来自vignette source的diffExprAnalysis的代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:diffExprAnalysis。Rnw: 35-36 ################################################### 选项(警告= 1 ) ################################################### ### 代码块2号:makeExampleCountDataSet ################################################### 库(gCMAP)库(DESeq)集。种子(123张)cd。list <- lapply(1:3, function(n) {cds <- makeExampleCountDataSet() featureNames(cds) <- paste("gene"，1:10000, sep="_") cds}) names(cds.list) <- paste("Instance"， 1:3, sep="") sapply(cds. list)列表，暗淡)涂抹(cd。列表,功能(n) pData美元(n)条件 ) ################################################### ### 代码块3号:generate_gCMAP_NChannelSet ################################################### ## 这一步需要一点时间cde < generate_gCMAP_NChannelSet (cd。列表，uids=1:3，样本。注释= NULL,平台。注释= "可以",control_perturb_col =“条件”,控制=“A”,扰乱=“B”)channelNames (cde) ) ################################################### ### 代码块4:数量大。矩阵 ################################################### ## ExpressionSets如果列表(需要(bigmemory)){数据(“sample.ExpressionSet”)# # Biobase es。List <- List (sample. List)ExpressionSet[1:4],样本。ExpressionSet[，5:8]， sample.ExpressionSet[，9:12]) ##三个实例名称(.list) <- paste("Instance"， 1:3, sep=".")存储。File <- tempfile()存储。- generate_gCMAP_NChannelSet(es。列表，1:3，平台。annotation = annotation(es.list[[1]]), control_perturb_col="type", control="Control", perturb="Case", big.matrix=storage.file) channelNames(de) head( assayDataElement(de, "z") ) dir(dirname( storage.file )) } ################################################### ### code chunk number 5: subsettingBigMatrices ################################################### if (require(bigmemory)) { ## remove de object from R session and reload rm( de ) de <-get( load( paste( storage.file, "rdata", sep=".")) ) class( assayDataElement(de, "z") ) assayDataElement(de, "z")[1:10,] ## load subset } ################################################### ### code chunk number 6: memorize ################################################### if (require(bigmemory)) { ## read z-score channel into memory dem <- memorize( de, name="z" ) channelNames(dem) class( assayDataElement(dem, "z") ) ## matrix ## remove tempfiles unlink(paste(storage.file,"*", sep="")) } ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### sessionInfo()