SingscoreAMLMutations

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingscoreAMLMutations

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingscoreAMLMutations

利用转录组singscore预测突变AML签名

Bioconductor版本:3.11

这个工作流包显示转录组签名可以用来推断表型。工作流开始通过展示TCGA AML转录组数据可以下载并使用TCGAbiolinks包处理。然后,它显示了如何使用singscore样本可以得分从MSigDB包和签名。最后,分数的预测能力预测一个特定的上下文中AML的突变。工作流展品Bioconductor包实现基因簇的相互作用水平分析。

作者:Dharmesh d Bhuva (aut (cre),Momeneh Foroutan (aut),易谢(aut),Ruqian律(aut),约瑟夫Cursons (aut)梅丽莎·j·戴维斯(aut)

维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >

从内部引用(R,回车引用(“SingscoreAMLMutations”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingscoreAMLMutations”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingscoreAMLMutations”)

HTML R脚本 利用转录组singscore预测突变AML签名
HTML R脚本 利用转录组singscore预测突变AML签名(中文版本)
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionWorkflow,GenomicVariantsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本 1.4.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.6.0)
进口 dcanr,刨边机,ggplot2,gridExtra,GSEABase,mclust,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer,singscore,SummarizedExperiment,TCGAbiolinks
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,拼写
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations
BugReports https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SingscoreAMLMutations_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingscoreAMLMutations
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SingscoreAMLMutations/
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