测序
doi：10.18129/b9.bioc
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅测序。
序列数据生物导体简介
生物导体版本：3.11
生物导体可以分析和理解高通量基因组数据。我们有大量的包装，可以对大数据进行严格的统计分析，同时牢记技术文物。生物导体可帮助用户将他们的分析结果置于生物学环境中，并具有丰富的可视化机会。可重复性是生物导体分析中的重要目标。例如，可以使用生物导体进行不同类型的分析。测序：RNASEQ，CHIPSEQ，变体，复制号等；微阵列：表达，SNP等；域特定分析：流式细胞仪，蛋白质组学等。对于这些分析，通常会导入并使用不同序列相关的文件类型，包括FASTA，FASTQ，BAM，GTF，GTF，BED和假发文件等。生物导体包支持进口，常见和高级序列操作操作，例如修剪，转换和对齐方式，包括质量评估。
作者：Sonali Arora [aut]，Martin Morgan [AUT]，生物处理套件维护器[CRE]
维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>
引用（从r内，输入引用（“测序”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“序列”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“测序”）
| html | R脚本 | 序列数据生物导体简介 |
细节
| 生物浏览 | BasicWorkFlow，，，，Immunooncologyworkflow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），基因组机，，，，基因组签名，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，Shortread，，，，生物比较，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，AnnotationHub，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | sequencing_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/测序 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
