ihwpaper

doi:10.18129/b9.bioc.ihwpaper

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅ihwpaper

在IHW纸中复制数字

生物导体版本:3.11

该软件包便利地包装了在IHW纸中重现数字所需的所有功能(https://www.nature.com/articles/articles/nmeth.3885)和根据http://arxiv.orgs/1701.05179提供的最新ARXIV Preprint。因此,它是生物导体IHW软件包的配套软件包。

作者:Nikos Ignatiadis [AUT,CRE]

维护者:nikos ignatiadis

引用(从r内,输入引用(“ ihwpaper”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ihwpaper”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ihwpaper”)

html R脚本 NMETH纸:解释TDR
html R脚本 NMETH纸:IHW-Bonferroni模拟
html R脚本 NMETH纸:真实的数据示例
html R脚本 NMETH纸:模拟图
html R脚本 NMETH纸:分层直方图
html R脚本 统计文件:IHW-Benjamini-Yekutieli的HQTL分析
html R脚本 各种:BH解释 /可视化
html R脚本 各种:适用于IHW的Grenander估计器(VS ECDF)
html R脚本 各种:实际数据示例:1倍重量功能
html R脚本 各种:TDR和PVALUE排斥区域
html R脚本 各种:权重与独立过滤
PDF 参考手册

细节

生物浏览 实验数据,,,,表达数据,,,,rnaseqdata,,,,reproducibleresearch
版本 1.16.1
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.3),ihw
进口 RCPP,统计,细条,方法,utils,deseq2,,,,总结性特征,,,,fdrtool,,,,GeneFilter,,,,QVALUE,,,,生物酶,,,,生物基因,,,,生物比较,,,,dplyr, 网格,GGPLOT2,,,,牛仔图
链接 RCPP
建议 测试,,,,rcolorbrewer,,,,韦桑森,,,,,,,,栅格,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,呼吸道,,,,帕西拉,,,,deseq,,,,locfdr,,,,花花公子,,,,GGBIO,,,,LATEX2EXP
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ihwpaper_1.16.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉)
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ihwpaper
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ihwpaper
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ihwpaper/
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