cytofWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytofWorkflow

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cytofWorkflow。

CyTOF工作流:在大规模高维微分发现血细胞计数数据集

Bioconductor版本:3.11

高维质量和流式细胞术(HDCyto)实验已经成为高通量审讯的首选方法和表征的细胞数量。在这里,我们提供了一个更新R-based管道HDCyto数据的差异分析,主要基于Bioconductor包。我们计算使用FlowSOM集群定义细胞群,促进一个可选的但可再生的策略为手动合并算法的集群。我们的工作流提供了不同的分析路径,包括协会细胞类型丰富与表型或信号标记在特定人群的变化,或微分分析汇总的信号。重要的是,微分分析我们看出框架是基于回归HDCyto数据响应;因此,我们可以任意的实验设计模型,比如具有批处理效果,搭配设计等等。特别是,我们应用广义线性混合模型或线性混合模型来分析细胞群丰富或cell-population-specific分析信号标志,允许overdispersion细胞计数或聚合在样本信号适当建模。支持正式的统计分析,我们鼓励每一步探索性数据分析,包括质量控制(例如,多维定标块),报告的聚类结果(与系统进行降维,热图)和微分分析(例如,块聚合信号)。

作者:马格达雷娜Nowicka (aut),海伦娜·l·Crowell (aut),马克·d·罗宾逊(aut (cre)

维修工:马克·d·罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cytofWorkflow”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cytofWorkflow”)

HTML

一个工作流在大规模高维微分发现血细胞计数数据集

细节

biocViews	ImmunoOncologyWorkflow,SingleCellWorkflow,工作流
版本	1.12.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0),BiocStyle,knitr,readxl,催化剂,diffcyt,HDCytoData,uwot,cowplot
进口
链接
建议	knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofWorkflow
BugReports	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofWorkflow/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cytofWorkflow_1.12.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytofWorkflow
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytofWorkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytofWorkflow/
包下载报告	下载数据