摘要{siggenes} R文档

SAM特定总结法

描述

总结了SAM分析。计算一般统计作为差异表达基因的数量和估计的FDR的增量值矢量或基因特异性统计差异表达基因时，只有一个增量值被指定

使用

summary(object, delta = NULL, n.digits = 5, what =" both"， entrez = FALSE, bonf = FALSE, chip =" "， file =" "， sep =" \t"， quote = FALSE, dec=".")

参数

对象 SAM对象
δ 指定一个或一组增量的数值或向量。如果零或矢量一般统计作为差异表达基因的数量和估计的FDR将被计算。如果δ是一个值，不仅将计算上述统计数据，而且还将给出差异表达基因的特定基因信息——看到了吗什么
n.digits 指定输出中小数位数的整数
什么 要么是"both"，要么是"stats"，要么是"genes"。如果“stats”显示一般信息。如果“基因”给出了特定基因的信息。如果“两者”都显示了一般和特定基因的信息。将被忽略，如果δ是零或者向量
可以 合乎逻辑的。如果真正的Entrez链接和基因符号都将被添加到输出中
bonf 合乎逻辑的。如果真正的Bonferroni校正的p值将添加到输出中
芯片 命名此分析中使用的芯片类型的字符串。只有在以下情况下才需要entrez = TRUE．如果论证数据的山姆(数据、cl…)已由ExpressionSet对象芯片不需要指定
文件 字符串，用于命名存储信息的文件。默认情况下，信息不存储，而是显示在R窗口中。将被忽略，如果δ是零或者向量
9月 存储输出时使用的字段分隔符字符串文件
报价 逻辑指示字符串和因子是否应该用双引号括起来。详情见write.table ?
12月 用于小数点的字符串

价值

的输出总结由以下插槽组成:

row.sig.genes 一种数字向量，指定包含差异表达基因的数据矩阵的行。如果 是零或者一个向量，row.sig.genes> will be数字(0)
mat.fdr 一个数字向量(如果δ是数值)还是包含一般信息的矩阵，如估计的FDR和差异表达基因的数量
mat.sig 包含差异表达基因的基因特异性信息的数据帧
list.args 的参数列表总结内部使用

请注意

SAM是由Tusher等人(2001)开发的。

! !斯坦福大学正在申请SAM技术的专利。！！!

作者(年代)

Holger Schwender,holger.schw@gmx.de

参考文献

Tusher, v.g.， Tibshirani, R.和Chu, G.(2001)。微阵列在电离辐射响应中的显著性分析。PNAS， 98, 5116-5121。

另请参阅

山姆，SAM-class，打印，sam2excel，sam2html