# # - - - - -设置,包括= FALSE,缓存= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -要求(knitr) #组全球美元opts_chunk设置块选项(无花果。路径= tmp / deepSNV -, fig.align =‘中心’,fig.show =“持有”,fig.width = 4, fig.height = 4, out.width = '。4 \ \线宽”,dpi = 150)选项(replace.assign = TRUE,宽度= 75)美元knit_hooks组(好=函数(之前,选择,envir){如果(前)标准(mar = c (4 4。1。1) mgp = c(2.5, 1,0),电池=“n”)}) # #——回声= FALSE,结果= '网络' - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -打印(引用(“deepSNV”)[1],风格=“乳胶”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(deepSNV)地区< data.frame (=“B.FR.83.HXB2_LAI_IIIB_BRU_K034”,从而向开始= 2074,停止= 3585)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # HIVmix <——deepSNV(测试= " http://www.bsse.ethz.ch/cbg/software/deepSNV/data/test.bam ", #控制= " http://www.bsse.ethz.ch/cbg/software/deepSNV/data/control.bam ", #区域=区域,q = 10) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(HIVmix) #附加数据相反,因为它可以在常规检查没有网络连接失败。显示(HIVmix) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -控制(HIVmix)[100:110,]测试(HIVmix) 100:110, # #——艾滋病毒,好= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -情节(HIVmix) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - SNVs < -总结(HIVmix sig.level = 0.05, adjust.method =“黑洞”)负责人(SNVs) nrow (SNVs)分钟(SNVs freq.var美元)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sum (RF(测试(HIVmix),总= T) > 0.01 &射频(测试(HIVmix),总= T) < 0.95) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(trueSNVs、包=“deepSNV”)表(p.adjust (p.val (HIVmix)方法=“黑洞”)< 0.05,trueSNVs) # #——phiX, dev =“jpeg”,好= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #加载数据(非规范)的数据(phiX、包=“deepSNV”)情节(phiX cex.min = 5) # #规范化数据phiN <——正常化(phiX而圆= TRUE)情节(phiN cex.min = 5) # #——pval,好= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p。规范< - p.val (phiN) n < - sum (! is.na (p.norm)) qqplot (p。规范,seq (1 / n 1 length.out = n),日志=“xy”=“S”型,xlab =“假定值”,ylab = p“提供”)。val < - p.val (phiX)点(排序(p.val [! is.na (p.val)]), seq (1 / n 1 length.out = n), pch = 16,坳=“灰色”=“S”型,lty = 2)传说(“topleft”, c(“原始数据”、“规范化数据”),pch = 16,坳= c(“灰色”、“黑色”),电池=“n”, lty = 3) abline (0, 1) # # - - - - - dev =“jpeg”,好= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(“碾压混凝土”,包=“deepSNV”)显示(RCC)情节碾压混凝土(RCC cex.min = 5)。bb = estimateDispersion (RCC,替代=“two.sided”) (RCC的阴谋。bb, cex.min = 5) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RCC.bb@log。莱克阀门RCC@log。莱克阀门RCC.bb@log。壳聚糖- RCC@log。莱克阀门日志(4 * nrow(测试(RCC))) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -总结(RCC adjust.method =“bonferroni”)[1:6] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -标签< -总结(碾压混凝土。bb, adjust.method =“bonferroni”)[1:6]标签# #——回声= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - toLatex (sessionInfo ())