# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“cbaf”,依赖= TRUE) # # =“隐藏”——结果,警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(cbaf) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # availableData (list.2017-11-05) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -基因列表(K.demethylases = c (“KDM1A”、“KDM1B”,“KDM2A”), K。乙酰转移酶= c(“钟”,“CREBBP”,“ELP3”、“EP300”)) obtainOneStudy(基因,“测试”,“乳腺浸润性癌(2015年,TCGA、细胞)”、“RNA-Seq”desiredCaseList = c(2、3、4、5) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -基因列表(K.demethylases = c (“KDM1A”、“KDM1B”,“KDM2A”), K。乙酰转移酶= c(“钟”,“CREBBP”,“ELP3”、“EP300”)) #指定名称的癌症研究标准研究名cancernames < - c(“急性髓系白血病(TCGA,临时)”TCGA“肾上腺皮质癌(临时)”TCGA“膀胱移行细胞癌(临时)”“大脑神经胶质瘤低年级(TCGA临时)”TCGA“乳腺浸润性癌(临时)”)#指定名称的癌症研究通过创建一个矩阵,其中包括标准和所需研究名cancernames < -矩阵(c(“急性髓系白血病(TCGA,临时)”急性髓系白血病”,“肾上腺皮质癌(TCGA,临时)”肾上腺皮质癌”,“膀胱移行细胞癌(TCGA,临时)”膀胱移行细胞癌”,“大脑低品位神经胶质瘤(TCGA,临时)”、“大脑神经胶质瘤低品位”、“乳腺浸润性癌(TCGA,临时)”乳腺浸润性癌),nrow = 5, ncol = 2, byrow = TRUE) obtainMultipleStudies(基因,“test2”、cancernames RNA-Seq) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - automatedStatistics(“测试”,obtainedDataType =“单一研究”,计算= c (“frequencyPercentage”、“frequencyRatio”)) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # heatmapOutput(“测试”,shortenStudyNames = TRUE, heatmapMargines = c(13日5),heatmapColor =“RdGr genesToDrop = c (“PVT1”、“SNHG6”), reverseColor = FALSE, heatmapFileFormat =“JPG”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # xlsxOutput(“测试”)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # cleanDatabase (Whole2) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -基因列表(K.demethylases = c (“KDM1A”、“KDM1B”、“KDM2A”、“KDM2B”、“KDM3A”、“KDM3B”、“JMJD1C”、“KDM4A”), K。甲基转移酶= c (“SUV39H1”、“SUV39H2”、“EHMT1”、“EHMT2”、“SETDB1”、“SETDB2”、“KMT2A”、“KMT2A”)) processOneStudy(基因,“测试”,“乳腺浸润性癌(2015年,TCGA、细胞)”RNA-Seq》desiredCaseList = c(2、3、4、5),计算= c (“frequencyPercentage”、“frequencyRatio”), heatmapFileFormat = TIFF) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < -基因列表(K.demethylases = c (“KDM1A”、“KDM1B”,“KDM2A”、“KDM2B”、“KDM3A”、“KDM3B”、“JMJD1C”、“KDM4A”), K。甲基转移酶= c (“SUV39H1”、“SUV39H2”、“EHMT1”、“EHMT2”、“SETDB1”、“SETDB2”、“KMT2A”、“KMT2A”))研究< - c(“急性髓系白血病(TCGA,临时)”TCGA“肾上腺皮质癌(临时)”TCGA“膀胱移行细胞癌(临时)”“大脑神经胶质瘤低年级(TCGA临时)”TCGA“乳腺浸润性癌(临时)”)processMultipleStudies(基因,“test2”,研究“RNA-Seq”,计算= c (“frequencyPercentage”、“frequencyRatio”), heatmapFileFormat =“TIFF”)