pasilla

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasilla

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pasilla。

数据包per-exon和每个基因阅读项RNA-seq样本Pasilla混战,布鲁克斯et al ., 2011基因组研究。

Bioconductor版本:3.11

这个包提供了选择per-exon和每个基因阅读数量计算基因RNA-seq数据,本文提出了“保护RNA监管果蝇和哺乳动物之间的地图”,布鲁克斯,杨L,达夫,汉森KD,公园JW, Dudoit年代,布伦纳,Graveley BR,基因组研究》2011年2月,21 (2):193 - 202,Epub 2010年10月4日PMID: 20921232。实验研究了影响Pasilla RNAi击倒,哺乳动物的黑腹果蝇直接同源NOVA1 NOVA2,转录组。包小插图描述这里提供的数据来自RNA-Seq读取序列数据所提供的NCBI基因表达综合下加入数字GSM461176 GSM461181。

作者:沃尔夫冈•休伯亚历杭德罗•雷耶斯

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯< alejandro.reyes。ds: gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pasilla”)

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文档

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browseVignettes (“pasilla”)

HTML	R脚本	数据预处理和创建数据对象pasillaGenes pasillaExons
PDF		参考手册

细节

biocViews	Drosophila_melanogaster_Data,ExperimentData,基因组,RNASeqData
版本	1.16.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.3.0)
进口
链接
建议	DEXSeq,rmarkdown,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	blacksheepr
建议我	贝德,DESeq,DESeq2,DEXSeq,EnhancedVolcano,genefilter,IHWpaper,pasillaBamSubset,regionReport,ReportingTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pasilla_1.16.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pasilla
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pasilla/
包下载报告	下载数据