gskb

DOI:10.18129 / B9.bioc.gskb

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gskb。

基因集数据通路分析鼠标

Bioconductor版本:3.11

基因集知识库(GSKB)是一个综合知识库通路分析鼠标。解释基于生物高通量基因组学数据通路构成持续的挑战,部分原因是缺乏支持的数据库路径。我们创建了一个鼠标功能基因组学知识库,其中包括33261年通路和基因集编译40来源如基因本体,KEGG, GeneSetDB,豹,microRNA基因和转录因子的目标,等。此外,我们还手动收集和策划8747年从2526年出版的差异表达基因列表基因表达研究,使相似之前报道基因表达的检测签名。这两种类型的数据构成一个全面的基因集知识库(GSKB),可以方便地利用各种途径分析软件如基因集富集分析(GSEA)。作为第一步,我们收集了从现有数据库40种基因注释信息集。这些基因集分为7类,即基因本体,策划途径,代谢途径,微rna转录因子(TF)和目标基因,位置(细胞遗传学乐队),等等。我们在GeneSetDB信息使用的一些数据库。详细的信息在这些40来源和引用http://ge-lab.org/gskb/Table%201-sources.pdf是可用的。基因列表从文献检索手动从单个基因表达研究通过一个过程类似于一个用于创建AraPath,类似的资源,为拟南芥[12]。就像大多数表达式研究原始数据上载到存储库GEO ArrayExpress,我们使用这些数据库的元数据搜索出版物。 We scanned all datasets we can found and retrieved 4,313 potentially useful papers reporting gene expression studies in mouse. These papers were individually read by curators to identify lists of differentially expressed genes in various conditions. We compiled a total of 8,747 lists of differently expressed genes from 2,518 of papers. Each gene list was annotated with a unique name, brief description, and publication information, similar to the protocol used in MSigDB and Arapath. These gene lists constitute a large collection of published gene expression signatures that form a foundation for interpret new gene lists and expression profiles. More information about this data is available here http://ge-lab.org/gskb/. There is also a paper describing these data are currently in revision by Database: The Journal of Biological Databases and Curation.

作者:瓦莱丽·阿伦,Xijin通用电气

维护人员:瓦莱丽龇出<瓦莱丽。阿伦在sdstate.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gskb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gskb”)

PDF	R脚本	gskb:鼠标数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,Mus_musculus
版本	1.20.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.2.0)
进口
链接
建议	PGSEA
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gskb_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gskb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gskb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gskb/
包下载报告	下载数据