这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingscoreAMLMutations。
Bioconductor版本:3.11
这个工作流包显示转录组签名可以用来推断表型。工作流开始通过展示TCGA AML转录组数据可以下载并使用TCGAbiolinks包处理。然后,它显示了如何使用singscore样本可以得分从MSigDB包和签名。最后,分数的预测能力预测一个特定的上下文中AML的突变。工作流展品Bioconductor包实现基因簇的相互作用水平分析。
作者:Dharmesh d Bhuva (aut (cre),Momeneh Foroutan (aut),易谢(aut),Ruqian律(aut),约瑟夫Cursons (aut)梅丽莎·j·戴维斯(aut)
维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >
从内部引用(R,回车引用(“SingscoreAMLMutations”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingscoreAMLMutations”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SingscoreAMLMutations”)
HTML | R脚本 | 利用转录组singscore预测突变AML签名 |
HTML | R脚本 | 利用转录组singscore预测突变AML签名(中文版本) |
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpressionWorkflow,GenomicVariantsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
版本 | 1.4.0 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.6.0) |
进口 | dcanr,刨边机,ggplot2,gridExtra,GSEABase,mclust,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer,singscore,SummarizedExperiment,TCGAbiolinks |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,拼写 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations |
BugReports | https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SingscoreAMLMutations_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingscoreAMLMutations |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SingscoreAMLMutations/ |
包下载报告 | 下载数据 |