curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅curatedTCGAData

策划癌症基因组图谱的数据(TCGA) MultiAssayExperiment对象

Bioconductor版本:3.11

这个包提供了公开数据从癌症基因组图谱(TCGA) MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment集成多个化验(如RNA-seq,拷贝数变异,微rna,蛋白质,和其他人)与临床和病理资料。它还链接分析条形码与病人标识符,使和谐构造子集(特性)的行和列(病人/样本)在整个多组学实验。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),李维Waldron[所有],卢卡斯希弗[所有],路德维希Geistlinger[所有],瓦莱丽Obenchain[所有],马丁·摩根(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“curatedTCGAData”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“curatedTCGAData”)

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文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“curatedTCGAData”)

HTML R脚本 curatedTCGAData
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CancerData,ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,ReproducibleResearch
版本 1.10.1
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5.0),MultiAssayExperiment
进口 AnnotationHub,ExperimentHub,HDF5Array,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyle,knitr,RaggedExperiment,readr,rmarkdown,TCGAutils,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/curatedTCGAData/issues
取决于我
进口我 意大利苦杏酒,BiocOncoTK
建议我 CNVRanger,德科,glmSparseNet,netDx,TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 curatedTCGAData_1.10.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ curatedTCGAData
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/curatedTCGAData/
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