HMP16SData

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMP16SData

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见HMP16SData．

来自人类微生物组计划的16S rRNA测序数据

Bioconductor版本:3.11

HMP16SData是人类微生物组计划(HMP) 16S rRNA可变区域1-3和3-5测序数据的生物导体实验数据包。原始数据文件从HMP数据分析与协调中心下载。处理后的数据通过ExperimentHub作为summarizeexperiment类对象提供。

作者:Lucas Schiffer < Schiffer。Lucas在gmail.com>，Rimsha Azhar , Marcel Ramos , Ludwig Geistlinger , Levi Waldron

维护者:Lucas Schiffer < Schiffer。Lucas在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HMP16SData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HMP16SData”)

超文本标记语言	R脚本	HMP16SData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，MicrobiomeData，ReproducibleResearch，SequencingData
版本	1.8.2
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)，SummarizedExperiment
进口	AnnotationHub，为了，dplyr，ExperimentHub，kableExtra，knitr，magrittr、方法、readr，S4Vectors，stringr，宠物猫,跑龙套
链接
建议	Biobase，BiocCheck，BiocManager，BiocStyle，circlize，covr，cowplot，curatedMetagenomicData，dendextend，devtools，ggplot2，gridExtra，还，phyloseq，rmarkdown，roxygen2统计数据,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/HMP16SData
BugReports	https://github.com/waldronlab/HMP16SData/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HMP16SData_1.8.2.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP16SData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HMP16SData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMP16SData/
软件包下载报告	下载数据