### R代码从vignette源的omicade4。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle::乳胶(bibstyle = " unsrt ") ################################################### ### 代码块2号:load_lib_data ################################################### 库(omicade4)数据(NCI60_4arrays ) ################################################### ### 代码块3号:check_col_number ################################################### 酸式焦磷酸钠(NCI60_4arrays渺茫 ) ################################################### ### 代码块数量4:Check_col_order ################################################### (应用((x < -酸式焦磷酸钠(NCI60_4arrays colnames)) [1], 2 x (y)相同(y,函数[1 ]))) ################################################### ### 代码块5号:cluster_data_separately ################################################### 布局(矩阵(1:4,1 4))标准(mar = c(2, 1, 0.1, 6))为(NCI60_4arrays df) {d < -区域(t (df))盐酸< - hclust (d) dend < - as.dendrogram (hcl)情节(dend,水平的= TRUE ) } ################################################### ### 代码块6号:MCIA ################################################### mcoin < - mcia (NCI60_4arrays cia.nf = 10)类(mcoin ) ################################################### ### 代码块7号:get_cancertype ################################################### cancer_type < - colnames (NCI60_4arrays安捷伦美元)cancer_type < -酸式焦磷酸钠(strsplit (cancer_type分裂=“\ \”),x (x)函数[1])cancer_type ################################################### ### 代码块8号:plot_mcia_cancertype ################################################### 情节(mcoin轴= 1:2,phenovec = cancer_type样本。实验室= FALSE, df.color = 1:4 ) ################################################### ### 代码块9号:selectvar_mcia_melan ################################################### melan_gene < - selectVar (mcoin a1。lim=c(2, Inf)， a2。lim = c melan_gene(负、正)) ################################################### ### 代码块10号:plot_mcia_axes ################################################### 情节(mcoin轴= c (1,3), phenovec = cancer_type样本。lab=FALSE, df.color=1:4) plot(mcoin，坐标轴=c(2,3)， phenovec=cancer_type，样本。实验室= FALSE, df.color = 1:4 ) ################################################### ### 代码块11号:plotvar_mcia ################################################### geneStat < - plotVar (mcoin var = c(“S100B”、“S100A1”),var.lab = TRUE)