chipseqDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseqDB

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chipseqDB。

Bioconductor工作流来检测微分ChIP-seq数据绑定

Bioconductor版本:3.11

描述了一种计算工作流执行数据库分析与滑动窗口。目的是促进的实际实现窗口DB提供详细的代码分析和预期输出。这里描述的工作流程适用于任何ChIP-seq实验与多个实验条件和多种生物样品的一个或多个条件。它检测和总结DB新创的方式之间的区域条件,即。,without making any prior assumptions about the location or width of bound regions. Detected regions are then annotated according to their proximity to genes.

作者:亚伦Lun (aut (cre)戈登·史密斯(aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chipseqDB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chipseqDB”)

HTML	R脚本	1。介绍
HTML	R脚本	2。微分H3K9ac浓缩的B细胞
HTML	R脚本	3所示。微分绑定CBP的成纤维细胞
HTML	R脚本	4所示。微分浓缩的H3K27me3肺上皮细胞

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.12.0
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口
链接
建议	chipseqDBData,BiocStyle,BiocFileCache,ChIPpeakAnno,Gviz,Rsamtools,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,csaw,刨边机,knitr,org.Mm.eg.db,rtracklayer,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/chipseqDB/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chipseqDB_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqDB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipseqDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseqDB/
包下载报告	下载数据