡尔·托尼Fakhry | 计算签署和无符号的第四纪点积得分统计因果图 |
| QUBIC | 余张 | R包支持基因的定性biclustering co-expression分析 |
| qusage | 克里斯托弗·保伦 | qusage:定量分析基因的表达 |
| qvalue | 约翰·d·层,安德鲁j .鲈鱼 | 错误发现率控制核反应能量估计 |
| R3CPET | 穆罕默德Nadhir Djekidel | 3 cpet:找到辅助因子复合物在Chia-PET实验中使用分层狄利克雷的过程 |
| r3Cseq | Supat Thongjuea或 | 分析染色体构象捕获和下一代测序(3 c-seq) |
| R453Plus1Toolbox | 汉斯克莱因 | 一个包的导入从罗氏的基因组定序器系统和分析数据 |
| R4RNA | 丹尼尔·赖 | R包RNA可视化和分析 |
| RadioGx | 本杰明Haibe-Kains | 分析大规模Radio-Genomic数据 |
| RaggedExperiment | 马丁•摩根 | 表示的稀疏的实验和分析样本 |
| 雨 | 保罗•f•Thaben | 韵律性分析结合非参数方法 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 强大的微阵列分析 |
| ramwas | 安德烈一个Shabalin | 快Methylome-Wide协会研究管道浓缩平台 |
| RandomWalkRestartMH | 阿尔贝托Valdeolivas Urbelz | 多路复用和异构网络上的随机游走和重启 |
| randPack | 罗伯特先生 | 随机临床试验的例程 |
| randRotation | 彼得Hettegger | 随机旋转与批处理高维数据结构的方法 |
| RankProd | 弗朗西斯科·德尔·Carratore | 产品排名的方法识别差异表达基因在荟萃分析中的应用 |
| RareVariantVis | 托马斯Stokowy | 一套罕见基因变异分析的全基因组测序数据 |
| Rariant | 朱利安格林 | 识别和评估单核苷酸变异通过绝不会报道另类基地调用频率的变化 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持Springer Bioconductor专著 |
| RBGL | Bioconductor包维护者 | 一个接口来提高图形库 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rBiopaxParser | 弗兰克·克莱默 | 解析BioPax文件和在R代表他们 |
| 遏制 | Dongmei李 | 疟疾:R包微阵列和RNA-Seq数据分析 |
| Rbowtie | 迈克尔·施 | R领结包装 |
| Rbowtie2 | 郑魏 | 为Bowtie2和AdapterRemoval R包装器 |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 强大的基于可能性生存与微阵列数据建模 |
| Rcade | 乔纳森·凯恩斯 | R-based ChIP-seq和微分表达式的分析——基于一个集成的工具点ChIP-seq汇总数据分析与微分表达式 |
| 美国广播公司 | 拉博拉Uyar | 以RNA为中心的注释系统 |
| RCASPAR | Douaa Mugahid Lars Kaderali | 包为生存时间预测基于分段基线风险Cox回归模型。 |
| rcellminer | 奥古斯汀卢娜,Vinodh拉贾帕克萨,Fathi Elloumi | rcellminer:分子资料、药物反应和化学结构NCI-60细胞系 |
| rCGH | 弗雷德里克通讯器 | 综合管道分析和可视化制成的全息数据 |
| RchyOptimyx | 尼玛Aghaeepour Adrin拉里说道 | Optimyzed细胞流式细胞术的层次结构 |
| RcisTarget | 莎拉Aibar | RcisTarget:识别转录因子基因列表绑定图案丰富 |
| RCM | 尤里斯最大经济产量 | 适合row-column协会与微生物的负二项分布模型 |
| Rcpi | 南肖 | 分子信息学工具包复合蛋白相互作用的药物发现 |
| Rcwl | 羌胡 | R接口通用工作流语言 |
| RcwlPipelines | 羌胡 | 基于Rcwl生物信息学管道 |
| RCy3 | 亚历克斯·皮科 | 函数来访问和控制Cytoscape |
| RCyjs | 保罗·香农 | 在cytoscape.js显示和操作图 |
| RDAVIDWebService | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 为检索数据从大卫到R R包对象使用Web服务API。 |
| rDGIdb | 拉尔斯博萨德 | R包装DGIdb |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| RDRToolbox | Christoph Bartenhagen | 一个包的非线性降维Isomap和米歇尔。 |
| ReactomeGSA | 约翰内斯偶联 | 客户Reactome分析服务比较multi-omics基因组分析 |
| ReactomePA | Guangchuang余 | Reactome途径分析 |
| ReadqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 读取qPCR数据 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| REBET | 比尔·惠勒 | subREgion-based负担测试(REBET) |
| 锐步 | 亚伦Lun | 重用Bioconductor书中的内容 |
| receptLoss | 丹尼尔·皮克 | 无监督识别子集的肿瘤基因表达的损失 |
| reconsi | 尤里斯最大经济产量 | 重采样的零分布同时推理倒塌了 |
| 重新计票 | 莱昂纳多Collado-Torres | 探索和下载的数据重新计票的项目 |
| recount3 | 莱昂纳多Collado-Torres | 探索从recount3项目和下载数据 |
| recountmethylation | 肖恩·K马登 | 访问和分析DNA甲基化组数据库 |
| 收回 | Panagiotis Moulos | R包创建复杂的基因组概要情节 |
| 红色的 | 毛罗·卡斯特罗 | 嵌套网络的交互式可视化和操纵 |
| REDseq | 利华国际朱莉朱 | 高通量测序数据的分析处理限制性内切酶消化 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数外推的策略(RMA +)和外推平均(RMA + +)方法。 |
| RegEnrich | 东陶 | 基因调节富集分析 |
| 地区 | Bernat凝胶 | 协会分析基于排列的基因组区域的测试 |
| regionReport | 莱昂纳多Collado-Torres | 生成HTML或PDF报告一组基因的区域或DESeq2 /磨边机的结果 |
| regsplice | 卢卡斯·m·韦伯 | L1-regularization基于微分检测拼接的方法 |
| regutools | Joselyn查韦斯 | regutools: R包从RegulonDB数据提取 |
| REMP | 忆南向郑 | 重复的元素甲基化预测 |
| Repitools | 马克。罗宾逊 | 外遗传性工具 |
| ReportingTools | 杰森·a·哈克尼加布里埃尔·贝克尔,杰西卡·l·拉尔森 | 使报告以各种格式的工具 |
| RepViz | 托马斯•人造旅行社Laiho | 复制的基因组区域的可视化 |
| ReQON | 克里斯托弗Cabanski | 调整质量的核苷酸 |
| ResidualMatrix | 亚伦Lun | 创建一个DelayedMatrix回归残差 |
| restfulSE | 什维塔Gopaulakrishnan | 访问矩阵像HDF5服务器内容或BigQuery内容通过SummarizedExperiment接口 |
| rexposome | 泽维尔Escriba梦特娇 | Exposome勘探和数据分析结果 |
| rfaRm | 劳拉出售比达尔,拉斐尔·阿亚拉 | R Rfam数据库接口 |
| Rfastp | 托马斯•卡罗尔 | 一个超高速和一体化Fastq预处理(质量控制、适配器、低质量和polyX修剪)和UMI序列解析)。 |
| rfPred | 雨果Varet | rfPred功能预测分数分配给一个错义变量列表 |
| rGADEM | Arnaud所有权 | 新创主题发现 |
| RGalaxy | Bioconductor包维护者 | 提供一个R函数星系的网络平台 |
| Rgin | 赫克托耳Climente-Gonzalez | R中的杜松子酒 |
| RGMQL | 西蒙·帕洛 | R / Bioconductor GenoMetric查询语言 |
| RGraph2js | 史蒂芬卡诺 | 将图转换成一个D3js脚本 |
| Rgraphviz | Kasper丹尼尔·汉森 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rGREAT | Zuguang顾 | 客户端为伟大的分析 |
| RGSEA | 成成马 | 随机的基因集富集分析 |
| rgsepd | Stamm卡尔 | 基因集富集/投影显示 |
| rhdf5 | 迈克•史密斯 | R接口HDF5 |
| rhdf5client | 文森特·凯里 | 从h5serv HDF5内容的访问 |
| rhdf5filters | 迈克•史密斯 | HDF5压缩过滤器 |
| Rhdf5lib | 迈克•史密斯 | hdf5库作为R包 |
| Rhisat2 | 夏洛特Soneson | R为HISAT2对准器包装器 |
| Rhtslib | Bioconductor包维护者 | 图书馆作为R包HTSlib高通量测序 |
| RiboProfiling | 答:Popa | 核糖体分析数据分析:从BAM数据表示和解释 |
| ribor | 迈克尔耿 | R日博文件接口 |
| riboSeqR | 托马斯·Hardcastle | 测序数据的分析从核糖体分析实验 |
| ribosomeProfilingQC | Jianhong欧 | 核糖体分析质量控制 |
| RImmPort | Ravi Shankar Zicheng胡 | RImmPort:启用Ready-for-analysis免疫学的研究数据 |
| 林格 | j . Toedling | R调查ChIP-chip Oligoarrays |
| RIPAT | Min-Jeong门敏 | 逆转录病毒集成模式分析工具(RIPAT) |
| Risa | Alejandra Gonzalez-Beltran | 从ISA-tab试验元数据转换成Bioconductor数据结构 |
| 日坛 | 迈克尔·齐默尔曼 | 术语注释和快速整合网络资源 |
| 河 | Yungil金 | R包河(RNA-Informed变异影响监管) |
| RJMCMCNucleosomes | 阿斯特丽德Deschenes | 贝叶斯层次模型与高通量基因组核小体定位短内容数据(MNase-Seq) |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 微阵列Gene-expression-based错误率评估程序 |
| RMassBank | RMassBank在作者之一 | 工作流过程串联文件女士和构建MassBank记录 |
| rmelting | j·阿拉 | 融化5 R接口 |
| RmiR | 弗朗西斯科·Favero | 包与microrna与R microrna的目标 |
| Rmmquant | Zytnicki马提亚 | RNA-Seq multi-mapping读取量化工具 |
| RNAAgeCalc | 徐任 | multi-tissue转录年龄计算器 |
| RNAdecay | 里德索伦森 | 最大似然衰变RNA降解数据的建模 |
| rnaEditr | 兰屿张 | 统计分析的RNA编辑网站和hyper-editing地区 |
| RNAinteract | 贝恩德•菲舍尔 | 估计成对从多维交互功能 |
| RNAither | 佬司Kaderali | 统计分析的高通量RNAi屏幕 |
| RNAmodR | Felix通用恩斯特 | 高通量测序数据中检测转录后修饰 |
| RNAmodR.AlkAnilineSeq | Felix通用恩斯特 | 检测m7G, m3C和D AlkAnilineSeq修改 |
| RNAmodR.ML | Felix通用恩斯特 | 使用机器学习检测模式的转录后修饰 |
| RNAmodR.RiboMethSeq | Felix通用恩斯特 | 检测由RiboMethSeq 2 ' - o甲基化 |
| RNAprobR | Nikos Sidiropoulos | R包基于大规模并行测序分析RNA结构探测数据 |
| RNAsense | 马库斯Rosenblatt | 时间分辨RNA-Seq数据的分析 |
| rnaseqcomp | Mingxiang腾 | RNA-seq量化的标准管道 |
| rnaSeqMap | 米甲Okoniewski | rnaSeq二次分析 |
| RNASeqPower | 特里M Therneau | RNAseq研究样本量 |
| RNASeqR | Kuan-Hao曹国伟 | RNASeqR: R包自动双官能团RNA-Seq分析工作流 |
| RnaSeqSampleSize | 石林赵开发人员 | RnaSeqSampleSize |
| RnBeads | 费边穆勒 | RnBeads |
| Rnits | Dipen p Sangurdekar | R时间序列数据的规范化和推理 |
| 咆哮 | 埃琳娜格拉希 | 从RNA-seq比对确定微分APA使用 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 中华民国的公用事业,微阵列的焦点 |
| ROCpAI | Juan-Pedro加西亚 | 接受者操作特征部分区域索引来评估分类器 |
| Roleswitch | 李越 | 推断miRNA-mRNA交互使用成对的表达数据从一个样本 |
| 的方式 | 劳伦特与 | R本体查询服务接口 |
| ROntoTools | Calin Voichita | R Onto-Tools套件 |
| ropls | 艾蒂安a Thevenot | 主成分分析,请(- da)和OPLS (- da)多元组学数据的分析和特征选择 |
| ROSeq | Krishan古普塔 | 建模表达式noise-tolerant军衔微分表达式分析scRNA-Seq数据 |
| 腐烂 | 托米-芬兰语 | Reproducibility-Optimized检验统计量 |
| 战 | 狮子座拉赫蒂 | 战:健壮的概率平均probe-level分析 |
| RProtoBufLib | 迈克江,杰克瓦格纳 | c++头文件和协议的静态库缓冲区 |
| RpsiXML | 张Jitao大卫 | PSI-MI 2.5 R接口文件 |
| rpx | 劳伦特与 | ProteomeXchange R接口库 |
| Rqc | Welliton Souza | 高通量测序数据的质量控制工具 |
| rqt | Ilya y Zhbannikov | rqt:公用事业能够荟萃分析 |
| rqubic | 张Jitao大卫 | 定性biclustering R表达数据分析算法 |
| rRDP | 迈克尔Hahsler | 接口RDP分类器 |
| RRHO | 乔纳森Rosenblatt | 推理有序列表之间的协议 |
| rrvgo | 塞尔吉Sayols | 减少+想象去 |
| Rsamtools | Bioconductor包维护者 | 二进制对齐(BAM)、FASTA变体叫(供应量),和tabix文件导入 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | 使用libsbml R支持用 |
| rScudo | 马特奥Ciciani | 基于签名的集群用于诊断目的 |
| rsem | 莱斯利敏 | 一个接口语义MEDLINE数据库 |
| RSeqAn | 8月广 | R SeqAn |
| Rsubread | 廖施魏,杨和戈登·史密斯 | 测序数据的分析映射,量化和变体 |
| RSVSim | Christoph Bartenhagen | RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化 |
| rSWeeP | Danrley r·费尔南德斯 | 函数来创建低维氨基酸序列出现的比较矩阵 |
| rTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 接口串联蛋白质识别算法在R |
| RTCA | 张Jitao大卫 | 开源工具箱分析数据从xCELLigence系统(RTCA) |
| RTCGA | Marcin辛斯 | 癌症基因组图谱数据集成 |
| RTCGAToolbox | 马塞尔·拉莫斯 | 一个新工具出口TCGA流水数据 |
| 研制 | 毛罗·卡斯特罗 | 研制:调节子的转录调控网络的重建和分析 |
| RTNduals | 毛罗·卡斯特罗,克拉丽斯顶尖 | co-regulation分析和推理的双重调节子 |
| RTNsurvival | 克拉丽斯顶尖毛罗·a·a·卡斯特罗 | 生存分析使用转录网络推断的研制方案 |
| RTopper | 路易吉马尔基奥尼 | 这个包是用来执行组基因分析跨多个基因组平台 |
| Rtpca | 尼尔斯·Kurzawa | 热接近co-aggregation与R |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R接口基因组注释文件和UCSC基因组浏览器 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix: Mutagenetic树木混合模型。 |
| rTRM | 迭戈Diez | 转录监管模块从PPI网络的识别 |
| rTRMui | 迭戈Diez | rTRM闪亮的用户界面 |
| runibic | Patryk Orzechowski | runibic:基于行的biclustering算法在R基因表达数据的分析 |
| RUVcorr | Saskia Freytag | 删除不需要的变化和相关基因基因相关性分析 |
| RUVnormalize | 洛朗•雅各布 | RUV言论正常化的数组数据 |
| RUVSeq | 大卫。Risso | 从RNA-Seq数据删除不需要的变化 |
| 旅游房车 | 托马斯·谢尔曼 | 计算的概率估计的相关个人共享一种罕见的变异 |
| rWikiPathways | 大多Willighagen | rWikiPathways - R WikiPathways API客户端库 |
| S4Vectors | Bioconductor包维护者 | 在Bioconductor向量和类似容器的基础 |
| 安全 | 路德维希Geistlinger | 意义的分析功能和表达 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 为阅读和比较圣人库函数的集合 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| SAIGEgds | Xiuwen郑 | 可伸缩的实现广义混合模型使用GDS文件Phenome-Wide协会的研究 |
| samExploreR | shailesh tripathi | samExploreR包:高性能阅读综述计算向量的avaliability测序深度还原模拟 |
| sampleClassifier | 岩洞里埃尔领导的 | 样本分类器 |
| SamSPECTRAL | Habil | 识别的细胞群在流式细胞仪的数据。 |
| sangeranalyseR | Kuan-Hao曹国伟 | sangeranalyseR:一套函数R桑格序列数据的分析 |
| sangerseqR | 乔纳森山 | 工具在R Sanger测序数据 |
| sapFinder | Shaohang徐,Bo | 包变体肽在猎枪蛋白质组学检测和可视化。 |
| 衬衣 | 丹尼斯·威利 | 后缀数组内核平滑相关序列的发现和multi-motif域 |
| savR | r·布伦特考尔德 | 解析和分析Illumina公司SAV文件 |
| SBGNview | Weijun罗 | “SBGNview:数据分析、整合和可视化SBGN通路” |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| SC3 | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞共识集群 |
| Scale4C | 卡罗琳沃尔特 | Scale4C: R / Bioconductor包4 c-seq数据的尺度空间的转换 |
| scAlign | 尼尔森·约翰森 | 一个对齐单细胞基因组学和集成方法 |
| SCAN.UPC | Stephen r .短笛 | 单通道阵列正常化(扫描)和通用表达式代码(UPC) |
| SCANVIS | 菲德拉Agius | SCANVIS——工具评分、注释和可视化接头连接 |
| SCATE | Wenpin侯 | SCATE:单细胞ATAC-seq信号提取和增强 |
| 嘘 | 艾伦·奥卡拉汉 | 单细胞分析工具箱在R基因表达数据 |
| scBFA | Ruoxin李 | 降维工具使用基因检测模式,以减轻scRNA-seq嘈杂的表达谱 |
| SCBN | 燕周 | 统计归一化法和微分表达式分析RNA-seq不同物种之间的数据 |
| scCB2 | 子健倪 | CB2改善细胞检测的RNA droplet-based单细胞测序数据 |
| scClassify | Yingxin林 | scClassify:单细胞分层分类 |
| scDataviz | 凯文Blighe | scDataviz:单细胞dataviz和下游分析 |
| scDblFinder | Pierre-Luc日尔曼 | scDblFinder |
| scDD | 基冈Korthauer | 单细胞RNA-seq数据的混合建模与微分分布识别基因 |
| scde | 让粉丝 | 单细胞微分表达式 |
| scds | 丹尼斯Kostka | In-Silico注释为单个细胞RNA序列数据的对比 |
| 短链脂肪酸 | Duc Tran | 因子分析SCFA:子类型化通过共识 |
| scFeatureFilter | Guillaume Devailly | correlation-based方法单细胞RNAseq质量过滤数据 |
| scGPS | 关丽珍阮 | 完整的单细胞分析亚种群,从确定亚种群分析他们的关系(scGPS =全球预测单个细胞亚群) |
| schex | Saskia Freytag | Hexbin情节单一细胞组学数据 |
| 散粒 | Shila Ghazanfar | 单细胞高阶测试 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅片Interactome |
| scMAGeCK | 枭龙程 | 识别与多个表达式表型相关的基因在单细胞CRISPR筛选数据 |
| scmap | 弗拉基米尔•Kiselev | 无监督的工具单细胞RNA-seq数据的投影 |
| scMerge | Yingxin林 | scMerge:合并多个批次的scRNA-seq数据 |
| scmeth | Divy Kangeyan | 函数来进行质量控制分析甲基化数据 |
| SCnorm | 朗达巴彻 | 单细胞RNA-seq数据的标准化 |
| 司康饼 | 大卫。Risso | 单细胞规范化表达数据的概述 |
| Sconify | 泰勒J烧伤 | 工具箱用于执行KNN-based质量流和血细胞计数数据的统计信息 |
| 范围 | 如金王 | 标准化和拷贝数估计方法单细胞DNA测序 |
| scoreInvHap | 卡洛斯·鲁伊斯 | 在预定义的地区得到反演状态 |
| scp | 克利斯朵夫Vanderaa | 质量Spectrometry-Based单细胞蛋白质组学数据分析 |
| scPCA | 菲利普波瓦洛 | 稀疏的对比主成分分析 |
| scPipe | Luyi田 | 管道为单细胞RNA-seq数据分析 |
| 食物 | 亚伦Lun | 单细胞RNA-Seq数据分析的方法 |
| scRecover | 逸苗 | scRecover归责的单细胞RNA-seq数据 |
| scRepertoire | 尼克Borcherding | 单细胞分析免疫受体的工具包 |
| 颈背 | 哲王 | 单细胞RNA-Seq UMI过滤主持人(颈背) |
| 用水晶球占卜 | 凯利街 | Small-Count高维数据分析方法 |
| scsR | 安德里亚·弗兰切斯基尼罗杰·迈耶基督教冯纯粹 | SiRNA校正种子脱靶效应介导的 |
| scTensor | 露崎引人入胜 | 从单细胞检测和信息交互RNA-seq张量分解的数据集 |
| scTGIF | 露崎引人入胜 | 细胞类型为未经单细胞RNA-Seq数据注释 |
| scTHI | 米歇尔·切 | 识别中的显著激活交互跨集群的细胞RNA从单细胞测序数据 |
| 天窗 | 亚伦Lun | 单细胞RNA-Seq分析工具 |
| SDAMS | Yuntong李 | 微分丰富分析代谢组学、蛋白质组学和RNA单细胞测序数据 |
| segmentSeq | 托马斯·Hardcastle | 方法从高通量测序数据识别小RNA基因座 |
| selectKSigs | 杨直 | 选择的数量使用perplexity-based测量和交叉验证突变特征 |
| SELEX | Harmen j . Bussemaker | 分析SELEX-seq数据的功能 |
| SemDist | 伊恩·冈萨雷斯 | 信息Accretion-based功能预测评估 |
| semisup | 阿明罗森伯格 | Semi-Supervised混合模型 |
| SEPIRA | 个陈 | 系统表观基因组学推理的监管活动 |
| seq2pathway | 新安杨詹妮弗太阳的贡献 | 小说的工具功能的基因簇(或称为通路)下一代测序数据的分析 |
| SeqArray | Xiuwen郑 | 数据管理大规模的全基因组序列变异调用 |
| seqbias | 丹尼尔·琼斯 | 高通量测序数据估计per-position的偏见 |
| seqCAT | Erik Fasterius | 高通量测序细胞认证工具包 |
| seqCNA | 大卫Mosen-Ansorena | 癌症数据拷贝数高通量测序分析 |
| seqcombo | Guangchuang余 | 可视化工具序列重组和重组 |
| SeqGate | 斯蒂芬妮Rialle | 过滤低表达的功能 |
| SeqGSEA | 习王 | 基因集富集分析(GSEA) RNA-Seq数据:积分微分表达式和拼接 |
| seqLogo | 罗伯特Ivanek | DNA序列比对的序列标识 |
| seqPattern | Vanja Haberle | 想象寡核苷酸模式和主题出现跨一组排序序列 |
| seqplots | Przemyslaw Stempor | 交互式可视化的工具挥动信号和序列图案密度以及基因组功能使用平均情节和热图 |
| seqsetvis | 约瑟夫·R博伊德 | 设置基于下一代测序数据的可视化 |
| SeqSQC | 钱氏 | bioconductor包样本与下一代测序数据质量检查 |
| seqTools | 沃尔夫冈•凯泽 | 分析核苷酸序列和质量内容fastq文件 |
| SeqVarTools | 斯蒂芬妮·m·Gogarten | 工具变量数据 |
| 芝麻 | 扫读周 | 明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析 |
| SEtools | Pierre-Luc日尔曼 | 为处理SummarizedExperiment SEtools:工具 |
| sevenbridges | 儿子Koc | 七桥平台API客户机和通用工作流语言工具构建器在R |
| sevenC | 乔纳斯Ibn-Salem | 计算染色体构象捕获相关的ChIP-seq CTCF图案 |
| SGSeq | 伦纳德·戈尔茨坦 | 从RNA-seq数据拼接事件预测和量化 |
| SharedObject | Jiefei王 | 共享对象跨多个R过程没有内存复制 |
| shinyMethyl | 让-菲利普•福丁 | 交互式可视化的Illumina公司甲基化数组 |
| shinyTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 为rTANDEM提供了一个GUI |
| ShortRead | Bioconductor包维护者 | FASTQ输入和操作 |
| SIAMCAT | Jakob Wirbel | 统计推断微生物群落和主机表型之间的关联 |
| SICtools | Xiaobin兴 | 找到SNV / Indel差异附近两个bam文件之间的关系 |
| sigaR | 韦塞尔n . van Wieringen | 在R统计综合基因组学分析 |
| SigCheck | 罗里斯塔克 | 检查基因签名的预后性能对随机签名,签名,和交换数据或元数据 |
| sigFeature | Pijush Das开发人员 | sigFeature:显著的特征选择使用SVM-RFE & t统计量 |
| SigFuge | 帕特里克·金 | SigFuge |
| siggenes | Holger Schwender | 多个测试使用萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法 |
| 风景 | Elika Garg | 高温超导的统计数据和诊断图 |
| signatureSearch | 玉柱段 | 基因表达环境搜索结合功能富集分析 |
| 签名者 | 升Valieris | 经验贝叶斯方法发现突变签名 |
| 印 | 印:选择基因网络的推理 | |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| SigsPack | Franziska舒曼 | 突变签名估计单样本 |
| sigsquared | UnJin李 | 基因功能验证的签名生成信号通路 |
| SIM卡 | 蕾妮x de Menezes | 综合分析两个人类基因组数据集 |
| SIMAT | m . r . Nezami Ranjbar | GC-SIM-MS数据处理和alaysis工具 |
| SimBindProfiles | 贝蒂娜费舍尔 | 类似的绑定配置文件 |
| SIMD | Jiadi朱 | 统计推断MeDIP-seq数据(SIMD)来推断每个CpG位点的甲基化水平 |
| SimFFPE | 拉妮魏 | 总会读模拟器FFPE组织 |
| similaRpeak | 阿斯特丽德Deschenes | 指标来估计两个ChIP-Seq概要文件之间的相似程度 |
| SIMLR | 卢卡·德·佐 | 单细胞通过Multi-kernel解释学习(SIMLR) |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simplifyEnrichment | Zuguang顾 | 简化功能富集的结果 |
| simulatorZ | (张 | 模拟器为独立的基因组数据集的集合 |
| sincell | 米格尔茱莉亚,安东尼奥Rausell | R包细胞状态的统计评估层次结构从单细胞RNA-seq数据 |
| SingleCellExperiment | 大卫。Risso | S4单细胞数据类 |
| SingleCellSignalR | 雅克Colinge | 细胞信号使用单细胞RNAseq数据分析 |
| singleCellTK | Yusuke四郎的 | 全面和交互式分析单细胞RNA-Seq数据 |
| 单 | 亚伦Lun | Reference-Based单细胞RNA-Seq注释 |
| singscore | Dharmesh d Bhuva | Rank-based single-sample基因设置评分法 |
| SISPA | 巴克提已经受理 | SISPA:方法示例集成组剖面分析 |
| sitePath | 澄霁 | 检测网站固定在分子进化 |
| sizepower | Weiliang邱 | 在Micorarray研究中样本容量和功率计算 |
| skewr | 瑞安帕特尼 | 可视化强度由人类甲基化450 k BeadChip Illumina公司的 |
| 激流回旋 | 戴维斯麦卡锡 | 阶乘的潜变量模型单细胞RNA-Seq数据 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命的基因相互作用 |
| 弹弓 | 凯利街 | 订购单细胞测序的工具 |
| 紧身的 | 埃里克j . Kort | 把距离L1000数据分析的乐趣 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | 函数在SIRS-Lab GmbH实时定量PCR分析数据 |
| SMAD | 青州张 | 统计建模AP-MS数据(SMAD) |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 一个节段最大后验全息阵列拷贝数分析方法 |
| 击杀 | 尼尔·阿里Wijetunga安德鲁·达蒙约翰斯顿 | Significance-based模块集成表观基因组和转录组 |
| SNAGEE | 大卫Venet | 信噪比应用于基因表达实验 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割,正常化和处理 |
| snapcount | 檐沟查尔斯 | R / Bioconductor方案与Snaptron快速查询的表达 |
| 一口 | 艾伦·奥卡拉汉 | R为python包装器openTSNE图书馆 |
| 球形结构 | 约翰·d·层 | 监督规范化的微阵列 |
| SNPediaR | 大卫褐煤 | 从SNPedia查询数据 |
| SNPhood | 基督教阿诺德 | SNPhood:调查,量化和可视化snp的外遗传性附近使用门店数据 |
| SNPRelate | Xiuwen郑 | 并行计算工具集亲缘和SNP数据的主成分分析 |
| snpStats | 大卫·克莱顿 | SnpMatrix XSnpMatrix类和方法 |
| soGGi | 汤姆•卡罗尔 | 想象ChIP-seq, MNase-seq和主题发生聚合情节概括在分组基因间隔 |
| 寄居 | 寄居的开发者 | 统计分析的单分子轨迹 |
| SomaticSignatures | 朱利安格林 | 体细胞签名 |
| SpacePAC | 格里高利Ryslik | 突变的识别集群通过模拟蛋白质三维空间中。 |
| 猎犬 | 雷切尔女王 | 空间转录组分析 |
| sparseDOSSA | 艾玛Schwager,乔治Weingart波宇仁 | 稀疏数据观测模拟合成丰富 |
| sparseMatrixStats | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 汇总统计数据稀疏矩阵的行和列 |
| sparsenetgls | 艾琳曾 | 使用高斯图形带学习估计结构广义最小平方回归多元正态回归 |
| SparseSignatures | 卢卡·德·佐 | SparseSignatures |
| SpatialCPie | 约瑟夫Bergenstraahle | 空间转录组数据的聚类分析 |
| SpatialDecon | 帕特里克Danaher | 从空间和/或反褶积的混合细胞大部分基因表达数据 |
| SpatialExperiment | 达里奥Righelli | S4类空间实验处理 |
| spatialHeatmap | Jianhai张 | spatialHeatmap |
| specL | 基督教Panse | specL——准备肽谱匹配用于目标蛋白质组学 |
| SpeCond | 弗洛伦斯卡瓦利 | 条件表达式的具体检测数据 |
| 光谱 | RforMassSpectrometry包维护者 | 光谱质谱数据的基础设施 |
| SpectralTAD | 凯伦Cresswell | SpectralTAD:分层检测利用谱聚类 |
| SPEM | 欣阳 | s系统参数估计方法 |
| SPIA | Adi Laurentiu Tarca | 信号通路影响分析(SPIA)使用途径代表的证据和不寻常的信号干扰 |
| spicyR | 埃利斯帕特里克 | 原位血细胞计数数据的空间分析 |
| SpidermiR | 克劳迪娅静脉 | SpidermiR: R / Bioconductor包与microrna的综合网络分析数据 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N考尔 | 在数组的方法 |
| 飞溅 | 路加福音Zappia | RNA单细胞测序数据的简单模拟 |
| SplicingGraphs | h .页面 | 创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取 |
| splineTimeR | 赫伯特Braselmann,马丁Selmansberger | 时间进程差异基因表达数据分析使用样条回归模型基因协会网络重建紧随其后 |
| 分裂 | 戴安娜低 | 拼接的成绩单翻译 |
| splots | 沃尔夫冈•休伯 | 高通量分析的可视化microtitre板或幻灯片格式 |
| 海绵 | 马库斯列表 | 稀疏的部分基因表达的相关性 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点分割和网格块微阵列斑点 |
| spqn | 易王 | 空间分位数正常化 |
| SPsimSeq | 尤里斯最大经济产量 | Semi-parametric散装和RNA单细胞测序数据的仿真工具 |
| SQLDataFrame | 钱氏 | 表示DataFrame隐喻的SQL数据库 |
| SQUADD | 武术Sankar | 附加的软件 |
| sRACIPE | Vivek Kohar | 系统生物学工具来模拟基因调控电路 |
| SRAdb | 杰克朱 | 从NCBI SRA编译的元数据和工具 |
| SRGnet | Isar Nassiri | SRGnet: R包为研究从转录组数据协同响应基因突变 |
| srnadiff | Zytnicki马提亚 | 寻找差异表达从RNA-seq数据未经基因组区域 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | S-Score算法Affymetrix寡核苷酸微阵列 |
| sscu | 于太阳 | 选择密码子使用的力量 |
| sSeq | 丹尼余 | 收缩估计的色散RNA-seq负二项模型实验与小样本大小 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 样本量估计微阵列 |
| SSPA | 范Iterson | 总体样本容量和功率分析微阵列和下一代测序数据 |
| ssPATHS | 娜塔莉·r·戴维森 | ssPATHS:单一样本途径得分 |
| ssrch | VJ凯里 | 一个简单的搜索引擎 |
| ssviz | 戴安娜低 | 一个小RNA-seq可视化工具和分析工具 |
| 经验丰富的人 | 柯恩Van den贝 | 演员:级间的高通量基因表达数据分析R |
| 斯坦 | 拉斐尔Campos-Martin | 国家基因组注释包 |
| staRank | Juliane Siebourg | 稳定的排名 |
| StarBioTrek | 克劳迪娅静脉 | StarBioTrek |
| 斯塔尔 | Benedikt米基罗 | 简单的瓷砖阵列分析Affymetrix ChIP-chip数据 |
| STATegRa | 大卫•Gomez-Cabrero Nuria Planell | multi-omics数据集成的类和方法 |
| statTarget | 半的菜肴 | 分子的统计分析资料 |
| stepNorm | 肖渊源 | 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能 |
| strandCheckR | Thu-Hien来 | 计算strandness bam文件信息 |
| 拖缆 | 马丁•摩根 | 使流处理大型文件 |
| STRINGdb | Damian Szklarczyk | STRINGdb(蛋白质相互作用数据库的检索搜索工具) |
| STROMA4 | Sadiq萨利赫 | TNBC患者分配属性 |
| 结构体 | 加文·里斯•劳埃德 | 统计在R使用基于类的模板 |
| Structstrings | Felix通用恩斯特 | 实施点与Biostrings括号注释 |
| structToolbox | 加文·里斯•劳埃德 | 数据处理与分析工具,用于代谢组学等组学 |
| StructuralVariantAnnotation | 丹尼尔·卡梅隆 | 变异注释结构变异 |
| SubCellBarCode | 亚斯兰谭 | SubCellBarCode:集成工作流健壮的映射和可视化整个人类空间蛋白质组 |
| subSeq | 约翰·d·安德鲁•j .低音层 | 二次抽样的高通量测序数据 |
| SummarizedBenchmark | 帕特里克·金 | 类和方法来执行基准比较 |
| SummarizedExperiment | Bioconductor包维护者 | SummarizedExperiment容器 |
| supraHex | 海方 | supraHex: supra-hexagonal地图分析表格组学数据 |
| survcomp | 本杰明Haibe-Kains,马库斯·施罗德Catharina奥尔森 | 生存分析的性能评估和比较 |
| survtype | Dongmin荣格 | 亚型识别与生存数据 |
| 寿司 | 道格拉斯。H Phanstiel | 基因组数据的可视化工具 |
| 股东价值分析 | 约翰·d·杰弗里·t .韭菜楼——w·埃文约翰逊 | 代理变量分析 |
| SVAPLSseq | Sutirtha Chakraborty | SVAPLSseq-An R包估计的隐藏因素的可变性和调整来实现一个更强大的和准确的基于RNAseq微分表达式分析数据 |
| SWATH2stats | 彼得Blattmann | 转换和过滤片数据统计软件包 |
| SwathXtend | Jemma吴 | 片扩展库生成和统计数据分析 |
| swfdr | Simina m·博卡杰弗里·t .韭菜 | Science-wise错误发现率和比例估计真正的零假设 |
| SwimR | 兰迪·布莱克 | SwimR:一套量化分析工具的秀丽隐杆线虫游泳行为 |
| 开关箱 | Bahman艾弗里,路易吉马尔基奥尼,Wikum Dinalankara | 实用程序来训练和验证分类器基于对切换使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法 |
| switchde | 基兰•坎贝尔 | 开关类微分表达式在单细胞轨迹 |
| synapter | Laurent与和塞巴斯蒂安·吉布 | Label-free数据分析管道最优识别和定量 |
| synergyfinder | 淑玉商量郑 | 计算和可视化协同药物组合的成绩 |
| SynExtend | 尼古拉斯·厄尔 | 处理同线性对象的工具 |
| synlet | Chunxuan邵 | 点击选择合成致命的RNAi屏幕数据 |
| SynMut | Haogao顾 | SynMut:设计同义突变序列具有不同基因签名 |
| systemPipeR | 托马斯Girke | systemPipeR:门店工作流和报告生成环境 |
| systemPipeShiny | Le张 | systemPipeShiny:交互式工作流管理和可视化的框架 |
| TADCompare | 凯伦Cresswell | TADCompare:识别和描述微分TADs |
| TAPseq | Andreas Gschwind | 有针对性的TAP-seq scRNA-seq引物设计 |
| 目标 | 马哈茂德•艾哈迈德 | 预测转录因子的功能相结合 |
| TargetScore | 李越 | TargetScore:推断microRNA目标使用microRNA-overexpression数据和序列信息 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | 一个包的gc - ms代谢物分析数据的分析 |
| TarSeqQC | 加芙美利奴 | 有针对性的测序实验质量控制 |
| TBSignatureProfiler | 大卫•詹金斯 | 配置文件使用结核病RA-Seq数据通路的签名 |
| 移行细胞癌 | Jianqiang太阳,难以西山 | 移行细胞癌:微分表达式分析标记数数据与健壮的标准化策略 |
| TCGAbiolinks | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦,安东尼奥Colaprico | TCGAbiolinks: R / Bioconductor包与环球数码创意数据进行综合分析 |
| TCGAbiolinksGUI | 蒂亚戈。席尔瓦 | “TCGAbiolinksGUI:图形用户界面分析癌症的分子和临床数据” |
| TCGAutils | 马塞尔·拉莫斯 | TCGA效用函数进行数据管理 |
| TCseq | Mengjun吴 | 时间进程测序数据分析 |
| TDARACNE | Zoppoli Pietro | 从时间进程数据网络反向工程。 |
| tenXplore | VJ凯里 | 本体论的探索scRNA-seq 130万小鼠神经元从10 x基因组学 |
| TEQC | 曼胡默尔 | 质量控制目标捕获实验 |
| ternarynet | 马修·n·考尔 | 三元网络评估 |
| TFARM | Liuba娜乌西卡马蒂诺 | 转录因子关联规则 |
| TFBSTools | 通用电气谭 | 软件包的转录因子结合位点(TFBS)分析 |
| TFEA.ChIP | 劳拉朋地Santamaria | 分析转录因子浓缩 |
| TFHAZ | 阿尔贝托Marchesi | 转录因子高积累区 |
| TFutils | 什维塔Gopaulakrishnan | TFutils |
| tidybulk | 斯特凡诺Mangiola | 带来tidyverse转录组 |
| tidySingleCellExperiment | 斯特凡诺Mangiola | 带来SingleCellExperiment Tidyverse |
| tidySummarizedExperiment | 斯特凡诺Mangiola | 带来SummarizedExperiment Tidyverse |
| tigre | Antti Honkela | 转录因子通过高斯过程推理重建的表达 |
| TileDBArray | 亚伦Lun | 使用TileDB DelayedArray后端 |
| tilingArray | (徐 | 记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组 |
| timecourse | 玉川泰 | 统计分析发育微阵列时间进程的数据 |
| timeOmics | 安东尼Bodein | 时间进程Multi-Omics数据集成 |
| timescape | 玛雅史密斯 | 病人克隆Timescapes |
| TimeSeriesExperiment | 局域网阮:“学校没有教导 | 分析短时间序列数据 |
| TimiRGeN | Krutik帕特尔 | 时间敏感microRNA-mRNA集成、分析和网络生成工具 |
| 锡 | Bjarne Johannessen | 转录组不稳定分析 |
| TissueEnrich | 阿施施耆那教徒的 | 组织基因富集分析 |
| TitanCNA | 加文·哈 | Subclonal拷贝数和LOH预测肿瘤的全基因组测序 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R tk小部件 |
| TMixClust | 莫妮卡Golumbeanu | 时间序列聚类的基因表达与高斯Mixed-Effects模型和平滑样条函数 |
| TNBC.CMS | Doyeong余 | TNBC.CMS:Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes |
| 三硝基甲苯 | 总部位于马 | 交互式可视化的基因特性 |
| 烤面包 | 章子怡李 | 分析异构组织的工具 |
| tofsims | 洛伦兹格柏 | 导入过程和飞行时间二次离子质谱分析(ToF-SIMS)成像数据 |
| 但在 | Wendao刘 | Tomo-seq数据分析 |
| ToPASeq | 伊凡娜Ihnatova | 架构RNA-seq通路分析数据 |
| topconfects | 保罗•哈里森 | 最自信的尺度效应 |
| topdownr | 塞巴斯蒂安·吉布 | 调查的分裂状况自上而下的蛋白质组学 |
| topGO | Adrian Alexa | 富集分析基因本体 |
| ToxicoGx | 本杰明Haibe-Kains | 分析大规模Toxico-Genomic数据 |
| 泛太平洋伙伴关系 | 多罗斯蔡尔兹 | 分析热蛋白质组分析(TPP)实验 |
| TPP2D | 尼尔斯·Kurzawa | 检测ligand-protein交互从2 d热概要(DLPTP) |
| tracktables | 汤姆•卡罗尔 | 构建IGV追踪和HTML报告 |
| trackViewer | Jianhong欧 | R / Bioconductor包优雅的绘图与web接口交互跟踪或棒棒糖阴谋促进multi-omics数据的综合分析 |
| tradeSeq | 赫克托耳Roux de Bezieux | trajectory-based微分表达式为测序数据分析 |
| transcriptogramer | 迭戈极其 | 基于transcriptograms转录分析 |
| transcriptR | Armen r . Karapetyan | 基于芯片的一个综合工具,RNA-Seq主要记录检测和量化 |
| 石棉水泥板 | 康斯坦丁·Krismer | rna结合蛋白的主题分析 |
| tRanslatome | 托马迪亚尔迪在内的埃里克Dassi | 比较多的基因表达水平 |
| transomics2cytoscape | Kozo Nishida | 一个工具集与Cytoscape 3 d Trans-Omic网络可视化 |
| TransView | 尤利乌斯•穆勒 | 读密度地图建设和加入。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化 |
| tra利用 | 李陈 | GWAS trait-associated SNP浓缩在基因组分析间隔 |
| TreeAndLeaf | 米蕾a·卡多佐 | 替代系统树图可视化和多层次的信息的插入 |
| treeio | Guangchuang余 | 基类和函数的系统发育树的输入和输出 |
| TreeSummarizedExperiment | Ruizhu黄 | TreeSummarizedExperiment: S4类数据与树结构 |
| trena | 保罗·香农 | 适合使用基因表达转录调控网络,先知先觉,机器学习 |
| 时尚的 | 朗达巴彻 | 断点时间进程表达式的分析数据 |
| 触发 | 约翰·d·层 | 从遗传基因表达的转录监管推理 |
| 三人组 | Holger Schwender | 检测单核苷酸多态性和SNP交互Case-Parent三人研究 |
| 三层 | 雅罗西克亲爱的 | 搜索和可视化分子内triplex-forming在DNA序列 |
| tRNA | Felix通用恩斯特 | 分析tRNA序列和结构 |
| tRNAdbImport | Felix通用恩斯特 | 从tRNAdb进口和mitotRNAdb农庄组织对象 |
| tRNAscanImport | Felix通用恩斯特 | 导入一个tRNAscan-SE结果文件作为农庄组织对象 |
| TRONCO | 卢卡·德·佐 | 为平移肿瘤学TRONCO, R包 |
| TSCAN | 志诚记 | 单细胞分析工具 |
| tscR | Perez-Sanz,费尔南多 | 一个时间序列聚类包结合边坡和邻距离 |
| tspair | 杰弗里·t .韭菜 | 最高得分对芯片的分类 |
| TSRchitect | r·泰勒Raborn | 启动子识别从大规模TSS分析数据 |
| TTMap | 瑞秋Jeitziner | 两级映射器:一个集群基于拓扑数据分析工具 |
| TurboNorm | 范Iterson | 一个快速散点图平滑适合微阵列正常化 |
| TVTB | 凯文Rue-Albrecht | TVTB: VCF工具箱 |
| tweeDEseq | 胡安·R·冈萨雷斯 | RNA-seq数据分析使用Poisson-Tweedie分布的家庭 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计当地的错误发现率 |
| twoddpcr | 安东尼赵 | 分类2 d滴数字PCR (ddPCR)数据和量化的数量开始分子 |
| tximeta | 迈克尔的爱 | 成绩单量化进口自动元数据 |
| tximport | 迈克尔的爱 | 导入和总结记录,能够分析转录水平的估计 |
| TxRegInfra | VJ凯里 | 元数据管理multiomic转录监管规范的网络 |
| TypeInfo | 邓肯寺郎 | 可选的类型规范原型 |
| Ularcirc | 大卫·汉弗莱斯 | 闪亮的应用规范和背部剪接分析(即循环和mRNA分析) |
| UMI4Cats | Mireia Ramos-Rodriguez | UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化 |
| uncoverappLib | Emanuela Iovino | 交互式图形应用临床评估碱基对序列覆盖的水平 |
| 撤销 | Niya王 | 无监督反褶积肿瘤基质混合表达式 |
| unifiedWMWqPCR | 尤里斯最大经济产量 | 统一Wilcoxon-Mann惠特尼测试测试微分表达式qPCR数据 |
| UniProt.ws | Bioconductor包维护者 | R UniProt Web服务接口 |
| Uniquorn | “Raik奥托” | 识别癌症细胞系的基于加权突变/变分指纹 |
| universalmotif | 本杰明-加拿大 | 导入、修改和出口图案与R |
| 的作用 | 陈郝 | 作用:self-refining订购基因选择的管道 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因序列的隐马尔可夫模型 |
| variancePartition | 加布里埃尔·e·霍夫曼 | 量化和解释潜水员多层次基因表达变化的实验 |
| VariantAnnotation | Bioconductor包维护者 | 注释的基因变异 |
| VariantExperiment | 钱氏 | RangedSummarizedExperiment容器与GDS VCF / GDS数据后端 |
| VariantFiltering | 罗伯特Castelo | 过滤的编码和非编码基因变异 |
| VariantTools | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性分析工具变量调用 |
| vasp | 慧慧于 | 量化和可视化的拼接在人口的变化 |
| VaSP | 慧慧于 | 量化和可视化的拼接在人口的变化 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项概率单位回归 |
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