# # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TSRchitect) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # TSRchitectUsersGuide () # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - extdata。dir < -系统。文件(“extdata / bamFiles”、包=“TSRchitect”) tssObjectExample < loadTSSobj (experimentTitle =“装饰图案的例子”,inputDir = extdata之类。dir, n。核= 1,isPairedBAM = TRUE, sampleNames = c (“sample1-rep1”、“sample1-rep2”,“sample2-rep1”,“sample2-rep2”), replicateIDs = c(1、1、2、2) #数据集1 - 2和3 - 4复制# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # tssObjectExample # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < - inputToTSS (experimentName = tssObjectExample) tssObjectExample < processTSS (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tssSet =“所有”,writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < determineTSR (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tssSetType = "复制",tssSet =“所有”,tagCountThreshold = 25日clustDist = 20, writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tssObjectExample < mergeSampleData (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tagCountThreshold = 1) tssObjectExample < determineTSR (experimentName = tssObjectExample, n。核= 1,tssSetType =“合并”,tssSet =“所有”,tagCountThreshold = 25日clustDist = 20, writeTable = FALSE) tssObjectExample < - addTagCountsToTSR (experimentName = tssObjectExample tsrSetType =“合并”,tsrSet = 1, tagCountThreshold = 25日writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sample_1_1_tsrs < - getTSRdata (experimentName = tssObjectExample slotType =“复制”,槽= 1)打印(sample_1_1_tsrs) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gff3data。dir < -系统。文件(“extdata”,包=“TSRchitect”) tssObjectExample < - importAnnotationExternal (experimentName = tssObjectExample,文件类型=“gff3 annotFile =粘贴(gff3data.dir,“gencode.v19.chr22.transcript.gff3”, 9 = " / ")) tssObjectExample < - addAnnotationToTSR (experimentName = tssObjectExample tsrSetType =“合并”,tsrSet = 1, upstreamDist = 2000, downstreamDist = 500,特性=“成绩单”,featureColumnID = " ID ", writeTable = FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #保存(tssObjectExample、文件=“tssObjectExample.RData”)