Bioconductor工作流程包

Bioconductor版本:3.11

维护人员 标题
注释 生物导体包维护者 基因组注释资源
数组 生物导体包维护者 利用生物导体进行微阵列分析
BiocMetaWorkflow 迈克•史密斯 关于发布生物工作流
CAGEWorkflow 马尔特Thodberg 使用R/Bioconductor分析CAGE数据的分步指南
chipseqDB 亚伦Lun 一个Bioconductor工作流来检测ChIP-seq数据中的差异绑定
csawUsersGuide 亚伦Lun csaw用户指南
cytofWorkflow 马克·d·罗宾逊 CyTOF工作流程:高通量高维细胞术数据集的差异发现
EGSEA123 马修·里奇 简单高效的EGSEA集成基因集检测
eQTL 文森特·凯里 使用Bioconductor GGtools 5.x支持云计算的顺式eqtl搜索
ExpressionNormalizationWorkflow Karthikeyan Murugesan 基因表达规范化工作流程
fluentGenomics 斯图尔特•李 一个plyranges和tximeta工作流程
generegulation 生物导体包维护者 通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点
highthroughputassays 生物导体包维护者 使用生物导体高通量分析
liftOver 生物导体包维护者 使用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系
maEndToEnd 斯蒂芬妮Reisenauer 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程
methylationArrayAnalysis Jovana Maksimovic 用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流。
蛋白质组学 劳伦特与 质谱和蛋白质组学数据分析
recountWorkflow 莱昂纳多Collado-Torres 详细描述工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本
RNAseq123 马修·里奇 使用limma, Glimma和edgeR, RNA-seq分析像1-2-3一样简单
rnaseqDTU 迈克尔的爱 RNA-seq工作流用于Salmon量化后的差异转录本使用
rnaseqGene 迈克尔的爱 RNA-seq工作流程:基因级探索性分析和差异表达
RnaSeqGeneEdgeRQL Yunshun陈 使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因水平RNA-seq差异表达和通路分析
测序 生物导体包维护者 序列数据生物导体简介
simpleSingleCell 亚伦Lun Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程
SingscoreAMLMutations Dharmesh D. Bhuva 利用singscore从转录组特征预测AML突变
TCGAWorkflow Tiago Chedraoui Silva 使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据
变体 生物导体包维护者 注释基因组变异

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